Évolution de la structure des communautés via l'étude de leurs réseaux trophiques : le cas de l'archipel des Îles Galápagos

La théorie de la biogéographie des îles, initialement élaborée par MacArthur et Wilson (1963), a inspiré plusieurs recherches sur la dynamique des populations et l'assemblage des communautés insulaires. Ce qui a commencé comme une théorie plutôt simple mettant en relation les taux d'immigration, d'extinction et la distance entre les îles et le continent, pour expliquer la richesse spécifique d'une île a rapidement été reprise et extrapolée par certains pour tenter d'obtenir un modèle de macroévolution sur les îles. Toutefois, que ce soit par immigration, par spéciation ou par extinction, le changement de composition des espèces modifie toujours, avec plus ou moins d'impact, l'assemblage des communautés et la distribution des espèces sur le territoire. Lorsqu'on approche l'étude des communautés sous l'angle de leurs réseaux d'interactions, il est intéressant d'observer l'impact que le changement de composition d'espèces peut avoir sur leur structure. Dans ce contexte, mon projet de recherche vise à explorer empiriquement les variations temporelles à grande échelle dans la structure des réseaux d'interactions trophiques. Par son caractère historique riche pour l'étude de l'évolution, l'archipel des Îles Galápagos a été utilisé comme cas de figure puisqu'une documentation importante existe sur les occurrences et la diète des différentes espèces sur chacune des îles. Grâce à ces données, il nous a été possible de reconstruire les réseaux trophiques sur les îles Galápagos pour ensuite les utiliser pour tester empiriquement certaines prédictions quant au signal phylogénétique dans la diète des espèces ainsi qu'au changement de la structure des réseaux d'interactions dans le temps. Nos résultats montrent que des espèces phylogénétiquement proches possèdent aussi des interactions trophiques similaires. Toutefois, nous n'avons pas trouvé de relation entre l'âge des îles et la structure des réseaux trophiques. La variation observée dans la structure de nos réseaux ne semble pas provenir d'une sélection agissant sur la diète des espèces lors de l'assemblage des communautés. Grâce à une approche empirique rarement utilisée pour explorer des questions et hypothèses sur l'évolution des réseaux d'interactions, nous avons montré qu'il existe un signal évolutif dans la diète des vertébrés terrestres des Galápagos, et que les communautés présentes sur les différentes îles de l'archipel semblent être fonctionnellement similaires. Ce projet met donc en évidence l'intérêt d'adopter une approche par réseaux pour comprendre l'évolution des communautés

Safety and efficacy of VRC01 broadly neutralising antibodies in adults with acutely treated HIV (RV397): a phase 2, randomised, double-blind, placebo-controlled trial

Background: HIV-1-specific broadly neutralising antibodies such as VRC01 could promote HIV remission by halting viral replication and clearing infected cells. We investigated whether VRC01 could promote sustained viral control off antiretroviral therapy (ART) in adults who initiated ART during acute HIV infection. Methods: We did a randomised, double-blind, placebo-controlled trial at the Thai Red Cross AIDS Research Centre in Bangkok, Thailand. Eligible participants were aged 20–50 years, had initiated ART during acute infection (ie, Fiebig stages I–III), had been taking ART for more than 24 months, had fewer than 50 HIV-1 RNA copies per mL on three consecutive measurements, had more than 400 CD4 cells per μL, had fewer than ten copies of integrated HIV-1 DNA per 10 6 peripheral blood mononuclear cells, and were in generally good health. Eligible participants were randomly assigned (3:1) based on computer-generated lists with a blocking factor of 4 to receive VRC01 (40 mg/kg) or placebo (saline) intravenously every 3 weeks for up to 24 weeks during analytic interruption of ART, followed by continued observation off all therapies. Randomisation was stratified by Fiebig stage (I vs II vs III) at HIV diagnosis. Participants were monitored closely and resumed ART if 1000 or more HIV-1 RNA copies were detected per mL of plasma. The primary outcomes were the frequency of serious adverse events and the proportion of participants with fewer than 50 HIV-1 RNA copies per mL 24 weeks after treatment interruption. Efficacy analyses included all participants who received at least one full dose of study product, and safety analyses included all participants exposed to any study product. The trial was registered with ClinicalTrials.gov, number NCT02664415. This trial is completed. Findings: Between Aug 8, 2016, and Jan 9, 2017, 19 men were randomly assigned, 14 to the VRC01 group and five to the placebo group. One participant in the VRC01 group received a partial infusion without undergoing treatment interruption. The other 18 participants all received at least one full study infusion and underwent ART interruption. No serious adverse events were reported in either group. Only one participant in the VRC01 group achieved the primary efficacy endpoint of viral suppression 24 weeks after ART interruption. The other 17 restarted ART because of a confirmed recording of 1000 or more HIV-1 RNA copies per mL before 24 weeks. Interpretation: VRC01 monotherapy in individuals who initiated ART during acute HIV infection was well tolerated but did not significantly increase the number of participants with viral suppression 24 weeks after ART interruption. Further development of VRC01 and other immunotherapies for HIV will probably occur as part of combination regimens that include several treatments directed against unique therapeutic targets. Funding: US Department of the Army, US National Institutes of Health, and the Thai Red Cross AIDS Research Centre