Insights into Myodes glareolus / Puumala hantavirus interactions from rodent immunogenetics

Nephropathia epidemica (NE) is a mild form of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) caused by the hantavirus Puumala (PUUV). In Europe, its distribution is fragmented, whereas the bank vole Myodes glareolus, which is the reservoir of PUUV, is common all over the continent. Determining the causes underlying this heterogeneity is of main importance to better understand and prevent the risks of NE emergence. Besides climatic and ecological hypotheses, we have proposed that the geographic variability of bank vole immune responses to PUUV infection could shape differences in PUUV prevalence, and consequently NE incidence. We have tested this hypothesis by studying polymorphisms and / or expression levels of six candidate genes involved in the immune response to PUUV (DRB-MHC, TNF-alpha promoter, TLR4, TLR7, Mx2, Integrin bêta3) on ten populations of bank voles sampled in the French Ardennes, along a North-South transect including PUUV endemic and non-endemic areas. Signatures of selection have been evidenced for TNF-alpha and Mx2 genes using population genetics (FST scan) and genotype - phenotype association approaches. These genes have antiviral properties but also induce immunological damages, what make them central for driving a balance of resistance / tolerance to PUUV. Bank voles vary in their basal ability to tolerate/resist to PUUV. In high PUUV prevalence areas, TNF-alpha and Mx2 expression seemed down-regulated what suggest selection or phenotypic plasticity for higher tolerance to PUUV, at the benefit of lower immunopathological costs. Some of these results have been confirmed at the European scale.Le campagnol roussâtre Myodes glareolus est le réservoir de l’hantavirus Puumala (PUUV), responsable chez l’Homme d’une forme atténuée de Fièvre Hémorragique à Syndrome Rénal (FHSR), la Néphropathie Épidémique (NE). En Europe, l’incidence de la NE présente, malgré la distribution continue du réservoir, une forte variabilité géographique dont les causes ne sont à ce jour pas identifiées. Aux hypothèses climatiques et paysagères, nous proposons que des facteurs intrinsèques aux campagnols puissent également être impliqués. Une plus forte tolérance à l’infection par le virus PUUV, chez certains campagnols roussâtres, favoriserait la persistance et la transmission de ce virus, ce qui devrait accroître le risque de NE chez l’Homme. Nous avons testé cette hypothèse en étudiant les polymorphismes et/ou les niveaux d'expression de six gènes candidats impliqués dans la réponse immunitaire à PUUV (DRB-CMH, promoteur du TNF-alpha, TLR4, TLR7, Mx2, intégrine bêta3) chez dix populations de campagnols échantillonnées le long d’un axe nord/sud dans les Ardennes françaises, couvrant des zones endémiques et non endémiques à PUUV. Des signatures de sélection ont été détectées pour TNF-alpha et Mx2 grâce à des approches de génétique des populations (scan FST) et d’associations génotypes / phénotypes. Ces gènes codent des protéines dont les propriétés antivirales sont connues, mais qui induisent des coûts immunopathologiques importants. Ils pourraient donc jouer un rôle central dans une balance de tolérance / résistance à PUUV. De plus, dans les zones d’endémie, les gènes TNF-alpha et Mx2 sont sous-exprimés, ce qui suggère l’évolution d’une plus forte tolérance à PUUV, potentiellement au bénéfice d’un moindre coût immunopathologique. Certains de ces résultats ont été confirmés à l’échelle européenn

Des protéines de pois pour les aliments de demain : de la composition chimique aux modèles statistiques, pour comprendre les mécanismes à l’origine des perceptions de beany, d’amertume et d’astringence

