PLOTREP: a web tool for defragmentation and visual analysis of dispersed genomic repeats

Identification of dispersed or interspersed repeats, most of which are derived from transposons, retrotransposons or retrovirus-like elements, is an important step in genome annotation. Software tools that compare genomic sequences with precompiled repeat reference libraries using sensitive similarity-based methods provide reliable means of finding the positions of fragments homologous to known repeats. However, their output is often incomplete and fragmented owing to the mutations (nucleotide substitutions, deletions or insertions) that can result in considerable divergence from the reference sequence. Merging these fragments to identify the whole region that represents an ancient copy of a mobile element is challenging, particularly if the element is large and suffered multiple deletions or insertions. Here we report PLOTREP, a tool designed to post-process results obtained by sequence similarity search and merge fragments belonging to the same copy of a repeat. The software allows rapid visual inspection of the results using a dot-plot like graphical output. The web implementation of PLOTREP is available at

A szimbiotikus gümő kialakulásában résztvevő két gén azonosítása Medicago truncatula-ból térképezésen alapuló génizolálással. = Isolation of two Medicago truncatula genes involved in the development of the symbiotic nodule by map-based cloning.

A pályázat célja a Sinorhizobium meliloti és a Medicago truncatula között létrejövő szimbiotikus nitrogénkötő kapcsolat kialakításában résztvevő két M. truncatula gén (DMI1 és PDL) azonosítása volt. A mutánsok szimbiotikus fenotípusa azt valószínűsítette, hogy a mutációt szenvedett gének termékei a szimbiotikus gümő kialakulásának korai szakaszában, a bakteriális jelmolekula (Nod faktor) által elindított szignálútban, illetve a gümő organogenezisben vesznek részt. A gének azonosítását térképezésen alapuló génizolálással végeztük el, az izolált gének azonosságát pedig genetikai komplementációs kísérletekkel igazoltuk. Az DMI1 gén egy olyan fehérjét kódol, amely nem mutat hasonlóságot semmilyen eddig ismert növényi fehérjével, vagy annak alegységével. Tartalmaz viszont egy konzervativ domént, amely kisebb mértékű, de az egész doménre kiterjedő hasonlóságot mutatott bakteriális kálium csatornák TrkA doménjével, így a DMI1 fehérje feltételezhetően kation csatornaként, vagy annak alegységeként működik. A PDL gén klónozása során azonosítottunk egy AP2-típusú domént tartalmazó ERF típusú transzkripciós faktort kódoló gént, amely tartalmazott egy mutációt a pdl mutánsban. Együttműködő partnerünkkel bizonyítottuk a gén azonosságát és kimutattuk, hogy a gén szükséges a Nod faktor által indukált nodulin gén expresszióhoz, és meghatároztuk a Nod factor szignálútban elfoglalt helyét. | The aim of this project was to identify two Medicago truncatula genes, DMI1 and PDL which are required to establish symbiotic nitrogen fixing interaction between Sinorhizobium meliloti and M. truncatula. Based on the mutant phenotype, DMI1 and PDL were proposed to act in the Nod factor signal transduction pathway and revealed that the DMI protein is essential to enable mycorrhizal associations. The DMI1 and PDL genes were identified in cooperation with other laboratories by map-based cloning; that is 'chromosomal walking' starting from the closely linked molecular markers to the mutant genes were carried out. Transformation experiments were performed using the wild type genes to complement the mutant phenotypes genetically. The DMI1 gene encodes a protein with low global similarity to a ligand-gated cation channel domain of archaea. The pdl mutant was allelic to the bit1 mutant that shows a slightly different mutant phenotype and the two genes were renamed as ERN (ERF Required for Nodulation). ERN encodes a protein containing a highly conserved AP2 DNA binding domain. We identified the position of ERN in the Nod factor signal transduction pathway and showed that ERN is necessary for Nod factor?induced gene expression

Molekuláris mechanizmusok vizsgálata a vestibularis rendszer fejlődése, regenerációja és plaszticitása során = Investigation of molecular mechanisms in the development, regeneration and plasticity of vestibular system

