Global response of Plasmodium falciparum to hyperoxia: a combined transcriptomic and proteomic approach

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Over its life cycle, the <it>Plasmodium falciparum </it>parasite is exposed to different environmental conditions, particularly to variations in O₂pressure. For example, the parasite circulates in human venous blood at 5% O₂pressure and in arterial blood, particularly in the lungs, at 13% O₂pressure. Moreover, the parasite is exposed to 21% O₂levels in the salivary glands of mosquitoes.</p> <p>Methods</p> <p>To study the metabolic adaptation of <it>P. falciparum </it>to different oxygen pressures during the intraerythrocytic cycle, a combined approach using transcriptomic and proteomic techniques was undertaken.</p> <p>Results</p> <p>Even though hyperoxia lengthens the parasitic cycle, significant transcriptional changes were detected in hyperoxic conditions in the late-ring stage. Using PS 6.0™ software (Ariadne Genomics) for microarray analysis, this study demonstrate up-expression of genes involved in antioxidant systems and down-expression of genes involved in the digestive vacuole metabolism and the glycolysis in favour of mitochondrial respiration. Proteomic analysis revealed increased levels of heat shock proteins, and decreased levels of glycolytic enzymes. Some of this regulation reflected post-transcriptional modifications during the hyperoxia response.</p> <p>Conclusions</p> <p>These results seem to indicate that hyperoxia activates antioxidant defence systems in parasites to preserve the integrity of its cellular structures. Moreover, environmental constraints seem to induce an energetic metabolism adaptation of <it>P. falciparum</it>. This study provides a better understanding of the adaptive capabilities of <it>P. falciparum </it>to environmental changes and may lead to the development of novel therapeutic targets.</p

Méthodes d'étude des structures internes chez les Brachiopodes

Alméras Yves. Méthodes d'étude des structures internes chez les Brachiopodes. In: Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, n°9, 1965. Notes et Mémoires. pp. 5-11

Les Rynchonellidés du Bajocien moyen de Ronzevaux, près Davayé (Saône-et-Loire) : genres Cymatorhynchia S. Buckman, Lacunaerhynchia nov. et Septulirhynchia nov.

L'auteur étudie, à l'aide des méthodes biométriques et statistiques (caractères externes) et des coupes sériées (structures internes) une population de Rhynchonellidés, récoltée dans un gisement du Bajocien moyen de Saône-et Loire. Il distingue et décrit un certain nombre de formes (dont 4 nov. sp.) et de variétés, se rapportant à trois genres (dont 2 nov. gen.). Révision de Cymatorhynchia S. Buckman, et de C. quadriplicata (Zieten). Définition de Lacunaerhynchia nov. et de Septulirhynchianox. — Remarques importantes sur les modifications de la costulation au cours de l'ontogénie.Alméras Yves. Les Rynchonellidés du Bajocien moyen de Ronzevaux, près Davayé (Saône-et-Loire) : genres Cymatorhynchia S. Buckman, Lacunaerhynchia nov. et Septulirhynchia nov.. In: Travaux du Laboratoire de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon. Nouvelle série, 1966 pp. 31-119

Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 2e fascicule

, . Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 2e fascicule. Lyon : Laboratoire de géologie de la Faculté des sciences de Lyon, 1970 (Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, 39

Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 2e fascicule

, . Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 2e fascicule. Lyon : Laboratoire de géologie de la Faculté des sciences de Lyon, 1970 (Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, 39

Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 3e fascicule : Atlas de planches

, . Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 3e fascicule : Atlas de planches. Lyon : Laboratoire de géologie de la Faculté des sciences de Lyon, 1970 (Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, 39

Brachiopodes du Lias et du Dogger. Essai bibliographique et critique de paléontologie stratigraphique

, . Brachiopodes du Lias et du Dogger. Essai bibliographique et critique de paléontologie stratigraphique. Lyon : Laboratoire de géologie de la Faculté des sciences de Lyon, 1964 (Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, 5

Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 1er fascicule

In der hier vorgelegten paläontologischen Studie werden 25 Gattungen und 107 Arten mittel-jurassischer Terebratulidae (Brachiopoda) untersucht ; von diesen 13 Gattungen und 42 Arten neu. Das Material wurde aus 102 Fossillagerstätten des Mâconnais (34), des Mont d'Or Lyonnais (5) und des südlichen Juragebirges (63) gesammelt. Diese Fossillager erstrecken sich vom Mittel-Bajocien bis in das Mittel-Callovien ; der obere Teil des Callovien und das Unter-Bajocien sind sehr arm an Brachiopoden. Morphologie und Internstrukturen der Arten wurden sowohl mit Hilfe klassischqualitativer Methoden der Paläontologie als auch mittels biometrisch-statistischer Methoden bearbeitet ; die Anwendung der letzteren ist insbesondere dann unbedingt erforderlich, wenn grosse Populationen vorliegen, die aus Individuen verschiedener Altersstadien zusammengesetzt sind. Der Einfluss der Ontogenie auf die Schalenmorphologie, die Rolle des individuellen Alters bei der Gestaltung des Wirbels (Umbo) und bei der Bildung des Lateral - und Stirnrandes werden ausführlich besprochen. Die Ontogenie des Stirnrandes stellt ein sehr wichtiges Kriterium für die Unterscheidung von Gattungen dar. Das Studium der anatomischen Merkmale rief das Problem einer Auswahl von angeschliffenen Exemplaren hervor und machte deren Abbildung erforderlich. Es hat sich auch gezeigt, dass ein Merkmal bei einer bestimmten Lage nicht so interessant ist als die Kenntnis der Abfolge der verschiedenen Ansichten dieses Merkmals im Raum (aufgezeigt durch progressives Schleifen vom hinteren Rand der Schalen aus). Die Innenstrukturen zeigen eine hohe qualitative und quantitative Variabilität ; die charakteristischsten (weil wenig oder gar nicht an die Schalengrösse gebunden) unter ihnen sind : Gestalt des Cardinal processus und der Schlossplatten, Gegenwart eines Euseptoïdium, relative Höhe der Schlossfortsätze und der Armgerüstschleife, sowie die Länge des Armgerüstes. Es wurde eine Hierarchie der morphologischen und anatomischen Kriterien aufgestellt. Jede Gattung bzw. Art wurde durch ein Bündel dieser Merkmale definiert, sodass darnach eine beliebige Adultform bestimmt werden kann, ohne dass wieder neue Abgüsse der Schalen angefertig werden müssten. Mâconnais und südliches Juragebirge, die im Mittel-Jura ein einziges Becken bilden, zeigen sehr ähnliche stratigraphische Folgen, welche viele übereinanderliegende Brachiopoden-reiche Fossilhorizonte enthalten ; dies ermöglicht den Vergleich iso - oder heterochroner Populationen. Die Untersuchungen führten zur Aufstellung eines stratigraphischen Schemas, das auf der Evolution der Terebratulidae (Phylogenie der Arten, Gattungen und der Familie ; wesentliche Entwicklungstendenzen in der Phylogenese der Dogger-Terebratulidae) beruht, sowie zu einem Rekonstuktionsversuch des paläogeographischen Rahmens und der Lebensbedingungen dieser Organismen während des Mittleren Jura. Die Brachiopoden-Gliederung kann, wenn cephalopoden fehlen, ohne allzu grosse Schwierigkeiten auch von einem Nichtspezialisten angewandt werden, denn die Bestimmung der Leitarten kann, wenigstens in erster Annäherung, allein nach morphologischen Merkmalen erfolgen. Inzweifelhaften Fällen muss man jedoch auch die anatomischen Merkmale mitheranziehen um schwere Irrtümer zu vermeiden, die beim Vorliegen heterochroner homeomorpher Arten möglich wären. Dieses Risiko ist im vorliegenden Fall aber sehr gering, da die Horizonte durch Assoziationen verschieddener Gattungen und Arten definiert werden. Die Ergebnisse werden durch eine Analyse der aufgefundenen Homoeomorphieen und durch Beobachtungen über den Dimorphismus der Brachiopoden vervollständigt.Étude paléontologique de 25 genres (dont 13 nouveaux) et de 107 espèces (dont 42 nouvelles) de Terebratulidae (Brachiopoda), qui ont été récoltées dans 102 gisements du Mâconnais (34), du Mont d'Or lyonnais (5) et du Jura méridional (63). Ces gisements appartiennent à des séries allant du Bajocien moyen au Callovien moyen, la partie supérieure de ce dernier étage et le Bajocien inférieur étant très pauvres en brachiopodes. La morphologie et les caractères internes des espèces ont été étudiés par les méthodes classiques, qualitatives, de la paléontologie, ainsi que par les méthodes biométriques et statistiques indispensables lorsqu'on dispose de grands échantillons comportant des individus à différents stades du développement. L'influence de l'ontogénèse dans l'expression de la morphologie des coquilles, le rôle de l'âge des individus dans la forme du crochet, dans la morphogénie des commissures latérales et frontale sont envisagés. L'ontogénie de la commissure frontale constitue un critère très important de discrimination générique. L'étude des caractères anatomiques a posé le problème du choix des exemplaires sectionnés et a montré la nécessité de leur figuration. Elle a aussi montré qu'un caractère à une cote donnée présente beaucoup moins d'intérêt que la connaissance de la succession des différents aspects de ce caractère dans l'espace (mise à jour par l'usure progressive de la partie postérieure des coquilles). Les caractères internes présentent une variabilité importante, tant qualitative que quantitative ; les plus caractéristiques (parce que moins ou non liés à la taille des coquilles) sont la forme du processus cardinal et des plaques cardinales, la présence d'euseptoïdium, les hauteurs relatives des processus cruraux et de la boucle au niveau de la bandelette transversale ainsi que la longueur du brachidium. Une hiérarchie des critères morphologiques et anatomiques a pu être établie. Chaque genre, chaque espèce ont été définis par un faisceau de ces deux sortes de critères, afin de pouvoir par la suite déterminer n'importe quelle forme adulte sans avoir à pratiquer de nouveaux meulages de coquilles. Le Mâconnais et le Jura méridional, qui constituaient un même bassin au Jurassique moyen, présentent des successions stratigraphiques détaillées très voisines, avec de nombreux gisements étagés riches en brachiopodes, et permettant la comparaison de populations isochrones et hétérochrones. Ceci a conduit à l'établissement d'une échelle biostratigraphique, à la détermination de l'évolution des Terebratulidae (phylogénèse au niveau de l'espèce, du genre, de la famille ; traits essentiels de la phylogénèse des Terebratulidae du Dogger) et à un essai de reconstitution du cadre paléogéographique et des conditions de milieu dans lesquelles ont vécu ces organismes au cours du Jurassique moyen. Afin que l'échelle de brachiopodes proposée puisse pallier le manque de céphalopodes, et être utilisée sans trop de difficultés par le non-spécialiste, la détermination des espèces caractéristiques peut se faire, au moins en première approximation, d'après les seuls caractères morphologiques. Dans les cas douteux, il faudra toutefois faire appel aux caractères anatomiques pour éviter les graves erreurs que l'on pourrait commettre en présence d'espèces homéomorphes hétérochrones. Ce risque est ici fortement diminué, les horizons étant définis par l'association de divers genres et espèces. Un développement sur les cas d'homéomorphie rencontrés et sur le dimorphisme chez les brachiopodes complète les résultats obtenus., . Les Terebratulidae du Dogger dans le Mâconnais, le Mont d’Or lyonnais et le Jura méridional. Étude systématique et biostratigraphique. Rapports avec la paléoécologie. 1er fascicule. Lyon : Laboratoire de géologie de la Faculté des sciences de Lyon, 1970 (Documents des Laboratoires de Géologie de la Faculté des Sciences de Lyon, 39

