The expansion of amino-acid repeats is not associated to adaptive evolution in mammalian genes

BACKGROUND: The expansion of amino acid repeats is determined by a high mutation rate and can be increased or limited by selection. It has been suggested that recent expansions could be associated with the potential of adaptation to new environments. In this work, we quantify the strength of this association, as well as the contribution of potential confounding factors. RESULTS: Mammalian positively selected genes have accumulated more recent amino acid repeats than other mammalian genes. However, we found little support for an accelerated evolutionary rate as the main driver for the expansion of amino acid repeats. The most significant predictors of amino acid repeats are gene function and GC content. There is no correlation with expression level. CONCLUSIONS: Our analyses show that amino acid repeat expansions are causally independent from protein adaptive evolution in mammalian genomes. Relaxed purifying selection or positive selection do not associate with more or more recent amino acid repeats. Their occurrence is slightly favoured by the sequence context but mainly determined by the molecular function of the gene

Formation de NDMA par chloramination de micropolluants

International audienceL'utilisation des chloramines dans les procédés de production d'eau potable permet de limiter la formation de sous-produits de chloration tels que les trihalométhanes (THMs) et les acides haloacétiques (HAAs). Cependant, la chloramination entraîne la formation de N-nitrosamines, en particulier la N-nitrosodiméthylamine (NDMA), un sous-produit de désinfection non halogéné cancérigène pour l'homme. Les mécanismes de formation de la NDMA lors des traitements par chloramination ne sont que partiellement établis. L'étude montre que des composés azotés pouvant être rencontrés dans les eaux naturelles, par exemple des herbicides (diuron, isoproturon) ou des composés pharmaceutiques (ranitidine, mifépristone), peuvent être des précurseurs importants de NDMA. Il apparaît que les quantités importantes de NDMA formées à partir de ces composés (en particulier la ranitidine) ne peuvent pas être expliquées par les mécanismes de formation actuellement disponibles dans la littérature. De nouveaux mécanismes de formation impliquant les caractéristiques structurales des amines tertiaires doivent être envisagés

Comparative analysis of human and mouse expression data illuminates tissue-specific evolutionary patterns of miRNAs

MicroRNAs (miRNAs) constitute an important class of gene regulators. While models have been proposed to explain their appearance and expansion, the validation of these models has been difficult due to the lack of comparative studies. Here, we analyze miRNA evolutionary patterns in two mammals, human and mouse, in relation to the age of miRNA families. In this comparative framework, we confirm some predictions of previously advanced models of miRNA evolution, e.g. that miRNAs arise more frequently de novo than by duplication, or that the number of protein-coding gene targeted by miRNAs decreases with evolutionary time. We also corroborate that miRNAs display an increase in expression level with evolutionary time, however we show that this relation is largely tissue-dependent, and especially low in embryonic or nervous tissues. We identify a bias of tag-sequencing techniques regarding the assessment of breadth of expression, leading us, contrary to predictions, to find more tissue-specific expression of older miRNAs. Together, our results refine the models used so far to depict the evolution of miRNA genes. They underline the role of tissue-specific selective forces on the evolution of miRNAs, as well as the potential co-evolution patterns between miRNAs and the protein-coding genes they targe

The Correlation framework: bridging the gap between modeling and analysis for 3D woven composites

International audienceA large variety of dierent descriptors can be employed for describing 3D woven composites. Each of them is targeted to a specic application, ranging from design, weaving, molding, impregnation down to non-destructive testing, imaging and numerical modeling of the actual micro-structure. In order to relate these dierent representations, it is proposed herewith to rely on the inherent weaving pattern as an intrinsic common feature, and to resort to images as a common language to guaranty the continuity of information. To connect these 3D images (either real or synthesized), Digital Volume Correlation (DVC) is called for in order to exploit the conservation of topology. A complete test scenario is devised in which dierent manufactured woven samples are compared to the theoretical textile arrangement. The results conrm the eectiveness of the method

Conception et validation d’un instrument de mesure de la colonne vertébrale en position assise et modélisation préliminaire du tronc pour la conception de dossiers

