Trends in life science grid: from computing grid to knowledge grid

BACKGROUND: Grid computing has great potential to become a standard cyberinfrastructure for life sciences which often require high-performance computing and large data handling which exceeds the computing capacity of a single institution. RESULTS: This survey reviews the latest grid technologies from the viewpoints of computing grid, data grid and knowledge grid. Computing grid technologies have been matured enough to solve high-throughput real-world life scientific problems. Data grid technologies are strong candidates for realizing "resourceome" for bioinformatics. Knowledge grids should be designed not only from sharing explicit knowledge on computers but also from community formulation for sharing tacit knowledge among a community. CONCLUSION: Extending the concept of grid from computing grid to knowledge grid, it is possible to make use of a grid as not only sharable computing resources, but also as time and place in which people work together, create knowledge, and share knowledge and experiences in a community

A linkable identity privacy algorithm for healthgrid

The issues of confidentiality and privacy have become increasingly important as Grid technology is being adopted in public sectors such as healthcare. This paper discusses the importance of protecting the confidentiality and privacy of patient health/medical records, and the challenges exhibited in enforcing this protection in a Grid environment. It proposes a novel algorithm to allow traceable/linkable identity privacy in dealing with de-identified medical records. Using the algorithm, de-identified health records associated to the same patient but generated by different healthcare providers are given different pseudonyms. However, these pseudonymised records of the same patient can still be linked by a trusted entity such as the NHS trust or HealthGrid manager. The paper has also recommended a security architecture that integrates the proposed algorithm with other data security measures needed to achieve the desired security and privacy in the HealthGrid context

Diseño y desarrollo de una arquitectura software genérica orientada a servicios para la construcción de un middleware grid orientado a la gestión y proceso seguro de información en formato DICOM sobre un marco ontológico

Una de las áreas que más se ha beneficiado del soporte digital es la imagen médica, reforzada por la aparición del estándar Digital Imaging and Communication in Medicine (DICOM), evolucionado a lo largo de los años para soportar no sólo imágenes médicas sino otros tipos de información médica como videos, señales e incluso informes estructurados (DICOM-SR). Con la aparición de DICOM, se ha conseguido la integración de dispositivos de adquisición, visualización, impresión y almacenamiento de imágenes médicas de diferentes fabricantes, al ser este un estándar utilizado por todas las compañias proveedoras. En la actualidad, los sistemas que trabajan con imagen médica digital, como PACS, RIS y HIS permiten integrar los datos a nivel departamental y hospitalario, existiendo soluciones comerciales muy efectivas. En estos sistemas, la seguridad de usuarios y datos se gestiona en un único dominio administrativo restringido. A consecuencia de su uso en producción en la práctica clínica, existe en la actualidad una gran cantidad de información en formato DICOM cuya utilización se restringe generalmente al tratamiento de los pacientes individuales. Sin embargo, la investigación médica requiere consolidar información multicéntrica para la extracción de patrones y la validación de técnicas y diagnósticos, realizándose esta actividad de forma manual y sin herramientas especiales. En la presente tesis se plantea como objetivo general la definición de una Arquitectura Orientada a Servicios (SOA) y la implementación de un Middleware Grid basado en esta arquitectura, cuya principal función será la gestión, integración y proceso de información en formato DICOM almacenada de forma distribuida en diferentes dominios administrativos, de forma segura y estructurada semánticamente mediante la definición de ontologías médicas basadas en el informe estructurado y los estudios DICOM. Este middleware, proporciona a los desarrolladores un interfaz de alto nivel orientado a objetos que permite aumentar la productividad en el desarrollo de aplicaciones en diferentes ámbitos médicos. Las aportaciones más destacables de esta tesis son las siguientes: " Diseño de una Arquitectura Grid de propósito general para virtualizar el almacenamiento distribuido y proceso de datos en formato DICOM, basada en Web Services Resorce Framework (WSRF), frente a otras arquitecturas existentes que no utilizan estándares. " Desarrollo de un modelo para la indexación y estructuración de datos DICOM basado en ontologías médicas obtenidas a partir de informes radiológicos, frente a los modelos convencionales basados en nombres identificadores y metadata básica. " Diseño e implementación de un sistema de autorización que estructura los permisos de los miembros de las organizaciones virtuales a partir de ontologías médicas. " Implementación de una plataforma y de los objetos de alto nivel necesarios, junto con diversas aplicaciones para la asistencia en la investigación en Diagnóstico por Imagen.Segrelles Quilis, JD. (2008). Diseño y desarrollo de una arquitectura software genérica orientada a servicios para la construcción de un middleware grid orientado a la gestión y proceso seguro de información en formato DICOM sobre un marco ontológico [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/1973Palanci

A Dementia Care Mapping (DCM) data warehouse as a resource for improving the quality of dementia care. Exploring requirements for secondary use of DCM data using a user-driven approach and discussing their implications for a data warehouse

The secondary use of Dementia Care Mapping (DCM) data, if that data were held in a data warehouse, could contribute to global efforts in monitoring and improving dementia care quality. This qualitative study identifies requirements for the secondary use of DCM data within a data warehouse using a user-driven approach. The thesis critically analyses various technical methodologies and then argues the use and further demonstrates the applicability of a modified grounded theory as a user-driven methodology for a data warehouse. Interviews were conducted with 29 DCM researchers, trainers and practitioners in three phases. 19 interviews were face to face with the others on Skype and telephone with an average length of individual interview 45-60 minutes. The interview data was systematically analysed using open, axial and selective coding techniques and constant comparison methods. The study data highlighted benchmarking, mappers’ support and research as three perceived potential secondary uses of DCM data within a data warehouse. DCM researchers identified concerns regarding the quality and security of DCM data for secondary uses, which led to identifying the requirements for additional provenance, ethical and contextual data to be included in a warehouse alongside DCM data to meet requirements for secondary uses of this data for research. The study data was also used to extrapolate three main factors such as an individual mapper, the organization and an electronic data management that can influence the quality and availability of DCM data for secondary uses. The study makes further recommendations for designing a future DCM data warehouse