Evaluation of a test developed in the laboratory (LDT) for rapid analysis of the change in the number of copies of the HER2 gene in breast cancer

La sobre-expresión del receptor celular HER2 se asocia a procesos tumorales agresivos, de peor pronóstico y con metástasis. Las guias internacionales ASCO y CAP sugieren determinar en todos los carcinomas mamarios invasores y sus metástasis el estado de HER2 por inmunohistoquímica e hibiridación in situ. También es posible utilizar un método validado en laboratorio (Laboratory Developed Test, LDT). Anteriormente, nuestro grupo elaboró un proyecto para el desarrollo de un LTD para determinación de HER2 en muestras de ADN provenientes de cortes de parafina de tumores mamarios. El inicio rápido del tratamiento en ciertos tumores, como ser el inicio de neo-adyuvancia con traztuzumab-pertuzumab en tumores de mama HER2 puede ser fundamental en la respuesta al tratamiento, y así evitar el avance de la enfermedad. Como se explicó anteriormente, las técnicas actuales involucran, en el mejor de los casos, una demora de 2 a 3 semanas para el informe del diagnóstico, ya que los tumores son fijados y parafinados. en el presente proyecto proponemos evaluar el uso de nuestro LDT en muestras de ADN obtenidas de tumores frescos, recién extraídos quirúrgicamente, con el fin de acelerar los tiempos de diagnóstico del estado genómico de HER2. Como contribución innovadora del presente proyecto, esperamos poder determinar la amplificación de HER2 de manera rápida, de 3 a 5 días. Lo que permitirá al oncólogo iniciar de manera temprana el tratamiento. Esto impactará en una mejora en la respuesta y evolución de las pacientes, al tener la posibilidad de someterse al tratamiento casi inmediatamente posterior a la cirugía.The over-expression of the cellular receptor HER2 is associated with aggressive tumor processes, with a poorprognosis and with metastasis. The international guidelines ASCO and CAP suggest determining the status of HER2 in all invading mammary carcinomas and their metastases by immunohistochemistry and in situ hybridization. It is also possible to use a validated laboratory method (Laboratory Developed Test, LDT). Previously, our group developed a project for the development of an LTD for the determination of HER2 in DNA samples from paraffin sections of mammary tumors. The rapid initiation of treatment in certain tumors, such as the initiation of neo-adjuvant treatment with traztuzumab-pertuzumab in breast tumors HER2 can be fundamental in the response to treatment, and thus prevent the progression of the disease. As explained above, the current techniques involve, in the best of cases, a delay of 2 to 3 weeks for the diagnosis report, since the tumors are fixed and paraffinized. In this project we propose to evaluate the use of our LDT in DNA samples obtained from fresh tumors, freshly removed surgically, in order to accelerate the times of diagnosis of the genomic status of HER2. As an innovative contribution of the present project, we hope to be able to determine the amplification of HER2 quickly, from 3 to 5 days. This will allow the oncologist to start treatment early. This will impact on an improvement in the response and evolution of patients, having the possibility of undergoing treatment almost immediately after surgery

Neurofibromatosis type 1: Splicing mutation detected by MLPA and DNA sequencing in Argentina