Csirkeembriók gerincvelőjében és agytörzsében kimutattuk, hogy a neuronok körüli, extracellularis matrixban (ECM) gazdag perineuronalis háló (PNN) az embrionális életben megjelenik, míg az emlősökben csak postnatalisan alakul ki. Ez arra utal, hogy a fészekhagyó madaraknál a kikeléskor megfigyelhető, koordinált mozgás hátterében álló neuronhálózat már az embrionális korban stabilizálódik. Leírtuk az ECM molekulák heterogén megoszlását a PNN-ben a vestibularis magokban, a kisagyban és a szemmozgató agyidegi magokban. A molekuláris heterogenitás magyarázhatja a neuronok eltérő viselkedését a regenerációs és a plaszticitási folyamataiban. A PNN békában csak hyaluronsavat (HA) tartalmaz, míg patkányban chondroitin szulfát proteoglycant (CSPG) is, ami összefüggésben lehet az alacsonyabbrendű élőlények idegrendszerének jelentős regenerációs képességével. A n. VIII. átvágása után kimutattuk, hogy a béka vestibularis magjaiban a HA, patkányban pedig a HA és a CSPG változása időbeli egyezést mutat kompenzációs folyamatokkal. A vestibularis rendszerhez tartozó neuronhálózatokban kimutattuk a vestibularis afferensek monoszinaptikus kapcsolatait és a neuronhálózatokban résztvevő motoneuronok közötti dendrodendritikus és dendroszomatikus kontaktusokat. Ezek a kapcsolatok képezhetik a morfológiai alapját a vestibularis ingerlést követő válaszok gyors és pontos kivitelezésének. Kvantitatív analízissel a patkány nucleus cochlearis dorsalisában azonosítottuk az óriás és a piramis sejteket. | Distribution pattern of extracellular matrix (ECM) showed that the perineuronal net (PNN), condensation of ECM around the neurons, appears in the spinal cord and brainstem of chicken embryos, contrary to the mammalian species. This finding suggests the early stabilization of neuronal circuit underlying the posture and gaze in the precocial birds. The heterogeneous molecular composition of ECM in the PNN of the vestibular nuclei, cerebellum and eye moving motoneurons may be responsible for the different degree of plasticity and regeneration of various parts of the central nervous system (CNS). The hyaluronan-rich and chondroitin sulfat proteoglycan-free PNN of the frog may be associated with the regeneration and plasticity of the frog CNS. Unilateral lesion of eighth cranial nerve is accompanied by the modification of ECM expression in the vestibular nuclei complex of the frog and rat. It was shown that the vestibular fibers establish monosynaptic contacts with the motoneurons of vestibular neuronal circuit. The dendrodendritic and dendrosomatic contacts between the motoneurons of vestibular neuronal circuits did not show any morphological specialization; the long membrane appositions may provide electrotonic interactions and subserve the morphological substrates of co-activation, synchronization and timing of muscle contraction upon body displacement. Giant and pyramidal cells of the dorsal cochlear nucleus were identified by using quantitative analysis of neurons

Mobile Interpreting of Heritage Values in Historical Cemeteries

The paper presents a mobile application introducing the heritage values in historical cemeteries. The application is developed for both the experts of the domain and people merely interested in the topic. Guided walks within the GUIDE@HAND audio tourist guide introduce several cemeteries of Europe. In order to support the participants of the international seminar on heritage values in historical cemeteries, the application includes a mobile conference guide, as well

Vapour sensing properties of graphene-covered gold nanoparticles

We investigated the vapour sensing properties of different graphene-gold hybrid nanostructures. We observed the shifts in the optical spectra near the local surface plasmon resonance of the gold nanoparticles by changing the concentration and nature of the analytes (ethanol, 2-propanol, and toluene). The smaller, dome-like gold nanoparticles proved to be more sensitive to these vapours compared to slightly larger, flat nanoparticles. We investigated how the optical response of the gold nanoparticles can be tuned with a corrugated graphene overlayer. We showed that the presence of graphene increased the sensitivity to ethanol and 2-propanol, while it decreased it towards toluene exposure (at concentrations higher than 30%). The slope changes observed on the optical response curves were discussed in the framework of capillary condensation. These results can have potential impact on the development of new sensors based on graphene-gold hybrids.Comment: 20 pages, 6 figure