SSR Locator: Tool for Simple Sequence Repeat Discovery Integrated with Primer Design and PCR Simulation

Microsatellites or SSRs (simple sequence repeats) are ubiquitous short tandem duplications occurring in eukaryotic organisms. These sequences are among the best marker technologies applied in plant genetics and breeding. The abundant genomic, BAC, and EST sequences available in databases allow the survey regarding presence and location of SSR loci. Additional information concerning primer sequences is also the target of plant geneticists and breeders. In this paper, we describe a utility that integrates SSR searches, frequency of occurrence of motifs and arrangements, primer design, and PCR simulation against other databases. This simulation allows the performance of global alignments and identity and homology searches between different amplified sequences, that is, amplicons. In order to validate the tool functions, SSR discovery searches were performed in a database containing 28 469 nonredundant rice cDNA sequences

Resistência anti-helmíntica em nematódeos gastrointestinais na ovinocultura: uma revisão / Anthelmintic resistance in gastrointestinal nematodes in sheep: any review

A ovinocultura é uma importante área de captação de recursos para a economia brasileira, especialmente para o estado do Rio Grande do Sul.  Entretanto, apresenta como um dos principais entraves ao seu desenvolvimento, as parasitoses gastrointestinais, pois acarretam anemia, perda de peso, desnutrição, entre outros problemas, podendo, inclusive, ocasionar a morte de indivíduos do rebanho. O tratamento mais eficaz frente às endoparasitoses ainda é o uso de fármacos anti-helmínticos. No entanto, atualmente há uma dificuldade ainda maior no controle destas infecções, que é a resistência aos medicamentos disponíveis. Essa deficiência na ação dos produtos disponíveis no mercado, a falta de novos compostos ativos e questões relacionadas ao bem-estar dos animais fazem crescer a pesquisa de novos produtos bioativos das plantas

Resurrection of Lippia rodriguezii (Verbenaceae) an Endemic and threatened species of the grasslands of Misiones Province, Argentina

Lippia rodriguezii (Verbenaceae) is resurrected as a distinct species after being previously placed under synonymy of L. asperrima. An updated morphological description of L. rodriguezii and a discussion on the differences between this species and L. asperrima are presented. Lippia rodriguezii is recognized as an endangered species, endemic to a narrow region of grasslands in Misiones Province, northeastern Argentina.Fil: Moreira, Bárbara Pinheiro. Universidade Federal do Pampa; BrasilFil: Keller, Hector Alejandro. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Botánica del Nordeste. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del Nordeste; ArgentinaFil: de Souza, Velci Queiroz. Universidade Federal do Pampa; BrasilFil: Deble, Leonardo Paz. Universidade Federal do Pampa; Brasil. Universidade Federal de Santa Maria; Brasi

Movimentação de Trigona spinipes (Fabricius) na Mimosa scabrella (Bentham) em função de fatores climáticos

The pest damage to forest trees deserves a significant attention because it can cause severaldamages on wood, twigs, leaves and seeds of many species, so the aim of this study was to recordand characterize, in an unprecedented way as literature, the occurrence of Trigona spinipes, intrees bracatinga (Mimosa scabrella) and relate their incidence with meteorological elements. Thestudy was conducted during the months of September and October 2009, where we evaluated theoccurrence of insect along the branches, trunk and canopy damage action, rhythms of activity,time and favorable conditions for the higher incidence in the plant. The insect attacked 65.8% oftrees in the experimental area and caused a mortality rate of 50%. The period of greatest movementBee was observed between 12:00 and 14:00, under conditions of high average temperature (20.7° C) and solar radiation (2253.96 kJ m²). In an unprecedented manner, records the occurrence ofTrigona spinipes in Mimosa scabrella. Movement of spinipes Trigona is influenced by variation inclimatic factors.O dano de pragas às essências florestais merece uma relevante atenção, pois pode causar diversos prejuízos na madeira, galhos, folhas e sementes de diversas espécies, portanto, o objetivo deste trabalho foi registrar e caracterizar, de maneira inédita, conforme levantamento bibliográfico, a ocorrência de Trigona spinipes, em árvores de bracatinga (Mimosa scabrella); identificar o local da árvore com maior ocorrência e relacionar a sua incidência com os elementos meteorológicos. O estudo foi realizado durante os meses de setembro e outubro de 2009, onde foi avaliada a ocorrência do inseto ao longo dos galhos, caule e copa, ação de dano, ritmos de atividades, horário e condições favoráveis para a maior incidência na planta. O inseto atacou 65,8% das árvores existentes na área experimental e provocou um índice de mortalidade de 50%. O período de maior movimentação da abelha foi observado entre 12h00min e 14h00min, sob condições de alta temperatura média (20,7 °C) e radiação solar (2253,96 kj m²). De acordo com a ocorrência, a bracatinga é altamente susceptível ao ataque de Trigona spinipes. Os danos provocados por este inseto deixam a planta debilitada e causam alto índice de mortalidade. A movimentação das abelhas apresentou correlação significativa com todos os elementos meteorológicos estudados.

