Boire et déboires du bac-fish sur petits chromosomes de plantes

Abstract

National audienceAfin de développer des compétences et une expertise dans le domaine de la cytogénétique moléculaire végétale présentant des problématiques spécifiques, le département de Génétique et d’Amélioration des Plantes a mis en place une plate-forme (PF) s’appuyant sur les deux laboratoires de cytogénétique traditionnelle travaillant sur les espèces Brassica et Blé. L’objectif étant de mutualiser les moyens techniques, les investissements et les compétences. La plate-forme située au sein de l’UMR APBV-Le Rheu doit répondre aux besoins des équipes de recherche de l'unité mais également à l'ensemble des équipes du Département. Cette capacité d’ouverture à hauteur de 50% vers les unités extérieures nous permettant ainsi d’ouvrir le champ des thématiques de la PF et permettre le développement des nouveaux outils qui seront ensuite transférés vers d’autres espèces. La plate-forme a ainsi développé un ensemble d’outils de cytogénomique permettant de répondre aux projets scientifiques d’études des génomes chez les plantes supérieures : • Caractérisation cytogénétique du matériel végétal impliquant des hybrides interspécifiques ou des espèces polyploïdes permettant l’identification des chromosomes de chaque espèce ou introgressions, • Evolution structurale et stabilisation des génomes chez des espèces polyploïdes, • Cartes cytogénétiques faisant la liaison entre la cartographie génétique et physique, • Cartographie physique fine de BAC sur chromosomes en méiose (stade pachytène) Actuellement dans le cadre de trois projets multi-espèces, nous mettons l’accent sur l‘optimisation de la technique du « BAC-FISH multi-espèces » devant permettre [1] l’assignation de clone BAC à un chromosome particulier dans le cadre du projet de séquençage du génome de la Tomate, [2] la caractérisation des modifications structurales lors de la stabilisation des colzas synthétiques et de la nature des appariements homologues ou homéologues à la méiose, [3] l’étude de microsyntenie dans deux régions impliquée dans la résistance aux maladies (mildiou et oïdium) chez la vigne. Tomate/Brassica/Vigne, 3 espèces à « petits chromosomes » présentant des réponses différentes : succès et problématiques du BAC-FISH sur petits chromosomes de plantes