À ce jour, les dossiers de fauteuils, qu’ils soient de fauteuils roulants, de transports, d’automobiles ou de bureaux, sont limités à des séries génériques qui ne sont pas adaptées à tous les profils. Ils peuvent alors faire l’objet d’offres sur-mesure certes performantes, mais trop onéreuses pour la population. Dans d’autres domaines de pointe comme la course automobile ou l’aéronautique, les pilotes peuvent être soumis à des forces élevées au dos contre le dossier. Des produits ajustés aux besoins particuliers de ces activités sont pertinents. La conception sur-mesure peut être une solution pour répondre à ces attentes pour les milieux « classiques ». Cependant, elle reste coûteuse et donc moins accessible, et implique des méthodes plus contraignantes telles que le moulage ou l’utilisation de scanner 3D. Ainsi, il existe un besoin de développer une méthode de conception plus accessible grâce à des méthodes et outils de mesures innovants. La création d’un modèle géométrique paramétrable du dos à partir de mesures anthropométriques offrirait une assistance à la conception de dossier que l’on pourrait qualifier de semi-sur-mesure. Un tel modèle ajusté à chaque utilisateur permettrait de lui designer un dossier ajusté ou même lui prescrire un fauteuil approprié. Il est apparu, lors de la définition de la méthode de prise de mesures anthropométriques, qu’il est difficile de relever la courbure du dos d’une personne en position assise. Bien qu’il existe de nombreux outils pour mesurer ou caractériser la courbe de la colonne vertébrale, ceux-ci ne sont pas nécessairement utilisés sur une personne dans une bonne posture assise. Une nouvelle méthode ou un nouvel outil de mesure est nécessaire pour répondre à ce besoin. Ce projet porte donc sur la conception d’un outil de mesure et de positionnement de la colonne vertébrale en position assise. Pour répondre à cette problématique, le premier objectif de ce projet est la réalisation un nouvel outil de mesure : une chaise expérimentale pour installer l’utilisateur dans une bonne posture puis relever la courbure de sa colonne et mesurer son tronc. Le travail de validation de la chaise constitue la majeure partie de cette étude. Ainsi, la validation de la chaise de mesure réside dans sa capacité à positionner et à mesurer la courbe du dos. Notons que les besoins de positionnement varient en fonction du domaine d’étude des essais. La prise en compte de pathologies posturales et de personnes handicapées est écartée pour le moment et l’étude est effectuée sur des sujets sains, soit des membres de l’équipe de recherche, afin de valider la chaise et le modèle sur des cas simples. Enfin, ce projet apportera une avancée dans la modélisation du tronc, dans l’étude du positionnement assis et dans la conception des dossiers et des accessoires d’aides à la posture grâce à un protocole de prise de mesures anthropométriques simples et accessibles. Il permettra de répondre plus aisément aux besoins d’une plus grande population, et ce, dans de nombreux domaines d’application

Benefits of photograph transmission for trauma management in isolated areas: cases from the French tele-medical assistance service

French maritime tele-medical assistance is currently performed by a telephone consultation associated with complementary transmission of data (photographs, electrocardiograms, etc.) over the internet. Five case reports are presented to illustrate how photo transmission is useful to managing initial care and monitoring isolated patients. Case reports included: Case 1: management of a hand burn; Case 2: management of a finger wound; Case 3: management of an ocular foreign body; Case 4: management of a subungual haematoma; Case 5: management of phlegmon. In conclusions, photo transmission improves our practice of maritime tele-medical medicine. New high-definition technologies will help in the development of videoconferences on ships

Modelling of a constructed wetland for pesticide mitigation

10 p.International audienceThe Water Framework Directive and the Ecophyto 2018 plan provides for measures against water chemical pollution. In the agricultural context, pesticide are a real stress for surrounding environment. Measures have been taken to reduce this stress, namely the reduction of chemical application, and the implantation of buffer zones like artificial wetland at the outlet of the agricultural watershed. A PhD thesis has begun in November 2012 on the modelling of the wetland functioning for pesticide mitigation. This work takes place in the team TAPAHS in the unit Hydrosystem and Bioprocesses of the Institute Irstea. The motivation of this work takes birth in the preceding studies of the team on the removal efficiency of a wetland regarding several pesticides. Several tools are yet available to reach our objectives. An experimental site has been instrumented in the city of Rampillon (France) and a state of art is under construction. The bibliography's study focus on two subjects: the tracer experiments and the constructed wetlands models which have been developed. These tools lead to a methodology which we propose to follow for the next steps of the PhD thesis