La neurofibromatosis tipo 1 (NF1) es un desorden genético autosómico dominante, con una prevalenciade 1 en 2500-3000 nacidos vivos. La dificultad diagnóstica se debe al tamaño extenso delgen NF1 con pocos sitios hot-spot, la ausencia de una clara relación genotipo-fenotipo y rasgos clínicos conun espectro muy heterogéneo. Un caso sospechoso de NF1 procedente de la provincia de Jujuy fue analizadopor MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) en nuestro laboratorio. Mujer, adolescente mestiza(Amerindia/Europea), con un osteoma maxilar, lordosis lumbar, neurofibromas cutáneos y manchas café conleche. Por MLPA se detectó una alteración en el exón 13 del gen NF1. Por secuenciación del exón 13 se identificóuna mutación ?missense? en la posición 1466 del ARNm (NM_000267.3:c.1466A>G) que introduce un sitio desplicing aberrante. La patogenicidad de la mutación fue corroborada en la base de datos de variantes clínicasdel National Center for Biotechnology Information. En nuestro conocimiento, este es el primer registro de unamutación NF1 en un paciente proveniente de poblaciones mestizas del Noroeste Argentino. La alteración hasido reportada en individuos de otras poblaciones de origen muy disímil al del caso presentado, como la europea,sugiriendo que el sitio podría considerarse un sitio hot-spot del gen. Donde exista baja disponibilidad dediagnósticos moleculares, como en nuestro caso, se puede aplicar un algoritmo que comience por el estudio delgen NF1 por MLPA, metodología relativamente sencilla y de costo accesible. Con ella se evita enviar muestrasal extranjero para análisis genéticos.Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a dominant autosomic genetic disorder, with a birth incidence of 1 in 2500-3000. Diagnosis is difficult because of the size of gene NF1 that has few hot-spots sites, the absence of a clear genotype-phenotype relation, and a heterogeneous clinical manifestation. A NF1 suspected case from Jujuy province was analyzed by multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA). Mestizo female teenage (Amerindian/European), with a maxilar osteoma, lumbar lordosis, cutaneous neurofibromas and café au lait spots. MLPA detected an alteration in exon 13 of the NF1 gene. By sequencing of exon 13, a missense mutation (NM_000267.3:c.1466A>G) was found which introduces an aberrant splicing site and is registered as pathogenic in the clinical variants database of NCBI. As far as we are aware, this is the first report of a NF1 mutation in mestizo population of Northwest Argentina. 1466A>G has been described before in patients of European origin, suggesting that the affected site could be a hot-spot site of the gene. For countries as Argentina, with limited availability of molecular diagnostic methods, we propose a diagnosis algorithm by starting the mutational analysis of NF1 with MLPA. This methodology is relatively simple and of low cost, avoiding to send samples abroad for genetic analyses.Fil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Cienicas Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Dipierri, Jose Edgardo. Universidad Nacional de Jujuy. Instituto de Biología de la Altura; ArgentinaFil: Roqué, María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Cienicas Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentin

Variation analysis of the number of copies and methylene patterns in region 15q11-q13

La región q11-q13 del cromosoma 15 humano es proclive a sufrir alteraciones genéticas. Algunos genes de la región presentan expresión parental diferencial monoalélica, regulada por imprinting (EI). Errores en la regulación del EI, disomías uniparentales (DSU), así como también el cambio en el número de copias genómicas (CNV) producidos por sitios susceptibles de quiebre cromosómico (BP), producen alteraciones en esta región. Las enfermedades más frecuentes asociadas son el síndrome de Prader-Willi, el síndrome de Angelman y el síndrome de microduplicación 15q11-q13. En el presente trabajo analizamos la región 15q11-q13 por Methyl specific-multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA) en 181 muestras de ADN derivadas a nuestro servicio de análisis genético molecular. En este trabajo mostramos que, de las 181 muestras, 39 presentaron alteraciones detectables por MS-MLPA. El 61.5% (24/39) de esas alteraciones detectadas fueron deleciones, el 5.1% (2/39) duplicaciones y el 33.3%(13/39) DSU/EI. Los CNV fueron 4 veces más frecuentes que las DSU/EI (OR = 4; IC 95%: 1.56-10.25) consistente con la literatura. Entre los CNV, dos casos atípicos permiten postular posibles sitios BP que no han sido informados en la literatura previamente.Hu- man chromosome 15q11-q13 region is prone to suffer genetic alterations. Some genes of this region have a differential monoallelic imprinting-regulated expression pattern. Defects in imprinting regulation (IE), uniparental disomy (UPD) or copy number variation (CNV) due to chromosomal breakpoints (BP) in 15q11-q13 region, are associated with several diseases. The most frequent are Prader-Willi syndrome, Angelman syndrome and 15q11-q13 microduplication syndrome. In this work, we analyzed DNA samples from 181 patients with phenotypes which were compatible with the above-mentioned diseases, using Methyl specific-multiplex ligation-dependent probe amplification (MS-MLPA). We show that, of the 181 samples, 39 presented alterations detectable by MS-MLPA. Of those alterations, 61.5% (24/39) were deletions, 5.1% (2/39) duplications and 33.3% (13/39) UPD/IE. The CNV cases were 4 times more frequent than UPD/IE (OR= 4; IC 95%: 1.56-10.25), consistent with the literature. Among the CNVs, two atypical cases allow to postulate new possible BP sites that have not been reported previously in the literature.Fil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentin

