The change of antibiotic resistance in S. aureus strains within ten year periods

Amaç: S.aureusun neden olduğu infeksiyonlarda metisil ine direncin araştırılması tedavinin yönlendirilmesinde yardımcı kriterdir. Bu çalışmada, laboratuvarımızda soyu tladığımız S.aureus suşlarının yıllar a göre metisiline ve diğer antibiyotiklere direnç oranlarının retrospektif olarak d eğerlendirilmesi amaçlanmıştır. Yöntem : Ocak 2001 Aralık 2002 tarihleri ile Ocak 2011 Aralık 2 012 tarihleri arasında Meram Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji La boratuvarına gönderilen, yatan hastala r dan alınmış çeşitli klinik örneklerden soyutlanan S.aureus suşlarının yıllara göre metisilin ve diğer antibiyotiklere direnç oranları retrospektif olarak değerlendirilmi ştir. Bulgular: Çalışmada 2001 -2002 yıllarında 1160 S.aureus izolatı değerlendirilirken, 2011 -2012 yıllarında 924 S.aureus izolatı değerlendirilmiştir. 2001 -2002 yıllarında %49.1 oranında metisilin rezistansı gözlenirken, 2011 - 2012 yıllarında %37.3 oranında metisilin rezistansı gözle mlenmiştir. 2001 -20 02 yıllarında vankomisin ve teikoplanine karşı direnç gözlenmezken, 2011 -2012 yıllarında 6 (%1.7) izolatta direnç gözlenmiştir. 2011 -2012 yıllarına linezolid, mupirosin ve tigesikline karşı direnç belirlenmemiştir. Sonuç : S.aureusa bağlı infeksiyonların tedavisinde antib iyotik kullanımı ve hastane infeksiyonlarının kontrolü yönünden hastanelerin kendi direnç profillerini belli aralı kla rla gözden geçirmelerinin uygun olacağı kanaatine varı lmıştır.Objective : Investigation of the methicillin -resistance is a criterion to helpful in therapeutic management of infe ctions caused S.aureus. In this study, its aimed to determine of resistance rates against methicillin and other antibiotics in S. aureus strains isolated in laboratory within the ten years retrospecti vely. Method : Rates of resistances against methicillin and other antibiotics were retrospectively evaluated in the S. aureus strains isolated in the Laboratory of Medical Microbiology of Necmettin Erbakan Medical Faculty Hospital from var ious clinical spec imens taken from hospitalized patients between January 2001 and December 2002, and between January 2011 and December 2012 Results : In this study, 1160 S. aureus isolates that isolated between 2001 and 2002, and 924 S. aureus isolates that isolated between 2011 and 2012 were evaluated. While methicillin resistance rates were observed as 49.1% b etween 2001 and 2002, it was observed as 37.3% between 2011 and 2012. While resistance against vancomycin and teicoplanin was not observed in 2001 -2002 years, resistan ce against these antibiotics in the 6 (1.7%) isolates has been observed in 2011 -2012 years. Resistance against linezolid, and tigecycline, and mupirocin were not dete rmined in 2011 -2012 years. Conclusion : It is concluded that it would be appropriate to be periodically reviewed the resistance profiles of hospitals in terms of control of nosocomial infection and in the use of antibiotics in treatment of infections associated with S. aureus

İç Anadolu Bölgesinde Bir Şehirde Hepatit C Hastalarının Yedi Yıllık Genotip Dağılımları

