OBI: A computational tool for the analysis and systematization of the positive selection in proteins

There are multiple tools for positive selection analysis, including vaccine design and detection of variants of circulating drug-resistant pathogens in population selection. However, applying these tools to analyze a large number of protein families or as part of a comprehensive phylogenomics pipeline could be challenging. Since many standard bioinformatics tools are only available as executables, integrating them into complex Bioinformatics pipelines may not be possible. We have developed OBI, an open-source tool aimed to facilitate positive selection analysis on a large scale. It can be used as a stand-alone command-line app that can be easily installed and used as a Conda package. Some advantages of using OBI are: • It speeds up the analysis by automating the entire process • It allows multiple starting points and customization for the analysis • It allows the retrieval and linkage of structural and evolutive data for a protein through We hope to provide with OBI a solution for reliably speeding up large-scale protein evolutionary and structural analysis.Fil: Calvento, Julián H.. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; ArgentinaFil: Bulgarelli, Franco Leonardo. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; ArgentinaFil: Velez Rueda, Ana Julia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Enseñando programación funcional en la Universidad

Entre las tendencias actuales de desarrollo de software, una de las que se destaca es la que se podría categorizar como el redescubrimiento del estilo funcional de programación. Redescubrimiento, porque ciertamente el paradigma de programación funcional como tal ya tiene varias décadas, pero lo que para no pocos parecía una pieza de museo en los últimos años ha recuperado vigencia. Estilo, porque se trata de un conjunto de conceptos que se ven no solo en lenguajes de programacion estrictamente funcionales, sino en herramientas híbridas o incluso en lenguajes de otros paradigmas que incluyen ciertas caracteristicas funcionales. El riesgo es desaprovechar la potencia que las funciones tienen como abstracciones fundamentales en el paradigma y limitarlas a la concepción que hay de ellas desde la perspectiva imperativa. El desafío es utilizar al máximo las posibilidades del paradigma, lo que requiere de un especial esfuerzo en la formación de profesionales, que valore la especificidad de este modo de programar y encuentre los medios para hacerlo apropiadamente. En el presente trabajo se desarrolla una propuesta pedagógica en este sentido que incluye un itinerario formativo y un software educativo que lo acompaña y sostiene.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Enseñando programación funcional en la Universidad

Entre las tendencias actuales de desarrollo de software, una de las que se destaca es la que se podría categorizar como el redescubrimiento del estilo funcional de programación. Redescubrimiento, porque ciertamente el paradigma de programación funcional como tal ya tiene varias décadas, pero lo que para no pocos parecía una pieza de museo en los últimos años ha recuperado vigencia. Estilo, porque se trata de un conjunto de conceptos que se ven no solo en lenguajes de programacion estrictamente funcionales, sino en herramientas híbridas o incluso en lenguajes de otros paradigmas que incluyen ciertas caracteristicas funcionales. El riesgo es desaprovechar la potencia que las funciones tienen como abstracciones fundamentales en el paradigma y limitarlas a la concepción que hay de ellas desde la perspectiva imperativa. El desafío es utilizar al máximo las posibilidades del paradigma, lo que requiere de un especial esfuerzo en la formación de profesionales, que valore la especificidad de este modo de programar y encuentre los medios para hacerlo apropiadamente. En el presente trabajo se desarrolla una propuesta pedagógica en este sentido que incluye un itinerario formativo y un software educativo que lo acompaña y sostiene.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Enseñando programación funcional en la Universidad

