Zakażenia krzyżowe Pseudomonas aeruginosa u pacjentów z mukowiscydozą pozostających pod opieką Instytutu Matki i Dziecka

Aim: 1. To assess the prevalence of cross-infections with P. aeruginosa in order to evaluate the epidemiological situation of this infection in patients with cystic fibrosis attending our centre; 2. To correlate the clinical features of the patients carrying a potentially transmissible strain with the entire study group in order to determine the risk factors and possible effects of its acquisition. Material and methods: 170 Pseudomonas aeruginosa strains obtained from the respiratory tract of 75 cystic fibrosis patients attending the Warsaw Centre in 2011 and 2012 were typed using restriction enzyme analysis-pulsed field gel electrophoresis (Spe I restriction enzyme was used). Simultaneously, the information concerning contacts between patients, as well as several clinical data regarding the course of the disease were collected. Results: Twenty four clusters of strains were detected. The main cluster included 49 isolates derived from 21 patients. The other detected clusters included 2 to 12 isolates derived from 1 to 7 patients. Three clusters comprised the isolates derived from three pairs of siblings. There were 15 clusters containing 2 to 7 strains belonging to the same patient. The remaining 24 patients were infected with their own strains, not fitting any clonal group. Several clinical parameters showed that the 21 patients whose strains constituted the main cluster, were in worse clinical condition than the other patients in the study group. Moreover, the total duration of their hospitalizations in order to perform intravenous antibiotic treatment was longer. Conclusions: 1. Frequent hospitalizations of CF patients with a more severe course of the disease seem to be a risk factor of cross-infections with P. aeruginosa. 2. Intensification of measures to prevent cross-infection, such as hygienic precautions, patient segregation, introduction of home intravenous antibiotic therapy programme, as well as further education of patients and their parents should lead to the improvement of the epidemiological situation in our centre.Cel: 1. Ocena częstości występowania zakażeń krzyżowych Pseudomonas aeruginosa i ich możliwych konsekwencji klinicznych u pacjentów chorujących na mukowiscydozę leczonych w naszym ośrodku; 2. Porównanie cech klinicznych grupy pacjentów, u których doszło do zakażenia krzyżowego z cechami klinicznymi całej grupy badanej, w celu określenia czynników ryzyka i możliwych skutków takiego zakażenia. Materiał i metody: 170 szczepów Pseudomonas aeruginosa wyizolowanych w latach 2011-2012 z dróg oddechowych 75 pacjentów z mukowiscydozą pozostających pod opieką Instytutu Matki i Dziecka typowano metodą makrogenomowej analizy restrykcyjnej z elektroforezą w zmiennym polu elektrycznym (z wykorzystaniem endonukleazy Spe I). Zbierano wywiady dotyczące najważniejszych parametrów klinicznych, a także kontaktów pomiędzy pacjentami. Wyniki: W toku analizy wyodrębniono 24 grupy klonalne. Największa grupa zawierała 49 izolatów pochodzących od 21 chorych. Inne grupy obejmowały od 2 do 12 izolatów pochodzących od 1 do 7 pacjentów. Trzy grupy zawierały szczepy pochodzące od trzech rodzeństw. Piętnaście grup klonalnych obejmowało od 2 do 7 szczepów należących do tego samego pacjenta. Pozostałych 24 pacjentów było zakażonych szczepami, nie należącymi do żadnej grupy klonalnej. Ocena parametrów klinicznych wykazała, że przebieg choroby u 21 pacjentów, których szczepy stanowiły największą grupę klonalną, był cięższy niż u pozostałych pacjentów w grupie badanej. Także łączny czas trwania ich hospitalizacji (antybiotykoterapii dożylnych) był dłuższy. Wnioski: 1. Częste hospitalizacje pacjentów z mukowiscydozą w gorszym stanie klinicznym wydają się być istotnym czynnikiem ryzyka zakażeń krzyżowych Pseudomonas aeruginosa. 2. Intensyfikacja działań zapobiegających zakażeniom krzyżowym, takich jak środki higieny, izolacja chorych, wprowadzenie w Polsce programu domowej antybiotykoterapii dożylnej, a także dalsza edukacja pacjentów i ich rodziców odnośnie dróg transmisji zakażeń bakteryjnych, prawdopodobnie przyczynią się do poprawy sytuacji epidemiologicznej w naszym ośrodku

Emergence of Klebsiella pneumoniae Coproducing KPC-2 and 16S rRNA Methylase ArmA in Poland ▿

A Klebsiella pneumoniae epidemic strain that coproduced carbapenemase KPC-2 (K. pneumoniae carbapenemase 2) and 16S rRNA methylase ArmA has emerged in Poland. Four nonduplicate isolates from patients in a hospital in Warsaw, Poland, were found to carry the blaKPC-2 and armA genes on ca. 50-kb and 90-kb plasmids, respectively. Tn4401 with a 100-bp deletion in the variable region was detected in all the isolates. XbaI pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) revealed 93.2% similarity of the isolates. All the isolates were resistant to carbapenems and 4,6-disubstituted 2-deoxystreptamines

Prognostic Impact of Copy Number Alterations’ Profile and AID/RAG Signatures in Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) with BCR::ABL and without Recurrent Genetic Aberrations (NEG ALL) Treated with Intensive Chemotherapy

Adult acute lymphoblastic leukemia (ALL) is associated with poor outcomes. ALL is initiated by primary aberrations, but secondary genetic lesions are necessary for overt ALL. In this study, we reassessed the value of primary and secondary aberrations in intensively treated ALL patients in relation to mutator enzyme expression. RT-PCR, genomic PCR, and sequencing were applied to evaluate primary aberrations, while qPCR was used to measure the expression of RAG and AID mutator enzymes in 166 adult ALL patients. Secondary copy number alterations (CNA) were studied in 94 cases by MLPA assay. Primary aberrations alone stratified 30% of the patients (27% high-risk, 3% low-risk cases). The remaining 70% intermediate-risk patients included BCR::ABL1pos subgroup and ALL lacking identified genetic markers (NEG ALL). We identified three CNA profiles: high-risk bad-CNA (CNAhigh/IKZF1pos), low-risk good-CNA (all other CNAs), and intermediate-risk CNAneg. Furthermore, based on RAG/AID expression, we report possible mechanisms underlying the CNA profiles associated with poor outcome: AID stratified outcome in CNAneg, which accompanied most likely a particular profile of single nucleotide variations, while RAG in CNApos increased the odds for CNAhigh/IKZF1pos development. Finally, we integrated primary genetic aberrations with CNA to propose a revised risk stratification code, which allowed us to stratify 75% of BCR::ABL1pos and NEG patients