Proposing Kluyvera georgiana as the Origin of the Plasmid-Mediated Resistance Gene fosA4

A putative fosA gene in Kluyvera georgiana 14751 showed 99% nucleotide identity with plasmid-encoded fosA4. Due to a single-nucleotide insertion translating to a truncated protein, K. georgiana 14751 fosA does not confer fosfomycin resistance. However, analysis of another genome deposit (Kluyvera ascorbata WCH1410) that could be recategorized as K. georgiana after phylogenetic analysis revealed a fosA gene 100% identical to the plasmid-borne fosA4 gene. We suggest that Kluyvera georgiana represents the most probable origin of fosA4.Fil: Rodriguez, Maria Margarita. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ghiglione, Barbara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología; ArgentinaFil: Power, Pablo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología; ArgentinaFil: Naas, Thierry. Hôpital de Bicêtre. Service de Bactériologie Hygiène; FranciaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Integrons: gene collectors

Los integrones son estructuras genéticas que han despertado gran interés, debido a que algunos de ellos vehiculizan genes de resistencia a los antimicrobianos. Están formados por un fragmento que codifica una integrasa (intI) y, a continuación, una secuencia attI a la que se unen los genes en casetes que codifican diferentes mecanismos de resistencia. Dentro de intI, en su extremo 3´, hay una secuencia promotora Pc a partir de la cual se transcriben los casetes de resistencia integrados, ya que estos genes carecen de promotor. Sin embargo, estos casetes presentan una secuencia específica denominada attC, la cual es reconocida por la integrasa que se une, por recombinación, a la secuencia attI del integrón en la orientación adecuada para su expresión. Los integrones se han clasificado según la secuencia de su integrasa, pero en la actualidad se prefiere clasificarlos según su localización. Se habla, en general, de "integrones móviles" para referirse a aquellos asociados a secuencias de inserción, transposones y/o plásmidos conjugativos, los que en su mayoría median mecanismos de resistencia, y de "superintegrones", de localización cromosómica y con grandes arreglos de genes en casetes. Los integrones móviles de clase 1 son los más abundantes en aislamientos clínicos y suelen estar asociados a transposones del subgrupo Tn21, seguidos por los de clase 2, derivados principalmente de Tn7. Estos elementos no son móviles por sí mismos, pero su asociación con elementos que sí lo son facilita su transferencia horizontal, lo que explica su amplia difusión entre las bacterias. Esta revisión intenta recopilar la información disponible acerca de los integrones móviles descritos en Argentina hasta la fecha.Integrons gained great interest due to their participation in resistance gene recruitment and expression. Their basic structure includes a fragment that encodes an integrase (intI) followed by a recognition sequence (attI) into which they may incorporate gene cassettes (encoding resistance mechanisms). A promoter (Pc) embedded within the integrase gene controls the transcription of integrated resistance markers, as these genes do not have their own promoters. When in cassettes, resistance genes are flanked by specific sequences (attC), which are recognized by the integrase that, by site specific recombination, incorporates them after attI in proper orientation for their expression. In the past, integrons were classified according to their sequence homology; currently they are classified according to their location. In general, they are divided into "mobile" integrons (those associated with insertion sequences, transposons and/or plasmids, being most of them associated with resistance mechanisms), and chromosomally-located "super" integrons with large arrangements of cassette genes. "Mobile" class 1 integrons are the most abundant in clinical isolates and are generally associated with Tn21 subgroup transposons, followed by class 2, derived primarily from Tn7. These elements are not mobile themselves, but their association with mobile platforms that facilitate horizontal transfer, explains their wide distribution among bacteria. This review also attempts to describe the mobile integrons described so far in Argentina.Fil: Di Conza, José Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Cátedra de Microbiología General; ArgentinaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentin

Complete sequence of the IncA/C 1 plasmid pCf587 carrying bla PER-2 from citrobacter freundii

The bla PER-2 -harboring plasmid pCf587 (191,541 bp) belongs to lineage IncA/C 1 and is closely related to pRA1. It contains a large resistance island including the bla PER-2 gene between two copies of ISKox2-like elements, the toxin-antitoxin module pemK-pemI, several other resistance genes inserted within a Tn2 transposon, a Tn21-like structure, and a class 1 integron. pCf587 belongs to sequence type 13 (ST13), a new plasmid multilocus sequence typing (pMLST) ST.Fil: Ruggiero, Melina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Cátedra de Microbiología; ArgentinaFil: Girlich, Delphine. Université Paris Sud; FranciaFil: Dabos, Laura. Université Paris Sud; FranciaFil: Power, Pablo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Cátedra de Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Naas, Thierry. Associated French National Reference Center for Antibiotic Resistance “Carbapenemase -producing Enterobacteriaceae; Francia. Université Paris Sud; FranciaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Cátedra de Microbiología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Primer relevamiento de marcadores de resistencia a antibióticos en Enterobacteriaceae en Cochabamba, Bolivia