Entre las tendencias actuales de desarrollo de software, una de las que se destaca es la que se podría categorizar como el redescubrimiento del estilo funcional de programación. Redescubrimiento, porque ciertamente el paradigma de programación funcional como tal ya tiene varias décadas, pero lo que para no pocos parecía una pieza de museo en los últimos años ha recuperado vigencia. Estilo, porque se trata de un conjunto de conceptos que se ven no solo en lenguajes de programacion estrictamente funcionales, sino en herramientas híbridas o incluso en lenguajes de otros paradigmas que incluyen ciertas caracteristicas funcionales. El riesgo es desaprovechar la potencia que las funciones tienen como abstracciones fundamentales en el paradigma y limitarlas a la concepción que hay de ellas desde la perspectiva imperativa. El desafío es utilizar al máximo las posibilidades del paradigma, lo que requiere de un especial esfuerzo en la formación de profesionales, que valore la especificidad de este modo de programar y encuentre los medios para hacerlo apropiadamente. En el presente trabajo se desarrolla una propuesta pedagógica en este sentido que incluye un itinerario formativo y un software educativo que lo acompaña y sostiene.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa (SADIO

Corrección automatizada de programas como recurso pedagógico

La educación en programación tiene su propia complejidad tecnológica: requiere del dominio de diferentes herramientas informáticas tales como lenguajes de programación, bibliotecas, entornos de desarrollo, compiladores, etc, que se suman a lo más importante que es la comprensión y utilización de herramientas conceptuales, de conocimientos y de estrategias que conforman una manera de hacer y sobre todo una manera de pensar. El dominio del aspecto conceptual y el tecnológico requieren de una práctica intensa, por lo que es deseable que el docente despliegue en el aula caminos pedagógicos adecuados, con dificultad creciente pero sin saltos abruptos, evitando que teoría y práctica vayan por vías paralelas sino que se crucen y articulen permanentemente. A su vez, complementando lo anterior, es oportuno que brinde también propuestas para que el estudiante continúe con su proceso de aprendizaje por fuera del espacio áulico. Tratándose de procesos educativos que tienen como temática el desarrollo de software, consisten generalmente en resolver ejercicios construyendo una solución mediante un programa escrito en un determinado lenguaje de programación. Un equipo de docentes universitarios desarrolló una plataforma educativa virtual, denominada Mumuki, que da soporte a una dinámica de enseñanza de programación que combina práctica y teoría, y que permite ser utilizada por los estudiantes tanto en el aula como fuera de ella. Se trata de un proyecto en pleno desarrollo, que cuenta con una versión funcionando con la que se tuvieron las primeras experiencias de utilización en universidades y otras instituciones educativas en el año 2015 y que, con mejoras incluidas, continua su uso durante el 2016. El presente trabajo analiza su utilización en instituciones educativas universitarias y de nivel medio a partir de la mirada reflexiva de los docentes y los estudiantes, detectando sus principales virtudes y debilidades, de manera de orientar acerca de su uso y retroalimentar al mismo proceso de desarrollo. Es una experiencia que se la puede enmarcar en la doble confluencia entre tecnología y educación: como herramienta tecnológica para facilitar el aprendizaje, y como un recurso pedagógico para desarrollar un conocimiento tecnológico.Área: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Corrección automatizada de programas como recurso pedagógico

