Visualization and Correction of Automated Segmentation, Tracking and Lineaging from 5-D Stem Cell Image Sequences

Results: We present an application that enables the quantitative analysis of multichannel 5-D (x, y, z, t, channel) and large montage confocal fluorescence microscopy images. The image sequences show stem cells together with blood vessels, enabling quantification of the dynamic behaviors of stem cells in relation to their vascular niche, with applications in developmental and cancer biology. Our application automatically segments, tracks, and lineages the image sequence data and then allows the user to view and edit the results of automated algorithms in a stereoscopic 3-D window while simultaneously viewing the stem cell lineage tree in a 2-D window. Using the GPU to store and render the image sequence data enables a hybrid computational approach. An inference-based approach utilizing user-provided edits to automatically correct related mistakes executes interactively on the system CPU while the GPU handles 3-D visualization tasks. Conclusions: By exploiting commodity computer gaming hardware, we have developed an application that can be run in the laboratory to facilitate rapid iteration through biological experiments. There is a pressing need for visualization and analysis tools for 5-D live cell image data. We combine accurate unsupervised processes with an intuitive visualization of the results. Our validation interface allows for each data set to be corrected to 100% accuracy, ensuring that downstream data analysis is accurate and verifiable. Our tool is the first to combine all of these aspects, leveraging the synergies obtained by utilizing validation information from stereo visualization to improve the low level image processing tasks.Comment: BioVis 2014 conferenc

Motion analysis report

Human motion analysis is the task of converting actual human movements into computer readable data. Such movement information may be obtained though active or passive sensing methods. Active methods include physical measuring devices such as goniometers on joints of the body, force plates, and manually operated sensors such as a Cybex dynamometer. Passive sensing de-couples the position measuring device from actual human contact. Passive sensors include Selspot scanning systems (since there is no mechanical connection between the subject's attached LEDs and the infrared sensing cameras), sonic (spark-based) three-dimensional digitizers, Polhemus six-dimensional tracking systems, and image processing systems based on multiple views and photogrammetric calculations

