Variabilitat genètica i estructura poblacional en tres espècies de la família Scombridae, Sarda sarda, Thunnus alalunga i Thunnus thynnus, basada en la regió control del DNA mitocondrial

Aquest treball es centra en el coneixement de l'estructura poblacional de tres espècies piscícoles de la família Scombridae, el bonítol (Sarda sarda), la bacora (Thunnus alalunga) i la tonyina (Thunnus thynnus) en la seva distribució de l'atlàntic i el mediterrani.This work focuses on understanding the population structure of three fish species of the family Scombridae, bonito (Sarda sarda), the figs (Thunnus alalunga) and bluefin tuna (Thunnus thynnus) distribution in the Atlantic and the Mediterranean

A Validated Methodology for Genetic Identification of Tuna Species (Genus Thunnus)

Tuna species of the genus Thunnus, such as the bluefin tunas, are some of the most important and yet most endangered trade fish in the world. Identification of these species in traded forms, however, may be difficult depending on the presentation of the products, which may hamper conservation efforts on trade control. In this paper, we validated a genetic methodology that can fully distinguish between the eight Thunnus species from any kind of processed tissue. Methodology: After testing several genetic markers, a complete discrimination of the eight tuna species was achieved using Forensically Informative Nucleotide Sequencing based primarily on the sequence variability of the hypervariable genetic marker mitochondrial DNA control region (mtDNA CR), followed, in some specific cases, by a second validation by a nuclear marker rDNA first internal transcribed spacer (ITS1). This methodology was able to distinguish all tuna species, including those belonging to the subgenus Neothunnus that are very closely related, and in consequence can not be differentiated with other genetic markers of lower variability. This methodology also took into consideration the presence of introgression that has been reported in past studies between T. thynnus, T. orientalis and T. alalunga. Finally, we applied the methodology to cross-check the species identity of 26 processed tuna samples. Conclusions: Using the combination of two genetic markers, one mitochondrial and another nuclear, allows a full discrimination between all eight tuna species. Unexpectedly, the genetic marker traditionally used for DNA barcoding, cytochrome oxidase 1, could not differentiate all species, thus its use as a genetic marker for tuna species identification is questione

Genetic support for the morphological identification of larvae of Myctophidae, Gonostomatidae, Sternoptychidae and Phosichthyidae (Pisces) from the western Mediterranean = Apoyo genético para la identificación morfológica de las larvas de Myctophidae, Gonostomatidae, Sternoptychidae y Phosichthyidae (Pisces) del Mediterráneo Occidental

Mesopelagic fishes experience an extreme body transformation from larvae to adults. The identification of the larval stages of fishes from the two orders Myctophiformes and Stomiiformes is currently based on the comparison of morphological, pigmentary and meristic characteristics of different developmental stages. However, no molecular evidence to confirm the identity of the larvae of these mesopelagic species is available so far. Since DNA barcoding emerged as an accurate procedure for species discrimination and larval identification, we have used the cytochrome c oxidase 1 or the mitochondrial 12S ribosomal DNA regions to identify larvae and adults of the most frequent and abundant species of myctophiforms (family Myctophidae) and stomiiforms (families Gonostomatidae, Sternoptychidae and Phosichthyidae) from the Mediterranean Sea. The comparisons of sequences from larval and adult stages corroborated the value of the morphological characters that were used for taxonomic classification. The combination of the sequences obtained in this study and those of related species from GenBank was used to discuss the consistency of monophyletic clades for different genera. Pairwise nucleotide distances were notably higher inter- than intraspecifically, and were useful to discern between congeners such as Cyclothone braueri and C. pygmaea, Hygophum benoiti and H. hygomii, Lampanyctus crocodilus and L. pusillus, and Notoscopelus bolini and N. elongatusLos peces mesopelágicos experimentan una transformación radical desde las fases larvarias hasta que alcanzan el estado adulto. La identificación de las fases larvarias de peces procedentes de los órdenes Myctophiformes y Stomiiformes se basa actualmente en la comparación de caracteres morfológicos, de pigmentación y merísticos entre diferentes estados de desarrollo. El objetivo de este estudio consistió en demostrar la existencia de evidencias genéticas que confirmen la identificación correcta de las larvas de estas especies de peces mesopelágicos en base a la clásica clasificación morfológica. Las regiones de ADN mitocondrial correspondientes al gen citocromo oxidasa 1, o alternativamente, el gen que codifica la subunidad 12S del rARN, fueron secuenciadas parcialmente, tras lo cual se aplicó el procedimiento “DNA barcoding” para la identificación de larvas y adultos de las especies más abundantes y frecuentes de Myctophiformes (Familia Myctophidae) y Stomiiformes (Familia Gonostomatidae, Sternoptichydae y Phosychthiydae) del Mediterráneo. Las comparaciones por pares de las secuencias de larvas y adultos corroboraron el valor de los caracteres morfológicos utilizados en las clasificaciones taxonómicas. Dichas secuencias en combinación con otras secuencias de las mismas especies, o géneros, obtenidas a partir de GenkBank, permitieron discutir la solidez de grupos monofiléticos para diversos géneros. Las distancias nucleotídicas entre pares de secuencias fueron considerablemente superiores a nivel interespecífico que intraspecífico, y permitieron discernir entre congéneres tales como Cyclothone braueri y C. pygmaea, Hygophum benoiti e H. hygomii, Lampanyctus crocodilus y L. pusillus, y Notoscopelus bolini y N. elongatu