Face à la croissance démographique et la crise climatique à venir, comment proposer un régime alimentaire plus riche en protéines végétales? L’utilisation de légumineuses telles que le pois dans les aliments permettrait de contribuer à l’évolution de cette offre. Cependant, l’amertume, les notes aromatiques «beany» et la rémanence de ces ingrédients sont des freins à leur utilisation. L'objectif de ce doctorat était de comprendre l’origine de la perception des isolats protéiques de pois à partir de leur composition (en molécules volatiles et non volatiles), puis d’étudier le rôle de la composition d’aliments formulés avec ces ingrédients protéiques sur les propriétés physicochimiques et les perceptions au cours du processus oral. Pour cela, une stratégie originale et multidisciplinaire a été mise en place combinant analyse sensorielle, physico-chimie et statistique. Un plan de mélange a été construit pour développer une gamme de 23 solutions formulées à partir de 6 fractions issues d’isolats protéiques de pois commerciaux. Un profil a permis de caractériser les propriétés sensorielles de ces solutions. En parallèle, leurs compositions en composés volatiles, peptides, composés phytochimiques (acides phénoliques, flavonoïdes et terpénoïdes), sucres et minéraux ont été caractérisées. Les relations entre les profils sensoriels et compositions chimiques ont été analysées à l'aide de corrélations de Pearson et de modèles linéaires (Partial-Least-Square) et non linéaires (Artificial Neural Network). A partir de ces solutions de pois, 79 molécules volatiles ont pu être identifiées, dont 34 corrélées aux notes « beany » ; 3500 peptides dont 14 corrélés à l’amertume ; et 54 molécules phytochimiques dont 29 corrélés à l'amertume et l’astringence. Puis, des modèles PLS multi-blocs ont été réalisés pour identifier le rôle relatif de ces blocs de composés de nature différente sur les perceptions « beany », amères et astringente. La seconde partie du travail s’est intéressée à comprendre comment la formulation d’une boisson à base de pois peut moduler les perceptions. Une large gamme de boissons végétales a alors été développée en faisant varier le type de protéines utilisées, la teneur en matière grasse, en épaississant et en sel. Les propriétés sensorielles temporelles ont été évaluées lors de la consommation d’une bouchée, mais aussi d’une portion entière d'aliment, ainsi que les propriétés rhéologiques et les composés volatiles. Les résultats ont montré que les notes beany et d’amertume dépendent principalement du type de protéine et de la teneur en gellane. L’astringence, fortement persistante, peut être limitée par la formulation. De plus, les propriétés rhéologiques permettent une prédiction fiable des perceptions d’astringence. Enfin, les profils en molécules volatiles, fortement affectés par la présence de salive, ont permis de montrer le rôle clés du processus oral sur ces perceptions. Au-delà des approches méthodologiques originales et des connaissances nouvelles sur les produits, ces travaux ouvrent sur des pistes pour revisiter les procédés de fractionnement du pois et aider à la mise en œuvre des ingrédients protéiques végétaux dans des aliments, afin de diminuer leurs défauts sensoriels.With population growth and the coming climate crisis, how can we offer a diet with higher levels of plant proteins? The use of pulses such as peas in foods would contribute to the evolution of this offer. However, their bitterness, their "beany" aromatic notes and their persistence are obstacles to their use. The objective of this PhD was to understand the role of their composition (volatile and non-volatile compounds) on perceptions. The role of food formulation was also studied on their physicochemical properties and perceptions during the oral process. For this, an original and multidisciplinary strategy combining sensory analysis, physico-chemistry and statistics was set up. A mixing plan was built to create a range of 23 solutions formulated from 6 fractions derived from commercial pea protein isolates. A profile was used to characterize the perceptions of these solutions In parallel, their compositions in volatile compounds, peptides, phytochemical compounds (phenolic acids, flavonoids and terpenoids), carbohydrates and minerals were characterized. The links between sensory and chemical profiles were analysed using Pearson correlations, linear (Partial-Least-Square) and non-linear (Artificial Neural Network) models. From these pea solutions, 79 volatile compounds were identified, including 34 correlated to beany notes; 3500 peptides including 14 correlated to bitterness; and 54 phytochemical compounds, including 29 correlated to bitterness and astringency. Then, multi-block PLS models were carried out to identify the relative role of these blocks of chemical compounds on beany, bitter and astringent perceptions. The second part of the work focused on understanding how the formulation of a pea-based beverages can modulate perceptions. A wide range of plant beverages was then developed by varying the type of proteins and the fat, texturizing and salt contents. The temporal sensory properties were evaluated when consuming a spoon, but also a whole portion of food; rheological properties and volatile compound profiles were determined. The results showed that the beany and bitterness notes depend mainly on the type of protein and gellan content. Astringency, which is highly persistent, can be limited by the formulation. In addition, rheological properties allow a reliable prediction of astringency perceptions. Finally, volatile molecule profiles, strongly affected by the presence of saliva, have shown the key role of the oral process on these perceptions. Beyond the original methodological approaches and new knowledge on products, this work opens up avenues to revisit pea fractionation processes and help the formulation of plant protein in foods, in order to reduce their off-notes

