유전 질환이 의심되는 국내 미진단 소아 환자들의 임상적, 사회인구학적 특성 분석 및 질환 진단 연구

학위논문(박사) -- 서울대학교대학원 : 의과대학 의학과, 2022. 8. 채종희.Background: Rare diseases (RDs) usually require convoluted assessment and life-long medical care, which cause excessive medical cost and social burden. Many countries launched a nationwide research program for RDs reflecting their characteristic medical system, based on advancement of genetic technologies. In Korea, a research program for undiagnosed RDs have been launched in 2017. This study is aimed to analyze the result of clinical workflow, and review the clinical and social characteristics of pediatric patients enrolled to the Korean Undiagnosed Disease Program (KUDP). Methods: Undiagnosed patients under 18 years old and suspected to have genetic etiologies were screened from the KUDP cohort. Sequential diagnostic process, final diagnosis, and further validation was decided and conducted to identify molecular basis of patients. Clinical and demographic data of all patients were reviewed and analyzed. All patients were classified into 3 groups based on initial clinical assessment, to identify patients’ characteristics and estimate of the value of the study. The patients who had specific clinical diagnosis which can be confirmed by targeted testing was defined as Group I. Patients diagnosed with certain disease categories, with genetic or phenotypic heterogeneity, were defined as Group II. Group III was defined as patients with an uncategorized or atypical disease thus far. Results: Among the 666 patients who participated in the KUDP between Jan 2017 to Dec 2021, 606 patients were finally enrolled in this study. The Group I, II, and III accounted 6.8% (41/606 patients), 74.9% (454/606) and 18.3% (111/606) respectively. The average age of symptom onset was 1.4 years old and most patients (504/606, 83.2%) started diagnostic evaluation within 6 months from the point of symptom onset. About three quarters of patients (447/606, 73.8%) complaint neurologic symptom as their main feature. Patients underwent 6.1 kinds of diagnostic tests (range, 1-14) at 1.4 tertiary hospital (range, 0-5), and spent more than 3 years before the KUDP admission on average. Enrolled patients had customized and stepwise diagnostic evaluation including multi-disciplinary consultation, chromosomal microarray, targeted test for single gene, exome sequencing (ES), RNA sequencing, and various non-genetic tests. Confirmative diagnoses were obtained in 327 patients (54.0%). Diagnoses were made by next-generation sequencing for 275 patients (84.1%) and other genetic testing for 44 patients (13.4%). Eight patients (2.4%) were finally diagnosed by nongenetic tests. Nine patients were diagnosed with reanalysis of ES data. The proportion of patients who had prior ES has increased over years because of cost reduction and easy accessibility. This group, however, showed similar diagnostic yield (50.4%) compared with overall cohort (54.0%), which suggested importance of