La educación en programación tiene su propia complejidad tecnológica: requiere del dominio de diferentes herramientas informáticas tales como lenguajes de programación, bibliotecas, entornos de desarrollo, compiladores, etc, que se suman a lo más importante que es la comprensión y utilización de herramientas conceptuales, de conocimientos y de estrategias que conforman una manera de hacer y sobre todo una manera de pensar. El dominio del aspecto conceptual y el tecnológico requieren de una práctica intensa, por lo que es deseable que el docente despliegue en el aula caminos pedagógicos adecuados, con dificultad creciente pero sin saltos abruptos, evitando que teoría y práctica vayan por vías paralelas sino que se crucen y articulen permanentemente. A su vez, complementando lo anterior, es oportuno que brinde también propuestas para que el estudiante continúe con su proceso de aprendizaje por fuera del espacio áulico. Tratándose de procesos educativos que tienen como temática el desarrollo de software, consisten generalmente en resolver ejercicios construyendo una solución mediante un programa escrito en un determinado lenguaje de programación. Un equipo de docentes universitarios desarrolló una plataforma educativa virtual, denominada Mumuki, que da soporte a una dinámica de enseñanza de programación que combina práctica y teoría, y que permite ser utilizada por los estudiantes tanto en el aula como fuera de ella. Se trata de un proyecto en pleno desarrollo, que cuenta con una versión funcionando con la que se tuvieron las primeras experiencias de utilización en universidades y otras instituciones educativas en el año 2015 y que, con mejoras incluidas, continua su uso durante el 2016. El presente trabajo analiza su utilización en instituciones educativas universitarias y de nivel medio a partir de la mirada reflexiva de los docentes y los estudiantes, detectando sus principales virtudes y debilidades, de manera de orientar acerca de su uso y retroalimentar al mismo proceso de desarrollo. Es una experiencia que se la puede enmarcar en la doble confluencia entre tecnología y educación: como herramienta tecnológica para facilitar el aprendizaje, y como un recurso pedagógico para desarrollar un conocimiento tecnológico.Área: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Corrección automatizada de programas como recurso pedagógico

La educación en programación tiene su propia complejidad tecnológica: requiere del dominio de diferentes herramientas informáticas tales como lenguajes de programación, bibliotecas, entornos de desarrollo, compiladores, etc, que se suman a lo más importante que es la comprensión y utilización de herramientas conceptuales, de conocimientos y de estrategias que conforman una manera de hacer y sobre todo una manera de pensar. El dominio del aspecto conceptual y el tecnológico requieren de una práctica intensa, por lo que es deseable que el docente despliegue en el aula caminos pedagógicos adecuados, con dificultad creciente pero sin saltos abruptos, evitando que teoría y práctica vayan por vías paralelas sino que se crucen y articulen permanentemente. A su vez, complementando lo anterior, es oportuno que brinde también propuestas para que el estudiante continúe con su proceso de aprendizaje por fuera del espacio áulico. Tratándose de procesos educativos que tienen como temática el desarrollo de software, consisten generalmente en resolver ejercicios construyendo una solución mediante un programa escrito en un determinado lenguaje de programación. Un equipo de docentes universitarios desarrolló una plataforma educativa virtual, denominada Mumuki, que da soporte a una dinámica de enseñanza de programación que combina práctica y teoría, y que permite ser utilizada por los estudiantes tanto en el aula como fuera de ella. Se trata de un proyecto en pleno desarrollo, que cuenta con una versión funcionando con la que se tuvieron las primeras experiencias de utilización en universidades y otras instituciones educativas en el año 2015 y que, con mejoras incluidas, continua su uso durante el 2016. El presente trabajo analiza su utilización en instituciones educativas universitarias y de nivel medio a partir de la mirada reflexiva de los docentes y los estudiantes, detectando sus principales virtudes y debilidades, de manera de orientar acerca de su uso y retroalimentar al mismo proceso de desarrollo. Es una experiencia que se la puede enmarcar en la doble confluencia entre tecnología y educación: como herramienta tecnológica para facilitar el aprendizaje, y como un recurso pedagógico para desarrollar un conocimiento tecnológico.Área: Educación en TecnologíaRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Lenalidomide interferes with tumor-promoting properties of nurse-like cells in chronic lymphocytic leukemia