Objectives: Hepatitis C virus (HCV) is an important viral agent ofhepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In our study, weaimed to determine the HCV genotype distribution among patientswith HCV who presented to our hospital in a city in the CentralAnatolia Region of Turkey.Materials and Methods: Results of 480 patients who were positivefor HCV RNA and whose serum samples were sent to our laboratoryfrom various inpatient and outpatient clinics of the hospital with apre-diagnosis of hepatitis C between January 2010 and May 2017were retrospectively screened. In HCV genotype determination,a commercially available kit (Ampliquality HCV-TS, AB Analitica,Italy) based on Reverse Line Blot was used in accordance with themanufacturer’s recommendations. Genotype distributions wereanalyzed by years and by age. The first and only one test results ofthe same patients were evaluated.Results: Of the patients whose genotyping was made, 260(54.2%) were female and 220 (45.8%) were male. It was found that396 (82.6%) of 480 patients were with genotype 1b, 17 (3.5%) -genotype 1a, 15 (3.1%) - genotype 3a, 14 (2.9%) - genotype 1, 9(1.9%) - genotype 4, 8 (1.7%) - genotype 2, 6 (1.3%) - genotype2b, 5 (1.0%) - genotype 1a/1b, 4 (0.8%) - genotype 2a/2c, 3 (0.6%)- genotype 4a, 1 (0.2%) - genotype 3, 1 (0.2%) - genotype 5a and 1(0.2%) patient was with genotype 6.Conclusion: In chronic HCV patients admitted to our hospital,genotype 1b, which had the highest prevalence in our country, wasdetected with a rate of 82.6%. In addition, the presence of raregenotypes 5a and 6 in our country has been shown.Amaç: Hepatit C virüsü (HCV), hepatit, siroz ve hepatosellülerkarsinomun önemli bir viral etkenidir. Çalışmamızda, İç AnadoluBölgesi’nde bir şehirde, hastanemize başvuran HCV ile enfektehastaların HCV genotip dağılımlarını saptamayı hedefledik.Gereç ve Yöntemler: Ocak 2010-Mayıs 2017 tarihleri arasında,laboratuvarımıza hastanenin çeşitli klinik ve polikliniklerinden hepatitC ön tanısı ile serum örneği gönderilen ve HCV RNA pozitifliği olan480 hastanın sonuçları retrospektif olarak tarandı. HCV genotiptayininde, ters hibridizasyon (Reverse Line Blot) temeline dayananticari bir kit (Ampliquality HCV-TS; AB Analitica, İtalya), üreticifirma önerileri doğrultusunda kullanıldı. Genotip dağılımları yıllarave yaşlara göre incelendi. Aynı hastaların ilk ve tek test sonucudeğerlendirmeye alındı.Bulgular: Genotiplemesi yapılan hastaların 260’ı (%54,2) kadın,220’si (%45,8) erkek idi. Toplam 480 hastanın 396’sı (%82,6)genotip 1b, 17’si (%3,5) genotip 1a, 15’i (%3,1) genotip 3a, 14’ü(%2,9) genotip 1, 9’u (%1,9) genotip 4, 8’i (%1,7) genotip 2, 6’sı(%1,3) genotip 2b, 5’i (%1,0) genotip 1a/1b, 4’ü (%0,8) genotip2a/2c, 3’ü (%0,6) genotip 4a, 1’i (%0,2) de genotip 3, genotip 5a vegenotip 6 olarak bulunmuştur.Sonuç: Hastanemize başvuran kronik HCV hastalarında en sık;ülkemizde de en yüksek prevalansa sahip olan: genotip 1b, %82,6oranıyla saptanmıştır. Ayrıca, ülkemizde az görülen genotip 5a vegenotip 6’nın varlığı gösterilmiştir

A Meningitis and Bacteremia Case Caused by Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenes genelde zoonotik inf eksiyon etkenidir. Yaşlı ve bağışıklık sistemi baskılanmış hastalarda önem- li bir patojen olup, sağlıklı kişilerde çok nadir görülmektedir. Foliküler lenf oma ve kronik böbrek yetmezliği tanısı ile takip edilen 61 yaşındaki kadın hasta bilinç değişikliği ve ateş nedeniyle hastaneye yatırılmıştır. Hastanın f izik muayenesinde meninjiyal irritasyon bulguları saptanmıştır. Yapılan lomber ponksiyonda, beyin omurilik sıvısının (BOS) bulanık olduğu gözlenmiştir. BOS yaymasında, polimorf onükleer lökosit haki- miyeti olan bol lökosit görülmüş, mikroorganizma görülmemiştir. Hastanın hastaneye yatışından dört gün sonra kan ve BOS kültürlerinin her ikisinde de katalaz pozitif , oksidaz negatif , kokobasil görünümünde gram pozitif bakteri üremesi olmuştur. İzolatlar konvansiyonel yöntemlerle ve otomatize sistem (VITEK 2, bioMerieux, Fransa) ile L.monocytogenes olarak tanım- lanmış ve disk dif üzyon metodu ile yapılan duyarlılık çalışmasında, çalışılan tüm antibiyotiklere duyarlı oldukları gözlenmiş- tir. Ampirik olarak başlanan meropenem tedavisi, bakterinin duyarlı olduğu ampisilin ile değiştirilmiştir. Tekrarlanan kültür- lerde üreme olmayan hasta şif a ile taburcu edilmiştir. L.monocytogenesin, özellikle immün sistemi baskılanmış hastalarda menenjit ve bakteriyemi etkeni olabileceğinin akılda tutulması gerekliliğinin vurgulanması amacıyla bu olgu sunulmuştur.Listeria monocytogenes is generally a zoonotic inf ectious agent. Being an important pathogen in elderly and immuno- compromised patients, and rarely seen in healthy people. A sixty one year old f emale patient who was diagnosed with f ollicular lymphoma and chronic renal f ailure is hospitali- zed with symptoms such as change in consciousness and f ever. In the patients physical examination, f indings of meningeal irritation were observed. The appearance of cerebrospinal f luid (CSF) obtained via lomber punction was cloudy. Direct mic- roscopical examination of CSF showed pleocytosis with predominance of polymorphonuclear leukocytes, however no microor- ganism was observed. Four days af ter hospitalization, oxidase negative and gram positive bacterial growth was observed in both blood and CSF cultures. The isolates were identif ied as L.monocytogenes by conventional methods and an automated identif ication system (VITEC 2, BioMerieux, France) and the isolates were susceptible to all tested antibiotic by using disk diff usion method. The empirical treatment with meropenem was changed to ampicillin. No microbial growth was observed in control cultures and the patient was discharged uneventf ully. This case was presented to emphasize the necessity of keeping L.monocytogenes in mind as a rare cause of meningitis and bacteremia especially in non-immunocompetent patients