in-depth phenotyping and trio-based data analyses. For remained patients undiagnosed, candidate genes were screened with a collaboration of the KUDP functional core laboratories. As a result, functional validations have completed on 4 genes and continued on 6 candidates. Conclusions: This study solved underprivileged pediatric patients with RDs and figured out overall medical environment in Korea. The favorable outcome was a result of superior clinical workflow and supporting functional core laboratories, which are quite challenging to maintain in practice. The study proved constant need for the national RD program, although its detail such as inclusion criteria or contents of diagnostic process should be revised with advancement of RD practice.연구 배경: 희귀질환은 일반적으로 진단 과정이 지난하고 평생에 걸친 관리가 필요한 경우가 많아, 과도한 의료 비용 및 사회적 부담을 야기한다. 유전학적 기법의 발전에 힘입어, 여러 나라에서는 각국의 의료제도를 반영한 국가 차원의 희귀질환 연구 프로그램을 운영하기 시작하였다. 대한민국의 경우 2017년에 미진단 희귀질환자에 대한 연구 프로그램을 시작하여 현재까지 운영 중에 있다. 본 연구는 현재까지 한국 미진단 프로그램에 등록된 소아 환자들을 대상으로 환자들의 임상적, 사회인구학적 특성을 확인하고 프로그램 운영 결과를 분석하여 국내 소아 희귀질환자 진료 현황 및 한국 미진단 프로그램운영의 의의에 대해 고찰하고자 한다 연구 방법: 한국 미진단 프로그램에 등록된 18세 미만의 유전적 원인이 의심되는 희귀질환자를 대상으로 하였다. 환자들의 분자 진단을 위한 단계적 검사, 검사 결과의 확인 및 최종 진단, 추가 검증 등을 개별적으로 진행하고, 동시에 임상적, 사회학적 정보를 수집하여 진단 검사 결과와 함께 분석하였다. 환자의 특성 파악과 미진단 프로그램의 효과 분석을 위해 모든 환자는 초기 임상 진단에 따라 세 그룹으로 분류하였다. 단일 검사로 확인 가능한 특징적인 질환으로 판단되는 환자는 그룹 1, 임상적, 유전학적 다양성을 보여 비교적 광범위한 검사가 필요한 질환군이 의심되는 경우 그룹 2, 현재까지의 의학 정보로는 진단 추정이 어렵거나 기존의 임상상과 다른 비전형적 특성을 보이는 경우 그룹 3으로 정의하였다. 연구 결과: 2017년 1월부터 2021년 12월까지 한국 미진단 프로그램에 등록된 666명의 환자 가운데 606명이 본 연구에 최종적으로 포함되었다. 이 중 41명(6.8%)의 환자는 그룹 1, 454명(74.9%)은 그룹 2, 그리고 111명(18.3%)은 그룹 3으로 분류되었다. 환자들의 평균 증상 발현 나이는 1.4세였으며 504명(83.2%)의 환자는 증상 발현시점으로부터 6개월 이내 진단을 위한 첫 진료를 받았다. 전체 환자의 73.8% (447명)는 신경학적 증상을 주요 증상으로 보고하였다. 환자들은 본 연구 참여 전 약 3년에 걸쳐 평균 1.4군데의 병원에서 6.1가지의 진단 검사를 시행한 것으로 확인되었다. 본 연구에서 환자들은 서로 다른 진단 검사를 단계적으로 시행받았고, 이 검사에는 염색체마이크로어레이, 단일유전자 검사, 전장엑솜검사, RNA 염기서열분석검사, 특수 생화학 검사, 면역 항체 검사 등이 포함되었다. 606명 중 327명이 최종적으로 진단받았고 (진단율 54.0%) 이 중 84.1% (275례)는 차세대염기서열검사를 통해 확인되었다. 그 외 44명(13.4%)은 다른 종류의 유전자검사로, 8명(2.4%)는 비유전자검사등을 통해 비유전성 희귀질환으로 최종 진단되었다. 전장엑솜검사로 진단된 환자 중 9명은 초기 결과 분석에서는 결론을 내리지 못하였으나, 데이터 재분석을 통해 추가로 진단되었다. 지속적인 검사 비용 감소등을 통해 본 연구 등록 전 이미 진단 검사의 일환으로 전장엑솜검사를 시행했던 환자의 비율이 지속적으로 높아지고 있으며 기존 전장엑솜검사 후에도 진단을 받지 못하여 연구에 등록한 환자 그룹에서도 전체와 비슷한 50%의 진단율을 보여 진단 검사 자체보다 환자에 대한 다각적이고 전문적인 접근이 중요함을 시사하였다. 임상 진단 검사를 수행한 후에도 진단받지 못한 환자군의 경우 한국미진단프로그램 기능연구팀과 협력하여 지금까지 알려지지 않은 후보 유전자를 선정하고 이 중 4례에 대해 기능연구를 완료하여 환자에 대한 추가 진단이 가능하였고 6례에 대해서도 연구 중에 있다. 결론: 본 연구를 통하여 현재까지 진단받지 못한 희귀유전질환이 의심되는 소아 환자를 대상으로 반 수 이상의 환자에서 질환 원인을 규명하였고 한편으로 국내 소아 희귀질환자의 진료 환경을 확인하였다. 국내 상급의료기관 접근성은 매우 높고 여러 종류의 유전자 검사도 폭넓게 시행되고 있으나, 일반 진료 환경에서는 지속적인 진단 검사 진행 및 연구 수행이 어렵다. 이러한 문제의 해결을 위해서는 우수한 진단역량을 갖춘 희귀질환 전문진료팀 및 기능연구팀의 뒷받침이 필요하다. 따라서 소아희귀질환의 지속 가능한 연구를 위한 국가차원의 지원이 필요하며, 여기에는 진료 환경의 변화와 발전에 따라 세부 내용의 변경이 수반되어야 하겠다.Introduction 1 Materials and Methods 3 Results 15 Discussion 39 Conclusion 47 References 48 Abstract in Korean 53박