Correlations between insect resistance and horticultural traits in potatoes

The objective of this study was to determine relationships between insect resistance and some horticulturaltraits and the implications on selection. A potato population of 11 clonal families derived from crosses between insect resistantand genotypes adapted to the southern region of Brazil was used. The following traits were evaluated: plant size and vigor,incidence of insect attacks on leaves and tubers, tuber yield and appearance components. Phenotypic and genotypic correlationsbetween leaf and tuber resistance were not significant for the population, while phenotypic correlations between the tworesistance types were significant for individual families, with exception of the family originated from the cross involvingND263-32. The incidence of insect attacks on tubers was significantly correlated with tuber yield and appearance in familiesderived from crosses of NYL235-4. The manifold correlations of leaf resistance with horticultural traits for all families weresignificant and unfavorable

NOTE-Estimate of cross efficiency of potato parents

The objective of this study was to estimate the cross efficiency of 43 genotypes frequently used as parents in thepotato breeding program of Embrapa Clima Temperado. The study was conducted under greenhouse conditions in theseasons autumn and winter/spring, from 2000 to 2004, in Pelotas, RS, Brazil. For each cross, the number of pollinated flowerbuds, the fruit-set and the number of seeds were recorded. Each season, in which the genotype was crossed, was considereda replication. The data were analyzed using the REML/BLUE statistic model. Male parents adapted to the ecological conditionsof the southern regions of Brazil presented higher efficiency in crosses than female parents. Genotypes used as male parentsinfluenced the number of seeds per flower bud more than female parents

Biomassa florestal em plantios de curta rotação para obtenção de recursos dendroenergéticos

Este trabalho tem como objetivo determinar a capacidade de produção de biomassa da parte aérea (madeira, casca, galho, folha) das espécies florestais: Acacia mearnsii De Wild, Eucalyptus grandis W. Hill ex Maiden, Mimosa scabrella Benth e Ateleia glazioviana Baill distribuídas em diferentes espaçamentos em plantio: 2,0 x 1,0 m, 2,0 x 1,5 m, 3,0 x 1,0 m e 3,0 x 1,5 m, nas idades de 1 e 3 anos. O presente trabalho foi realizado em um experimento conduzido no município de Frederico Westphalen-RS. O experimento foi instalado utilizando o delineamento experimental de blocos completos casualizados em três repetições, no esquema de parcelas subdivididas. A determinação da biomassa consistiu na derrubada e pesagem dos diferentes compartimentos das árvores. Para a madeira e casca foram retirados discos de 2,0 cm de espessura nas posições do tronco: 0% (base), 25%, 50%, 75% e 100% da altura total. Já para biomassa de galho e folha, foram retiradas amostras estratificadas e determinadas seu peso final. O aumento da densidade de plantio apresentou relação direta com a produção de biomassa por unidade de área nos diferentes anos de avaliação. A maior produção de biomassa foi observada nos espaçamentos mais adensados e concentrou-se principalmente no tronco e nos galhos das árvores. As espécies que se destacaram foram Eucalyptus grandis e Acacia mearnsii. Já a Ateleia glazioviana apresentou a menor produção de biomassa por unidade de área