Detection, characterization and regulation of antisense transcripts in HIV-1

© 2007 Landry et al; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Licens

HTLV-I antisense transcripts initiating in the 3'LTR are alternatively spliced and polyadenylated

BACKGROUND: Antisense transcription in retroviruses has been suggested for both HIV-1 and HTLV-I, although the existence and coding potential of these transcripts remain controversial. Thorough characterization is required to demonstrate the existence of these transcripts and gain insight into their role in retrovirus biology. RESULTS: This report provides the first complete characterization of an antisense retroviral transcript that encodes the previously described HTLV-I HBZ protein. In this study, we show that HBZ-encoding transcripts initiate in the 3' long terminal repeat (LTR) at several positions and consist of two alternatively spliced variants (SP1 and SP2). Expression of the most abundant HBZ spliced variant (SP1) could be detected in different HTLV-I-infected cell lines and importantly in cellular clones isolated from HTLV-I-infected patients. Polyadenylation of HBZ RNA occurred at a distance of 1450 nucleotides downstream of the HBZ stop codon in close proximity of a typical polyA signal. We have also determined that translation mostly initiates from the first exon located in the 3' LTR and that the HBZ isoform produced from the SP1 spliced variant demonstrated inhibition of Tax and c-Jun-dependent transcriptional activation. CONCLUSION: These results conclusively demonstrate the existence of antisense transcription in retroviruses, which likely plays a role in HTLV-I-associated pathogenesis through HBZ protein synthesis

Les notions de partenariat et de collaboration induisent-elles un nouveau mode de recherche entre l’université et le milieu ?

Afin de savoir si les notions de partenariat et de collaboration induisent un nouveau mode de recherche entre l’université et le milieu, nous examinons d’abord le sens et les applications que prennent ces notions, particulièrement dans le champ de l’éducation. Nous esquissons ensuite un modèle théorique d’analyse de la dynamique des éléments soulevés par la recherche en partenariat en éducation qui s’intéresse à l’organisation sociale de la production de connaissances; ceci nous mène à un essai de définition de la recherche en partenariat en éducation. Notre analyse montre que les rapports université-milieu et la recherche en partenariat ne sont pas des phénomènes nouveaux. Toutefois, la réforme de la formation des maîtres placée sous l’étiquette de la professionnalisation et du partenariat, augmente les fréquences et l’intensité des rapports université-milieu en formalisant et en institutionnalisant les collaborations qui engagent impérativement les acteurs dans un processus d’interdépendance et de métissage de leur identité.In order to find out whether the concepts of partnership and collaboration are yielding a new mode of research by the university and its setting, this article first examines the meanings and applications of these concepts, specifically in the field of education. Next it presents a theoretical model for analyzing the dynamic of the issues raised by research-in-partnership in education that focusses on the social organization of knowledge production. This in turn leads to a tentative definition of research-in-partnership in education. The analysis presented here shows that the university-setting relationship and research-in-partnership are not new phenomena. However, reform to teacher education conducted under the rubric of professionalization and partnership has increased the frequency and the intensity of university-setting relations by formalizing and institutionalizing instances of collaboration that perforce involve participants in a process of interdependency and of the cross-fertilization of identities.A fin de saber si las nociones de partenariat y de colaboración inducen un nuevo modo de investigación entre la universidad y el medio, examinamos primeramente el sentido y las aplicaciones que toman esas nociones, particularmente en el campo de la educación. Enseguida esbozamos un modelo teórico de análisis de la dinámica de los elementos planteados por la investigación en partenariat en educación que se interesa en la organización social de la producción de conocimientos; esto nos lleva a una tentativa de definición de la investigación en partenariat en educación. Nuestro análisis demuestra que la relación universidad-medio y la investigación en partenariat no son fenómenos nuevos. Sin embargo, la reforma concerniente a la formación de maestros bajo la etiqueta de la profesionalización y del partenariat, aumenta la frecuencia y la intensidad de las relaciones universidad-medio formalizando e institucionalizando las colaboraciones que comprometen imperativamente a los actores en un proceso de interdependencia y de mestizaje de su identidad.Wir untersuchen in diesem Beitrag zunächst die Bedeutung und die verschiedenen Anwendungen der Begriffe Partnerschaft und Zusammenarbeit, vor allem im Bereich des Erziehungswesens, um festzustellen, ob diese Begriffe zu einem neuen Forschungsmodus zwischen Universität und der Erziehungspraxis geführt haben. Danach versuchen wir, ein theoretisches Modell für die Analyse der Dynamik, die von der Untersuchung der Partnerschaftsarbeit im Erziehungswesen ausgelöst wurde, einer Arbeit, die sich vor allem für die soziale Organisation der Wissensvermittlung interessiert. Dies führt uns zu einer vorläufigen Definition dessen, was wir unter Erforschung der Partnerschaftsarbeit im Erziehungswesen verstehen. Aus unserer Analyse geht hervor, dass es sich bei den Beziehungen zwischen Universität und Milieu sowie bei der Erforschung der Partnerschaftsarbeit keineswegs um neue Phänomene handelt. Die Reform der Grundschullehrerausbildung, die großen Wert auf Professionalisierung und Partnerschaft legt, hat zu häufigeren und intensiveren Kontakten zwischen Universität und Milieu geführt, und zwar durch eine stärkere Formalisierung und Institutionalisierung der Zusammenarbeit, wobei die daran beteiligten Personen einen Prozess zunehmender Interdependenz und intellektueller Métisierung in Kauf nehmen zu müssen