Multicenter Surveillance of Cystic Fibrosis in Korean Children

Purpose: Cystic fibrosis (CF), caused by mutations in the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene, is rare among non-Caucasians. We aimed to identify the clinical features and CFTR mutations in Korean children. Methods: We included 18 pediatric patients with CF diagnosed using sweat chloride test or genetic analysis for 30 years. HEK293 cells were transfected with wild-type CFTR, ΔF508-CFTR, and L441P-CFTR mutant plasmids for 24 hours and treated with CFTR correctors (VX809 and VX661). Results: The median age at diagnosis was 9.2 years. Eleven patients had growth retardation, and 6 had a respiratory failure at diagnosis. Genetic analysis was used for all patients, while sweat testing was for 8 patients. At diagnosis, the median z scores of forced expiratory volume in one second (FEV1), FEV1/forced vital capacity, and forced expiratory flow at 25%-75% of forced vital capacity were -3.61 (-5.78, 1.78), -3.38 (-4.40, -0.60), and -4.45 (-5.78, 0.54), respectively. Two patients were treated with dornase alfa and only one with CFTR modulator. Patients were followed up for 3.7 years as a median. Four patients died at 10.6 years, with 4.2 years of post-diagnosis survival. The most common mutation was exon 16-17b deletion (19.4%). Among 11 single nucleotide variants, c.1322T>C (p.Leu441Pro, L441P) was detected in 4 patients. In the functional assay, L441P-CFTR correction was well restored by CFTR correctors compared with ΔF508. Conclusions: CF is extremely rare in Korean children and is caused by different mutations from those commonly observed in Caucasians. Early diagnosis and treatment availability may improve outcomes. CFTR modulators may be effective for Asian patients with rare CFTR mutations, c.1322T>C (p.Leu441Pro).ope

Delayed-Onset Anaphylaxis Caused by IgE Response to Influenza Vaccination

Influenza vaccine-associated anaphylaxis is a very rare allergic reaction to vaccines, but the most concerning and life-threatening adverse reaction. Although the safety of influenza vaccines has been well documented, occasional cases of anaphylaxis in vaccinated patients have been reported. In this study, we analyzed the immunoglobulin E (IgE) response to whole influenza vaccines in a pediatric case of delayed-onset anaphylaxis after influenza vaccination. The patient showed elevated specific IgE levels against whole influenza vaccines, especially with split virion from egg-based manufacturing process. Specific IgE levels to influenza vaccines showed decreased over. We evaluated a causal relationship between influenza vaccine and anaphylaxis event by enzyme-linked immunosorbent assay. Delayed-onset anaphylaxis after influenza vaccination can occur in children without predisposing allergic diseases. In addition, the results suggested that formulation and production system of influenza vaccines could affect the probability of severe allergic reaction to vaccines.ope

Nutritional Intervention of a Pediatric Patient with Congenital Bronchomalacia and Gastroesophageal Reflux Disease: a Case Report

Gastroesophageal reflux disease (GERD) is closely related to respiratory issues. We reported the case about the nutrition intervention given to a male infant with congenital bronchomalacia, GERD, and recurrent pneumonia. During the first and second pediatric intensive care unit (PICU) stays, his nutrition status and nutrient intake were good. However, during the 18 days of the third PICU admission, his nutrient intake decreased to 75%-80% of his estimated calorie requirement and his Z-score for weight-for-age dropped to -1.4. We conducted nutritional interventions to improve GERD symptoms and nutritional status include avoiding overfeeding by feeding small amounts frequently, using a pre-thickened formula mixed with a high-calorie formula, and feeding through transpyloric tube. As a result, his daily nutrient intakes gradually increased and his Z-score for weight-for-age was normal. In conclusion, it is important to implement individualized intensive nutritional management to ensure adequate nutrition and growth status in infants with lung disease and GERD.ope

