Polysulfide compounds as inhibitors of the key base excision repair enzymes

Цель. Чтобы повысить эффективность противоопухолевой терапии, основанной на повреждениях ДНК, важно минимизировать исправление этих повреждений, что может быть достигнуто за счет подавления активности ключевых ферментов репарации ДНК. Для этого были синтезированы и протестированы несколько производных бензопентатиепина и бензо[1,3]дитиола в качестве ингибиторов ключевых ферментов эксцизионной репарации оснований (ЭРО), ПАРП1, ДНК полимеразы β и АРЕ1. Методы. Разработаны процедуры синтеза ряда новых соединений. Ингибиторные способности соединений оценивали, сравнивая ферментативную активность в специфических тестах в присутствии и в отсутствие потенциальных ингибиторов. Результаты. Производное бензопентатиепина, несущее трифторметильную группу в первом положении, оказалось мягким ингибитором ПАРП1. Присоединение к первому положению через амидную связь циклических заместителей приводит к некоторому усилению ингибирования ДНК-полимеразы β. Все изученные заместители в первом положении значительно увеличивают ингибирование расщепления АР-сайтов, катализируемого АРЕ1, по сравнению с исходным соединением. Выводы. Обнаружено несколько новых ингибиторов ферментов ЭРО. Выявлены также пути дальнейшей модификации соединений для улучшения их ингибиторных характеристик Ключевые слова: ДНК-полимераза &beta, поли(АДФ-рибоза)полимераза 1, апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза 1, полисульфид, пентатиепин, ингибитор.Мета. Щоб підвищити ефективність протипухлинної терапії, заснованої на пошкодженнях ДНК, важливим є мінімізувати усунення цих пошкоджень, чого можна досягти, пригнічуючи активність ключових ферментів репарації ДНК. Для цього синтезовано і протестовано декілька похідних бензопентатієпіну і бензо[1, 3]дитіолу як інгібітори ключових ферментів ексцизійної репарації основ (ЕРО), ПАРП1, ДНК полімерази β і АРЕ1. Методи. Розроблено процедури синтезу низки нових сполук. Інгібіторні властивості сполук оцінювали, порівнюючи ферментативну активність у специфічних тестах за присутності і відсутності потенційних інгібіторів. Результати. Похідне бензопентатієпіну, яке містить трифторметильну групу у першому положенні, виявилося м’яким інгібітором ПАРП1. Приєднання до першого положення через амідний зв’язок циклічних замісників призводить до деякого посилення інгібування ДНК-полімерази β. Усі вивчені замісники у першому положенні значно збільшують інгібування розщеплення АР-сайтів, яке каталізується АРЕ1, порівняно з вихідними сполуками. Висновки. Виявлено декількі інгібіторів ферментів ЕРО. Визначено також шляхи подальшої модифікації сполук для покращення їхніх інгібіторних характеристик. Ключові слова: ДНК-полімераза &beta, полі(АДФ-рибоза)полімераза 1, апуринова/апіримідинова ендонуклеаза 1, полісульфід, пентатієпін, інгібітор.Aim. To increase the capacity of antitumor therapy based on DNA damage it is important to minimize the repair of DNA lesions that can be achieved by inhibiting the activity of key DNA repair enzymes. To this end several benzopentathiepine and benzo[1,3]dithiol derivatives were synthesized and tested as inhibitors of the key base excision repair (BER) enzymes, PARP1, DNA polymerase β, and APE1. Methods. The procedure of synthesis of several new compounds was developed. The inhibitory capacity of the compounds was estimated by comparison of the enzyme activities in specific testsin the presence of compounds versustheir absence. Results. Benzopentathiepine derivative bearing trifluoromethyl group at the 1-st position was shown to be a weak inhibitor of PARP1. Cyclic substituents at the 1-st position attached through amide bond bring about moderate enhancement of pol β inhibition. Each studied substituent at the 1-st position considerably increases the inhibition of APE1-catalyzed hydrolysis of AP sites as compared to parent compound. Conclusions. Several new inhibitors of BER enzymes were revealed. The directions for further modification of compounds to improve their inhibitory activity were found out. Keywords: DNA polymerase &beta, poly(ADP-ribose)polymerase 1, apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, polysulfide, pentathiepine, inhibitor