Learning and time : on using memory and curricula for language understanding

Cette thèse présente quelques-unes des étapes entreprises pour pouvoir un jour résoudre le problème de la compréhension du langage naturel et d’apprentissage de dépendances à long terme, dans le but de développer de meilleurs algorithmes d’intelligence artificielle. Cette thèse est écrite comme une thèse par articles, et contient cinq publications scientifiques. Chacun de ces articles propose un nouveau modèle ou algorithme et démontre leur efficacité sur des problèmes qui impliquent des dépendances à long terme ou la compréhension du langage naturel. Malgré le fait que quelque uns de ces modèles n’ont été testés que sur une seule tâche (comme la traduction automatique neuronale), les méthodes proposées sont généralement applicables dans d’autres domaines et sur d’autres tâches. Dans l’introduction de la thèse, nous expliquons quelques concepts fondamentaux de l'entraînement de réseaux de neurones appliqués sur des données séquentielles. Tout d'abord, nous présentons succinctement les réseaux de neurones, puis, de façon plus détaillé, certains algorithmes et méthodes utilisés à travers cette thèse. Dans notre premier article, nous proposons une nouvelle méthode permettant d'utiliser la grande quantité de données monolingue disponible afin d'entraîner des modèles de traduction. Nous avons accompli cela en entraînant d’abord un modèle Long short-term memory (LSTM) sur un large corpus monolingue. Nous lions ensuite la sortie de la couche cachée du modèle avec celle d’un décodeur d’un modèle de traduction automatique. Ce dernier utilise un mécanisme d’attention et est entièrement entraîné par descente de gradient. Nous avons montré que la méthode proposée peut augmenter la performance des modèles de traduction automatique neuronale de façon significative sur les tâches où peu de données multilingues sont disponibles. Notre approche augmente également l’efficacité de l’utilisation des données dans les systèmes de traduction automatique. Nous montrons aussi des améliorations sur les paires de langues suivantes: turc-anglais, allemand-anglais, chinois-anglais et tchèque-anglais. Dans notre deuxième article, nous proposons une approche pour aborder le problème des mots rares dans plusieurs tâches du traitement des langages. Notre approche modifie l’architecture habituelle des modèles encodeur-décodeur avec attention, en remplaçant la couche softmax du décodeur par notre couche pointer-softmax. Celle-ci permet au décodeur de pointer à différents endroits dans la phrase d’origine. Notre modèle apprend à alterner entre copier un mot de la phrase d’origine et prédire un mot provenant d’une courte liste de mots prédéfinie, de manière probabiliste. L’approche que nous avons proposée est entièrement entraînable par descente de gradient et n’utilise qu’un objectif de maximum de vraisemblance sur les tâches de traduction. Nous avons aussi montré que le pointer-softmax aide de manière significative aux tâches de traduction et de synthèse de documents. Dans notre article "Plan, Attend, Generate: Planning for Sequence-to-Sequence Models", nous proposons deux approches pour apprendre l’alignement dans les modèles entraînés sur des séquences. Lorsque la longueur de l’entrée et celle de la sortie sont trop grandes, apprendre les alignements peut être très difficile. La raison est que lorsque le décodeur est trop puissant, il a tendance à ignorer l’alignement des mots pour ne se concentrer que sur le dernier mot de la séquence d’entrée. Nous avons proposé une nouvelle approche, inspirée d’un algorithme d’apprentissage par renforcement, en ajoutant explicitement un mécanisme de planification au décodeur. Ce nouveau mécanisme planifie à l’avance l’alignement pour les k prochaines prédictions. Notre modèle apprend également un plan de correction pour déterminer lorsqu’il est nécessaire de recalculer les alignements. Notre approche peut apprendre de haut niveaux d’abstraction au point de vue temporel et nous montrons que les alignements sont généralement de meilleure qualité. Nous obtenons également des gains de performance significatifs comparativement à notre modèle de référence, malgré le fait que nos modèles ont moins de paramètres et qu’ils aient été entraînés moins longtemps. Dans notre article "Dynamic Neural Turing Machine with Soft and Hard Addressing Schemes", nous proposons une nouvelle approche pour ajouter de manière explicite un mécanisme de mémoire aux réseaux de neurones. Contrairement aux RNNs conventionnels, la mémoire n’est pas seulement représentée au niveau des activations du réseau, mais également dans une mémoire externe. Notre modèle, D-NTM, utilise un mécanisme d’adressage plus simple que les Neural Turing Machine (NTM) en utilisant des paires clé-valeur. Nous montrons que les modèles disposant de ce nouveau mécanisme peuvent plus efficacement apprendre les dépendances à long terme, en plus de mieux généraliser. Nous obtenons des améliorations sur plusieurs tâches incluant entre autres la réponse aux questions sur bAbI, le raisonnement avec implication, MNIST permuté, ainsi que des tâches synthétiques. Dans notre article "Noisy Activation Functions", nous proposons une nouvelle fonction d’activation, qui rend les activations stochastiques en leur ajoutant du bruit. Notre motivation dans cet article est d’aborder les problèmes d’optimisation qui surviennent lorsque nous utilisons des fonctions d’activation qui saturent, comme celles généralement utilisées dans les RNNs. Notre approche permet d’utiliser des fonctions d’activation linéaires par morceaux sur les RNNs à porte. Nous montrons des améliorations pour un grand nombre de tâches sans effectuer de recherche d'hyper paramètres intensive. Nous montrons également que supprimer le bruit dans les fonctions d’activation a un profond impact sur l’optimisation.The goal of this thesis is to present some of the small steps taken on the path towards solving natural language understanding and learning long-term dependencies to develop artificial intelligence algorithms that can reason with language. This thesis is written as a thesis by articles and contains five articles. Each article in this thesis proposes a new model or