Chitinase 3-Like 1 Contributes to Food Allergy via M2 Macrophage Polarization

Purpose: Food allergy is a hypersensitive immune response to specific food proteins. Chitinase 3-like 1 (CHI3L1, also known as YKL-40 in humans or BRP-39 in mice) is associated with various chronic diseases, such as cancer, rheumatoid arthritis, and allergic disease. CHI3L1 is involved in allergen sensitization and type 2 helper T (Th2) inflammation, but the role of CHI3L1 in food allergy remains unclear. In this study, we sought to investigate the role of CHI3L1 in the development of food allergy. Methods: We measured serum levels of CHI3L1 in food allergic patients. Food allergy was induced in wild-type (WT) and CHI3L1 null mutant (CHI3L1-/-) BALB/c mice with ovalbumin (OVA). We investigated Th2 immune responses, M2 macrophage polarization, and mitogen-activated protein kinase (MAPK)/phosphoinositide 3-kinase (PI3K) signaling pathways, and also performed transcriptome analysis. Results: Serum levels of CHI3L1 were significantly higher in children with food allergy compared with those in healthy controls. Furthermore, CHI3L1 expression levels were elevated in WT mice after OVA treatment. Food allergy symptoms, immunoglobulin E levels, Th2 cytokine production, and histological injury were attenuated in food allergy-induced CHI3L1-/- mice compared with those in food allergy-induced WT mice. CHI3L1 expression was increased in OVA-treated WT intestinal macrophages and caused M2 macrophage polarization. Furthermore, CHI3L1 was involved in the extracellular signal-regulated kinases (ERK) and AKT signaling pathways and was associated with immune response and lipid metabolism as determined through transcriptome analysis. Conclusions: CHI3L1 plays a pivotal role in Th2 inflammation and M2 macrophage polarization through MAPK/ERK and PI3K/AKT phosphorylation in food allergy.ope

반복읽기와 주제관련 좁혀읽기가 한국 중학교 학생들의 어휘학습과 독해에 미치는 효과

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 외국어교육과(영어전공), 2015. 8. 이병민.L2 reading has been considered crucial in English as a Foreign Language (EFL) settings as a means to provide learners with plenty of language input. However, to assure successful L2 reading input, sufficient reading comprehension accompanied by well-developed vocabulary knowledge should be prerequisite (Grabe, 2009). Thus, to guide learners to become better L2 readers, researchers have come up with a number of reading treatments that facilitate learners vocabulary learning and reading comprehension. Considering the growing importance of L2 reading, the present study examined the effects of repeated reading (RR) and theme-based narrow reading (TBNR) on Korean EFL learners vocabulary learning and reading comprehension, using varying levels of texts. It also investigated how EFL learners perceive their engagements with repeated reading and theme-based narrow reading. To answer the studys questions, 99 Korean EFL middle school students were divided into two groupsone group received the RR treatment and the other group received the TBNR treatment. The RR group read the same text repeatedly while receiving the exact same input. On the other hand, the TBNR group read thematically related texts while receiving input repeated, but at the same time contextually different. In total, 15 individual reading sessions were implemented over 15 weeks, one of which had its own distinctive reading texts and pre/post-test vocabulary and reading comprehension sets. Three levels of texts were used for this study: texts within learners reading ability (low-level), texts slightly beyond learners reading ability (mid-level), texts far beyond learners reading ability (high-level). The data were analyzed by using repeated measures MANOVA followed by univariate mixed ANOVAs with post hoc analyses. The results of the current study have shown that TBNR was significantly more effective than RR in enhancing learners vocabulary knowledge as well as reading comprehension across all three levels of text. As for the relationship between reading treatment and text difficulty, the effects of RR and TBNR were correlated with text difficulty. Accordingly, the current study provides some evidence on which level of texts should be chosen for learners reading ability in relation to reading treatments. As for the learners perception of the reading treatment, the TBNR group generally had more favorable attitudes toward the reading treatment they received than the RR group. In regard to the findings of the current study, some pedagogical implication can be drawn for L2 teachers and learners. The present study suggests using RR and TBNR to make L2 reading input more comprehensible, not only with texts within learners reading ability, but also with text beyond learners reading ability. However, with its proved effectiveness, TBNR can be more highly recommended than RR for vocabulary learning and reading comprehension, especially when the text level is within learners reading ability. Lastly, given the need of providing learners with thematically related texts, the present study gives some suggestions for developing reading materials for TBNR.TABLE OF CONTENTS ABSTRACT i TABLE OF CONTENTS iv LIST OF TABLES vi LIST OF FIGURES vii CHAPTER 1. INTRODUCTION 1 1.1. Purpose and Significance of the Study 1 1.2. Rationale of the Study 5 1.3. Research Questions 10 1.4. Organization of the Thesis 10 CHAPTER 2. LITERATURE REVIEW 11 2.1. Theoretical Background of Repeated Reading and Narrow Reading 11 2.2. Effects of Repeated Reading in an L2 Context 14 2.3. Effects of Narrow Reading in an L2 Context 23 2.4. Text Difficulty for Repeated Reading and Narrow Reading 27 CHAPTER 3. METHODOLOGY 30 3.1. Participants 30 3.2. Materials 33 3.3. Procedure 40 3.4. Test Instruments 42 3.5. Scoring 45 3.6. Data Analysis 47 CHAPTER 4. RESULTS AND DISCUSSION 49 4.1. Results 49 4.1.1. Effects of RR and TBNR on Vocabulary Learning and Reading Comprehension of Texts with Varying Levels of Text Difficulty 69 4.1.2. Learners Perceptions of RR and TBNR 64 4.2. Discussion 69 4.2.1. Effects of RR and TBNR on Vocabulary Learning and Reading Comprehension across the Three Levels of Texts 69 4.2.2. Effects of Text Difficulty on Vocabulary and Reading Comprehension Gains for RR and TBNR 75 4.2.3. Learners Perceptions of RR and TBNR 83 CHAPTER 5. CONCLUSION 86 5.1. Summary of Findings and Implication 86 5.2. Limitation and Suggestions 91 REFERENCES 93 APPENDICES 100 ABSTRACT (KOREAN) 132Maste

