Systems Glycobiology: Past, Present, and Future

Glycobiology is a glycan-based field of study that focuses on the structure, function, and biology of carbohydrates, and glycomics is a sub-study of the field of glycobiology that aims to define structure/function of glycans in living organisms. With the popularity of the glycobiology and glycomics, application of computational modeling expanded in the scientific area of glycobiology over the last decades. The recent availability of progressive Wet-Lab methods in the field of glycobiology and glycomics is promising for the impact of systems biology on the research area of the glycome, an emerging field that is termed “systems glycobiology.” This chapter will summarize the up-to-date leading edge in the use of bioinformatics tools in the field of glycobiology. The chapter provides basic knowledge both for glycobiologists interested in the application of bioinformatics tools and scientists of computational biology interested in studying the glycome

Investigation of the Mechanical, Electronic and Phonon Properties of X2ScAl (X = Ir, Os, and Pt) Heusler Compounds

In the present study, the second-order elastic constants and the electronic band structures of the X2ScAl (x = Ir, Os, and Pt) compounds crystallized in the L21 phase were calculated separately by using the ab-initio density functional theory. According to the results for the second-order elastic constants, these compounds met the Born mechanical stability criteria. Also, according to the Pugh criteria, they were found to have a ductile structure and to show anisotropic behavior. The microhardneses of the compounds were between 2 and 14 GPa, and the highest hardness was found in the Ir2ScAl (14.290 GPa) compound. In addition, the energy band structures of these compounds were calculated, and the crystals were found to have a metallic bond structure. All the computed data were compared with previously calculated results obtained with different methods. According to the findings obtained in the present study, in terms of its mechanical and electronic behaviors, Ir2ScAl was found to have better physical properties than Os2ScAl and Pt2ScAl. The phonon dispersion curves and their corresponding total and projected densities of states were investigated for the first time by using a linear-response approach in the context of density functional perturbation theory. The frequencies of the optical phonon modes of all compounds at the Γ point were 4.767, 7.504 and 9.271 THz for Ir2ScAl, 2.761, 7.985 and 9.184 THz for Os2ScAl and 2.012, 5.6952 and 8.118 THz for Pt2ScAl. The heat capacity Cv at constant volume versus temperature was calculated using a quasi-harmonic approach and the results are discussed. © 2020, The Korean Physical Society

Effect of adenomyosis on prognosis of patients with endometrial cancer

OBJECTIVE: Our goal was to contrast the prognoses of patients with endometrial cancer who had adenomyosis against those that did not. METHODS: All patients who had received surgical staging for hysterectomy-based endometrial cancer had their medical data retrospectively examined. The analysis covered 397 patients, who were split into two groups depending on the presence of adenomyosis. Comparisons were made between patients covering type of surgery, histopathology, endometrial cancer stage, lymphovascular space invasion, presence of biochemical or histochemical markers, adjuvant therapy, presence of adenomyosis in the myometrial wall, and outcomes in terms of overall survival and disease-free survival. RESULTS: There is no statistically significant difference in the 5-year disease-free survival or overall survival rates between endometrial cancer patients with and without adenomyosis. This is based on comparisons of tumor stage, tumor diameter, histological type and grade of tumor, myometrial invasion, lymphovascular space invasion, and biochemical markers that affect the course of the disease. The median follow-up times were 61 months for the adenomyosis-positive group and 56 months for the group without adenomyosis. CONCLUSION: Coexisting adenomyosis in endometrial cancer has no bearing on survival rates and is not a prognostic factor

Postmenopozal Kadınlarda Vulvar Liken Sklerozun Ürojinekolojik Fonksiyonlara Etkisi

Amaç: Üriner semptomlar ile vulvar liken skleroz arasındaki ilişkiyi incelemektir. Gereç ve Yöntem: Bu kesitsel çalışma Ocak 2019 ile Mart 2020 tarihleri arasında kliniğimizde yapılmıştır. Çalışmaya 110 hasta dahil edildi. Hepsi postmenopozal kadınlardan oluşan hastalar iki gruba ayrıldı. Çalışma grubu liken skleroz tanısı alan kadınlardan (n=59) ve kontrol grubu rutin jinekolojik muayene isteyen menopoz sonrası kadınlardan (n=51) oluşuyordu. Çalışma grubundaki tüm hastalara dermatopatolojik olarak biyopsi ile tanı konuldu. Her iki grup da valide edilmiş Ürogenital Sıkıntı Envanteri (UDI-6) ve İnkontinans Etki Anketi (IIQ-7) anketlerini doldurdu. UDI-6 ve IIQ-7’nin anket ve alt gruplarından alınan toplam puanlar analiz edildi. Bulgular: Her iki grup için demografik özelliklerde veya menopoz başlangıcından bu yana geçen sürede fark yoktu. Toplam UDI-6 puanları çalışma grubunda anlamlı olarak daha yüksekti (p<0,05). Ayrıca, UDI-6’nın irritatif semptomlar ve üriner inkontinans bölümlerinin puanları da çalışma grubunda daha yüksekti (p<0,01). Toplam IIQ-7 puanları da çalışma grubunda anlamlı olarak daha yüksek bulundu (p<0,05). Fiziksel aktivite ve seyahat ile ilgili IIQ-7 alt puanları çalışma grubunda anlamlı olarak daha yüksekti (p<0,01). Sonuç: Bildiğimiz kadarıyla çalışmamız, vulvar liken skleroz ile üriner inkontinans semptomları arasındaki ilişkiyi valide edilmiş objektif testler aracılığıyla bildiren literatürdeki ilk çalışmadır. Vulvar liken sklerozlu hastalarda hem UDI-6 hem de IIQ-7 skorlarının anlamlı derecede yüksek olduğu bulunmuştur

Gömülü üçüncü molar dişlerin ikinci molar dişlere etkisinin KIBT ile değerlendirilmesi

Amaç: Bu çalışmanın amacı gömülü/ yarı gömülü mandibular üçüncü molar dişlerin pozisyonunun ve gömülü dişle ilişkili ikinci molar dişlerde distal çürük ve eksternal rezorpsiyon oluşumunun konik ışınlı bilgisayarlı tomografi (KIBT) ile değerlendirilmesidir.Gereç ve Yöntemler:&nbsp;Çalışma grubu, diagnostik amaçlı çekilen 87 hastanın KIBT görüntülerinden oluşturuldu.140 gömülü/yarı gömülü mandibular üçüncü molar dişin pozisyonu ve ikinci molar dişlere etkisi (ikinci molar dişin distal yüzeyinde çürük varlığı ve eksternal kök rezorpsiyonu) değerlendirildi. Elde edilen veriler yaş grupları, cinsiyet ve gömülü mandibular üçüncü molar dişlerin pozisyonuna göre analiz edildi.Bulgular: Üçüncü molar dişlerin angulasyonlarında en çok mesioangular (% 49.3) ve horizontal (% 25.7) pozisyon gözlendi. Gömülü kalma seviyesinde ise mandibular üçüncü molar dişlerde en fazla sınıf C (% 64.3) pozisyonu değerlendirildi İkinci molar dişlerin distal yüzeyinde çürük oluşumu prevalansı % 20.7 eksternal rezorpsiyon prevalansı ise % 5 olarak bulundu. 18-24 yaş grubunda (% 12.8), gömülü dişin sınıf B (% 11.4) ve mesioangular (% 14.3) pozisyonlarında ikinci molar dişte çürük oluşumu prevalansı diğer gruplara göre daha yüksek olarak bulunmuştur. İkinci molar dişte eksternal rezorpsiyon ise 25-35 ve 35 yaş üstü sadece erkek hastalarda ve gömülü dişin sınıf C (% 5) pozisyonunda belirlenmiştir.Sonuç: KIBT ile üç boyutlu olarak mandibular üçüncü molar dişin pozisyonu, ikinci molar dişle ilişkisi ve ilgili patolojiler daha ayrıntılı ve kesin olarak değerlendirilir. Bu çalışma, gömülü üçüncü molar dişlerle ilişkili değerlendirilen patolojilerden ikinci molar dişlerde distal çürük oluşumu prevalansının yüksek olduğunu ve mezioangular pozisyonun patolojik durumlar için risk faktörü olduğunu göstermektedir. Bununla birlikte sınıf B pozisyonu çürük oluşumu için, sınıf C pozisyonu ise eksternal rezorpsiyon için daha yüksek risk taşımaktadır.&nbsp;ANAHTAR KELİMELER Distal çürük, Gömülü mandibular üçüncü molar diş, İkinci molar diş, KIBT, Rezorpsiyo

Healing effects of single-dose triptolide in rats with severe acute pancreatitis

Aim: Severe acute pancreatitis (SAP) carries high morbidity and mortality risk. If theproinflammatory response phase of SAP cannot be controlled, it may result in multiorganfailure (MOF). Nuclear factor-kappa B (NF-?B) activation plays an important role in thedevelopment of MOF. In this study, it was aimed to investigate the healing effects of triptolide,an anti-inflammatory and immunosuppressive agent in rats with SAP.Material and Methods: A total of 20 Wistar-Albino rats were divided into two groups as theSAP and triptolide treatment (TT) groups. SAP was induced by intraperitoneal injection ofcerulean (50 mg/kg) in both groups. TT group was administered a single dose (0.2 mg/kg)triptolide 24 hour after the induction of SAP. Serum ALT, AST, GGT, Lipase, Glucose, ALPand amylase levels and pancreatic tissue samples were examined.Results: Serum glucose and amylase levels were found to be significantly lower in the TTgroup (p=0.011 and p=0.035, respectively). There was no significant difference between thegroups in terms of other biochemical parameters. Pancreatic edema, acinar cell degeneration,fat necrosis, intrapancreatic&perivascular inflammation, inflammation in the peripancreatic fattissue were common histopathological findings in both groups. There was no significantdifference between the groups in terms of histopathologic changes.Conclusion: Cerulein-induced pancreatitis is a successful method for experimental SAP. Thehealing effects of single-dose triptolide treatment are not evident in the early phase of SAP.The therapeutic effects of triptolide on inflammatory and oxidative stress were not significantlyapproved by histopathological and biochemical parameters by the pancreatic tissue

Mandibular üçüncü molar dişlerin inferior alveoler kanalla ilişkisinin KIBT ile değerlendirilmesi

Amaç: Gömülü mandibular üçüncü molarların inferior alveolar kanalla ilişkisini incelemek, bu bölgede yapılan operasyonlarda inferior alveolar nörovasküler yapıya zarar vermemek için önemlidir. Bu çalışmadaki amaç gömülü mandibular üçüncü molarların inferior alveolar kanalla ilişkisini incelemek, pozisyonuna göre sınıflamak ve kontak durumunu belirlemektir.Gereç ve Yöntemler:&nbsp;Çalışmamıza 54 hastadan 100 mandibular gömülü üçüncü molar diş dahil edilmiştir. İnferior alveolar kanalın gömülü üçüncü molar dişlerin kökleriyle ilişkisi bukkal, lingual, inferior ve interradiküler olmak üzere 4 ayrı sınıfta iki gözlemci tarafından değerlendirilmiştir. İnferior alveolar kanalın diş kökleriyle kontak durumu olup olmadığı da incelenmiştir. Gözlemciler arası uyum yüksek olduğundan, iki gözlemcinin farklı değerlendirdiği vakalar gözlemciler tarafından birlikte tekrar değerlendirilip fikir birliğine varılarak prevalans değerleri hesaplanmıştır.Bulgular:&nbsp;Dişin pozisyonunun değerlendirildiği incelemede κ: 0.854, kontak durumuna göre değerlendirilen incelemede κ: 0.774 bulunmuştur. Gömülü mandibular üçüncü molarların % 52 oranında inferior, % 29 lingual, % 11 bukkal % 8&nbsp;interradiküler konumda olduğu tespit edilmiştir. İnferior alveolar kanalın dişle kontak ilişkisi % 71 kontaklı, % 29 kontaksız olarak bulunmuştur.Sonuç: Gömülü mandibular üçüncü molarların cerrahi operasyonlarında sinir yaralanmalarına yol açmamak için Konik-ışınlı bilgisayarlı tomografi (KIBT) değerlendirmeleri önemlidir. KIBT sayesinde operasyon bölgesini üç boyutlu olarak inceleyebilir ve mandibular kanalın gömülü üçüncü molara göre pozisyonunu belirleyebiliriz.ANAHTAR KELİMELER Gömülü mandibular üçüncü molar, inferior alveolar kanal, KIB

Mental foramenin mandibular kemikle ilişkisinin ultrasonografi ile değerlendirilmesi

Amaç: Mental foramen (MF) görüntülenmesi, etkili bir sinir bloğu gerçekleştirmede ve nörovasküler yaralanmaları önlemede önemli bir yere sahiptir. Çalışmamızın amacı MF’nin mandibular kemiğe olan uzaklıklarının USG ile tespiti, cinsiyete göre ve sağ-sol arasında farklılık olup olmadığının değerlendirilmesidir.Gereç ve Yöntemler: 15 kadın ve 15 erkek toplam 30 gönüllünün (22-27 yaş aralığında) sağ ve sol MF’leri USG ile değerlendirildi. MF’nin mandibular kemiğin üst ve alt sınırına olan uzaklıkları tespit edildi.Bulgular: MF’nin mandibular kemikteki sürekliliğin bozulması şeklindeki görüntüsü USG ile tespit edildi. MF’nin üst ve alt mandibular sınırla olan uzaklığı 2 ayrı gözlemci tarafından değerlendirildi. Birinci ve ikinci gözlemciler arasındaki uyum iyi olduğundan (0,709≤r≤0,902)&nbsp; ölçümlerin ortalaması kullanıldı. Sağ ve sol ölçümler arasında fark olup olmadığını değerlendirmek için yapılan Wilcoxon Signed Rank testi sonucuna göre kadınlarda anlamlı bir fark yokken erkeklerde anlamlı bir fark çıkmıştır. Cinsiyetler arasında fark olup olmadığını değerlendirmek için yaptığımız Mann Whitney U testi sonucuna göre kadın ve erkekler arasında erkeklerde daha yüksek değerde olmak üzere istatiksel olarak anlamlı bir fark çıkmıştır (p ˂0,05).Sonuç: USG, MF’nin tespitinde ve saptanabilen mandibular kemikle olan ilişkisini değerlendirmede non invaziv, iyonize radyasyon içermeyen, hasta başında uygulanabilen bir görüntüleme metodudur. Bu avantajları, ileride yapılabilecek daha geniş çalışma gruplarından elde edilen referans değerleriyle bu bölgede yapılan operatif işlemlerde hasta başında tespitinin kolaylıkla yapılmasını mümkün kılacaktır.ANAHTAR KELİMELER Anatomik landmark, mandibula, mental foramen, ultrasonograf

Alzheimer hastalığında bakım verenlerin hastalıkla ilgili farkındalık düzeyi

Amaç: Bu çalışmada Bursa ilinde Alzheimer hastalarına bakım veren bireylerin hastalıkla ilgili farkındalık düzeyinin araştırılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Orta veya ağır evre Alzheimer hastasına en az 6 aydır bire bir bakım veren 50 kişi çalışmaya dahil edildi. Hastaların ve bakım verenlerin demografik özellikleri kayıt altına alındı. Bakım verenlere hastalıkla ilgili basit temel bilgilerin sorgulandığı 10 soruluk bir anket uygulandı.Bulgular: Katılımcıların %56’sı hastalıkla karşılaşmadan önce hastalıkla ilgili bilgiye sahip değildi. %50’si yakını Alzheimer tanısı aldıktan sonra hastalıkla ilgili bilgi almak için herhangi bir yönteme başvurmamıştı. Katılımcıların %84’ü hastalığın kalıcı olduğunu, %80’i tedavisinin ilaçlarla yapıldığını bilmekteydi. %86’sı ilaçların şikayetleri sadece kısmen geriletmek için verildiğinin farkındaydı. %54’ü ağızdan alınan tabletler dışında başka tedavi seçeneklerinden haberdar değildi. %44’ü tedaviyle hastalığın düzelmediğini, %50’si ilaçları dönem dönem değiştirmek gerektiğini bilmekteydi. Hastalıkla ilgili sizi en çok sıkıntıya sokan şey nedir sorusuna sırasıyla gece uykusuzluğu, ajitasyonlar, inatçılık, hırçınlık, idrar ve gaita inkontinansı cevapları verildi. Sonuç: Hasta yakınlarının hastalıkla ilgili yeterli bilgiye sahip olması hastalığın erken tanınması, hastalığa bağlı gelişen problemlerin anlaşılabilmesi ve tedavi sürecinin düzgün yönetilmesine olanak sağlayacaktı