Breast cancer typing using RT-PCR assay [вОЗМОЖнОСТи ТиПирОваниЯ раКа МОЛОЧнОй ЖеЛеЗы С иСПОЛьЗОваниеМ МеТОдиКи ОТ-ПЦр]

Introduction. adjuvant systemic therapy remains one of the main options for treating breast cancer. Results of standard immunohistochemical studies are not always a criterion for selecting systemic therapy. Nowadays, multigene expression analysis is actively used to predict the response to chemotherapy in patients with early-stage breast cancer. We studied a 24-gene multi-gene panel for typing breast cancer. Material and Methods. a prospective analysis of 199 breast cancer patients (t1–3N0–3M0) was carried out. surgical specimens were studied using the standard immunohistochemistry (IHc) and Rt-PcR for detecting expression of 24 genes. Results. according to the IHc results, breast cancer was divided into 5 molecular subtypes: luminal a was detected in 59 (30 %) patients; luminal B (HER2-negative) in 52 (26 %); luminal B (HER2-positive) in 19 (9 %); triple-negative in 28 (14 %); HER2-positive 41 (21 %). Rt-PcR showed that stK15, MYc, MYBL2, BIRcc5, BcL2, tERt, EsRP1, PGR, HER2, GBR7, MGB1 and MMP11 were the most significant genes in subtype distribution. the total percentage of matches between the two studies was 61.7 %. Conclusion. studies have shown the need to add additional typing methods for breast cancer to a standard IHc study, which will undoubtedly increase the information content of diagnostic measures and will improve the effectiveness of the treatment. © 2019 Tomsk National Research Medical Center of the Russian Academy of Sciences. All rights reserved

Возможности типирования рака молочной железы с использованием методики ОТ-ПЦР

Introduction. Adjuvant systemic therapy remains one of the main options for treating breast cancer. Results of standard immunohistochemical studies are not always a criterion for selecting systemic therapy. Nowadays, multigene expression analysis is actively used to predict the response to chemotherapy in patients with early-stage breast cancer. We studied a 24-gene multi-gene panel for typing breast cancer. Material and Methods. A prospective analysis of 199 breast cancer patients (T1-3N0-3M0) was carried out. Surgical specimens were studied using the standard immunohistochemistry (IHC) and RT-PCR for detecting expression of 24 genes. Results. According to the IHC results, breast cancer was divided into 5 molecular subtypes: luminal A was detected in 59 (30 %) patients; luminal B (HER2-negative) in 52 (26 %); luminal B (HER2-positive) in 19 (9 %); triple-negative in 28 (14 %); HER2-positive 41 (21 %). RT-PCR showed that STK15, MYC, MYBL2, BIRCC5, BCL2, TERT, ESRP1, PGR, HER2, GBR7, MGB1 and MMP11 were the most significant genes in subtype distribution. The total percentage of matches between the two studies was 61.7 %. Conclusion. Studies have shown the need to add additional typing methods for breast cancer to a standard IHC study, which will undoubtedly increase the information content of diagnostic measures and will improve the effectiveness of the treatment.Введение. Адъювантная системная терапия остается одним из основных методов лечения у больных раком молочной железы. Результаты стандартного иммуногистохимического исследования не всегда в полной мере являются критерием для выбора системной терапии. Для прогнозирования эффективности лечения при ранних стадиях активно применяется мультигенный экспрессионный анализ. Была изучена отечественная мультигенная панель, состоящая из 24 генов, позволяющая типировать рак молочной железы. Материал и методы. Проводился проспективный анализ 199 больных РМЖ (T1-3N0-3M0), в ходе которого операционный материал подвергался стандартному иммуногистохимическому исследованию, а также он изучался методом ОТ-ПЦР с выявлением экспрессии 24 генов. Результаты. По результатам ИГХ осуществлялось молекулярное типирование РМЖ с выделением 5 подтипов: люминальный тип А был выявлен у 59 (30 %) больных; люминальный В (HER2-негативный) -у 52 (26 %); люминальный В (HER2-позитивный) - у 19 (9 %); трижды негативный - у 28 (14 %); HER2-позитивный - у 41 (21 %) пациента. По данным ОТ-ПЦР наиболее значимыми генами в распределении на подтипы рака молочной железы являлись: STK15, MYC, MYBL2, BIRCC5, BCL2, TERT, ESRP1, PGR, HER2, GBR7, MGB1 и MMP11. При дальнейшем анализе суммарное число совпадений данных двух исследований составило 61,7 %. Заключение. Проведенные исследования продемонстрировали необходимость добавления дополнительных методов типирования рака молочной железы к стандартному ИГХ-исследованию, что, несомненно, повысит информативность диагностических мероприятий и позволит повысить эффективность проводимого лечения

СОПОСТАВИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК ПЕРВИЧНОГО ОПУХОЛЕВОГО ОЧАГА И МЕТАСТАТИЧЕСКИХ ЛИМФАТИЧЕСКИХ УЗЛОВ ПРИ РАКЕ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ

The purpose of systemic treatment in patients with breast cancer is based largely on the molecular characteristics of the primary tumor, but many clinical recommendations suggest also the study of metastatic nodes with an assessment of their receptor status (estrogen receptor ER, progesterone receptor RP, human epidermal growth factor receptor 2 Her2/neu). This is due to the fact that according to numerous studies, the discrepancy between the status of the primary tumor and the secondary nodes can reach high rates: 3-54 % for ER, 5-78 % for RP, and 0-34 % for Her2/neu. At the same time, more and more data actively demonstrate the imperfection of immunohistochemical analysis and the need to study additional parameters to improve the quality of diagnosis of patients with breast cancer. Material and methods. A morphological and immunohistochemical study of the tumor tissue of the primary node and axillary lymph nodes was performed in 199 patients with breast cancer (T1-3N0-3M0) using standard methods, and RT-PCR was also studied with the expression of 24 genes. Results. The incidence of differences between the molecular phenotypes of the main tumor and metastatic axillary lymph nodes was 26 (26 %) of 99 cases. Most often, differences were noted in cases of breast cancer with luminal A type - 13 cases (50 %). According to the results of a comparative PCR analysis of tissue samples from the primary tumor and metastatic regional lymph nodes, only the expression of the CD68, ERSR1, GRB7 and MMD11 receptors was statistically significant. Conclusion. The results indicate the need for an integrated approach and additional methods for the diagnosis of breast cancer, which will undoubtedly improve the quality of planning and the effectiveness of systemic treatment in patients with breast cancer.Назначение системного лечения у больных раком молочной железы (РМЖ) основано в большей степени на молекулярных характеристиках первичной опухоли, однако многие клинические рекомендации предлагают исследование также метастатических очагов с оценкой их рецепторного статуса (рецепторов эстрогена (РЭ), рецепторов прогестерона (РП), рецепторов эпидермального фактора роста человека Her2/neu). Это обусловлено тем, что по данным многочисленных исследований несоответствие статуса первичной опухоли и вторичных узлов может достигать высоких показателей: 3-54 % для РЭ, 5-78 % для РП и 0-34 % для Her2/neu. В то же время все больше данных свидетельствуют о несовершенстве иммуногистохимического анализа и необходимости изучения дополнительных параметров для повышения качества диагностики больных РМЖ. Материал и методы. Выполнялось морфологическое и иммуногистохимическое изучение опухолевой ткани первичного узла и аксиллярных лимфатических узлов у 199 больных РМЖ (T1-3N0-3M0) по стандартным методикам, также проводилось исследование методом ПЦР с обратной транскрипцией с выявлением экспрессии 24 генов. Результаты. Частота различий молекулярных фенотипов основного опухолевого и пораженных аксиллярных лимфатических узлов составила 26 (26 %) из 99 случаев. Наиболее часто различия отмечались в случаях РМЖ с люминальным типом А - 13 случаев (50 %). По результатам сравнительного ПЦР-анализа опухолевой ткани основного опухолевого узла и пораженных регионарных лимфатических узлов статистически значимыми являлась лишь экспрессия рецепторов CD68, ERSR1, GRB7 и MMD11. Заключение. Полученные результаты свидетельствуют о необходимости комплексного подхода и проведения дополнительных методов диагностики РМЖ, что, несомненно, повысит качество планирования и эффективность системного лечения у больных РМЖ