Les Brachiopodes toarciens et aaléniens inférieurs du Bassin du Rhône. Paléontologie et biostratigraphie. Révision de la collection Dumortier et compléments

The recent accessibility of the collection of Dumortier, the complementary collects in the Bas-Beaujolais and in the Southern Provence, allow us to present the paleontological revision of the Toarcian and Lower Aalenian brachiopods of the Rhône basin (Bas-Beaujolais, Mont d'Or Lyonnais, La Verpillière - Saint Quentin-Fallavier and Southern Provence). Then, the systematics of Dumortier is reactualized. The different species are again located in a more precised stratigraphical framework. So, it is possible to deduce the biostratigraphy of Toarcian and Lower Aalenian brachiopods and then, to verify the value of the zonal succession established before (Alméras & al., 1991).L'accessibilité récente de la collection Dumortier, la collecte de matériaux nouveaux dans le Bas-Beaujolais et en Provence méridionale, nous permettent de présenter la révision paléontologique des brachiopodes toarciens et aaléniens inférieurs du Bassin du Rhône. La systématique de Dumortier est ainsi réactualisée à la lumière de nos connaissances récentes. Les différentes espèces étant resituées dans un cadre stratigraphique considérablement précisé, il devient également possible de déduire la biostratigraphie des brachiopodes du Toarcien et de l'Aalénien inférieur, ce qui permet de vérifier la valeur de la succession des zones déjà établie.Alméras Yves. Les Brachiopodes toarciens et aaléniens inférieurs du Bassin du Rhône. Paléontologie et biostratigraphie. Révision de la collection Dumortier et compléments. In: Documents des Laboratoires de Géologie, Lyon, n°138, 1996. Brachiopodes toarciens et aaléniens de la Téthys nord-occidentale. pp. 3-123