Arthrite à pneumocoque chez un adulte immunocompétent

Les infections à pneumocoques sont avant tout respiratoires, ORL et méningées. Les infections ostéoarticulaires à pneumocoque ont la particularité de survenir dans moins de 20% des cas chez l'adulte sain. Habituellement, un ou plusieurs facteurs favorisants sont retrouvés. Toutefois, nous rapportons lors de cette observation le cas d'une arthrite à Streptococcus pneumoniae chez un adulte immunocompétent sans facteurs prédisposant. Patient âgé de 66 ans, diabétique de type II, a été hospitalisé pour une décompensation acido-cétosique et une monoarthrite du genou droit. Ce patient était fébrile (39°C) et présentait un genou droit inflammatoire en flexion avec rougeur et chaleur locale et un choc rotulien. Une ponction articulaire avec d'autres examens ont été réalisés pour confirmation d'une arthrite septique à pneumocoque. Le résultat de la ponction articulaire réalisée a montré un liquide jaune citron trouble avec 480 000 leucocytes/mm3 à prédominance polynucléaires neutrophiles. L'examen direct a montré des coccis à Gram positif en diplocoque, la culture a permis d'isoler un Streptococcus pneumoniae sensible à la pénicilline G. L'évolution clinique et biologique de l'arthrite du genou était favorable. Un déficit immunitaire, un asplénisme anatomique ou fonctionnel peuvent être en cause. L'alcoolisme est un facteur favorisant mais le mécanisme n'est pas clairement élucidé. La présence de matériel prothétique, peut favoriser une localisation septique. Ces facteurs de risque doivent être systématiquement recherchés, notamment en cas d'infection grave ou récidivante, une antibioprophylaxie ou une vaccination pouvant être proposées chez les sujets à haut risque

Emergence d’isolats cliniques de Pseudomonas aeruginosa producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu en milieu hospitalier

Les infections nosocomiales dues à des bacilles à Gram négatif producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) sont à l’heure actuelle un sujet de préoccupation majeure en milieu hospitalier, en particulier en milieu de réanimation. Les BLSE ne sont plus l’apanage des entérobactéries et leur diffusion est de plus en plus observée parmi de nombreuses espèces de bacilles non fermentant comme Pseudomonas spp et Acinetobacter spp en raison de l’utilisation abusive des bêta-lactamines. La multirésistance développée par les souches sécrétrices de BLSE, responsables d’épidémies nosocomiales conduit le clinicien à un choix très restreint d’antibiotiques encore effcaces dont les carbapénèmes.En microbiologie clinique, la détection des souches productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) requiert la combinaison de techniques microbiologiques spécifques, phénotypiques (test de synergie) et génotypiques (recherche de gènes de résistance hébergés par ces souches ..). La surveillance des infections par des bacilles à Gram négatif producteurs de BLSE est devenue une nécessité en milieu de réanimation, pourvoyeur d’infections nosocomiales. La maîtrise de la prescription des antibiotiques, l’application des règles élémentaires d’hygiène hospitalière (notamment l’hygiène des mains), le dépistage des patients porteurs de bactéries multirésistantes (BMR) ainsi que le recours aux précautions standard d’isolement technique et géographique sont autant de stratégies à mettre en oeuvre pour limiter la dissémination de ces souches. Nous rapportons pour la première fois, cinq isolats cliniques de Pseudomonas aeruginosa producteurs de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), phénotype de résistance aux bêta-lactamines rarement observé en pratique de laboratoire au sein de cette espèce

Saccharothrix sp. PAL54, a new chloramphenicol-producing strain isolated from a Saharan soil

An actinomycete strain designated PAL54, producing an antibacterial substance, was isolated from a Saharan soil in Ghardaïa, Algeria. Morphological and chemical studies indicated that this strain belonged to the genus Saccharothrix. Analysis of the 16S rDNA sequence showed a similarity level ranging between 96.9 and 99.2% within Saccharothrix species, with S. longispora DSM 43749T, the most closely related. DNA–DNA hybridization confirmed that strain PAL54 belonged to Saccharothrix longispora. It showed very strong activity against pathogenic Gram-positive and Gram-negative bacteria responsible for nosocomial infections and resistant to multiple antibiotics. Strain PAL54 secreted the antibiotic optimally during mid-stationary and decline phases of growth. One antibacterial compound was isolated from the culture broth and purified by HPLC. The active compound was elucidated by uv-visible and NMR spectroscopy and by mass spectrometry. The results showed that this compound was a D(-)-threo chloramphenicol. This is the first report of chloramphenicol production by a Saccharothrix species