Comparison of matrix proteinase mRNA expression in morphologically normal, neoplastic, andmetastatic colon tissue and colon biopsies from healthy donors

Matrix metalloproteinases (MMPs) responsible for the extracellular matrix remodeling, the activation of various growth factors, and angiogenesis play an important role in the colorectal cancer (CRC) development. In the present work the comparative analysis of MMP-7, -8, -9, and -11 mRNA as well mRNA of the Ki-67 proliferation marker in tissue samples obtained from CRC patients and healthy individuals. Employing the real time PCR method the expression levels of several MMPs (MMP-7, -8, -9, and -11) and cell proliferation marker, Ki-67, were simultaneously measured in 256 tissue samples obtained from 112 patients with CRC: 112 samples of the primary tumor (CRC), 112 samples of the most distant border of morphologically normal colonic mucosa (MNT), 16 samples of liver metastases) and from 16 healthy volunteers who underwent colonoscopy and biopsy. The expression of both MMPs studied and Ki-67 was found to be elevated in CRC primary tumors and liver metastases compared with the normal mucosa. CRC tumor and metastatic cells exhibited similar proliferative activity. The metastases are characterized by the highest cross-correlation of MMPs among tissue types tested. For the first time it was shown that normal mucosa from healthy individuals and CRC patients varied in the MMP-8 expression level. They also had dissimilar MMP correlation patterns thus suggesting that epithelial cells adjusted to CRC tumor differ from mucosal epithelial cells of healthy individuals. © 2018 Russian Academy of Medical Sciences. All rights reserved

Comparison of matrix proteinase mRNA expression in morphologically normal, neoplastic, andmetastatic colon tissue and colon biopsies from healthy donors

Matrix metalloproteinases (MMPs) responsible for the extracellular matrix remodeling, the activation of various growth factors, and angiogenesis play an important role in the colorectal cancer (CRC) development. In the present work the comparative analysis of MMP-7, -8, -9, and -11 mRNA as well mRNA of the Ki-67 proliferation marker in tissue samples obtained from CRC patients and healthy individuals. Employing the real time PCR method the expression levels of several MMPs (MMP-7, -8, -9, and -11) and cell proliferation marker, Ki-67, were simultaneously measured in 256 tissue samples obtained from 112 patients with CRC: 112 samples of the primary tumor (CRC), 112 samples of the most distant border of morphologically normal colonic mucosa (MNT), 16 samples of liver metastases) and from 16 healthy volunteers who underwent colonoscopy and biopsy. The expression of both MMPs studied and Ki-67 was found to be elevated in CRC primary tumors and liver metastases compared with the normal mucosa. CRC tumor and metastatic cells exhibited similar proliferative activity. The metastases are characterized by the highest cross-correlation of MMPs among tissue types tested. For the first time it was shown that normal mucosa from healthy individuals and CRC patients varied in the MMP-8 expression level. They also had dissimilar MMP correlation patterns thus suggesting that epithelial cells adjusted to CRC tumor differ from mucosal epithelial cells of healthy individuals. © 2018 Russian Academy of Medical Sciences. All rights reserved

Polysulfide compounds as inhibitors of the key base excision repair enzymes

Цель. Чтобы повысить эффективность противоопухолевой терапии, основанной на повреждениях ДНК, важно минимизировать исправление этих повреждений, что может быть достигнуто за счет подавления активности ключевых ферментов репарации ДНК. Для этого были синтезированы и протестированы несколько производных бензопентатиепина и бензо[1,3]дитиола в качестве ингибиторов ключевых ферментов эксцизионной репарации оснований (ЭРО), ПАРП1, ДНК полимеразы β и АРЕ1. Методы. Разработаны процедуры синтеза ряда новых соединений. Ингибиторные способности соединений оценивали, сравнивая ферментативную активность в специфических тестах в присутствии и в отсутствие потенциальных ингибиторов. Результаты. Производное бензопентатиепина, несущее трифторметильную группу в первом положении, оказалось мягким ингибитором ПАРП1. Присоединение к первому положению через амидную связь циклических заместителей приводит к некоторому усилению ингибирования ДНК-полимеразы β. Все изученные заместители в первом положении значительно увеличивают ингибирование расщепления АР-сайтов, катализируемого АРЕ1, по сравнению с исходным соединением. Выводы. Обнаружено несколько новых ингибиторов ферментов ЭРО. Выявлены также пути дальнейшей модификации соединений для улучшения их ингибиторных характеристик Ключевые слова: ДНК-полимераза &beta, поли(АДФ-рибоза)полимераза 1, апуриновая/апиримидиновая эндонуклеаза 1, полисульфид, пентатиепин, ингибитор.Мета. Щоб підвищити ефективність протипухлинної терапії, заснованої на пошкодженнях ДНК, важливим є мінімізувати усунення цих пошкоджень, чого можна досягти, пригнічуючи активність ключових ферментів репарації ДНК. Для цього синтезовано і протестовано декілька похідних бензопентатієпіну і бензо[1, 3]дитіолу як інгібітори ключових ферментів ексцизійної репарації основ (ЕРО), ПАРП1, ДНК полімерази β і АРЕ1. Методи. Розроблено процедури синтезу низки нових сполук. Інгібіторні властивості сполук оцінювали, порівнюючи ферментативну активність у специфічних тестах за присутності і відсутності потенційних інгібіторів. Результати. Похідне бензопентатієпіну, яке містить трифторметильну групу у першому положенні, виявилося м’яким інгібітором ПАРП1. Приєднання до першого положення через амідний зв’язок циклічних замісників призводить до деякого посилення інгібування ДНК-полімерази β. Усі вивчені замісники у першому положенні значно збільшують інгібування розщеплення АР-сайтів, яке каталізується АРЕ1, порівняно з вихідними сполуками. Висновки. Виявлено декількі інгібіторів ферментів ЕРО. Визначено також шляхи подальшої модифікації сполук для покращення їхніх інгібіторних характеристик. Ключові слова: ДНК-полімераза &beta, полі(АДФ-рибоза)полімераза 1, апуринова/апіримідинова ендонуклеаза 1, полісульфід, пентатієпін, інгібітор.Aim. To increase the capacity of antitumor therapy based on DNA damage it is important to minimize the repair of DNA lesions that can be achieved by inhibiting the activity of key DNA repair enzymes. To this end several benzopentathiepine and benzo[1,3]dithiol derivatives were synthesized and tested as inhibitors of the key base excision repair (BER) enzymes, PARP1, DNA polymerase β, and APE1. Methods. The procedure of synthesis of several new compounds was developed. The inhibitory capacity of the compounds was estimated by comparison of the enzyme activities in specific testsin the presence of compounds versustheir absence. Results. Benzopentathiepine derivative bearing trifluoromethyl group at the 1-st position was shown to be a weak inhibitor of PARP1. Cyclic substituents at the 1-st position attached through amide bond bring about moderate enhancement of pol β inhibition. Each studied substituent at the 1-st position considerably increases the inhibition of APE1-catalyzed hydrolysis of AP sites as compared to parent compound. Conclusions. Several new inhibitors of BER enzymes were revealed. The directions for further modification of compounds to improve their inhibitory activity were found out. Keywords: DNA polymerase &beta, poly(ADP-ribose)polymerase 1, apurinic/apyrimidinic endonuclease 1, polysulfide, pentathiepine, inhibitor