Proteomics of body fluids

In this thesis we present newly developed methods for biomarker discovery. We applied these methods to discover biomarkers of leptomeningeal metastasis (LM) in the cerebrospinal fluid (CSF) from breast cancer patients and in serum from patients with prostate cancer. Early diagnosis of LM remains challenging because 25% of CSF samples test false negative at first cytological examination. In addition, the sensitivity and specificity of magnetic resonance imaging (MRI) in diagnosing LM in solid tumors are approximately 75%. Early diagnosis and initiation of treatment of LM are essential to prevent neurological deterioration. We therefore set out to find biomarkers to increase the accuracy of early diagnostic testing in LM. For prostate cancer a biomarker in the form of prostate specific antigen (PSA) is available. The specificity of this marker is however rather poor, in screening studies like the European Randomized study of Screening for Prostate Cancer (ERSPC) 75% of men with an elevated PSA level > 3 ng/ml are false positive. Resulting in a group of men that undergo unnecessary treatment with a risk of complications including impotence and incontinence. New markers in addition to PSA could help to reduce the large number of false positive diagnosed patients and to predict the course of the disease

Conceptualisatie en parameterisatie van landgebruik, bodem, beregening en buisdrainage in het NHI

Bij de modellering van de hydrologie van de bodem en het landgebruik in het NHI (Nationaal Hydrologisch Instrumentarium) is voortgebouwd op de hydrologie voor STONE 2.3. Bij STONE is Nederland landsdekkend gemodelleerd met behulp van een beperkt aantal (6405) plots. Een plot is een unieke combinatie van gewastypen, en geclassificeerde hydrologische eigenschappen en bodemchemische eigenschappen. Bij het bouwen van het NHI is deze piotbenadering verlaten. Dit betekent dat voor elke gridcel van 250 bij 250 m een model moet worden gebouwd van het gewas-onverzadigde zone deelsysteem.Daarbij is gebruik gemaakt van de modelcode metaSWAP, de onverzadigde zone module van SIMGRO. In dit artikel wordt zowel de conceptualisatie als de bijbehorende parametrisatie en de daarvoor gebruikte bestanden in meer detail beschreve

Succesfactoren kleinschalige bioraffinage : tussentijdse rapportage 2014

Economies of scale zijn een belangrijke belemmering voor de implementatie van kleinschalige processen. Dit wordt bijvoorbeeld geïllustreerd met schaalfactoren voor apparatuur en menskracht. Als er echter naar hele ketens wordt gekeken, zijn er wel duidelijke situaties waarin kleinschaligheid voordelen biedt. Dit wordt in dit rapport geïllustreerd aan de hand van voorbeeldcases, zowel uit de literatuur of aan de hand van informatie binnen de “PPS Kleinschalige Bioraffinage”

De ruimtelijke metamorfose van Schiphol: van polderdorp naar nevelstad

De geschiedschrijving van vliegvelden en hun metamorfose in metropolitaanse gebieden is onlosmakelijk verbonden met processen van verstedelijking, decentralisatie, economische groei en de ruimtelijke aanwas van steden, buitenwijken en regio’s. Die processen worden niet door enig ontwerp gestuurd, maar door veranderingen in grond-en gebouwengebruik en bewegingen van mensen, goederen, kapitaal, diensten, informatie en de infrastructurele netwerken die de wonende en werkende mens in beweging brengen. Het gaat daarbij om functionele patronen in de bewegingen en transacties die op hun beurt weer invloed hebben op de ruimtelijke structuren, dat wil zeggen de fysieke verschijningsvorm die dergelijke activiteiten ter plekke produceren. In dit (hoofd)stuk willen we inzichtelijk maken hoe de groeistuipen van Schiphol eraan hebben bijgedragen dat het noordwestelijke deel van de Randstad is uitgegroeid tot een bijzonder metropolitaans gebied met een eigen stedelijke structuur en cultuur. Dat verschijnsel hebben we nevelstad genoemd. Hier analyseren we vooral de groeiprocessen zoals die hebben plaatsgevonden in de regio rond Schiphol: in Amsterdam en de Haarlemmermeer. Hier ontstond een verneveling die zich vanaf de jaren zestig over het westen van Nederland snel heeft uitgebreid, tot aan de Brabantse stedenrij toe