Phylogenetic Reconstruction and DNA Barcoding for Closely Related Pine Moth Species (Dendrolimus) in China with Multiple Gene Markers

Unlike distinct species, closely related species offer a great challenge for phylogeny reconstruction and species identification with DNA barcoding due to their often overlapping genetic variation. We tested a sibling species group of pine moth pests in China with a standard cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and two alternative internal transcribed spacer (ITS) genes (ITS1 and ITS2). Five different phylogenetic/DNA barcoding analysis methods (Maximum likelihood (ML)/Neighbor-joining (NJ), “best close match” (BCM), Minimum distance (MD), and BP-based method (BP)), representing commonly used methodology (tree-based and non-tree based) in the field, were applied to both single-gene and multiple-gene analyses. Our results demonstrated clear reciprocal species monophyly for three relatively distant related species, Dendrolimus superans, D. houi, D. kikuchii, as recovered by both single and multiple genes while the phylogenetic relationship of three closely related species, D. punctatus, D. tabulaeformis, D. spectabilis, could not be resolved with the traditional tree-building methods. Additionally, we find the standard COI barcode outperforms two nuclear ITS genes, whatever the methods used. On average, the COI barcode achieved a success rate of 94.10–97.40%, while ITS1 and ITS2 obtained a success rate of 64.70–81.60%, indicating ITS genes are less suitable for species identification in this case. We propose the use of an overall success rate of species identification that takes both sequencing success and assignation success into account, since species identification success rates with multiple-gene barcoding system were generally overestimated, especially by tree-based methods, where only successfully sequenced DNA sequences were used to construct a phylogenetic tree. Non-tree based methods, such as MD, BCM, and BP approaches, presented advantages over tree-based methods by reporting the overall success rates with statistical significance. In addition, our results indicate that the most closely related species D. punctatus, D. tabulaeformis, and D. spectabilis, may be still in the process of incomplete lineage sorting, with occasional hybridizations occurring among them

Compte rendu de l'exécution des travaux de l'action 3 "Formation: gestion durable des associations d'irrigants". Convention 2007 MAP EAHER - Cemagref

Compte rendu de l'exécution des travaux de l'action 3 "Formation: gestion durable des associations d'irrigants". Convention 2007 MAP EAHER - Cemagre

Efficience et obligation de résultats : quelles leçons tirer de la politique points noirs de l'agence Seine Normandie menée de 1987 à 1991 ?

During the period 1987-1991, the French Water Agency of Seine-Normandy basin experimented with a "black spots" strategy in order to restore aquatic sites of very poor quality and of great interest for usages by identifying needed investments and by concentrating funds and communication efforts there. We tried to draw lessons from this policy with an ex-post appraisal of its results. Data collection was an important part of our work given the absence of a Geographical Information System in the Agency. We overcome such constraints with a logical diagram for screening "black spots" out of 8,000 agreements of funding and by digitizing needed data from maps. We built a database of 58 "black spots" which can be considered as well informed case studies with comprehensive financial data and water quality monitoring. We propose indicators to assess the black-spots strategy. We show that, given the general basin-wide quality getting worse, the strategy was effective and efficient. Without any data concerning usage recovery, the weight of the different criteria such as length of restored river or number of restored spots remains subjective. Different variables likely to explain success and failure are tested. Variability of discharges explains partly differences of results. We also enlighten a regional office effect. Such a site-oriented approach illustrates how different causes combine with each other to impact the environment. Therefore the relevance of an overall appraisal remains limited. To assess consistency and effectiveness of any strategy, one should previously list all possible causes of degradation and possible remediation site by site to make them comparable and to understand properly their evolution. Moreover monitoring options may deeply affect scoring results

De l'intérêt du concept de gestion intégrée pour les services d'eau : illustration pour deux communes de la moyenne vallée de L'Hérault

National audienceLes outils de gestion intégrée des ressources en eau (GIRE) sont de plus en plus utilisés pour élaborer des plans de gestion à l'échelle de bassins hydrographiques. Mais ce concept a encore peu diffusé dans le secteur de l'eau domestique, sauf pour développer des outils de maîtrise des flux de d'eau et de polluants en l'hydrologie urbaine. Nous illustrons dans cette communication que la planification des services d'eau domestique gagnerait aussi à être coordonnée avec celle des autres acteurs de l'eau (réseau d'eau brute, gestionnaire de la ressource) pour intégrer la diversité des attentes de la population. L'illustration repose sur l'analyse comparée de 2 zones voisines, en utilisant des critères d'évaluation économique du bien être individuel et collectif. Dans l'une les gestionnaires des réseaux d'eau potable et d'eau brute coordonnent leurs projets pour offrir deux services d'eau complémentaires aux ménages rurbains. Dans l'autre, ces deux services ne se coordonnent pas, avec un développement massif de forages individuels, préjudiciables aux deux réseaux et à la collectivité. Les limites de cette coordination entre services sont discutées dans une perspective d'équité entre tous les usages sur le bassin et de gestion durable de l'hydrosystèm

