Differential proteomic analysis of abnormal intramyoplasmic aggregates in desminopathy

Desminopathy is a subtype of myofibrillar myopathy caused by desmin mutations and characterized by protein aggregates accumulating in muscle fibers. The aim of this study was to assess the protein composition of these aggregates. Aggregates and intact myofiber sections were obtained from skeletal muscle biopsies of five desminopathy patients by laser microdissection and analyzed by a label-free spectral count-based proteomic approach. We identified 397 proteins with 22 showing significantly higher spectral indices in aggregates (ratio >1.8, p <0.05). Fifteen of these proteins not previously reported as specific aggregate components provide new insights regarding pathomechanisms of desminopathy. Results of proteomic analysis were supported by immunolocalization studies and parallel reaction monitoring. Three mutant desmin variants were detected directly on the protein level as components of the aggregates, suggesting their direct involvement in aggregate-formation and demonstrating for the first time that proteomic analysis can be used for direct identification of a disease-causing mutation in myofibrillar myopathy. Comparison of the proteomic results in desminopathy with our previous analysis of aggregate composition in filaminopathy, another myofibrillar myopathy subtype, allows to determine subtype-specific proteomic profile that facilitates identification of the specific disorder. Biological significance Our proteomic analysis provides essential new insights in the composition of pathological protein aggregates in skeletal muscle fibers of desminopathy patients. The results contribute to a better understanding of pathomechanisms in myofibrillar myopathies and provide the basis for hypothesis-driven studies. The detection of specific proteomic profiles in different myofibrillar myopathy subtypes indicates that proteomic analysis may become a useful tool in differential diagnosis of protein aggregate myopathies. This article is part of a Special Issue entitled: From Genome to Proteome: Open Innovations. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved

Detecting modification of biomedical events using a deep parsing approach

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>This work describes a system for identifying event mentions in bio-molecular research abstracts that are either speculative (e.g. <it>analysis of IkappaBalpha phosphorylation</it>, where it is not specified whether phosphorylation did or did not occur) or negated (e.g. <it>inhibition of IkappaBalpha phosphorylation</it>, where phosphorylation did <it>not </it>occur). The data comes from a standard dataset created for the BioNLP 2009 Shared Task. The system uses a machine-learning approach, where the features used for classification are a combination of shallow features derived from the words of the sentences and more complex features based on the semantic outputs produced by a deep parser.</p> <p>Method</p> <p>To detect event modification, we use a Maximum Entropy learner with features extracted from the data relative to the trigger words of the events. The shallow features are bag-of-words features based on a small sliding context window of 3-4 tokens on either side of the trigger word. The deep parser features are derived from parses produced by the English Resource Grammar and the <it>RASP </it>parser. The outputs of these parsers are converted into the Minimal Recursion Semantics formalism, and from this, we extract features motivated by linguistics and the data itself. All of these features are combined to create training or test data for the machine learning algorithm.</p> <p>Results</p> <p>Over the test data, our methods produce approximately a 4% absolute increase in F-score for detection of event modification compared to a baseline based only on the shallow bag-of-words features.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our results indicate that grammar-based techniques can enhance the accuracy of methods for detecting event modification.</p

Memorandum zu einem Institut für Evolutionswissenschaft

Die Teilnehmer des multidisziplinären Projekts "Innovative Suchprozesse in der Wissenschaft" im Programmbeirat der Werner Reimers Konferenzen und eingeladene Experten aus weiteren Disziplinen schlagen vor, in Deutschland ein interdisziplinäres Institut für Evolutionswissenschaft einzurichten. Das Institut, das weltweit das erste seiner Art wäre, soll die Grundlagen für eine sich bereits am Horizont abzeichnende allgemeine Wissenschaft der Evolution schaffen, evolutionstheoretische Ansätze aus mehreren Disziplinen miteinander verbinden und neue fachübergreifende Forschung initiieren. Die Entwicklung eines abstrakten Evolutionsbegriffs, der über die Erhaltung, Variation und Verbreitung von Struktur definiert und so spezifizierbar ist, daß er die Fälle von vorkommenden oder möglichen Typen evolutionärer Prozesse charakterisieren und vergleichen kann, erfordert ein längerfristiges enges Zusammenwirken von theoretischer und empirischer sowie von fachübergreifender und einzelwissenschaftlicher Forschung. Auf der Basis des transdisziplinären Evolutionsbegriffs sollen evolutionäre Prozesse in Natur, Gesellschaft und Technik im Vergleich und in ihren Wechselwirkungen erforscht und erklärt werden. Dazu müssen solche Prozesse empirisch untersucht, formal modelliert und exemplarisch auf dem Computer simuliert werden. Die angestrebte wissenschaftliche Fundierung eines allgemeinen Evolutionskonzepts wird die heute noch zu wenig reflektierte Uebernahme von evolutionstheoretischen Konzepten aus der Biologie in die Sozial- und Verhaltenswissenschaften ablösen, bei der diese Konzepte viel zu oft zu Metaphern reduziert werden oder sich als schwer anpaßbar erweisen. Das Ergebnis werden allgemeine Erkenntnisse über das Wesen der Entwicklung hochstrukturierter Systeme sein, aber auch neue Methoden und Erkenntnisse in den Einzelwissenschaften, die adäquatere Beschreibungsmodelle für evolutionäre Prozesse benötigen. Eine bedeutende neue Komponente soll die Erforschung von komplexen Entwicklungsvorgängen sein, in denen sehr unterschiedliche evolutionäre Prozesse aus Natur, Gesellschaft und Technik zusammenwirken, für die es heute noch keinen gemeinsamen Beschreibungsrahmen gibt. Ein erfolgreiches Institut für Evolutionswissenschaften wird wesentlich dazu beitragen, die bestehenden methodologischen und konzeptuellen Barrieren zwischen Natur- und Ingenieurwissenschaften auf der einen und den Geistes- und Sozialwissenschaften auf der anderen Seite abzubauen

The Strategic Impact of META-NET on the Regional, National and International Level

This article provides an overview of the dissemination work carried out in META-NET from 2010 until early 2014; we describe its impact on the regional, national and international level, mainly with regard to politics and the situation of funding for LT topics. This paper documents the initiative’s work throughout Europe in order to boost progress and innovation in our field