Se llevó a cabo un relevamiento molecular de la resistencia a antibióticos de importancia clínica en aislamientos recuperados en Cochabamba, Bolivia. Se estudiaron los genes codificantes de β-lactamasas de espectro extendido y de resistencia a quinolonas de localización plasmídica (PMQR) en un total de 101 aislamientos de enterobacterias resistentes a oximinocefalosporinas recuperados en distintos centros de salud, durante 4 meses (2012-2013). En todos ellos se detectó la presencia de cefotaximasas, las CTX-M grupo 1 fueron las más prevalentes (88,1%). La presencia de blaOXA-1 se detectó en el 76,4% de estos aislamientos. Se observó una elevada proporción de aislamientos resistentes a quinolonas. El gen aac(6′)-Ib-cr fue el determinante PMQR más frecuentemente identificado (83%). Además, 6 aislamientos resultaron ser portadores de qnrB. Por otro lado, cabe remarcar que 7 Escherichia coli presentaron qepA1 (6) y oqxAB (1); se documenta así por primera vez la presencia de oqxAB en Bolivia. Este estudio constituye el primer relevamiento de marcadores de resistencia en aislamientos clínicos de enterobacterias en Cochabamba, Bolivia; de este modo se contribuye al conocimiento regional de la situación epidemiológica, la cual presenta un escenario similar al observado en el resto de Latinoamérica.A molecular survey was conducted in Cochabamba, Bolivia, to characterize the mechanism involved in the resistance to clinically relevant antibiotics. Extended Spectrum β-lactamase encoding genes and plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) markers were investigated in a total of 101 oxyimino-cephalosporin-resistant enterobacteria recovered from different health centers during four months (2012?2013). CTX-M enzymes were detected in all isolates, being the CTX-M-1 group the most prevalent (88.1%). The presence of blaOXA-1 was detected in 76.4% of these isolates. A high quinolone resistance rate was observed among the included isolates. The aac(6′)-Ib-cr gene was the most frequent PMQR identified (83.0%). Furthermore, 6 isolates harbored the qnrB gene. Interestingly, qepA1 (6) and oqxAB (1), were detected in 7 Escherichia coli, being the latter the first to be reported in Bolivia. This study constitutes the first molecular survey on resistance markers in clinical enterobacterial isolates in Cochabamba, Bolivia, contributing to the regional knowledge of the epidemiological situation. The molecular epidemiology observed herein resembles the scene reported in South America.Fil: Saba Villarroel, Paola M.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Di Conza, José Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Radice, Marcela Alejandra. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Intercambio de mecanismos de resistencia entre bacterias gram negativas.

La magnitud global de la resistencia a los antimicrobianos de uso clínico es alarmante adquiriendo una dimensión destacada en países de desarrollo intermedio quienes suelen ser cuantitativamente los más afectados por la emergencia de mecanismos de resistencia dado el acceso a tratamientos con antibióticos de reserva pero una pobre vigilancia o empleo no riguroso de medidas de contención de la resistencia. En este trabajo se realizará una revisión sobre las estructuras genéticas movilizables, que si bien no son esenciales para las bacterias, aportan genes adicionales que le permiten una mejor adaptación a ambientes hostiles. El intercambio de genes de resistencia entre las bacterias permite equipar a un microorganismo sensible a antibióticos con un verdadero arsenal de mecanismos de resistencia, incluso en un único evento de intercambio. La transferencia horizontal de genes de resistencia entre bacilos gram negativos es debida en gran parte a plásmidos (más o menos promiscuos) y a los elementos transponibles e integrones que pueden formar parte del o de los replicones presentes en estos microorganismos. Los integrones son plataformas genéticas que han despertado gran interés desde el punto de vista clínico ya que algunos de ellos vehiculizan genes de resistencia a los antimicrobianos. Están formados por un fragmento que codifica una integrasa (intI) seguido por una secuencia attI, sistema que permite la captura de los genes en casetes (que codifican para diferentes mecanismos de resistencia). Se habla, en general, de integrones “móviles” a aquellos asociados a secuencias de inserción, transposones y/o plásmidos conjugativos, que en su mayoría median mecanismos de resistencia, y “super” integrones, de localización cromosómica con grandes arreglos de genes en casetes.Antimicrobial resistant microorganisms are an alarming problem worldwide, gaining remarkable importance in moderately developed countries which are usually quantitatively more affected by their emergence. In this paper we conduct a review about mobile genetic structures, which although not essential for bacteria, provide additional genes that allow them to better adaptate to unfavorable environments. Resistance genes’ exchange between bacteria could arm a susceptible microorganism with an arsenal of resistance mechanisms, even in a single exchange event. Horizontal transfer of resistance genes among gramnegative bacilli is largely due to plasmids and transposable elements, and integrons may be part of the replicons present in these organisms. In recent decades, integrons gained great interest because of their participation in resistance genes recruitment and expression. Their basic structure includes a fragment that encodes an integrase (intI) followed by a recognition sequence (attI) in which they may incorporate gene cassettes (encoding resistance mechanisms). In general, they are divided in "mobile" integrons (those associated with insertion sequences, transposons and/or plasmids, most of them related to resistance mechanisms), and chromosomally-located "super" integrons with large arrangements of cassettes.Fil: Di Conza, José Alejandro. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Biotecnología; Argentina; Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Laboratorio de Resistencia Bacteriana; Argentina; Universidad Nacional del Litoral. Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas. Cátedra de Microbiología General; Argentina;Fil: Power, Pablo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentina; Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Laboratorio de Resistencia Bacteriana; Argentina;Fil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología; Argentina; Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Laboratorio de Resistencia Bacteriana; Argentina