Comment appréhender la question des effets induits de l'irrigation gravitaire et de leur éventuelle rétribution ? (Plan Durance, Action 36, fiche 1/3)

L'irrigation génère des effets induits non voulus, appelés « externalités » , qui ont pour autant des répercutions fortes sur les bénéficiaires de ces effets, en premier lieu les collectivités locales et territoriales. Les réseaux de canaux des associations d'irrigation gravitaire font ainsi partie intégrante de l'aménagement du territoire, remplissant des fonctions collectives d'intérêt général, qu'il faudrait financer par ailleurs s'ils n'existaient pas (assainissement pluvial). Mais l'évolution du contexte socio-économique du monde agricole, allié aux contraintes de l'urbanisation sur les périmètres irrigués, remettent aujourd'hui en cause la capacité des associations d'irrigants à maintenir durablement ces réseaux d'irrigation gravitaire. Compte tenu de l'importance que peuvent revêtir ces externalités pour certains acteurs du territoire, des collaborations autour de ces effets positifs tendent à émerger et la question de leur rétribution est aujourd'hui posée. Cela nécessite néanmoins que tout le monde partage au préalable une représentation commune des externalités dont il est question, de la façon dont elles sont générées, et de ce que suppose leur maintien, leur développement ou leur abandon. Ce document vise donc à poser un certain nombre de questions, en apparence triviales, pour y apporter des réponses claires, permettant de constituer un socle commun de connaissances dans le cadre de discussions ou de négociations portant sur le maintien de ces externalités. Quels types de services directs et indirects génèrent les réseaux d'irrigation gravitaire ? Quelles contributions apportent-ils au territoire ? Pourquoi est-il aujourd'hui question de financer le maintien des externalités, alors que ces services indirects ont toujours existé, et ont toujours été rendus gratuitement ? Quelles sont les principales externalités de l'irrigation gravitaire, et à quoi sont-elles dues ? Les externalités s'observent-elles toutes systématiquement dans les périmètres irrigués gravitaires ? Sont-elles les mêmes d'un périmètre irrigué à l'autre, ou se déclinent-elles différemment ? En fonction de quels critères ? C'est précisément pour apporter un appui méthodologique à ceux qui sont aujourd'hui confrontés à ces questions, collectivités locales et territoriales en tête, que la Direction régionale de l'agriculture et de la forêt de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur a sollicité le Cemagref

Comment juger de la pertinence du maintien des effets induits de l'irrigation gravitaire ? Comment s'assurer de ce maintien dans le cadre d'éventuels accords entre parties prenantes ? (Plan Durance, Action 36, fiche 2/3)

L'irrigation génère des effets induits non voulus, qui ont pourtant des répercutions fortes sur les bénéficiaires de ces effets, en premier lieu les collectivités locales et territoriales. Les réseaux de canaux des associations d'irrigation gravitaire font ainsi partie intégrante de l'aménagement du territoire, remplissant des fonctions collectives d'intérêt général, qu'il faudrait financer par ailleurs s'ils n'existaient pas (assainissement pluvial). Mais l'évolution du contexte socio-économique du monde agricole, allié aux contraintes de l'urbanisation sur les périmètres irrigués, remettent aujourd'hui en cause la capacité des associations d'irrigants à maintenir durablement ces réseaux d'irrigation gravitaire. Compte tenu de l'importance que peuvent revêtir ces externalités pour certains acteurs du territoire, des collaborations autour de ces effets positifs tendent à émerger et la question de leur rétribution est aujourd'hui posée. Le financement de ces effets induits amènent cependant un certain nombre de questionnements préalables quant à la pertinence réelle du maintien des externalités, aux moyens aujourd'hui disponibles pour juger de cette pertinence, ainsi qu'aux moyens de contrôler la réalisation d'externalités dont le maintien aurait fait l'objet d'un accord voire d'un accord entre parties prenantes : les externalités de l'irrigation gravitaire sont-elles toujours à pérenniser ? Quel raisonnement doit fonder la décision de maintenir ou non une externalité ? Est-il possible de mener une Analyse Coûts-Bénéfices (ACB) pour juger de la pertinence du maintien ou du développement d'une externalité ? Est-il possible d'identifier les coûts propres au maintien d'une externalité ? Est-il possible de définir les bénéfices retirés du maintien d'une externalité ? Dans le cadre d'un accord entre parties prenantes s'étant entendues sur le maintien d'une externalité, comment s'assurer de la bonne réalisation de cet accord, c'est-à-dire du maintien effectif de l'externalité ? Est-il possible de mesurer le résultat de ce maintien, c'est-à-dire de quantifier les externalités ? Quelles conséquences cela a-t-il sur les obligations à attacher aux accords entre parties prenantes pour le maintien d'une externalité ? C'est précisément pour apporter un appui méthodologique à ceux qui sont aujourd'hui confrontés à ces questions, collectivités locales et territoriales en tête, que la Direction régionale de l'agriculture et de la forêt de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur a sollicité le Cemagref

