Quelles améliorations pour les systèmes de culture du sud-ouest malgache ?

Dans le cadre du projet de développement régional du sud-ouest de Madagascar (Pso), plusieurs organismes partenaires associés, français et malgaches, étudient et proposent des améliorations des systèmes de production. Les modalités de la recherche-développement et les implications au niveau de la vulgarisation sont explicitées. Les grandes zones du sud-ouest et le milieu humain, avec de fortes problématiques d'installation de migrants, sont décrites. Une grande partie des systèmes de production sont de type extensif en défriche-brûlis. Les cultures principales sont le maïs, le manioc, le riz, le cotonnier, l'arachide et le pois du Cap. Le climat est la contrainte la plus importante. Les exploitations sont peu équipées en matériel agricole, alors que les contraintes liées à la préparation du sol et à l'installation de la culture sont fortes. Un très faible recours à la fertilisation est observé. Mis à part le coton, les aspects structurels des filières de production, depuis le crédit jusqu'à la commercialisation, sont pratiquement inexistants. En terme d'amélioration technique, des opportunités nouvelles sont testées comme le semis direct dans une couverture végétale permanente. Les propositions du projet, en matière de systèmes de production, doivent aboutir, d'une part, à l'augmentation de la rentabilité de la journée de travail, à la réduction de la pénibilité et au respect des rythmes de trésorerie et d'autoconsommation, et, d'autre part, à une agriculture durable dans un environnement forestier déjà très fragilisé. (Résumé d'auteur

Laboratory methods to improve SELDI peak detection and quantitation

Abstract Background Protein profiling with surface-enhanced laser desorption-ionisation time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS) is a promising approach for biomarker discovery. Some candidate biomarkers have been identified using SELDI-TOF, but validation of these can be challenging because of technical parameters that effect reproducibility. Here we describe steps to improve the reproducibility of peak detection. Methods SELDI-TOF mass spectrometry was performed using a system manufactured by Ciphergen Biosystems along with their ProteinChip System. Serum from 10 donors was pooled and used for all experiments. Serum was fractionated with Expression Difference Mapping kit-Serum Fractionation from the same company and applied to three different ProteinChips. The fractionations were run over a one month period to examine the contribution of sample batch and time to peak detection variability. Spectra were processed and peaks detected using the Ciphergen Express software and variance measured. Results Experimental parameters specific to the serum fraction and ProteinChip, including spot protocols (laser intensity and detector sensitivity) were optimized to decrease peak detection variance. Optimal instrument settings, regular calibration along with controlled sample handling and processing nearly doubled the number of peaks detected and decreased intensity variance. Conclusion This report assesses the variation across fractionated sera processed over a one-month period. The optimizations reported decreased the variance and increased the number of peaks detected.</p

A method for improving SELDI-TOF mass spectrometry data quality

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF MS) is a powerful tool for rapidly generating high-throughput protein profiles from a large number of samples. However, the events that occur between the first and last sample run are likely to introduce technical variation in the results.</p> <p>Methods</p> <p>We fractionated and analyzed quality control and investigational serum samples on 3 Protein Chips and used statistical methods to identify poor-quality spectra and to identify and reduce technical variation.</p> <p>Results</p> <p>Using diagnostic plots, we were able to visually depict all spectra and to identify and remove those that were of poor quality. We detected a technical variation associated with when the samples were run (referred to as batch effect) and corrected for this variation using analysis of variance. These corrections increased the number of peaks that were reproducibly detected.</p> <p>Conclusion</p> <p>By removing poor-quality, outlier spectra, we were able to increase peak detection, and by reducing the variance introduced when samples are processed and analyzed in batches, we were able to increase the reproducibility of peak detection.</p

Innovation et action collective : le semis direct des cultures pluviales au Moyen Sébou (Maroc)

Les exploitations familiales des pays du Sud, au foncier cultivable souvent limité, doivent pouvoir entretenir la fertilité de leurs terres si elles veulent améliorer leur productivité. L'agriculture de conservation et le semis direct sans travail du sol constituent des pratiques pouvant répondre à cet enjeu. Mais on constate qu'elles sont très peu adoptées par ce type d'exploitations. Cet article vise à décrire comment et pourquoi des agriculteurs de la région du Moyen Sébou au Maroc ont pu adopter le semis direct des cultures pluviales. Des entretiens avec les agriculteurs et quelques mesures au champ ont été réalisés. L'analyse du chantier de semis direct montre que l'agriculteur réalise une économie de temps et d'argent pour l'implantation du blé, comparativement au semis après préparation du sol. L'évolution du système de culture en semis direct vers un système d'agriculture de conservation avec couverture du sol est complexe et peu envisageable, du fait des enjeux économiques et sociaux autour de l'usage des résidus de cultures dans les exploitations de polyculture-élevage. Le renforcement de l'action collective apparaît important pour assurer la durabilité de cette expérience (meilleure organisation des chantiers, mise en place d'un suivi-évaluation, collaboration recherche-développement, etc.). (Résumé d'auteur