Aberrant DNA methylation in breast cancer cells

The epigenome is regulated by a large number of macromolecular machines that are dynamically involved in various processes, including DNA methylation, histone modification and non-coding RNA signals, all of them working together to regulate the proper expression of the genome. Thus, in contrast with the genome, whose sequence is carefully conserved during cell life, the epigenome is highly dynamic. The epigenomic modifications are acquired during normal cell differentiation, replicated during mitosis and passed to daughter cells. A fundamental epigenetic attribute is that this plasticity occurs in response to environmental signals. It is therefore now accepted that the environment influences modifications in the cellular transcriptome through the epigenome. In developmental and evolutionary terms, the regulation of gene expression through epigenomic modifications is an advantageous shortcut and a highly conserved mechanism. However, it implies an increased risk for misregulation, as, for example, aberrant epigenomic modifications associate with the development of different human diseases, i.e. lupus, asthma, neurological diseases and cancer. Although epigenetic alterations in breast cancer have been deeply studied and discussed in the last decades, apparently contradictory results are yet often observed. Consequently, in this review, we will briefly discuss the latest findings of aberrant DNA methylation in breast tumorigenesis. Emphasis will be given to the discussion of the idea that different environments could explain paradoxical biological and pathobiological behaviors in individual patients and thus should be taken into consideration for the design and implementation of diagnosis, prognosis and predictive biomarkers.Fil: Campoy, Emanuel Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza "Dr. M. Burgos"; ArgentinaFil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza "Dr. M. Burgos"; ArgentinaFil: Urrutia, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza "Dr. M. Burgos"; ArgentinaFil: Branham, Maria Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza "Dr. M. Burgos"; ArgentinaFil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnicas. Centro Cientifico Tecnologico Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza "Dr. M. Burgos"; Argentin

Detection of a Williams Beuren syndrome case by MLPA.

El síndrome de Williams-Beuren (WBS) es un trastorno del desarrollo neurológico que incluye diferentes manifestaciones clínicas como estenosis aórtica supravalvular, lesiones cerebrovasculares, retraso en el crecimiento, rasgos faciales "élficos" y retraso mental. Es causado por una microdeleción heterocigótica de genes contiguos en la banda cromosómica 7q11.23, generando un cambio en el número de copias (CNV) de esta región crítica. Los pacientes presentan una amplia manifestación clínica y variada expresión fenotípica. La confirmación de la sospecha clínica es esencial para el seguimiento clínico del paciente y el asesoramiento genético de la familia. La técnica estándar para la detección de WBS es la hibridización fluorescente in situ. En los últimos años la metodología MLPA (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification) ha sido incorporada a los laboratorios diagnósticos para la detección de CNV relacionados con distintas enfermedades, incluyendo WBS. El objetivo de este trabajo fue confirmar el diagnóstico clínico de WBS en un niño, utilizando la técnica de MLPA. Los ensayos por MLPA permitieron detectar la deleción de los genes CYLN2, FZD9, STX1A, ELN, LIMK1y RFC2. En regiones geográficas donde la determinación por FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) no está disponible para esta enfermedad, la metodología MLPA ha permitido confirmar el diagnóstico clínico y detectar los genes involucrados en la alteración. Hasta nuestro conocimiento no hay otros casos publicados sobre síndrome de WB detectado por la técnica MLPA en la ArgentinaDetection of a Williams Beuren syndrome case by MLPA. Williams-Beuren syndrome (WBS) is a rare developmental disorder characterized by distinctive facial, neurobehavioral, and cardiovas- cular features. WBS is caused by a heterozygous contiguous gene microdeletion of the WBS crítical region on chromosome 7q11.23. Confirmation of clinical suspicion is essential for clinical monitoring of the patient and genetic counseling of the family. Fluorescence in situ hybridization (FISH) is considered the gold standard technique for detecting WBS. Multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) has been introduced into DNA diagnostic laboratories for the detection of copy number variations in several diseases including WBS. The objective of this study was to confirm, by MLPA, the clinical diagnosis of WBS in a pediatric patient. This technique allowed to detect the deletion of CYLN2, FZD9, STX1A, ELN, LIMK1 and RFC2 genes. In geographic regions were the detection by FISH is not available for this disease, the MLPA methodology allowed to confirm the clinic diagnostic of WBS. To our knowledge this is the first report demonstrating the confirmation of WBS by MLPA in Argentina.Fil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Conicet - Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza; Argentina;Fil: Branham, Maria Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Conicet - Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza; Argentina;Fil: Herrero, Gustavo. Pediátrica San Luis Centro Médico Privado; Argentina;Fil: Marsá, Silvana. Pediátrica San Luis Centro Médico Privado; Argentina;Fil: Garro, Fernanda. Pediátrica San Luis Centro Médico Privado; Argentina;Fil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - CONICET - Mendoza. Instituto Histologia y Embriologia de Mendoza; Argentina