Lenalidomide is an immunomodulatory agent clinically active in chronic lymphocytic leukemia patients. The specific mechanism of action is still undefined, but includes modulation of the microenvironment. In chronic lymphocytic leukemia patients, nurse-like cells differentiate from CD14(+) mononuclear cells and protect chronic lymphocytic leukemia cells from apoptosis. Nurse-like cells resemble M2 macrophages with potent immunosuppressive functions. Here, we examined the effect of lenalidomide on the monocyte/macrophage population in chronic lymphocytic leukemia patients. We found that lenalidomide induces high actin polymerization on CD14(+) monocytes through activation of small GTPases, RhoA, Rac1 and Rap1 that correlated with increased adhesion and impaired monocyte migration in response to CCL2, CCL3 and CXCL12. We observed that lenalidomide increases the number of nurse-like cells that lost the ability to nurture chronic lymphocytic leukemia cells, acquired properties of phagocytosis and promoted T-cell proliferation. Gene expression signature, induced by lenalidomide in nurse-like cells, indicated a reduction of pivotal pro-survival signals for chronic lymphocytic leukemia, such as CCL2, IGF1, CXCL12, HGF1, and supported a modulation towards M1 phenotype with high IL2 and low IL10, IL8 and CD163. Our data provide new insights into the mechanism of action of lenalidomide that mediates a pro-inflammatory switch of nurse-like cells affecting the protective microenvironment generated by chronic lymphocytic leukemia into tissues

Monocytic population in chronic lymphocytic leukemia shows altered composition and deregulation of genes involved in phagocytosis and inflammation

Macrophages reside in tissues infiltrated by chronic lymphocytic leukemia B-cells and the extent of infiltration is associated with adverse prognostic factors. Blood monocyte population was studied by flow cytometry and whole-genome microarrays. A mixed lymphocyte reaction was performed to evaluate T cell proliferation in contact with monocytes from patients and normal donors. Migration and gene modulation in normal monocytes treated with leukemia were also evaluated. Chronic lymphocytic leukemia patients showed an increase in the absolute number of monocytes compared to normal controls (792+/-86 cells/mL vs. 485+/-46 cells/mL, p=0.003). Higher number of nonclassical CD14+CD16++ and Tie-2 expressing monocytes (TEMs) was also detected in patients. Furthermore, we performed a gene expression analysis of monocytes in chronic lymphocytic leukemia patients, showing up-regulation of RAP1GAP and down-regulation of tubulins and CDC42EP3, which would be expected to result in impairment in phagocytosis. We also detected gene alterations such as the down-regulation of PTGR2, a reductase able to inactivate the prostaglandin E2, indicating an immunosuppressive activity. Accordingly, T cell proliferation was inhibited in contact with monocytes from patients compared to normal controls. Finally, normal monocytes in vitro increased migration and up-regulated CD16, RAP1GAP, IL-10, IL-8, MMP9 and down-regulated PTGR2 in response to leukemic cells or conditioned media. In conclusion, altered composition and deregulation of genes involved in phagocytosis and inflammation were found in blood monocytes obtained from chronic lymphocytic leukemia patients, suggesting that leukemia-mediated 'education' of immune elements may also include the establishment of a skewed phenotype in monocyte/macrophage population

Sensitivity of the Cherenkov Telescope Array to a dark matter signal from the Galactic centre

We provide an updated assessment of the power of the Cherenkov Telescope Array (CTA) to search for thermally produced dark matter at the TeV scale, via the associated gamma-ray signal from pair-annihilating dark matter particles in the region around the Galactic centre. We find that CTA will open a new window of discovery potential, significantly extending the range of robustly testable models given a standard cuspy profile of the dark matter density distribution. Importantly, even for a cored profile, the projected sensitivity of CTA will be sufficient to probe various well-motivated models of thermally produced dark matter at the TeV scale. This is due to CTA's unprecedented sensitivity, angular and energy resolutions, and the planned observational strategy. The survey of the inner Galaxy will cover a much larger region than corresponding previous observational campaigns with imaging atmospheric Cherenkov telescopes. CTA will map with unprecedented precision the large-scale diffuse emission in high-energy gamma rays, constituting a background for dark matter searches for which we adopt state-of-the-art models based on current data. Throughout our analysis, we use up-to-date event reconstruction Monte Carlo tools developed by the CTA consortium, and pay special attention to quantifying the level of instrumental systematic uncertainties, as well as background template systematic errors, required to probe thermally produced dark matter at these energies