Des protéines de pois pour les aliments de demain : de la composition chimique aux modèles statistiques, pour comprendre les mécanismes à l’origine des perceptions de beany, d’amertume et d’astringence

With population growth and the coming climate crisis, how can we offer a diet with higher levels of plant proteins? The use of pulses such as peas in foods would contribute to the evolution of this offer. However, their bitterness, their "beany" aromatic notes and their persistence are obstacles to their use. The objective of this PhD was to understand the role of their composition (volatile and non-volatile compounds) on perceptions. The role of food formulation was also studied on their physicochemical properties and perceptions during the oral process. For this, an original and multidisciplinary strategy combining sensory analysis, physico-chemistry and statistics was set up. A mixing plan was built to create a range of 23 solutions formulated from 6 fractions derived from commercial pea protein isolates. A profile was used to characterize the perceptions of these solutions In parallel, their compositions in volatile compounds, peptides, phytochemical compounds (phenolic acids, flavonoids and terpenoids), carbohydrates and minerals were characterized. The links between sensory and chemical profiles were analysed using Pearson correlations, linear (Partial-Least-Square) and non-linear (Artificial Neural Network) models. From these pea solutions, 79 volatile compounds were identified, including 34 correlated to beany notes; 3500 peptides including 14 correlated to bitterness; and 54 phytochemical compounds, including 29 correlated to bitterness and astringency. Then, multi-block PLS models were carried out to identify the relative role of these blocks of chemical compounds on beany, bitter and astringent perceptions. The second part of the work focused on understanding how the formulation of a pea-based beverages can modulate perceptions. A wide range of plant beverages was then developed by varying the type of proteins and the fat, texturizing and salt contents. The temporal sensory properties were evaluated when consuming a spoon, but also a whole portion of food; rheological properties and volatile compound profiles were determined. The results showed that the beany and bitterness notes depend mainly on the type of protein and gellan content. Astringency, which is highly persistent, can be limited by the formulation. In addition, rheological properties allow a reliable prediction of astringency perceptions. Finally, volatile molecule profiles, strongly affected by the presence of saliva, have shown the key role of the oral process on these perceptions. Beyond the original methodological approaches and new knowledge on products, this work opens up avenues to revisit pea fractionation processes and help the formulation of plant protein in foods, in order to reduce their off-notes.Face à la croissance démographique et la crise climatique à venir, comment proposer un régime alimentaire plus riche en protéines végétales? L’utilisation de légumineuses telles que le pois dans les aliments permettrait de contribuer à l’évolution de cette offre. Cependant, l’amertume, les notes aromatiques «beany» et la rémanence de ces ingrédients sont des freins à leur utilisation. L'objectif de ce doctorat était de comprendre l’origine de la perception des isolats protéiques de pois à partir de leur composition (en molécules volatiles et non volatiles), puis d’étudier le rôle de la composition d’aliments formulés avec ces ingrédients protéiques sur les propriétés physicochimiques et les perceptions au cours du processus oral. Pour cela, une stratégie originale et multidisciplinaire a été mise en place combinant analyse sensorielle, physico-chimie et statistique. Un plan de mélange a été construit pour développer une gamme de 23 solutions formulées à partir de 6 fractions issues d’isolats protéiques de pois commerciaux. Un profil a permis de caractériser les propriétés sensorielles de ces solutions. En parallèle, leurs compositions en composés volatiles, peptides, composés phytochimiques (acides phénoliques, flavonoïdes et terpénoïdes), sucres et minéraux ont été caractérisées. Les relations entre les profils sensoriels et compositions chimiques ont été analysées à l'aide de corrélations de Pearson et de modèles linéaires (Partial-Least-Square) et non linéaires (Artificial Neural Network). A partir de ces solutions de pois, 79 molécules volatiles ont pu être identifiées, dont 34 corrélées aux notes « beany » ; 3500 peptides dont 14 corrélés à l’amertume ; et 54 molécules phytochimiques dont 29 corrélés à l'amertume et l’astringence. Puis, des modèles PLS multi-blocs ont été réalisés pour identifier le rôle relatif de ces blocs de composés de nature différente sur les perceptions « beany », amères et astringente. La seconde partie du travail s’est intéressée à comprendre comment la formulation d’une boisson à base de pois peut moduler les perceptions. Une large gamme de boissons végétales a alors été développée en faisant varier le type de protéines utilisées, la teneur en matière grasse, en épaississant et en sel. Les propriétés sensorielles temporelles ont été évaluées lors de la consommation d’une bouchée, mais aussi d’une portion entière d'aliment, ainsi que les propriétés rhéologiques et les composés volatiles. Les résultats ont montré que les notes beany et d’amertume dépendent principalement du type de protéine et de la teneur en gellane. L’astringence, fortement persistante, peut être limitée par la formulation. De plus, les propriétés rhéologiques permettent une prédiction fiable des perceptions d’astringence. Enfin, les profils en molécules volatiles, fortement affectés par la présence de salive, ont permis de montrer le rôle clés du processus oral sur ces perceptions. Au-delà des approches méthodologiques originales et des connaissances nouvelles sur les produits, ces travaux ouvrent sur des pistes pour revisiter les procédés de fractionnement du pois et aider à la mise en œuvre des ingrédients protéiques végétaux dans des aliments, afin de diminuer leurs défauts sensoriels