PAX6 promoter methylation correlates with MDA-MB-231 cell migration, and expression of MMP2 and MMP9

Objective: Breast cancer is a heterogeneous disease characterized by an accumulation of genetic and epigenetic alterations that lead tumor cells to acquire characteristics like the capacity for invasion and metastasis. Metastasis remains a major challenge in cancer management and understanding of its molecular basis should result in improved prevention, diagnosis, and treatment of breast cancer patients. The aim of this study was to investigate how promoter DNA methylation regulates PAX6 gene expression and influences breast carcinoma cell migration. Methods: PAX6 promoter methylation was detected by Methyl Specific-Multiplex Ligation Probe Amplification (MS-MLPA). Gene expression was evaluated using qRT-PCR, while the effect of PAX6 on migration was ssessed by wound healing assay. In addition, MMP2 and MMP9 genes were studied using different bioinformatic tools. Results: The PAX6 promoter is methylated in breast cancer cell lines and methylation in this region impacts on its expression. Migration assays revealed that PAX6 overexpression promotes cell migration, while PAX6 inhibition decreases it. More importantly, we found that migration is affected by PAX6 methylation status. Employing bioinformatic analysis, binding sites for PAX6 on the regulatory regions of the MMP2 and MMP9 genes were established, PAX6 overexpression increasing MMP2 and MMP9 expression at the mRNA level. Conclusion: Our study provides novel insights into epigenetic events that regulate PAX6 expression and molecular mechanisms by which PAX6 modifies the migration capacity of breast cancer cells.Fil: Urrutia, Guillermo Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Campoy, Emanuel Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Nasif, Daniela Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Branham, Maria Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentin

Epigenetic regulation of ID4 in breast cancer: Tumor suppressor or oncogene?

Background: Inhibitor of differentiation protein 4 (ID4) is a dominant negative regulator of the basic helix-loop-helix (bHLH) family of transcription factors. During tumorigenesis, ID4 may act as a tumor suppressor or as an oncogene in different tumor types. However, the role of ID4 in breast cancer is not clear where both an oncogenic and a tumor suppressor function have been attributed. Here, we hypothesize that ID4 behaves as both, but its role in breast differs according to the estrogen receptor (ER) status of the tumor. Methods: ID4 expression was retrieved from TCGA database using UCSC Xena. Association between overall survival (OS) and ID4 was assessed using Kaplan-Meier plotter. Correlation between methylation and expression was analyzed using the MEXPRESS tool. In vitro experiments involved ectopic expression of ID4 in MCF-7, T47D, and MDA-MB231 breast cancer cell lines. Migration and colony formation capacity were assessed after transfection treatments. Gene expression was analyzed by ddPCR and methylation by MSP, MS-MLPA, or ddMSP. Results: Data mining analysis revealed that ID4 expression is significantly lower in ER+ tumors with respect to ER- tumors or normal tissue. We also demonstrate that ID4 is significantly methylated in ER+ tumors. Kaplan-Meier analysis indicated that low ID4 expression levels were associated with poor overall survival in patients with ER+ tumors. In silico expression analysis indicated that ID4 was associated with the expression of key genes of the ER pathway only in ER+ tumors. In vitro experiments revealed that ID4 overexpression in ER+ cell lines resulted in decreased migration capacity and reduced number of colonies. ID4 overexpression induced a reduction in ER levels in ER+ cell lines, while estrogen deprivation with fulvestrant did not induce changes neither in ID4 methylation nor in ID4 expression. Conclusions: We propose that ID4 is frequently silenced by promoter methylation in ER+ breast cancers and functions as a tumor suppressor gene in these tumors, probably due to its interaction with key genes of the ER pathway. Our present study contributes to the knowledge of the role of ID4 in breast cancer.Fil: Nasif, Daniela Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; ArgentinaFil: Campoy, Emanuel Martin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; ArgentinaFil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; ArgentinaFil: Branham, Richard Lacy. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Urrutia, Guillermo Alejandro. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; ArgentinaFil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; ArgentinaFil: Branham, Maria Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo; Argentin