학령기 아동의 신체이미지 불만족에 따른 식품선호도의 차이

학위논문 (석사)-- 서울대학교 보건대학원 : 보건학과(보건학전공), 2013. 8. 정효지.연구배경 : 한 개인이 자신의 체형에 대하여 가지고 있는 생각인 신체이미지는 개인의 체중조절 동기에 영향을 미친다고 알려져 있다. 건강습관이 중요한 학령기 아동에서 비만도에 따른 신체이미지 인식을 평가하고 이에 따른 식품선호도를 평가함으로써 아동의 영양교육을 위한 기초 자료를 마련코자 본 연구를 수행하였다. 연구방법 : 경기도 B시 소재 일개 종합병원에 정기적인 학생검진을 위해 내원한 초등학교 1학년과 4학년 남녀 아동 451명을 대상으로 키와 체중을 측정하고, 신체이미지와 관련 있을 것으로 추정되는 요인과 소아용 신체이미지 그림 중 현재 자신에 해당하는 체형과 원하는 체형을 묻고, 60가지 항목의 식품에 대한 식품선호도를 5단계 likert scale로 자기기입식 설문조사를 실시하였다. 대한소아과학회의 체질량지수에 근거한 비만도 퍼센타일을 이용하여 15 퍼센타일 미만은 저체중군, 15-85 퍼센타일은 정상체중군, 85 퍼센타일 이상은 비만군으로 분류하고, 신체이미지와의 연관성 및 식품선호도와의 연관성을 평가하였다. 또한 소아용 신체이미지 그림을 사용하여 현재 자신의 체형과 원하는 체형의 차이가 음의 값을 갖는 군, 0의 값을 갖는 군, 양의 값을 갖는 군으로 분류하여 카이제곱 검정과 t-test를 이용하여 여러 관련요인 및 식품선호도와의 관계를 분석하였다. 연구결과: 연구에 참여한 451명의 아동 중 비만은 27.1% 였다. 비만도와 아동의 하루 간식횟수, 식욕의 정도, 놀이의 주당 횟수, 규칙적 운동 유무가 유의한 관련성을 보였다. 저체중의 52.4%가 본인 체형에 만족한다고 응답한 반면, 비만군은 23.0%가 만족한다고 응답하였다. 저체중과 정상 체중임에도 살 빼고 싶다고 응답한 경우는 각각 4.8%, 36.2%이었다. 학년별 신체이미지는 차이가 없었으나(P=0.115) 남녀간 유의한 차이를 보였다. 전체 식품군 중 과실류가 가장 높은 선호도를 보였다. 채소류의 경우 저체중군이 비만군보다 선호도가 높았으며(P=0.074) 기타 인스턴트는 저체중군보다 비만군에서 선호도가 높았다(P=0.098). 살 빼고 싶은 군이 과실류를 더 선호했으며(P=0.019) 육류 및 난류, 어패류에서 선호도(P=0.362, P=0.550)가 낮고 기타 인스턴트에서 선호도(P=0.195)가 높았다. 결 론 : 비만할수록 자신의 신체이미지에 대해 불만족하였으며 저체중이나 정상 체중임에도 살을 빼고 싶다고 응답하였다. 비만이면서 살을 빼고 싶음에도 채소류의 선호도가 낮고 기타 인스턴트의 선호도가 높은 것으로 보아 아동의 영양교육 및 올바른 신체이미지 정립을 위한 교육을 병행하는 것이 필요할 것이다.제 1 장 서 론 1 제 2 장 연구내용 및 방법 5 제 3 장 연구결과 9 제 4 장 고 찰 32 제 5 장 결 론 39 참고 문헌 40 부 록 45 Abstract 59Maste

