Molecular characterization of a new trichovirus from peach in Mexico

[EN] The complete genome sequence of a trichovirus was obtained from peach samples collected from Mexico and found to be 7985 nucleotides long, excluding the poly(A) tail. Phylogenetic analysis using the complete nucleotide sequence revealed that the virus is a member of the genus Trichovirus and is closely related to peach mosaic virus (PcMV) and cherry mottle leaf virus (CMLV). The highest nucleotide sequence identity was 70% to both PcMV and CMLV, indicating that this virus, which we have tentatively named "peach virus M" (PeVM) should be considered a member of a new trichovirus species. We determined, for the first time, the initiation sites of the subgenomic RNAs (sgRNA) of a trichovirus. The sgRNAs for the movement and coat proteins started with the sequence 'GAA', while the smallest one, coding for the nucleotide-binding protein, started with the nucleotides 'GU'. In all cases, the sgRNAs leader ranged between 113 and 121 nt in length.This work was supported by Grant BIO2017-88321-R from the Spanish Direccion General de Investigacion Cientifica y Tecnica (DGICYT) and the Prometeo Program GV2015/010 from the Generalitat Valenciana.De La Torre-Almaráz, R.; Pallás Benet, V.; Sanchez Navarro, JA. (2019). Molecular characterization of a new trichovirus from peach in Mexico. Archives of Virology. 164(10):2617-2620. https://doi.org/10.1007/s00705-019-04358-yS2617262016410Adams MJ, Candresse T, Hammond J, Kreuze JF, Martelli GP, Namba S, Pearson MN, Ryu KH, Saldarelli P, Yoshikawa N (2012) Family Betaflexiviridae. In: King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (eds) Virus taxonomy. Elsevier, San Diego, pp 920–941De La Torre-Almaraz R, Pallas V, Sanchez-Navarro JA (2015) First report of peach latent mosaic viroid in peach trees from Mexico. Plant Dis 99:899James D, Varga A, Croft H, Rast H, Thompson D, Hayes S (2006) Molecular characterization, phylogenetic relationships, and specific detection of Peach mosaic virus. Phytopathology 96:137–144Kumar S, Stecher G, Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol Biol Evol 33:1870–1874Cambra M, Flores R, Pallas V, Gentit P, Candresse T (2008) Viruses and viroids. In: Layne DR, Bassi D (eds) The peach: botany, production and uses. CAB International, Wallingford, pp 435–466Maree HJ, Gardner HF, Freeborough MJ, Burger JT (2010) Mapping of the 5’ terminal nucleotides of Grapevine leafroll-associated virus 3 sgRNAs. Virus Res 151:252–255Sanchez-Navarro JA, Pallas V (1994) Nucleotide-sequence of apple mosaic ilarvirus Rna-4. J Gen Virol 75:1441–1445Sanchez-Navarro JA, Aparicio F, Herranz MC, Minafra A, Myrta A, Pallas V (2005) Simultaneous detection and identification of eight stone fruit viruses by one-step RT-PCR. Eur J Plant Pathol 111:77–84Sztuba-Solińska J, Stollar V, Bujarski JJ (2011) Subgenomic messenger RNAs: Mastering regulation of (+)-strand RNA virus life cycle. Virology 412:245–255Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22:4673–4680Vives MC, Galipienso L, Navarro L, Moreno P, Guerri J (2002) Characterization of two kinds of subgenomic RNAs produced by citrus leaf blotch virus. Virology 295:328–33

Caracterización de un nuevo geminivirus asociado con los síntomas de moteado amarillo de la okra (Abelmoschus esculentus) en México

En 2000 y 2001, en campos de producción de okra (Abelmoschus esculentus (L.) Moench) en los Estados de Guerrero y Morelos, se observó una enfermedad que causa un rayado amarillo y distorsión severa del fruto, moteado y mosaico amarillo brillante, distorsión y reducción del tamaño de hojas. En algunas ocasiones y en pocas plantas de okra con síntomas, se logró identificar variantes de los virus AMV, TBSV, INSV y a un potyvirus desconocido, por transmisión mecánica en plantas indicadoras y diferenciales, así como por ensayos serológicos ELISA. Sin embargo, ninguno de ellos causó síntomas visibles en plantas de okra sanas en pruebas de transmisión mecánica, sugiriendo que estos virus de ARN no son responsables de la sintomatología observada en campo. El injerto de plantas de okra enfermas a plantas sanas, causó síntomas de rayado en fruto y moteado foliar, confirmando la presencia de un agente patogénico no transmisible de manera mecánica pero sí por injerto. El injerto de segmentos de plantas de Datura stramonium y Capsicum annuum previamente inoculadas por biobalística, utilizando ADN total procedente de plantas de okra enfermas, causó rayado y moteado amarillo en plantas de okra sanas sugiriendo la presencia de un virus de ADN. El análisis de hibridación tipo Dot blot, usando una sonda general (gen de la proteína de la cápside del Pepper huasteco virus) y el ensayo de PCR (utilizando oligonucleótidos degenerados para amplificar el gen de la proteína de la cápside), confirmaron la presencia de un geminivirus en todas las plantas de okra con los síntomas de moteado amarillo procedentes de campo y de las injertadas en el invernadero. Un fragmento de ADN viral de 632 bp, obtenido de los ensayos de la PCR, fue clonado y secuenciado (Número de acceso AF349113). El análisis de la secuencia sugiere que este virus es un nuevo begomovirus que muestra relaciones filogenéticas con el Squash leaf curl virus y el Sida golden mosaic virus. Se sugiere el nombre de Okra yellow mottle virus (OYMV) para este patógeno

Caracterización biológica de un geminivirus asociado con el mosaico amarillo del abutilon (abutilon x hybridum hort. ex. voss. malvacea) en méxico

Se observaron plantas de abutilón (Abutilon x hybridum Hort. Ex. Voss. Malvacea) cultivadas en jardines públicos en el sur de la Ciudad de México, con una enfermedad de origen desconocido que induce síntomas de mosaico de color amarillo brillante, deformación y reducción de la lámina foliar, con pérdida severa de la coloración de las flores. Por la carencia de información sobre esta enfermedad en el abutilón y por el posible riesgo que representa para otras especies de plantas ornamentales en México, los objetivos fueron determinar la etiología y las características biológicas del patógeno asociado con el mosaico amarillo del abutilón. Se separó a un virus en plantas de abutilón con los síntomas descritos, que se transmitió experimentalmente por injerto, biobalística y por mosca blanca (Bemisia tabaci G.), pero no mecánicamente, a plantas indicadoras. La caracterización molecular demostró que éste virus era el Abutilon mosaic virus (AbMV), geminivirus perteneciente al género Begomovirus (Familia Geminiviridae). El análisis comparativo de las secuencias parciales de los componentes (Número de acceso AY311783) y B (Número de acceso AY311784) del AbMV de México con las disponibles en el Genebank, indicó una similitud de 92% con una variante del AbMV de Hawaii para el componente A y una similitud de 100% con el Sida yellow vein virus de Honduras para el componente B. El análisis comparativo de la secuencia de aminoácidos del gen de la proteína de la cápside permitió reconocer sólo dos mutaciones en el AbMV de México, de las cinco presentes en la variante de AbMV-Hawaii, relacionada con la no transmisión por mosca blanca de este geminivirus, lo que sugiere que el AbMV-México podría ser una variante del virus mosaico del abutilón no reportada previamente. Este parece ser el primer reporte de un geminivirus en abutilón en México