Synthèse de la session : "Les espaces protégés de montagne, Territoires d'interface entre science et gestion"

International audienceCette session du colloque a permis d'aborder différents types d'interface existant au sein des espaces protégés de montagne entre le monde de la recherche et les gestionnaires

Des protéines de pois pour les aliments de demain : de la composition chimique aux modèles statistiques, pour comprendre les mécanismes à l’origine des perceptions de beany, d’amertume et d’astringence

With population growth and the coming climate crisis, how can we offer a diet with higher levels of plant proteins? The use of pulses such as peas in foods would contribute to the evolution of this offer. However, their bitterness, their "beany" aromatic notes and their persistence are obstacles to their use. The objective of this PhD was to understand the role of their composition (volatile and non-volatile compounds) on perceptions. The role of food formulation was also studied on their physicochemical properties and perceptions during the oral process. For this, an original and multidisciplinary strategy combining sensory analysis, physico-chemistry and statistics was set up. A mixing plan was built to create a range of 23 solutions formulated from 6 fractions derived from commercial pea protein isolates. A profile was used to characterize the perceptions of these solutions In parallel, their compositions in volatile compounds, peptides, phytochemical compounds (phenolic acids, flavonoids and terpenoids), carbohydrates and minerals were characterized. The links between sensory and chemical profiles were analysed using Pearson correlations, linear (Partial-Least-Square) and non-linear (Artificial Neural Network) models. From these pea solutions, 79 volatile compounds were identified, including 34 correlated to beany notes; 3500 peptides including 14 correlated to bitterness; and 54 phytochemical compounds, including 29 correlated to bitterness and astringency. Then, multi-block PLS models were carried out to identify the relative role of these blocks of chemical compounds on beany, bitter and astringent perceptions. The second part of the work focused on understanding how the formulation of a pea-based beverages can modulate perceptions. A wide range of plant beverages was then developed by varying the type of proteins and the fat, texturizing and salt contents. The temporal sensory properties were evaluated when consuming a spoon, but also a whole portion of food; rheological properties and volatile compound profiles were determined. The results showed that the beany and bitterness notes depend mainly on the type of protein and gellan content. Astringency, which is highly persistent, can be limited by the formulation. In addition, rheological properties allow a reliable prediction of astringency perceptions. Finally, volatile molecule profiles, strongly affected by the presence of saliva, have shown the key role of the oral process on these perceptions. Beyond the original methodological approaches and new knowledge on products, this work opens up avenues to revisit pea fractionation processes and help the formulation of plant protein in foods, in order to reduce their off-notes.Face