Face Validity Analysis of Revised English Proficiency Test for Aviation (EPTA) - Based on the Pilot's Flying Experience

The purpose of this study was to analyze the face validity of the revised EPTA (English Proficiency Test for Aviation) to see if the tests actually contribute to the enhancement of aviation safety and achieve the purpose of the assessment. In order to reach the above objectives, 103 pilot test takers were surveyed, and nine in-depth interviewees were selected and interviewed. In addition, detailed research results were derived by dividing the participants into the pilot's flight experience (31 captain pilots, 42 first officer pilots, and 30 general commercial pilots). As a result, pilot participants were generally aware that EPTA was more reasonable because the revised EPTA properly implemented the aviation situation and gave participants motivation to learn aviation English. It was also seen that first officer pilots had a higher face validity of EPTA than captain and general commercial pilots. The reason was that first officer pilots considered air traffic control job was more important than other pilots did.ope

온라인 문화콘텐츠의 다양성

학위논문 (석사)-- 서울대학교 대학원 : 언론정보학과, 2013. 8. 김은미.문화콘텐츠의 디지털화가 온라인에서의 다양한 콘텐츠의 생산과 소비를 가져올 것이라는 예상은 막연한 믿음처럼 여겨져 왔다. 이 연구는 과점적 성향이 뚜렷하게 나타나는 우리나라 온라인 음악 서비스 시장을 중심으로 이러한 낙관론에 문제를 제기한다. 인터넷은 낮은 진입 장벽, 간소화된 가치사슬 등으로 나폴리(Napoli, 1999)의 3가지 다양성 차원 중 하나인 내용 다양성이 보장될 수 있으나 그것이 실질적 소비로 이어지는가는 실증적 연구가 부족했다. 선행연구들은 너무 다양한 콘텐츠의 존재는 이용자의 검색 비용을 상승시키고 오히려 이용자로 하여금 접근성이 용이한 콘텐츠 중에서만 선택을 하도록 하게 한다고 했다. 이 연구는 이러한 콘텐츠 접근성을 통제하는 주체인 음악 서비스 사이트들이 우리나라에서 합법적으로 음악을 소비할 수 있는 거의 유일한 창구라는 데 이들이 문화콘텐츠 시장에서 가지는 상징성과 중요성에 주목하였다. 그리고 이들의 수직적 계열화가 다양한 음악 서비스의 게시, 나아가 다양성에 영향을 미칠 수 있다고 보았다. 이 연구는 실질적 소비의 다양성을 나타내는 나폴리의 노출 다양성이라는 틀 안에서 4개 온라인 음악 서비스를 분석하였다. 