Hydrogels by irradiation of a synthetic heparinoid polyelectrolyte

Gamma irradiation of aqueous solutions of a synthetic heparinoid polyelectrolyte results in the formation of hydrogels, varying in water content and mechanical strength. The equilibrium water content and the mechanical strength of the hydrogels are dependent on the initial polyelectrolyte concentration, the molecular weight of the polyelectrolyte, the percentage of double bonds in the polyelectrolyte and the radiation dose.\ud \ud The polyelectrolyte hydrogels do not deplete Antithrombin III from blood and there is no activation of factor XII according to an in vitro kallikrein generation test. However, in a very sensitive test for factor XII activation (contact promoted shortening of the thrombotest) a slight activation of this factor was observed

Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing

Preservation of cancer biopsies by FFPE introduces DNA fragmentation, hindering analysis of rearrangements. Here the authors introduce FFPE Targeted Locus Capture for identification of translocations in preserved samples.In routine diagnostic pathology, cancer biopsies are preserved by formalin-fixed, paraffin-embedding (FFPE) procedures for examination of (intra-) cellular morphology. Such procedures inadvertently induce DNA fragmentation, which compromises sequencing-based analyses of chromosomal rearrangements. Yet, rearrangements drive many types of hematolymphoid malignancies and solid tumors, and their manifestation is instructive for diagnosis, prognosis, and treatment. Here, we present FFPE-targeted locus capture (FFPE-TLC) for targeted sequencing of proximity-ligation products formed in FFPE tissue blocks, and PLIER, a computational framework that allows automated identification and characterization of rearrangements involving selected, clinically relevant, loci. FFPE-TLC, blindly applied to 149 lymphoma and control FFPE samples, identifies the known and previously uncharacterized rearrangement partners. It outperforms fluorescence in situ hybridization (FISH) in sensitivity and specificity, and shows clear advantages over standard capture-NGS methods, finding rearrangements involving repetitive sequences which they typically miss. FFPE-TLC is therefore a powerful clinical diagnostics tool for accurate targeted rearrangement detection in FFPE specimens.Immunobiology of allogeneic stem cell transplantation and immunotherapy of hematological disease

Recommendations for the clinical interpretation and reporting of copy number gains using gene panel NGS analysis in routine diagnostics

Next-generation sequencing (NGS) panel analysis on DNA from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue is increasingly used to also identify actionable copy number gains (gene amplifications) in addition to sequence variants. While guidelines for the reporting of sequence variants are available, guidance with respect to reporting copy number gains from gene-panel NGS data is limited. Here, we report on Dutch consensus recommendations obtained in the context of the national Predictive Analysis for THerapy (PATH) project, which aims to optimize and harmonize routine diagnostics in molecular pathology. We briefly d

Multicenter Comparison of Molecular Tumor Boards in The Netherlands: Definition, Composition, Methods, and Targeted Therapy Recommendations

Background: Molecular tumor boards (MTBs) provide rational, genomics-driven, patient-tailored treatment recommendations. Worldwide, MTBs differ in terms of scope, composition, methods, and recommendations. This study aimed to assess differences in methods and agreement in treatment recommendations among MTBs from tertiary cancer referral centers in The Netherlands. Materials and Methods: MTBs from all tertiary cancer referral centers in The Netherlands were invited to participate. A survey assessing scope, value, logistics, composition, decision-making method, reporting, and registration of the MTBs was completed through on-site interviews with members from each MTB. Targeted therapy recommendations were compared using 10 anonymized cases. Participating MTBs were asked to provide a treatment recommendation in accordance with their own methods. Agreement was based on which molecular alteration(s) was considered actionable with the next line of targeted therapy. Results: Interviews with 24 members of eight MTBs revealed that all participating MTBs focused on rare or complex mutational cancer profiles, operated independently of cancer type–specific multidisciplinary teams, and consisted of at least (thoracic and/or medical) oncologists, pathologists, and clinical scientists in molecular pathology. Differences were the types of cancer discussed and the methods used to achieve a recommendation. Nevertheless, agreement among MTB recommendations, based on identified actionable molecular alteration(s), was high for the 10 evaluated cases (86%). Conclusion: MTBs associated with tertiary cancer referral centers in The Netherlands are similar in setup and reach a high agreement in recommendations for rare or complex mutational cancer profiles. We propose a “Dutch MTB model” for an optimal, collaborative, and nationally aligned MTB workflow. Implications for Practice: Interpretation of genomic analyses for optimal choice of target therapy for patients with cancer is becoming increasingly complex. A molecular tumor board (MTB) supports oncologists in rationalizing therapy options. However, there is no consensus on the most optimal setup for an MTB, which can affect the quality of recommendations. This study reveals that the eight MTBs associated with tertiary cancer referral centers in The Netherlands are similar in setup and reach a high agreement in recommendations for rare or complex mutational profiles. The Dutch MTB model is based on a collaborative and nationally aligned workflow with interinstitutional collaboration and data sharing

The 2014 ALMA Long Baseline Campaign: An Overview

Instrumentatio

L1CAM Expression is Related to Non-Endometrioid Histology, and Prognostic for Poor Outcome in Endometrioid Endometrial Carcinoma