à la croissance démographique et la crise climatique à venir, comment proposer un régime alimentaire plus riche en protéines végétales? L’utilisation de légumineuses telles que le pois dans les aliments permettrait de contribuer à l’évolution de cette offre. Cependant, l’amertume, les notes aromatiques «beany» et la rémanence de ces ingrédients sont des freins à leur utilisation. L'objectif de ce doctorat était de comprendre l’origine de la perception des isolats protéiques de pois à partir de leur composition (en molécules volatiles et non volatiles), puis d’étudier le rôle de la composition d’aliments formulés avec ces ingrédients protéiques sur les propriétés physicochimiques et les perceptions au cours du processus oral. Pour cela, une stratégie originale et multidisciplinaire a été mise en place combinant analyse sensorielle, physico-chimie et statistique. Un plan de mélange a été construit pour développer une gamme de 23 solutions formulées à partir de 6 fractions issues d’isolats protéiques de pois commerciaux. Un profil a permis de caractériser les propriétés sensorielles de ces solutions. En parallèle, leurs compositions en composés volatiles, peptides, composés phytochimiques (acides phénoliques, flavonoïdes et terpénoïdes), sucres et minéraux ont été caractérisées. Les relations entre les profils sensoriels et compositions chimiques ont été analysées à l'aide de corrélations de Pearson et de modèles linéaires (Partial-Least-Square) et non linéaires (Artificial Neural Network). A partir de ces solutions de pois, 79 molécules volatiles ont pu être identifiées, dont 34 corrélées aux notes « beany » ; 3500 peptides dont 14 corrélés à l’amertume ; et 54 molécules phytochimiques dont 29 corrélés à l'amertume et l’astringence. Puis, des modèles PLS multi-blocs ont été réalisés pour identifier le rôle relatif de ces blocs de composés de nature différente sur les perceptions « beany », amères et astringente. La seconde partie du travail s’est intéressée à comprendre comment la formulation d’une boisson à base de pois peut moduler les perceptions. Une large gamme de boissons végétales a alors été développée en faisant varier le type de protéines utilisées, la teneur en matière grasse, en épaississant et en sel. Les propriétés sensorielles temporelles ont été évaluées lors de la consommation d’une bouchée, mais aussi d’une portion entière d'aliment, ainsi que les propriétés rhéologiques et les composés volatiles. Les résultats ont montré que les notes beany et d’amertume dépendent principalement du type de protéine et de la teneur en gellane. L’astringence, fortement persistante, peut être limitée par la formulation. De plus, les propriétés rhéologiques permettent une prédiction fiable des perceptions d’astringence. Enfin, les profils en molécules volatiles, fortement affectés par la présence de salive, ont permis de montrer le rôle clés du processus oral sur ces perceptions. Au-delà des approches méthodologiques originales et des connaissances nouvelles sur les produits, ces travaux ouvrent sur des pistes pour revisiter les procédés de fractionnement du pois et aider à la mise en œuvre des ingrédients protéiques végétaux dans des aliments, afin de diminuer leurs défauts sensoriels