본 연구는 우선 접근성이 소비에 영향을 미치는가, 어떤 요소들이 영향을 미치는가에 대해 분석하였다. 분석 결과, 게시 빈도가 높을 수록 차트에 진입률이 높아지는 것은 아니나, 게시 위치와 형태로 접근성을 세분화해 보았을 때, 메인페이지 상단에 위치한 콘텐츠가 하단에 위치한 때보다, 텍스트의 형태로 나타난 음원이 이미지보다 더 많이 소비되는 것으로 나타났다. 이러한 연구결과는 음원 사이트의 구성과 같은 필터링 기능이 롱테일(Anderson, 2006)의 구현 가능성을 충분히 내포하고 있음을 나타낸다. 그리고 높은 접근성을 상징하는 메인페이지를 중심으로 4개 사이트들이 각 사이트의 수직적 계열화 여부에 따라 접근과 노출 다양성에 차이를 보이는가를 알아보았다. 그 결과 수직적 계열화 여부가 장르와 기획사의 다양성에서 큰 영향을 보이지 않았으나, 유통사의 부분에서는 비계열화된 벅스와 네이버뮤직이 수직적 계열화가 이루어진 멜론, 엠넷에 비해 높은 다양성을 나타냈다. 그리고 상위 점유율을 차지한 장르와 기획사, 유통사들의 구성을 보았을 때, 장르는 댄스와 발라드가 모든 연구대상에서 동일하게 게시와 소비가 많이 된 반면, 기획사, 유통사에서는 계열화된 콘텐츠를 상대적으로 더 많이 게시함을 알 수 있었다. 이러한 경향은 노출 다양성에서도 적용되어 계열콘텐츠가 더 많이 소비되었고 수직 계열화된 사이트가 상대적으로 다양성 지수도 대체적으로 낮게 나온 것으로 나타났다. 또한 일간차트 하위권에서는 전체 다양성에 비해 4개 사이트 간의 차이가 매우 두드러졌는데 비계열 사이트는 다양성이 더욱 높게, 수직 계열화된 서비스는 더욱 낮게 나타나다. 이는 차트 하위권이 사이트의 기업 구조적 성격이나 접근성의 영향에 대해 더 반영적임을 시사했다. 본 연구를 통해 온라인에서 손쉽게 접근가능한 콘텐츠와 소비가 과거 선행 연구들(Hargittai, 2003aHindman, 2007)이 우려한 바와 같이 매우 집중적인 모습을 보이고 있으며, 특히 수직적 계열화가 이루어진 사이트에서는 계열콘텐츠의 촉진이 두드러지게 이루어지고 있음을 알 수 있다. 또한 내용 다양성이 확보되었다 하여 노출 다양성 역시 보장되는 것은 아니며, 이용가능성(usability)과 이용(use) 사이의 요소인 접근성이 오히려 이용자들의 실질적 소비에 영향을 미칠 수 있음을 시사한다. 이에 이 연구는 온라인 문화콘텐츠 다양성 확보를 위해 접근과 노출 다양성 분석을 위한 구체적인 후속 연구의 필요성을 제기한다.제 1 장 연구의 필요성 및 문제제기 1 제 2 장 선행연구 및 이론적 논의 5 제 1 절 문화콘텐츠의 다양성 5 1. 다양성의 유형과 노출 다양성의 중요성 5 2. 온라인에서의 문화콘텐츠 다양성 9 제 2 절 문화콘텐츠 산업에서의 수직적 계열화 13 1. 인터넷과 문화콘텐츠 산업 구조의 변화 13 2. 수직적 계열화의 영향 16 제 3 절 접근성 21 1. 온라인 상의 접근성 21 2. 접근성과 문화콘텐츠의 소비 25 3. 수직계열화와 접근성 27 제 3 장 연구 문제와 가설 29 제 4 장 연구 방법 31 제 1 절 연구 대상 31 제 2 절 연구 기간 및 자료 수집 방법 34 제 3 절 주요 변인에 대한 측정 35 1. 접근성의 조작화 35 2. 접근성의 요소 35 3. 노출 다양성의 조작화 37 4. 소비 37 5. 다양성의 측정 38 제 5 장 연구 결과 40 제 1 절 음악 사이트에서 수집된 음원의 특성 분석 40 제 2 절 접근과 소비의 연관성 41 제 3 절 수직적 계열화와 접근의 다양성 43 제 4 절 수직적 계열화와 노출 다양성 46 제 6 장 결론 및 함의 49 참고 문헌 58 부록 70 Abstract 72Maste

