Co-infections and multiple stressors in fish

16 Pág.Peer reviewe

Diversité des géminivirus et interactions avec leurs hôtes

Au sein de la famille des géminivirus, les espèces ont adopté des statégies d'interactions avec leurs hôtes très variées. Une grande diversité génétique et biologique est observée dans cette famille qui a colonisé de nombreux environnements et dont certains membres sont des contraintes majeures sur les cultures. Cette diversité est un problème majeur pour développer des méthodes de lutte efficaces et durables. Dans cette thèse, j'illustrerai les problèmes posés dans la connaissance des maladies à géminivirus et plus particulièrement dans la connaissance des interactions avec leurs hôtes. Une première étude est consacrée à l'étiologie de la maladie des énations de la rose trémière en Egypte. A partir d'un isolat prélevé au Caire et transmis par aleurode, un ADN-A caractéristique des begomovirus a été cloné, séquencé et caractérisé comme faisant partie d'une nouvelle espèce virale. Ce virus est associé à des symptômes d'énations et plus précisément et des proliférations tissulaires au niveau des organes supérieurs de la plante. Trois types de réorganisation tissulaire sont observés dans les organes infectés: (i) une nouvelle activité cambiale dans le phloème (ii) la création d'un réseau de veines mineures et (iii) la présence d'un parenchyme palissadique à la place d'un parenchyme spongiforme. Le clone viral, nommé #Althea rosea enation virus# (AREV), peut induire des énations sur #Nicotiana benthamiana#, mais ne peut induire de symptômes sur son hôte originel, #A. rosea#. La séquence partielle d'un isolat associé à des symptômes similaires sur gombo a été obtenue et suggère une hétérogénéité génétique dans les begomovirus infectant les malvacées en Egypte. Dans une deuxième étude, nous nous sommes intéressés à la diversité génétique des mastrevirus induisant la maladie de la striure sur canne à sucre (SSV). Une nouvelle espèce de virus provenant de cannes d'Egypte et nommée SSEV a été caractérisée au niveau moléculaire et biologique. Par ailleurs, un lien génétique a été établi entre divers isolats de SSV des îles Mascareignes et d'Afrique de l'Ouest Il est finalement démontré que 3 espèces de mastrevirus sont trouvées sur canne à sucre en Afrique, mais chaque espèce montre une faible hétérogénéité. Pour expliquer une forte divergence entre espèce et une faible variation au sein de chaque espèce, il est proposé que ces virus aient divergé d'un ancêtre commun depuis une grande période. Les mécanismes de résistance du maïs au mastrevirus de la striure du maïs de la Réunion (MSV-RE) ont été étudiés en comparant le cycle d'infection virale dans des génotypes hôtes résistants et sensibles. Dans la lignée de maïs résistant, les symptômes de striure sont localisés sur toutes les feuilles, mais à une densité plus faible comparativement à la plante sensible. Le processus d'infection du MSV-RE a été comparé entre les deux génotypes par localisation de la protéine de capside et des acides nucléiques viraux par immunolocalisation et hybridation in situ. Nos observations montrent que les différences de distribution du virus sont essentiellement quantitatives, sans restriction tissulaire évidente du virus dans la lignée résistante. La résistance a un effet négatif sur la quantité d'acides nucléiques viraux localisés dans l'apex de la tige qui est une zone-clé du processus d'infection. La complexité des mécanismes de résistance est discutée et mise en parallèle avec la complexité de son déterminisme génétique. (Résumé d'auteur

Revised Taxonomy of Rhabdoviruses Infecting Fish and Marine Mammals

International audienceThe Rhabdoviridae is a large family of negative-sense (-) RNA viruses that includes important pathogens of ray-finned fish and marine mammals. As for all viruses, the taxonomic assignment of rhabdoviruses occurs through a process implemented by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). A recent revision of taxonomy conducted in conjunction with the ICTV Rhabdoviridae Study Group has resulted in the establishment of three new subfamilies (Alpharhabdovirinae, Betarhabdovirinae, and Gammarhabdovirinae) within the Rhabdoviridae, as well as three new genera (Cetarhavirus, Siniperhavirus, and Scophrhavirus) and seven new species for viruses infecting fish or marine mammals. All rhabdovirus species have also now been named or renamed to comply with the binomial format adopted by the ICTV in 2021, comprising the genus name followed by a species epithet. Phylogenetic analyses of L protein (RNA-dependent RNA polymerase) sequences of (-) RNA viruses indicate that members of the genus Novirhabdovirus (subfamily Gammarhabdovirinae) do not cluster within the Rhabdoviridae, suggesting the need for a review of their current classification

A New Lineage of Perch Rhabdovirus Associated with Mortalities of Farmed Perch

The new genetic data are available in GenBank (MW68582)International audienceA perhabdovirus was isolated from a mortality episode affecting a fish farm in 2019 in Western Europe. This virus was produced in cell culture and was readily detected by a species-specific real-time PCR assay. The near-complete sequence of the virus obtained showed some relatedness with viruses of the species Perhabdovirus perca. However, it was distinct enough from these viruses to form a separate genetic lineage. Multiple substitutions along the genome caused non-detection using a range of conventional PCRs previously shown to target four known genogroups of perhabdoviruses. However, various generic PCRs efficiently detected the isolated virus. The origin of this virus remains to be elucidated. It may have been introduced into the farm via wild genitors. This finding provides new evidence of the high genetic diversity of percid perhabdoviruses and the potential of new genotypes to emerge as threats for fish farming. Efforts to improve the existing diagnostic methods and control this large group of viruses are still needed