Tölulegir reikningar á Ising líkani

Ising-líkanið er líkan í safneðlisfræði, sem notað er til þess að lýsa járnseglandi efnum. Í einföldu máli lýsir líkanið spunum á grind og getur hver spuni snúið upp eða niður. Sérhver spuni víxlverkar jafnframt við næstu nágranna á grind og við ytra segulsvið.líkaninu geta komið fram fasabreytingar milli járnseglandi fasa, þar sem mikill meirihluti spuna vísar í sömu stefnu, og óseglandi fasa, þar sem stefur spuna eru handahósfkenndar. Í þessu verkefni er leitast við að nota Monte-Carlo reiknirit til þess að lýsa líkaninu með tölulegum reikningum. Monte-Carlo reiknirit nota slembitölur á einn eða annan hátt til þess að fá tölulega niðurstöðu í reikningum þar sem erfitt er að leiða út nákvæma lausn. Eðli þessara reikninga er slíkt að þeir krefjast mikillar reiknigetu miðað við minnisnotkun. Skjákort eru því tilvalinn vélbúnaður til slíkra reikninga, þar sem þau bjóða upp á hraða samhliða vinnslu en hafa nokkuð takmarkað minni, miðað við vinnslu á hefðbundnari vélbúnað. Reikningar í verkefninu eru útfærðir í CUDA C, forritunarumhverfi úr smiðju Nvidia. Leitast er við að gera sem stærstan hluta reikninganna samhliða þannig að hinn mikli fjöldi reiknieininga á skjákortinu nýtist sem best

Áunnar erfðabreytingar í BRCA2 tengdum krabbameinum

Inngangur: Arfgenga stökkbreytingin 999del5 í BRCA2 eykur áhættu á krabbameinum í brjóstum, eggjastokkum og blöðruhálskirtli. BRCA2 tekur þátt í viðgerð tvíþátta brota DNA með samstæðri endurröðun, skortur á starfsemi þess eykur óstöðugleika erfðamengisins, sem m.a. getur valdið áunnum DNA eintakafjöldabreytingum (copy number variations, CNVs). Markmið: Að greina CNVs í brjósta, eggjastokka og blöðruhálskirtilskrabbameinum og kanna hvort þau þau væru ólík hjá einstaklingum með stökkbreytinguna 999del5 í BRCA2. Efniviður og aðferðir:CNVs voru greind í 139 sýnum úr brjósta- (115 úr konum, 8 úr körlum), eggjastokka- (10) og blöðruhálskirtilskrabbameinum (6). Stökkbreytingin 999del5 var greind hjá þátttakendum. Niðurstöður: Tap á heilum litningsörmum var algengara hjá 999del5 arfberum (p=.02). Klösun æxlissýna eftir CNVs sýnum í þrjá klasa (clusters). Dreifing æxlisgerða var ójöfn meðal klasa (p<.01) og dreifing 999del5 arfbera meðal klasa var einnig ójöfn (p < .01), klasi tvö hafði hæst hlutfall 999del5 arfbera. Klasarnir voru ekki sjálfstæðir áhættuþættir fyrir lifun sjúklinga. 999del5 arfberar sýndu tengsl milli taps á svæðinu 26-53Mb á litningi 13 við CNVs á sjö öðrum litningsörmum. Tap á svæðinu 26-53Mb á litningi 13 var algengara í klösum tvö og þrjú (p < .001). Ályktanir: Brjósta, eggjastokka og blöðruhálskirtilskrabbamein úr 999del5 arfberum einkennast af tapi á ákveðnum svæðum í erfðamenginu. Klösun sýna byggð á CNVs ber kennsl á þrjá klasa, einn þeirra inniheldur hátt hlutfall 999del5 arfbera, hátt hlutfall eggjastokkakrabbameina og æxli úr þeim hóp sýna miklar breytingar á svæðum sem eru tengd við tap á BRCA2 geninu. Þetta bendir til þess að þessi klasi innihaldi æxli sem eru "BRCA-like"