패혈증 비브리오균의 유전체 분석을 통한 꽃게 내 전사체 특성 규명 및 계절과 지역에 따른 미생물 균총 조성 분석

학위논문 (박사)-- 서울대학교 대학원 : 농생명공학부, 2016. 8. 최상호.Vibrio vulnificus and Vibrio parahaemolyticus are gram-negative, motile, nonspore-forming opportunistic pathogens that causes foodborne illness associated with the consumption of contaminated seafood. Although many cases of foodborne outbreaks caused by V. vulnificus and V. parahaemolyticus have been reported, the genomes of only few of them have been completely sequenced and analyzed using bioinformatics. In order to characterize overall virulence factors and pathogenesis of V. vulinificus and V. parahaemolyticus associated with foodborne outbreak in South Korea, new strains V. vulnificus FORC_016 and V. parahaemolyticus FORC_008 were isolated from blood of food-poisoning patient or flounder fish and their genome was completely sequenced. The genomic analysis of FORC_016 revealed that the genome consists of two circular DNA chromosomes, and contains 4,461 predicted open reading frames (ORFs), 129 tRNAs, and 34 rRNA genes. V. parahaemolyticus FORC_008 have two circular DNA chromosomes containing 4,494 predicted ORFs, 129 tRNAs, and 31 rRNA genes. The genomic analysis revealed that the V. vulnificus FORC_016 has major virulence genes such as RTX, cytolysin, and metalloprotases. Furthermore, comparative genome analysis identified unique virulence genes of FORC_016 strain, suggesting that this pathogen have unique pathogenesis mechanism which different from other V. vulnificus. While the strain FORC_008 does not have genes encoding thermo-stable direct hemolysin (TDH) and TDH-related hemolysin (TRH), its genome encodes many other virulence factors including hemolysins, pathogenesis-associated secretion systems, and iron acquisition systems, suggesting that it may be a potential pathogen. Subsequent cytotoxicity test of the strain FORC_008 revealed its high cytotoxicity activity, substantiating this. This report provides an extended understanding on V. vulnificus and V. parahaemolyticus in genomic level and would be helpful for rapid detection, epidemiological investigation, and prevention of foodborne outbreak in South Korea. Because the foodborne illness occurs via consumption of contaminated food, it is important not only understanding of the virulence factors but also the transcriptome alteration of pathogens caused by contacting with foods. To identify differentially expressed genes of pathogen under contact with foods, V. vulnificus FORC_016, an opportunistic marine pathogen, was selected for the transcriptome analysis. Swimming crab, a common niche of V. vulnificus, was selected for the model foods. The transcriptomic profiles of V. vulnificus exposed or unexporsed to crab in 1 or 4h were analyzed using a strand-specific RNA-sequencing. By analyzing RPKM (reads per kilobase of transcript per million reads) fold changes of each gene, I identified that 922 and 648 genes were differentially expressed under exposure to crab for 1h and 4h (P value < 0.05, 2 fold threshold). Regardless of incubation time, the genes related with energy production, cell growth, oligopeptide transport, and glucose metabolism were up-regulated, while genes associated with amino acid biosynthesis, nitrogen metabolism, and other sugar metabolism were down-regulated. These result suggested that V. vulnificus could metabolize the component of crab. Also, the genes encoding thermolabile hemolysin was up-regulated, suggesting this virulence gene might be have crucial role for pathogenesis of V. vulnificus FORC_016 when consumed the V. vulnificus FORC_016 contaminated crab. The swimming crab, Portunus trituberculatus, is the most consumed edible crab in South Korea, and their production and consumption have been increased. Although the foodborne illness caused by consuming of swimming crab have been reported each year, the bacterial community in swimming crab has not been fully understood yet. In order to identify the bacterial members in swimming crab depending on seasons and locations, the microbiota in 65 crabs which were collected from different locations in spring and autumn was analyzed by pyrosequencing. The bacterial communities in autumn crab were more diverse in than those in spring. Psychrobacter, Vagococcus, and Carnobacterium were the most abundant genera in spring, whereas Roseovarius was predominant in autumn, but their proportions were influenced by the pathogenic bacterial proportion. These results indicated that the microbiota in swimming crab significantly influenced by seasonal temperature change. The proportion analysis on Vibrio species indicated that intake of crab could cause the foodborne illness. This study provides the extended understanding on composition of bacterial community in swimming crab and the factors influencing crab microbiome.Chapter I. Background 1 I-1. The genus Vibrio 2 I-2. Vibrio vulnificus 4 I-3. Vibrio parahaemolyticus 11 I-4. The objective of this study 15 Chapter II. Genomic Analysis of Newly Isolated Vibrio vulnificus and Vibrio parahaemolyticus Related with Foodborne Outbreaks 17 II-1. Introduction 18 II-2. Materials and Methods 20 II-3. Results and Discussion 27 II-3-1. Information of candidates for whole genome sequencing (WGS) 27 II-3-2. Genome sequencing and assembly results 27 II-3-3. General genome properties of V. vulnificus FORC_016 and V. parahaemolyticus FORC_008 29 II-3-4. Comparative genome analysis . 36 II-3-5. Pathogenesis and virulence factors of V. vulnificus FORC_016 39 II-3-6. Pathogenesis and virulence factors of V. parahaemolyticus FORC_008 45 Chapter III. Transcriptome Analysis of Vibrio vulnificus in Response to Crab Exposure 48 III-1. Introduction 49 III-2. Materials and Methods 51 III-3. Results and Discussion 56 III-3-1. Identification of differentially expressed genes 56 III-3-2. Identification of differentially expressed genes under exposure to crab 63 III-3-3. Growth of V. vulnificus in VFMG and VFMG containing crabs 94 Chapter IV. Seasonal and Local Variation of Microbial Composition in Swimming Crab 96 IV-1. Introduction 97 IV-2. Materials and Methods 100 IV-3. Results 106 IV-3-1. The comparison of microbiota diversity in swimming crabs 106 IV-3-2. Composition analysis of seasonal bacterial communities in swimming crab 109 IV-3-3. Vibrio in swimming crab 117 IV-4. Discussion 119 IV-4-1. Seasonal and local effect on bacterial community in swimming crab 119 IV-4-2. Seasonal variation in bacterial community composition in swimming crab 121 Chapter V. Conclusion 129 References 133 국문 초록 153Docto