Point de vue de sociologue sur la réforme des parcs nationaux français : introduction aux débats du CNPN sur les chartes de parcs nationaux

[Departement_IRSTEA]Territoires [TR1_IRSTEA]DTAM [Axe_IRSTEA]DTAM2-ACPUB [Axe_IRSTEA]DTAM-QT2-ADAPTATIONLe CNPN est une instance rendant des avis au ministère de l'Ecologie sur l'ensemble des politiques publiques de la nature et de la biodiversité. En introduction du débat du CNPN sur les chartes de parcs nationaux, un point de vue de sociologue sur la réforme de 2006 permet de cerner les grandes lignes du contexte dans lequel s'inscrivent les chartes et des difficultés spécifiques que leur élaboration pose

Le programme "Alpages Sentinelles", une innovation institutionnelle ?

National audienceThe "Alpages Sentinelles" program is a knowledge production scheme on the adaptation of alpine meadows to global warming involving researchers, protected areas managers, but also breeders and shepherds. Its construction and implementation can be described as aninstitutional innovationLe programme "Alpages Sentinelles" est un dispositif de production de connaissance sur l'adaptation des alpages au réchauffement climatique qui implique des chercheurs, des gestionnaires d'espace protégé, mais aussi des éleveurs et des bergers. Sa construction et sa mise en oeuvre peut être décrite comme une innovation institutionnell

L'approche écosystémique à l'épreuve du terrain

International audienceThe ecosystem approach has not had the rapid and massive success that could be expected from its support by prominent biodiversity institutions, notably in national parks. We seek to explain this situation by analysing the effects of the shift from a focus on species to a focus on ecosystems on the conservation practitioners' work. Drawing on the case of a programme adopting the EA in the French Alps - the Sentinel Mountain Pastures Programme -, we show that the EA has profound effects on the cognitive, interactional, and affective dimensions of the practitioners' work, and that these effects vary according to the trajectories and positions of institutions and individuals. We recommend that tailored multidimensional support be provided to practitioners yet unfamiliar with the EA

Les institutions de la nature : un potentiel de recherche sociologique à développer

National audienceThere is a rising demand for sociology from organisations in charge of nature management and conservation. Sociologists can become involved in these organizations by participating in their scientific councils or by carrying out studies and researches. They enable these organizations to better know the discipline, enhance their reflexive capacity concerning their practices, and develop their inter- and transdisciplinary approaches. Their role ranges from accompanying ongoing transformations within the organizations to elaborating a critical analysis of discourses and logics underpinning the ecological transition. Developing this potential of sociological research requires changes at the organizations' level and clarifying and discussing the sociologists' roles.Les institutions chargées de gérer et de conserver la nature expriment une demande croissante de sociologie. Les sociologues peuvent s'y impliquer en participant à leurs conseils scientifiques et en réalisant des études et des recherches. Ils permettent aux institutions de la nature de se familiariser avec la discipline, d'augmenter leur réflexivité sur leurs pratiques et de développer des approches inter- et transdisciplinaires. Leur rôle peut aller de l'accompagnement pour favoriser les réformes en cours à une analyse critique des discours et des logiques qui sous-tendent la transition écologique. Développer ce potentiel de recherche sociologique passe par des changements au niveau des institutions et par une explicitation et une mise en débat du rôle des sociologues

Les politiques des aires protégées : un ancrage fragile dans le paysage institutionnel français

National audienceCe texte propose une présentation et une analyse, dans leurs grandes lignes, des politiques françaises des Aires Protégées (AP)