Comment concevoir le financement des effets induits de l'irrigation gravitaire ? (Plan Durance, Action 36, fiche 3/3)

L'irrigation génère des effets induits non voulus, qui ont pourtant des répercutions fortes sur les bénéficiaires de ces effets, en premier lieu les collectivités locales et territoriales. Les réseaux de canaux des associations d'irrigation gravitaire font ainsi partie intégrante de l'aménagement du territoire, remplissant des fonctions collectives d'intérêt général, qu'il faudrait financer par ailleurs s'ils n'existaient pas (assainissement pluvial). Mais l'évolution du contexte socio-économique du monde agricole, allié aux contraintes de l'urbanisation sur les périmètres irrigués, remettent aujourd'hui en cause la capacité des associations d'irrigants à maintenir durablement ces réseaux d'irrigation gravitaire. Compte tenu de l'importance que peuvent revêtir ces externalités pour certains acteurs du territoire, des collaborations autour de ces effets positifs tendent à émerger et la question de leur rétribution est aujourd'hui posée. Le financement de ces effets induits amène cependant un certain nombre de questionnements préalables quant à leur mise en place, à leur légitimité et à ce que les financeurs sont en mesure d'en attendre : Quelle caractérisation économique peut-on faire des principaux effets induits observés sur les territoires d'irrigation gravitaire ? Quels types de financement sont nécessaires, et pourquoi ? Quelle légitimité il y a-t-il à ce que ces effets induits fassent l'objet de financements publics ? A quelle échelle locale ou territoriale doivent se faire ces financements ? Que finance-t-on concrètement lorsque l'on rétribue un effet induit ? Un bien, ou un service rendu par les associations d'irrigants ? Le maintien d'un patrimoine hydraulique, ou une prestation fournie ? Doit-on faire une distinction entre les différents types d'effets induits dans la façon de concevoir la rétribution financière ? Selon quels critères et pourquoi ? Quelles répercutions cela a-t-il dans la façon de concevoir les arrangements, ou les contrats, qui peuvent accompagner cette rétribution ? Quel type de relations entre parties prenantes associer à la rétribution des effets induits ? C'est précisément pour apporter un appui méthodologique à ceux qui sont aujourd'hui confrontés à ces questions, collectivités locales et territoriales en tête, que la Direction régionale de l'agriculture et de la forêt de la région Provence-Alpes-Côte d'Azur a sollicité le Cemagre

De l'intérêt du concept de gestion intégrée pour les services d'eau : illustration pour 2 communes de la moyenne vallée de l'Hérault

Les outils de Gestion Intégrée des Ressources en Eau (GIRE) sont de plus en plus utilisés pour élaborer des plans de gestion à l`échelle de bassins hydrographiques. Mais ce concept a encore peu diffusé dans le secteur de l`eau domestique, sauf pour développer des outils de maîtrise des flux de d`eau et de polluants en l`hydrologie urbaine. Nous illustrons dans cette communication que la planification des services d`eau domestique gagnerait aussi à être coordonnée avec celle des autres acteurs de l`eau (réseau d`eau brute, gestionnaire de la ressource) pour intégrer la diversité des attentes de la population. L`illustration repose sur l`analyse comparée de 2 zones voisines, en utilisant des critères d`évaluation économique du bien être individuel et collectif. Dans l`une les gestionnaires des réseaux d`eau potable et d`eau brute coordonnent leurs projets pour offrir deux services d`eau complémentaires aux ménages rurbains. Dans l`autre, ces deux services ne se coordonnent pas, avec un développement massif de forages individuels, préjudiciables aux deux réseaux et à la collectivité. Les limites de cette coordination entre services sont discutées dans une perspective d`équité entre tous les usages sur le bassin et de gestion durable de l`hydrosystème

Simulation de l'impact d'une tarification de l'eau sur le comportement des ménages : la tentation d'utiliser de l'eau non traitée

International audienceRecent studies on urban water demand have suggested that the water price increase observed during the last ten years in France has led to a reduction in the consumption of urban water by households. Whereas certain households have reduced their water consumption, others have turned to substitute water resources (collection of rainwater, borehole drilling, wells supplied with untreated mains water, grey water recycling systems, etc.). This article presents the results of a case study, which describes and analyses the phenomenon of resorting to untreated groundwater as a complement to or a substitute for the urban water supply. After highlighting the risks associated with uncontrolled development of private boreholes, the paper presents a survey conducted in Southern France to understand the motivations of households drilling boreholes. The results of this survey are utilised to develop a micro-economic model of households` behaviour, which is then used to assess the probability of development of private boreholes on a regional scale. The impact of various economic and regulatory scenarios on borehole development and the related impact on urban water demand and financial sustainability of water and wastewater management utilities are assessed