Community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus skin and soft tissue infections in a pediatric hospital in Argentina

Introduction: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) emerged at the Pediatric Hospital of Misiones Province, north Argentina, in 2003 as a cause of community-acquired (CA) infections, mostly associated with skin and soft tissue infections (SSTIs). This study aimed to assess the microbiological, epidemiological, and clinical features of CA-MRSA SSTIs treated at the hospital. Methodology: From 2003 through 2006, a longitudinal study on CA-MRSA SSTIs was conducted. Clinical, bacteriological, and molecular data were collected and analyzed by multiple correspondences and cluster analysis (MCCA). Results: A total of 138 children were enrolled; 55.8% of the children required hospitalization. The main clinical presentation was abscesses (51%). Antibiotic therapy in the previous six months was registered in 41% of the patients, and 72% of the patients had relatives with similar symptoms. Resistance to non-b-lactam antibiotics was found in less than 12% of patients. All 44 isolates carried staphylococcal cassette chromosomemec (SCCmec) type IV, and 30/44 had Panton-Valentine leucocidin (PVL) coding genes. Six pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) patterns were detected from 17 isolates. MCCA hierarchic classification resulted in four distinctive patient classes (new variable). No relationship could be observed regarding the PVL detection, as PVL (+) isolates were detected in all classes; the same lack of significance was observed concerning the distribution of resistance to non-β-lactam antibiotics. Conclusions: This study increases the understanding and knowledge about CA-MRSA skin and soft tissue infections in pediatric patients. Continuous efforts should be made to control this significant public health problem.Fil: Von Specht, Martha Helena. Provincia de Misiones. Ministerio de Salud de la Provincia de Misiones. Hospital Publico Provincial de Pediatria de Autogestion Dr. Fernando Barreyro; Argentina. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; ArgentinaFil: Gardella, Noella Mariel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Ubeda, Clotilde. Dirección Nacional del Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr.C.G.Malbran". Instituto Nacional de Epidemiologia; ArgentinaFil: Grenon, Sandra Liliana. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales; Argentina. Provincia de Misiones. Ministerio de Salud de la Provincia de Misiones. Hospital Publico Provincial de Pediatria de Autogestion Dr. Fernando Barreyro; ArgentinaFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Dirección Nacional del Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr.C.G.Malbran". Instituto Nacional de Epidemiologia; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mollerach, Marta Eugenia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional del Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr.C.G.Malbran". Instituto Nacional de Epidemiologia; Argentin

CTX-M-14 β-lactamase-producing Citrobacter freundii isolated in Venezuela

A clinical isolate of C. freundii with reduced susceptibility to extended-spectrum β-lactams from a woman with cystocele associated with recurrent urinary tract infection was analyzed. Susceptibility tests, double disk synergy tests (DDST) and enzymatic activity by the agar iodometric method suggested the presence of ESBLs. Conjugation experiments revealed the presence of a large conjugative plasmid (pLM07/20) with an exclusive FrepB replicon type (IncF/FIB). PCR analysis and sequencing confirmed the presence of the blaCTX-M-14 gene in the pLM07/20 from C. freundii.LM07/10. Although this is the first report of CTX-M-14 in Venezuela, we alert the medical community that future increase of these β-lactamases in our city could be due to dissemination of plasmids into bacterial populations