Quelques effets et facteurs liés au développement de la recherche en partenariat en éducation

Cet article présente une appréciation générale de la recherche effectuée en partenariat, une lecture qui permettra de connaître non seulement les motifs à la base de l’engagement des acteurs mais aussi de voir quel est l’impact de ce type de recherche sur l’Université et les partenaires. Nous analyserons les liens entre les motifs qui incitent les répondants universitaires et les partenaires externes à réaliser des recherches en partenariat ; les avantages et les inconvénients qui découlent de l’expérience vécue ; les conditions de réalisation qui ont favorisé, ou qui y ont nui, la réalisation de l’activité, et enfin les changements, sous forme de critique, de souhaits et de recommandations que les acteurs aimeraient voir appliquer à ce type de recherche. Ces synthèses visent à faire émerger les liens entre le discours des sujets et les discours institutionnels qui semblent vouloir influencer les collaborations entre les universités et les milieux.This article presents a general evaluation of research conducted in partnership. It does so by offering a reading of such research that yields not only an understanding of the motives behind participants' involvement, but also some sense of the impact of this kind of research on both the university and its partners. The article examines the links between the motives that animate academic participants and outside partners as they carry out research-in-partnership; the benefits and inconveniences resulting from the experience itself; the conditions for implementation that fostered or impeded the activity's being carried out; and, last, the changes that participants would like to see made to this kind of research, expressed in the form of critiques, desires, and recommendations. The summaries of these observations are designed to bring out the links between the discourse of individual subjects and the institutional discourses that would appear to aim at influencing collaboration between universities and their settings.Este artículo presenta una apreciación general de la investigación realizada en partenariat, una lectura que permitirá conocer no solamente los motivos a la base del compromiso entre los actores, sino también de ver cual es el impacto de este tipo de investigación sobre la Universidad y los partenaires. Veremos los vínculos entre los motivos que incitan a los miembros universitarios y a los partenaires externos a realizar investigaciones en partenariat; las ventajas y los inconvenientes que se desprendende de esta experiencia, las condiciones que han favorecido o que han perjudicado la realización de la actividad y finalmente los cambios, en forma de crítica, de anhelos y de recomendaciones que los actores desean ver aplicados en este tipo de investigación. Esta síntesis intenta hacer emerger los vínculos existentes entre el discurso de los sujetos y los discursos institucionales que parecen querer influenciar las colaboraciones entre las universidades y los medios.Dieser Artikel bietet einen allgemeinen Überblick über die Forschung im Bereich der Partnerschaftsarbeit. Daraus werden nicht nur die Grundmotive der beteiligten Gruppen und Personen deutlich, sondern auch die Auswirkungen dieser Art von Forschung auf die Universität und ihre Partner. Wir lernen die Zusammenhänge zu begreifen zwischen den Motiven, von denen sich inner- und außeruniversitäre Partner bei ihren Untersuchungen leiten lassen, zwischen Vor- und Nachteilen, die sich aus den gemachten Erfahrungen ergeben, wir lernen weiter die Bedingungen erkennen, welche sich vorteilhaft oder hemmend auf die Forschungen ausgewirkt haben, und schließlich werden wir auf die Veränderungen aufmerksam gemacht, die von den Beteiligten – in Form von Kritik, Wunsch oder Empfehlung – als Desiderat für künftige Forschungen artikuliert wurden. In der Synthese ergibt sich eine stärkere Betonung der Bindungen zwischen dem Diskurs der Forschungsobjekte und dem der Institutionen, was die Zusammenarbeit zwischen Universität und Milieu in steigendem Maße beeinflussen dürfte

Influence of the protein distribution of maize endosperm on ruminal starch degradability

International audienceThis study was aimed at determining the influence of the protein distribution of maize endosperm on ruminal starch degradation using 14 maizes differing in endosperm texture (eight dent and six flint maizes). Ruminal starch degradability was determined by an in situ technique on ground samples with a particle size of 3 mm. The distribution of endosperm proteins was assayed by a method based on their differential solubilities in solvents. The (,β,δ)-zeins and the true glutelins were the predominant proteins in the endosperm. The (,β,δ)-zeins (66.1 and 70.1 g kg−1 of recovered protein for dent and flint types respectively) and the true glutelins (21.8 and 18.4 g kg−1 of recovered protein for dent and flint types respectively) were related to the vitreousness, ie the ratio of vitreous to floury endosperm. Ruminal starch degradability averaged 619 and 462 g kg−1 for dent and flint maizes respectively. It was correlated negatively with the (,β,δ)-zeins and positively with the true glutelins. The (,β,δ)-zeins located in the protein bodies should limit the accessibility of starch granules to ruminal micro-organisms and, as a consequence, the ruminal starch degradability

Isolation and Quantitation of Zeins in Waxy and Amylose-Extender and Wild Flint and Dent Maize Endosperm Using a New Solvent Sequence for Protein Extraction

International audienceProtein distribution in endosperm of maize grains differing by their texture, flint or dent, and by their genotype, wild or waxy or amylose-extender, was examined by the successive use of 0.5 M NaCl, 0.5 M NaCl plus 0.6% 2-mercaptoethanol (2ME) at neutral and then alkaline pH, and 55% 2-propanol plus 0.6% 2ME as extractants. Proteins extracted in the presence of 2ME were characterized by their size polymorphism and amino acid composition. Proteins isolated with NaCl plus 2ME at neutral pH corresponded with a mixture of gamma-zein (27 kDa) and glutelin-like proteins. Proteins isolated with NaCl plus 2ME at pH 10 were a mixture of gamma-zeins (27 and 16 kDa) and beta-zeins (14 kDa). Alcohol-soluble proteins consisted of alpha-, beta-, and delta-zeins, alpha subunits being predominant. Zein quantitation was improved by weighing the nitrogen percentage of extracts by their zein content, as estimated from the data on amino acid composition. The data reported by Wolf et al. (Cereal Chem. 1975, 52, 765) were integrated to the results of this work to suggest the occurrence of an inverse correlation between amylose in starch and zeins in proteins