Loss of genetic variability in a hatchery strain of Senegalese sole (Solea senegalensis) revealed by sequence data of the mitochondrial DNA control region and microsatellite markers

Comparisons of the levels of genetic variation within and between a hatchery F1 (FAR, n=116) of Senegalese sole, Solea senegalensis, and its wild donor population (ATL, n=26), both native to the SW Atlantic coast of the Iberian peninsula, as well as between the wild donor population and a wild western Mediterranean sample (MED, n=18), were carried out by characterizing 412 base pairs of the nucleotide sequence of the mitochondrial DNA control region I, and six polymorphic microsatellite loci. FAR showed a substantial loss of genetic variability (haplotypic diversity, h=0.49±0.066; nucleotide diversity, π=0.006±0.004; private allelic richness, pAg=0.28) to its donor population ATL (h=0.69±0.114; π=0.009±0.006; pAg=1.21). Pairwise FST values of microsatellite data were highly significant (P<0.0001) between FAR and ATL (0.053) and FAR and MED (0.055). The comparison of wild samples revealed higher values of genetic variability in MED than in ATL, but only with mtDNA CR-I sequence data (h=0.948±0.033; π=0.030±0.016). However, pairwise ΦST and FST values between ATL and MED were highly significant (P<0.0001) with mtDNA CR-I (0.228) and with microsatellite data (0.095), respectively. While loss of genetic variability in FAR could be associated with the sampling error when the broodstock was established, the results of parental and sibship inference suggest that most of these losses can be attributed to a high variance in reproductive success among members of the broodstock, particularly among femal

Using Massive Parallel Sequencing for the Development, Validation, and Application of Population Genetics Markers in the Invasive Bivalve Zebra Mussel (Dreissena polymorpha)

The zebra mussel (Dreissena polymorpha, Pallas, 1771) is one of the most invasive species of freshwater bivalves, due to a combination of biological and anthropogenic factors. Once this species has been introduced to a new area, individuals form dense aggregations that are very difficult to remove, leading to many adverse socioeconomic and ecological consequences. In this study, we identified, tested, and validated a new set of polymorphic microsatellite loci (also known as SSRs, Single Sequence Repeats) using a Massive Parallel Sequencing (MPS) platform. After several pruning steps, 93 SSRs could potentially be amplified. Out of these SSRs, 14 were polymorphic, producing a polymorphic yield of 15.05%. These 14 polymorphic microsatellites were fully validated in a first approximation of the genetic population structure of D. polymorpha in the Iberian Peninsula. Based on this polymorphic yield, we propose a criterion for establishing the number of SSRs that require validation in similar species, depending on the final use of the markers. These results could be used to optimize MPS approaches in the development of microsatellites as genetic markers, which would reduce the cost of this proces

Validated methodology for quantifying infestation levels of dreissenid mussels in environmental DNA (eDNA) samples

The zebra mussel (Dreissena polymorpha Pallas, 1771) and the quagga mussel (D. rostriformis Deshayes, 1838) are successful invasive bivalves with substantial ecological and economic impacts in freshwater systems once they become established. Since their eradication is extremely difficult, their detection at an early stage is crucial to prevent spread. In this study, we optimized and validated a qPCR detection method based on the histone H2B gene to quantify combined infestation levels of zebra and quagga mussels in environmental DNA samples. Our results show specific dreissenid DNA present in filtered water samples for which microscopic diagnostic identification for larvae failed. Monitoring a large number of locations for invasive dreissenid species based on a highly specific environmental DNA qPCR assay may prove to be an essential tool for management and control plans focused on prevention of establishment of dreissenid mussels in new locationsWe are indebted to different colleagues for zebra mussel sample collections: Concha Durán (Ebro Hydrografic Confederation, Spain) for the logistic advice; Anna Terrats and Carolina Solà (Catalan Water Agency from the Government of Catalonia, Spain) for the filtered-water environmental samples. We would thank to Mariona Palacios for her collaboration in the analysis into her Final Master Project. This research was carried out within the objectives of the research project CGL200909407 of the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN

Aprenentatge basat en objectius aplicat a un mòdul docent de continguts preclínics del grau de Medicina

L’experiència que es presenta s’ha dut a terme en el mòdul “Morfologia, estructura i funció del cos humà I” de primer curs del Grau de Medicina per tal d’adaptar-se a l’Espai Europeu d’Educació Superior. Particularment es va tenir en compte el fort debat existent en els darrers anys sobre els ensenyaments de pre-grau en àmbits de Ciències de la Salut [1-5] Els objectius principals plantejats en aquest projecte van ser dos: 1) convertir un ensenyament fragmentat de tres matèries afins en un ensenyament integrat i focalitzat per a estudiants de medicina; 2) fer protagonista directe del seu aprenentatge a aquests estudiants procedents d’un ensenyament molt dirigit (ESO i Batxillerat). El mòdul conté coneixements teòrics i pràctics de Biologia Cel·lular, Genètica i Bioquímica, amb la finalitat de donar una visió integrada de l’estructura i funció cel·lular i per tant de l’homeòstasi del cos humà a nivell molecular i cel·lular. La metodologia docent s’ha basat en aprenentatge per objectius. El mòdul s’ha dividit en cinc períodes anomenats Unitats d’Aprenentatge per Objectius (UAOs). S’han dissenyat diferents eines d’ajuda per a aquest autoaprenentatge i a més el seguiment d’aquest procés s’ha realitzat utilitzant diferents tipus de tutories. El contingut del mòdul es completa amb unes sessions pràctiques al laboratori que es fan de forma intensiva amb la finalitat de familiaritzar els estudiants amb les tècniques bàsiques d’un laboratori de recerca biomèdic

Aproximació a la docència de Bioquímica, Biologia Cel·lular i Genètica emprant la metodologia basada en problemes

Publicació que és el resultat d'un grup de docents que, aplicant metodologies d' aprenentatge centrades en l'estudiant, van construir un mòdul per el primer curs de grau de Medicina de la Universitat de Girona. Els estudiants havien d'assolir uns objectius d'aprenentatge que integren coneixements del que tradicionalment han estat les assignatures de Bioquímica, Biologia Molecular, Biologia Cel·lular i Genètica. En aquesta publicació es fan diferents propostes de problemes aplicats a les diferents metodologies docents (Aprenentatge Basat en Problemes, anàlisi de casos i pràctica), de temporalització, d'avaluació i de suport bibliogràfi

Aproximació a la docència de Bioquímica, Biologia Cel·lular i Genètica emprant la metodologia basada en problemes [versió html]

Publicació que és el resultat d'un grup de docents que, aplicant metodologies d' aprenentatge centrades en l'estudiant, van construir un mòdul per el primer curs de grau de Medicina de la Universitat de Girona. Els estudiants havien d'assolir uns objectius d'aprenentatge que integren coneixements del que tradicionalment han estat les assignatures de Bioquímica, Biologia Molecular, Biologia Cel·lular i Genètica. En aquesta publicació es fan diferents propostes de problemes aplicats a les diferents metodologies docents (Aprenentatge Basat en Problemes, anàlisi de casos i pràctica), de temporalització, d'avaluació i de suport bibliogràfi

Aproximació a la docència de Bioquímica, Biologia Cel·lular i Genètica emprant la metodologia basada en problemes

Publicació que és el resultat d'un grup de docents que, aplicant metodologies d' aprenentatge centrades en l'estudiant, van construir un mòdul per el primer curs de grau de Medicina de la Universitat de Girona. Els estudiants havien d'assolir uns objectius d'aprenentatge que integren coneixements del que tradicionalment han estat les assignatures de Bioquímica, Biologia Molecular, Biologia Cel·lular i Genètica. En aquesta publicació es fan diferents propostes de problemes aplicats a les diferents metodologies docents (Aprenentatge Basat en Problemes, anàlisi de casos i pràctica), de temporalització, d'avaluació i de suport bibliogràfi