algorithm and demonstrates the efficiency of the proposed approach to solve problems that involve long-term dependencies or require natural language understanding. Although some of the models are tested on a particular task (such as neural machine translation), the proposed methods in this thesis are generally applicable to other domains and tasks (and have been used in the literature). In the introduction of this thesis, we introduce some of the fundamental concepts behind training sequence models using neural networks. We first provide a brief introduction to neural networks and then dive into details of the some of approaches and algorithms that are used throughout this thesis. In our first article, we propose a novel method to utilize the abundant amount of available monolingual data for training neural machine translation models. We have accomplished this goal by first training a long short-term memory (LSTM) language model on a large monolingual corpus and then fusing the outputs or the hidden states of the LSTM language model with the decoder of the neural machine translation model. Our neural machine translation model is trained end to end with an attention mechanism. We have shown that our proposed approaches can improve the performance of the neural machine translation models significantly on the rare resource translation tasks and our approach improved the data-efficiency of the end to end neural machine translation systems. We report improvements on Turkish-English (Tr-En), German-English (De-En), Chinese-English (Zh-En) and Czech-English (Cz-En) translation tasks. In our second paper, we propose an approach to address the problem of rare words for natural language processing tasks. Our approach augments the encoder-decoder architecture with attention model by replacing the final softmax layer with our proposed pointer-softmax layer that creates pointers to the source sentences as the decoder translates. In the case of pointer-softmax, our model learns to switch between copying a word from the source and predicting a word from a shortlist vocabulary in a probabilistic manner. Our proposed approach is end-to-end trainable with a single maximum likelihood objective of the NMT model. We have also shown that it improves the performance of summarization and the neural machine translation model. We report significant improvements in machine translation and summarization tasks. In our "Plan, Attend, Generate: Planning for Sequence-to-Sequence Models" paper, we propose two new approaches to learn alignments in a sequence to sequence model. If the input and the source context is very long, learning the alignments for a sequence to sequence model can be difficult. In particular, because when the decoder is a large network, it can learn to ignore the alignments and attend more on the last token of the input sequence. We propose a new approach which is inspired by a hierarchical reinforcement learning algorithm and extend our model with an explicit planning mechanism. The proposed alignment mechanism plans and computes the alignments for the next $k$ tokens in the decoder. Our model also learns a commitment plan to decide when to recompute the alignment matrix. Our proposed approach can learn high-level temporal abstractions, and we show that it qualitatively learns better alignments. We also achieve significant improvements over our baseline despite using smaller models and with less training. In "Dynamic Neural Turing Machine with Soft and Hard Addressing Schemes," we propose a new approach for augmenting neural networks with an explicit memory mechanism. As opposed to conventional RNNs, the memory is not only represented in the activations of the neural network but in an external memory that can be accessed via the neural network controller. Our model, D-NTM uses a more straightforward memory addressing mechanism than NTM which is achieved by using key-value pairs for each memory cell. We find out that the models augmented with an external memory mechanism can learn tasks that involve long-term dependencies more efficiently and achieve better generalization. We achieve improvements on many tasks including but not limited to episodic question answering on bAbI, reasoning with entailment, permuted MNIST task and synthetic tasks. In our "Noisy Activation Functions" paper, we propose a novel activation function that makes the activations stochastic by injecting a particular form of noise to them. Our motivation in this paper is to address the optimization problem of commonly used saturating activation functions that are used with the recurrent neural networks. Our approach enables us to use piece-wise linear activation functions on the gated recurrent neural network models. We show improvements in a wide range of tasks without doing any extensive hyperparameter search by a drop-in replacement. We also show that annealing the noise of the activation function can have a profound continuation-like effect on the optimization of the network

Automated Intruder Detection from Image Sequences using Minimum Volume Sets

We propose a new algorithm based on machine learning techniques for automatic intruder detection in surveillance networks.  The algorithm is theoretically founded on the concept of minimum volume sets.  Through application to image sequences from two different scenarios and comparison with some existing algorithms, we show that it is possible for our proposed algorithm to easily obtain high detection accuracy with low false alarm rates

Beyond Quantity: Research with Subsymbolic AI

How do artificial neural networks and other forms of artificial intelligence interfere with methods and practices in the sciences? Which interdisciplinary epistemological challenges arise when we think about the use of AI beyond its dependency on big data? Not only the natural sciences, but also the social sciences and the humanities seem to be increasingly affected by current approaches of subsymbolic AI, which master problems of quality (fuzziness, uncertainty) in a hitherto unknown way. But what are the conditions, implications, and effects of these (potential) epistemic transformations and how must research on AI be configured to address them adequately