A simple method to evaluate the number of bradyrhizobia on soybean seeds and its implication on inoculant quality control

Soybean seeds are non-sterile and their bacterial population interferes with the enumeration of beneficial bacteria, making it difficult to assess survival under different conditions. Within this context, the principal aims of this work were: (1) to improve a selective media for the enumeration of B. japonicum recovered from inoculated soybean seeds; (2) to establish the most representative mathematical function for B. japonicum mortality on soybean seeds after inoculation; (3) to evaluate if environmental or physiological conditions modify B. japonicum mortality on soybean seeds; and (4) to create a new protocol for quality control of soybean inoculants. We successfully evaluated the combination of pentachloronitrobenzene and vancomycin added to the yeast-mannitol medium to inhibit most fungi and Gram-positive soybean microbiota, thus producing reliable counts of B. japonicum from inoculated soybean seeds. Percentages of recovery and survival factors were obtained and used to construct a two-phase exponential decay non-linear regression function. High temperature and desiccation decreased these parameters, while the optimization of temperature and the use of osmoprotective compounds with inoculants increased them. The use of this protocol minimized heterogeneity between experiments and may be considered more reliable than the simple expression of direct colony count of bacteria recovered from seeds

A simple method to evaluate the number of bradyrhizobia on soybean seeds and its implication on inoculant quality control

Soybean seeds are non-sterile and their bacterial population interferes with the enumeration of beneficial bacteria, making it difficult to assess survival under different conditions. Within this context, the principal aims of this work were: (1) to improve a selective media for the enumeration of B. japonicum recovered from inoculated soybean seeds; (2) to establish the most representative mathematical function for B. japonicum mortality on soybean seeds after inoculation; (3) to evaluate if environmental or physiological conditions modify B. japonicum mortality on soybean seeds; and (4) to create a new protocol for quality control of soybean inoculants. We successfully evaluated the combination of pentachloronitrobenzene and vancomycin added to the yeast-mannitol medium to inhibit most fungi and Gram-positive soybean microbiota, thus producing reliable counts of B. japonicum from inoculated soybean seeds. Percentages of recovery and survival factors were obtained and used to construct a two-phase exponential decay non-linear regression function. High temperature and desiccation decreased these parameters, while the optimization of temperature and the use of osmoprotective compounds with inoculants increased them. The use of this protocol minimized heterogeneity between experiments and may be considered more reliable than the simple expression of direct colony count of bacteria recovered from seeds

Extended-spectrum β-lactamases, transferable quinolone resistance, and virulotyping in extra-intestinal E. coli in Uruguay

Introduction: To characterize extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) and plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) genes in Escherichia coli isolates obtained from extra-intestinal samples in three Uruguayan hospitals. Methodology: Fifty-five ESBL-producing E. coli isolates were studied. Virulence genes, ESBLs, and PMQR genes were detected by polymerase chain reaction. ESBL-producing isolates were compared by pulsed-field gel electrophoresis. Multi-locus sequence typing was also performed on 13 selected isolates. Results: Thirty-seven isolates harbored blaCTX-M-15 (67.3%), eight blaCTX-M-2 (14.6%), five blaCTX-M-14 (9.1%), three carried both blaCTX-M-2 and blaCTX-M-14, one blaCTX-M-9, and one blaCTX-M-8. Among the CTX-M-15 producers, 92% belonged to sequence types ST131 and ST405, and carried aac(6’)Ib-cr as well. Isolates harboring blaCTX-M-2, blaCTX-M-14, blaCTX-M-9, or blaCTX-M-8 were found to be genetically unrelated. Conclusions: The successful dissemination of CTX-M-15-producing E.coli isolates seems to be linked to the spreading of high-risk clones and horizontal gene transfer. A trade-off between carrying more antibiotic resistance and less virulence-related genes could partially account for the evolutionary advantages featured by successful clones.Fil: Vignoli, Rafael. Universidad de la República; UruguayFil: García Fulgueiras, Virginia. Universidad de la República; UruguayFil: Cordeiro, Nicolás F.. Universidad de la República; UruguayFil: Bado, Inés. Universidad de la República; UruguayFil: Seija, Verónica. Universidad de la República; Uruguay. Hospital Pasteur de Montevideo; UruguayFil: Aguerrebere, Paula. Universidad de la República; UruguayFil: Laguna, Gabriel. Universidad de la República; UruguayFil: Araújo, Lucía. Universidad de la República; UruguayFil: Bazet, Cristina. Universidad de la República; UruguayFil: Gutkind, Gabriel Osvaldo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay; ArgentinaFil: Chabalgoity Rodríguez, José Alejandro. Universidad de la República; Urugua