Determination of Resistance Mutation in Chronic Hepatitis B Patients Using Antiviral Drugs at Our Hospital

Amaç: Bu çalışmada, hastanemizde antiviral terapi almış/alan kronik hepatit B virüs (HBV) enfeksiyonu olan hastalarda ilaç direncinden sorumlu mutasyonların belirlenmesi, hastaların verilen tedavi ve HBV-DNA düzeyleri yönünden incelenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntemler: Necmettin Erbakan Üniversitesi Meram Tıp Fakültesi Hastanesi'nde Ocak 2010 - Ocak 2015 tarihleri arasında kronik hepatit B enfeksiyonu tanısı ile takip edilen hastalardan alınan ve hastanemiz mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen 131 örnek ters hibridizasyon temeline dayalı INNO-LiPA HBV DR v2 yöntemi ile çalışıldı ve sonuçlar retrospektif olarak incelendi. Bulgular: Yüz otuz bir örneğin 12'sinde (%9,1) mutasyon saptanmıştır. On örnekte lamuvidin direncine neden olan tirozin, metiyonin, aspartat, aspartat (YMDD) motif değişikliği belirlenirken bunların 7'si M204I tirozin, izolösin, aspartat, aspartat (YIDD), 4'ü M204V tirozin, valin, aspartat, aspartat (YVDD) şeklinde izlenmiştir. Altı örnekte çoklu mutasyon (birer örnekte M204VM204IL180I, YVDDL180MV/G173L, YIDDL180M, YIDDL80V; ikişer örnekte YIDDL80I, YVDDL180M), 3 örnekte tekli mutasyon (iki örnekte YIDD, birer örnekte N236T ve L80V) saptanmıştır. Direnç geni tespit edilen hastaların 6-12 ay sonra yapılan kontrol HBV-DNA düzeyleri incelenmiş ve 12 hastanın 11'inde DNA düzeyinde düşüş izlenmiştir.Sonuç: LiPA yöntemi ile sınırlı sayıda mutasyon incelenebildiği için, alınan ilaca karşı dirence neden olan farklı mutasyon paternlerinin saptanamayacağı, bu genleri saptamaya olanak veren sekanslama gibi ek bir yönteme başvurmanın faydalı olacağı kanaatine varılmıştır. Ayrıca ilaç direnci nedeniyle meydana gelen tedavi başarısızlığı sonucunda, daha önce kullanılmamış yeni bir ilaç ile tedaviye devam edilecekse, bu antivirale karşı direnç oluşturan mutasyonların da bulunma ihtimalinin göz ardı edilmemesi gerektiği düşünülmüştürObjective: In this study, it is aimed to determine the mutations responsible for drug resistance in patients with chronic hepatitis B virus (HBV) infection received/receiving antiviral treatment at our hospital and to examine the patients in terms of the treatment applied and their HBV-DNA levels. Materials and Methods: One hundred and thirty-one samples taken from patients diagnosed with chronic hepatitis B infection between January 2010 and January 2015 at Necmettin Erbakan University Meram Faculty of Medicine Hospital were studied with reverse hybridization principle-based INNO-LiPA HBV DR v2 method and the results were evaluated retrospectively. Results: Mutation was determined in 12 samples (9.1%). While tyrosine, methionine, aspartate, aspartate (YMDD) pattern change causing lamuvidine resistance was determined in 10 samples, 7 of them were observed to be M204I tyrosine, isoleucine, aspartate, aspartate (YIDD) and 4 were M204V tyrosine, valine, aspartate, aspartate (YVDD). Multiple mutations were determined in six samples (M204VM204IL180I, YVDDL180MV/G173L, YIDDL180M, YIDDL80V in one each and YIDDL80I, YVDDL180M in two each) and single mutation was determined in 3 samples (YIDD in two samples and N236T and L80V in one each). Control HBV-DNA levels were evaluated in patients with resistance gene after 6-12 months and a decrease in DNA level was observed in 11 of 12 patients. Conclusion: Since a limited number of mutations can be examined via LiPA method, it is concluded that different mutation patterns causing drug resistance cannot be determined and it will be beneficial to use an additional method such as sequencing that enables to determine these genes. Additionally, as a result of treatment failure due to drug resistance, if the treatment will be continued with a novel drug that is not used before, it is considered that the possibility of the presence of mutations causing a resistance against this antiviral should not be neglecte