Datenbankenunterstützung für das Protein-Protein-Docking: ein effizienter und robuster Feature-Index

In der vorliegenden Arbeit schlagen wir eine Architektur für ein Dockingsystem vor, das zu einem gegebenen Anfrageprotein alle möglichen Dockingpartner und deren zugehörige Konstellationen in einer Proteindatenbank sucht. Die einzelnen Filter- und Bewertungsschritte dieses Dockingsystems sollen durch den Einsatz räumlicher Zugriffsstrukturen unterstützt werden. Hier behandeln wir insbesondere die Verwendung eines effizienten und robusten Feature-Index. Dieser dient dazu, aus dem Raum aller möglichen Konstellationen von Partnerproteinen aus der Datenbank gute Kandidatenvorschläge zu ermitteln. Dazu werden im Vorfeld die Proteinoberflächen regionalisiert, in einem k-dimensionalen Raum von Kennzahlen beschrieben und in einer k-dimensionalen räumlichen Indexstruktur verwaltet. Für die Docking-Suche wird das Anfrageprotein analog regionalisiert, und zusätzlich werden seine Kennzahlen komplementiert, so daß zum Komplement ähnliche Regionen als mögliche Docking-Stellen im Index gefunden werden können. In den nachfolgenden Filterschritten des Dockingsystems wird unter anderem das räumliche Passen genauer überprüft

Gleichstellungs-News : Nr. 14

Many embedded systems with real-time requirements demand minimal jitter and low communication end-to-end latency for its communication networks. The time-triggered paradigm, adopted by many real-time protocols, was designed to cope with these demands. A cost-efficient way to implement this paradigm is to synthesize a static schedule that indicates the transmission times of all the time-triggered frames such that all requirements are met. Synthesizing this schedule can be seen as a bin-packing problem, known to be NPcomplete, with complexity driven by the number of frames. In the last years, requirements on the amount of data being transmitted and the scalability of the network have increased. A solution was proposed, adapting real-time switched Ethernet to benefit from its high bandwidth. However, it added more complexity in computing the schedule, since every frame is distributed over multiple links. Tools like Satisfiability Modulo Theory solvers were able to cope with the added complexity and synthesize schedules of industrial size networks. Despite the success of such tools, applications are appearing requiring embedded systems with even more complex networks. In the future, real-time embedded systems, such as large factory automation or smart cities, will need extremely large hybrid networks, combining wired and wireless communication, with schedules that cannot be synthesized with current tools in a reasonable amount of time. With this in mind, the first thesis goal is to identify the performance limits of Satisfiability Modulo Theory solvers in schedule synthesis. Given these limitations, the next step is to define and develop a divide and conquer approach for decomposing the entire scheduling problem in smaller and easy solvable subproblems. However, there are constraints that relate frames from different subproblems. These constraints need to be treated differently and taken into account at the start of every subproblem. The third thesis goal is to develop an approach that is able to synthesize schedules when different frame constraints related to different subproblems are inter-dependent. Last, is to define the requirements that the integration of wireless communication in hybrid networks will bring to the schedule synthesis and how to cope with the increased complexity. We demonstrate the viability of our approaches by means of evaluations, showing that our method is capable to synthesize schedules of hundred of thousands of frames in less than 5 hours.RetNe

Bericht des Rektoratskollegiums der Universität Leipzig

...:Universitätsentwicklung; Akademische Selbstverwaltung; Kuratorium; Lehre und Studium; Forschung; Internationale Zusammenarbeit; Personal; Liegenschaften und bauliche Entwicklung; Museen, Sammlungen, Einrichtungen der Kulturpflege; Universität, Stadt, Region; Öffentlichkeitsarbeit; Haushalt; Vereinigung von Förderern und Freunden der Universität Leipzig; Ehrungen und Auszeichnungen; Chronik; Statisti

Jahresbericht ... / Universität Leipzig

Die Universität Leipzig konnte im Jahr 2016 ihre Position im nationalen und internationalen Vergleich ausbauen und weiter ihren Wachstumskurs verfolgen. Der Studienstandort Leipzig bleibt für junge Menschen sehr attraktiv, wie an den Rekordwerten bei Bewerbungen, Ersteinschreibungen und auch dem hohen Anteil neuer ausländischer Studierender abzulesen ist. Auch die Gesamtzahl der Studierenden ist erneut leicht gestiegen. Mehr als 7000 junge Menschen haben ihr Studium bei uns aufgenommen, mehr als 29 000 Studierende sind eingeschriebe

Elearning as innovation in universities : perspectives for organisational development

In diesem Beitrag wird E-Learning als eine Innovation in der Lehre betrachtet und deutlich gemacht, wie durch Anreizsysteme, Qualifizierung, Beratung und eine Öffnung nach außen externe wie auch interne Erfahrungen und Neuerungen in die Universität Einzug halten können. Mit Hilfe eines Stufenkonzeptes und zentraler und dezentraler Supportstrukturen wurde an einer Universität die Einführung von E-Learning erfolgreich umgesetzt und weiterbegleitet. Dabei wurden auf verschiedenen Ebenen wie z. B. der Fachbereiche, der Lehrenden und auch der Multiplikatoren in den Fachbereichen Vernetzungsinstrumente angewandt. In diesem Zusammenspiel konnte ein deutlicher Anstieg von E-Learning erreicht werden.This article focusses on the imnplementation of an organisational development process that was based on a combination of a reward system, community building, qualification, consulting, and support structures. The process operated on different levels, such as teachers, departments, key players, and central support centers. The focus of the process was the implementation of elearning at a university. One part of the process was an intensive community building, designed to make experiences available in the network and to create a learning environment. In this way, elearning has been successfully implemented across the university, and the number of elearning applications in the various departments has increased over the years