The majority of endometrial carcinomas are classified as Type I endometrioid endometrial carcinomas (EECs) and have a good prognosis. Type II non-endometrioid endometrial carcinomas (NEECs) have a significant worse outcome. Yet, 20 % of the EECs are associated with an unexplained poor outcome. The aim of this study was to determine if L1CAM expression, a recently reported biomarker for aggressive tumor behavior in endometrial carcinoma, was associated with clinicopathological features of EECs. A total of 103 patients diagnosed as EEC at the Radboud University Medical Centre, based on the pathology report were selected. L1CAM status of these tumors was determined, and histologic slides were reviewed by two expert pathologists. L1CAM-positivity was observed in 17 % (18/103). Review of the diagnostic slides revealed that 11 out of these 18 L1CAM-positive tumors (61 %) contained a serous- or mixed carcinoma component that was not initially mentioned in the pathology report. L1CAM-expression was associated with advanced age, poor tumor grade, and lymphovascular space invasion. A worse five year progression free survival rate was observed for patients with L1CAM-positive tumors (55.6 % for the L1CAM-positive group, compared to 83.3 % for the L1CAM-negative group P = 0.01). L1CAM expression carries prognostic value for histologically classified EEC and supports the identification of tumors with a NEEC component

Optimalisatie van de zorgketen moleculaire diagnostiek bij niet-kleincellig longcarcinoom in Noord-Nederland

Predictieve moleculaire diagnostiek speelt een belangrijke rol bij het bepalen van de behandelmogelijkheden voor patiënten met (gemetastaseerd) niet-kleincellig longcarcinoom (NSCLC). De meeste patiënten met NSCLC worden gediagnostiseerd en behandeld in een niet-academisch ziekenhuis. Deze ziekenhuizen verrichten zelf predictieve moleculaire diagnostiek of besteden dit uit aan een laboratorium in het regionale netwerk van academische en perifere ziekenhuizen en laboratoria. Eerder onderzoek heeft laten zien dat bij een deel van de patiënten met (stadium IV) NSCLC geen of onvolledige moleculaire diagnostiek wordt verricht. Daardoor kan voor deze patiënten geen optimale behandelkeuze voor beschikbare (doelgerichte) geneesmiddelen worden gemaakt. Om in kaart te brengen waarom dit zo is en hoe dit kan worden verbeterd, is in 2020 het project ‘Landelijke implementatie predictieve analyses bij longkanker op regionaal niveau’ gestart. Hierin wordt de workflow van de moleculaire diagnostiek onderzocht binnen zes regionale netwerken in Nederland. In de regio Noord-Nederland is sinds de start van het project een aantal stappen gezet om belemmeringen te identificeren en het aantal patiënten voor wie geen volledige predictieve diagnostiek wordt verricht, te verminderen. In dit overzichtsartikel worden deze stappen, de onderliggende rationale en de ervaringen tot nu toe uiteengezet

Optimization of the chain-of-care of molecular diagnostics in non-small cell lung cancer in the Northen region of the Netherlands.

Predictieve moleculaire diagnostiek speelt een belangrijke rol bij het bepalen van de behandelmogelijkheden voor patiënten met (gemetastaseerd) niet-kleincellig longcarcinoom (NSCLC). De meeste patiënten met NSCLC worden gediagnostiseerd en behandeld in een niet-academisch ziekenhuis. Deze ziekenhuizen verrichten zelf predictieve moleculaire diagnostiek of besteden dit uit aan een laboratorium in het regionale netwerk van academische en perifere ziekenhuizen en laboratoria. Eerder onderzoek heeft laten zien dat bij een deel van de patiënten met (stadium IV) NSCLC geen of onvolledige moleculaire diagnostiek wordt verricht. Daardoor kan voor deze patiënten geen optimale behandelkeuze voor beschikbare (doelgerichte) geneesmiddelen worden gemaakt. Om in kaart te brengen waarom dit zo is en hoe dit kan worden verbeterd, is in 2020 het project ‘Landelijke implementatie predictieve analyses bij longkanker op regionaal niveau’ gestart. Hierin wordt de workflow van de moleculaire diagnostiek onderzocht binnen zes regionale netwerken in Nederland. In de regio Noord-Nederland is sinds de start van het project een aantal stappen gezet om belemmeringen te identificeren en het aantal patiënten voor wie geen volledige predictieve diagnostiek wordt verricht, te verminderen. In dit overzichtsartikel worden deze stappen, de onderliggende rationale en de ervaringen tot nu toe uiteengezet

Optimization of the chain-of-care of molecular diagnostics in non-small cell lung cancer in the Northen region of the Netherlands.

Predictieve moleculaire diagnostiek speelt een belangrijke rol bij het bepalen van de behandelmogelijkheden voor patiënten met (gemetastaseerd) niet-kleincellig longcarcinoom (NSCLC). De meeste patiënten met NSCLC worden gediagnostiseerd en behandeld in een niet-academisch ziekenhuis. Deze ziekenhuizen verrichten zelf predictieve moleculaire diagnostiek of besteden dit uit aan een laboratorium in het regionale netwerk van academische en perifere ziekenhuizen en laboratoria. Eerder onderzoek heeft laten zien dat bij een deel van de patiënten met (stadium IV) NSCLC geen of onvolledige moleculaire diagnostiek wordt verricht. Daardoor kan voor deze patiënten geen optimale behandelkeuze voor beschikbare (doelgerichte) geneesmiddelen worden gemaakt. Om in kaart te brengen waarom dit zo is en hoe dit kan worden verbeterd, is in 2020 het project ‘Landelijke implementatie predictieve analyses bij longkanker op regionaal niveau’ gestart. Hierin wordt de workflow van de moleculaire diagnostiek onderzocht binnen zes regionale netwerken in Nederland. In de regio Noord-Nederland is sinds de start van het project een aantal stappen gezet om belemmeringen te identificeren en het aantal patiënten voor wie geen volledige predictieve diagnostiek wordt verricht, te verminderen. In dit overzichtsartikel worden deze stappen, de onderliggende rationale en de ervaringen tot nu toe uiteengezet