Maternally inherited Leigh syndrome detected by Multiplex ligation-dependent probe amplification

Leigh syndrome (LS) is a mitochondrial progressive encephalopathy characterized by bilateral symmetric necrotic lesions of the central nervous system. Maternally inherited Leigh Syndrome (MILS) represents 10–20% of LS. Mutations in MT-ATP6 are the most common, being m.8993T > C/G the classical mutations. Molecular diagnosis for mitochondrial diseases is always a challenge and Multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) of mitochondrial DNA can be an initial test for molecular diagnosis, although it is not widely used. We present a MILS patient in which MLPA was able to detect the common m.8993 T > G mutation and serve as a first approach for the definite molecular diagnosis.Fil: Mayorga, Lía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Cueto, Juan Agustin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Correa, Adriana P.. Hospital Pediátrico A. Fleming; ArgentinaFil: Guillamondegui, María J.. Hospital Pediátrico A. Fleming; ArgentinaFil: Loos, Mariana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; ArgentinaFil: Araoz, Verónica H.. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan"; ArgentinaFil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Roqué, María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentin

CDC42 as an epigenetic regulator of ID4 in breast cancer

CDC42 as an epigenetic regulator of ID4 in breast cancerDaniela Nasif, Sergio Laurito, María Roqué and María T. BranhamIHEM, National University of Cuyo, CONICET, Mendoza, Argentina.Introduction: Breast cancer can be classified as luminal A, luminal B, human epidermal growth factor receptor 2 and triple-negative (TN). Clinically, TN subtype has an aggressive nature, higher rates of relapse and shorter overall survival. Inhibitor of differentiation proteins 1, 2, 3 and 4 (ID1?4), are dominant negative regulators of the basic helix-loop helix family of transcription factors. In TN tumors, increased expression of ID4 proteins has been associated with reversion to an embryonic-like state, high rates of proliferation and migration. We have shown that ID4 promoter hypomethylation is associated with TN subtype. Also, that ID4 hypomethylation is associated with BRCAness phenotype and BRCA1 downregulation. Cdc42 is a plasma membrane-associated small GTPase, whose expression is dysregulated in several tumor types. Here we show that the overexpression of CDC42 reduced the aggressive phenotype of the MDA-MB-231 cells through the methylation of ID4 promoter and upregulation of BRCA1. Methods and Results: MDA-MB321 cell lines were transfected with a CDC42-GFP vector. ID4 methylation was measured by droplet digital, MS PCR and MS-MLPA assay. ID4 methylation increased after CDC42 transfection (p<0.05). WB assay revealed that ID4 protein expression decreased significantly after CDC42 transfection and BRCA1 protein expression increased in the CDC42 transfected cells (p<0.05). Given that ID4 increased expression is associated with stem cell phenotype, we evaluated the expression of the breast cancer stem cell marker EPCAM in CDC42 transfected cells. WB assay revealed that EPCAM expression decreased in CDC42 treated cells. To understand CDC42-driven transcriptional regulation we used RNAseq data from TCGA. Unsupervised hierarchical clustering analysis revealed that CDC42 expression clusters with: MBD2, CASP7, STAT1, BMT1, YY1, CTNNB1, ZBTB33, STAT3 and BRCA1. Enrichment Analysis identified the GO terms: repressing of transcription binding and methyl CpG binding (p<0.0001). Conclusion CDC42 activates an epigenetic signaling pathway that induces ID4 methylation in MDA-MB231 cell lines.Fil: Nasif, Daniela Lucía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Laurito, Sergio Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Roque Moreno, Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; ArgentinaFil: Branham, Maria Teresita. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mendoza. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos. Universidad Nacional de Cuyo. Facultad de Ciencias Médicas. Instituto de Histología y Embriología de Mendoza Dr. Mario H. Burgos; Argentina48th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular BiologyAguas de LindoiaBrasilSociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecula