Détecter et caractériser les gènes d'avirulence de Leptosphaeria maculans sur colza au stade cotylédonaire

National audienc

La cytogénétique moléculaire : FISH, GISH

National audienc

Agronomic evaluation of AABB wheat tetraploids extracted from wheat neo-allohexaploids

In order to understand if the mechanisms leading to stabilization of hexaploid wheats occurred in early generations after hybridization or accumulated slowly over the evolutionary course, we extracted tetraploids from newly synthesized allohexaploid wheats and characterized the effects of changes in polyploidy levels. Extracted wheat tetraploids (ETW) were developed from two neo-allohexaploids and their five phenotypic traits were compared to the parents. The ETWs displayed few small amplitude differences relative to the tetraploid parent of the synthetics. This suggest that genomic changes that might have occurred during the first three generations of the newly-synthesized wheat allopolyploids had very weak effects on the phenotypes

Boire et déboires du bac-fish sur petits chromosomes de plantes

National audienceAfin de développer des compétences et une expertise dans le domaine de la cytogénétique moléculaire végétale présentant des problématiques spécifiques, le département de Génétique et d’Amélioration des Plantes a mis en place une plate-forme (PF) s’appuyant sur les deux laboratoires de cytogénétique traditionnelle travaillant sur les espèces Brassica et Blé. L’objectif étant de mutualiser les moyens techniques, les investissements et les compétences. La plate-forme située au sein de l’UMR APBV-Le Rheu doit répondre aux besoins des équipes de recherche de l'unité mais également à l'ensemble des équipes du Département. Cette capacité d’ouverture à hauteur de 50% vers les unités extérieures nous permettant ainsi d’ouvrir le champ des thématiques de la PF et permettre le développement des nouveaux outils qui seront ensuite transférés vers d’autres espèces. La plate-forme a ainsi développé un ensemble d’outils de cytogénomique permettant de répondre aux projets scientifiques d’études des génomes chez les plantes supérieures : • Caractérisation cytogénétique du matériel végétal impliquant des hybrides interspécifiques ou des espèces polyploïdes permettant l’identification des chromosomes de chaque espèce ou introgressions, • Evolution structurale et stabilisation des génomes chez des espèces polyploïdes, • Cartes cytogénétiques faisant la liaison entre la cartographie génétique et physique, • Cartographie physique fine de BAC sur chromosomes en méiose (stade pachytène) Actuellement dans le cadre de trois projets multi-espèces, nous mettons l’accent sur l‘optimisation de la technique du « BAC-FISH multi-espèces » devant permettre [1] l’assignation de clone BAC à un chromosome particulier dans le cadre du projet de séquençage du génome de la Tomate, [2] la caractérisation des modifications structurales lors de la stabilisation des colzas synthétiques et de la nature des appariements homologues ou homéologues à la méiose, [3] l’étude de microsyntenie dans deux régions impliquée dans la résistance aux maladies (mildiou et oïdium) chez la vigne. Tomate/Brassica/Vigne, 3 espèces à « petits chromosomes » présentant des réponses différentes : succès et problématiques du BAC-FISH sur petits chromosomes de plantes

Application des outils chimiométriques d'analyse multivariée à l’évaluation des impacts écotoxicologiques des boues d’épuration contaminées par les pesticides et le nonylphénol sur les sols agricoles

Application des outils chimiométriques d'analyse multivariée à l’évaluation des impacts écotoxicologiques des boues d’épuration contaminées par les pesticides et le nonylphénol sur les sols agricoles. Congrès Chimiométrie 201

Assignment of Aegilops variabilis Eig chromosomes and translocations carrying resistance to nematodes in wheat.

The allotetraploid species Aegilops variabilis Eig (2n = 28, UUSvSv) belongs to the tribe Triticeae and is closely related to wheat. One accession, Ae. variabilis No. 1, was found to be resistant to the cereal cyst nematode (CCN) and the root-knot nematode (RKN). As the genetic variability for resistance to those two pests is limited within wheat, this accession was crossed to bread wheat. Previous work enabled the development of two addition lines and two translocation lines carrying resistance. Here, we demonstrate, using genomic in situ hybridization, that there is no U-Sv interchange in the parental accession of Ae. variabilis. However, there are multiple rearrangements in the Sv chromosomes. The Ae. variabilis chromosome carrying the CreX gene for resistance to CCN combined segments with homoeology to wheat groups 1, 2, 4, and 6. The CreX gene belongs to the group 1 part and it was likely to have been introduced into chromosome 1BL at a similar location as the previously found QTL QCre.srd-1B for CCN resistance. The second Ae. variabilis chromosome carrying CreY and Rkn2 combined segments with homoeology to wheat groups 2, 4, and 7 on its short arm and group 3 on its long arm. It was designated as 3Sv. The two genes for resistance are carried by its long arm and have been transferred to wheat chromosome 3BL through homoeologous and genetically balanced recombination. Different SSR markers present in the introgressed segments could be used in marker-assisted selection

Extraire les composantes d'une espèce allopolyploïde

National audienceLes espèces allopolyploïdes sont issues de croisements entre espèces présentant des génomes différents. L’étude de ces derniers, à l’aide de différentes méthodologies et techniques, a montré que chez toute espèce allopolyploïde les génomes sont affectés par de nombreuses modifications structurales et fonctionnelles. Une autre façon originale et pédagogique pour apprécier de visu serait de pouvoir extraire les espèces progénitrices à partir des allopolyploïdes. Le blé tendre, Triticum aestivum (2n=42, AABBDD) est une espèce allohexaploïde issue du croisement entre le blé tétraploïde T. turgidum ssp dicoccum (2n=42, AABB) et l’espèce diploïde sauvage Aegilops tauschii (2n=14, DD) il y a environ 10 000 ans dans le croissant fertile. Kerber (1964) a proposé une méthode permettant de reconstituer la composante tétraploïde du blé tendre. Nous l’avons appliquée dans le cas de deux variétés de blé tendre actuel et de deux blés synthétiques issus du croisement au laboratoire entre les deux espèces parentales du blé tendre. L’analyse des génotypes obtenus permet d’évaluer l’importance des changements qui ont affecté les génomes A et B sur le court terme (au cours des premières générations du blé synthétique) et sur le long terme. De plus, nous allons montrer l’intérêt des tétraploïdes reconstitués dans l’amélioration génétique du blé tendre à partir de l’exploitation de la variabilité génétique d’Ae. tauschii via les blés synthétiques

Extraire les composantes d'une espèce allopolyploïde

National audienceLes espèces allopolyploïdes sont issues de croisements entre espèces présentant des génomes différents. L’étude de ces derniers, à l’aide de différentes méthodologies et techniques, a montré que chez toute espèce allopolyploïde les génomes sont affectés par de nombreuses modifications structurales et fonctionnelles. Une autre façon originale et pédagogique pour apprécier de visu serait de pouvoir extraire les espèces progénitrices à partir des allopolyploïdes. Le blé tendre, Triticum aestivum (2n=42, AABBDD) est une espèce allohexaploïde issue du croisement entre le blé tétraploïde T. turgidum ssp dicoccum (2n=42, AABB) et l’espèce diploïde sauvage Aegilops tauschii (2n=14, DD) il y a environ 10 000 ans dans le croissant fertile. Kerber (1964) a proposé une méthode permettant de reconstituer la composante tétraploïde du blé tendre. Nous l’avons appliquée dans le cas de deux variétés de blé tendre actuel et de deux blés synthétiques issus du croisement au laboratoire entre les deux espèces parentales du blé tendre. L’analyse des génotypes obtenus permet d’évaluer l’importance des changements qui ont affecté les génomes A et B sur le court terme (au cours des premières générations du blé synthétique) et sur le long terme. De plus, nous allons montrer l’intérêt des tétraploïdes reconstitués dans l’amélioration génétique du blé tendre à partir de l’exploitation de la variabilité génétique d’Ae. tauschii via les blés synthétiques

Genomic relationships among diploid and polyploid species of the genus Ludwigia L. section Jussiaea using a combination of molecular cytogenetic, morphological, and crossing investigations

International audienceThe genus Ludwigia L. section Jussiaea is composed of a polyploid species complex with 2x, 4x, 6x and 10x ploidy levels, suggesting possible hybrid origins. The aim of the present study is to understand the genomic relationships among diploid and polyploid species in the section Jussiaea. Morphological and cytogenetic observations, controlled crosses, genomic in situ hybridization (GISH), and flow cytometry were used to characterize species, ploidy levels, ploidy patterns, and genomic composition across taxa. Genome sizes obtained were in agreement with the diploid, tetraploid, hexaploid, and decaploid ploidy levels. Results of GISH showed that progenitors of Ludwigia stolonifera (4x) were Ludwigia peploides subsp.montevidensis (2x) and Ludwigia helminthorrhiza (2x), which also participated for one part (2x) to the Ludwigia ascendens genome (4x). Ludwigia grandiflora subsp. hexapetala (10x) resulted from the hybridization between L. stolonifera (4x) and Ludwigia grandiflora subsp.grandiflora (6x). One progenitor of L. grandiflora subsp. grandiflora was identified as L. peploides (2x). Our results suggest the existence of several processes of hybridization, leading to polyploidy, and possibly allopolyploidy, in the section Jussiaea due to the diversity of ploidy levels. The success of GISH opens up the potential for future studies to identify other missing progenitors in Ludwigia L. as well as other taxa