Proportion of extended-spectrum ß-lactamase-producing Enterobacteriaceae in community setting in Ngaoundere, Cameroon

BACKGROUND: There is no information regarding the resistance mechanisms of extended-spectrum ß-lactamase (ESBL)-producing Enterobacteriaceae in community setting in Cameroon. The current study aimed to determine the proportion of ESBLs in Enterobacteriaceae isolated in the community and to analyse some risk factors associated with ESBL carriage. METHODS: Faecal samples were collected from 208 different outpatients and 150 healthy student volunteers between 3 January and 3 April 2009. Enterobacterial isolates resistant to third-generation cephalosporins were screened for ESBL production by the double-disk synergy test. Presumptive ESBL-producing isolates with positive synergy test were identified by Mass Spectrometry using the BioTyper MALDI-TOF. For such ESBL positive isolates, antibiotic susceptibility was determined by the Vitek 2 system. PCR and sequencing were performed for the detection of different types of ESBL genes in presumptive ESBL-producing isolates. Statistical methods were used for the univariate calculation of risk factors. RESULTS: During the study period, a total of 358 faecal samples were analysed; 58 of such samples (16%) showed an ESBL phenotype and were confirmed by PCR. The proportion of ESBL producers in faecal carriage was statistically different between outpatients and student volunteers (23.1% vs. 6.7%: p < 0.000). According to a univariate analysis, previous use of antibiotics (ciprofloxacin) appeared to be a risk factor for ESBL carriage (p < 0.05).Escherichia coli was the species most frequently isolated among the ESBL producers in outpatients (66.7%) and student volunteers (90%). Isolates showed additional resistance to gentamicin, ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole but none of them was resistant to temocillin, amikacin or meropenem. Most of the strains (97%) produced a CTX-M group 1 enzymes [CTX-M-15 (98%) or CTX-M-1 (2%)] and the remaining strains produced SHV-12 enzyme (3%). CONCLUSIONS: The use of drugs such as amoxicillin, ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole does not seem appropriate for empirical treatment because of emerging resistance. The implementation in Cameroon or in other African countries of methods of screening ESBL-producing organisms in routine laboratories is of great importance in order for us to offer patients appropriate treatment and for infection control efforts to succeed

The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance

INTRODUCTION Investment in Africa over the past year with regard to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) sequencing has led to a massive increase in the number of sequences, which, to date, exceeds 100,000 sequences generated to track the pandemic on the continent. These sequences have profoundly affected how public health officials in Africa have navigated the COVID-19 pandemic. RATIONALE We demonstrate how the first 100,000 SARS-CoV-2 sequences from Africa have helped monitor the epidemic on the continent, how genomic surveillance expanded over the course of the pandemic, and how we adapted our sequencing methods to deal with an evolving virus. Finally, we also examine how viral lineages have spread across the continent in a phylogeographic framework to gain insights into the underlying temporal and spatial transmission dynamics for several variants of concern (VOCs). RESULTS Our results indicate that the number of countries in Africa that can sequence the virus within their own borders is growing and that this is coupled with a shorter turnaround time from the time of sampling to sequence submission. Ongoing evolution necessitated the continual updating of primer sets, and, as a result, eight primer sets were designed in tandem with viral evolution and used to ensure effective sequencing of the virus. The pandemic unfolded through multiple waves of infection that were each driven by distinct genetic lineages, with B.1-like ancestral strains associated with the first pandemic wave of infections in 2020. Successive waves on the continent were fueled by different VOCs, with Alpha and Beta cocirculating in distinct spatial patterns during the second wave and Delta and Omicron affecting the whole continent during the third and fourth waves, respectively. Phylogeographic reconstruction points toward distinct differences in viral importation and exportation patterns associated with the Alpha, Beta, Delta, and Omicron variants and subvariants, when considering both Africa versus the rest of the world and viral dissemination within the continent. Our epidemiological and phylogenetic inferences therefore underscore the heterogeneous nature of the pandemic on the continent and highlight key insights and challenges, for instance, recognizing the limitations of low testing proportions. We also highlight the early warning capacity that genomic surveillance in Africa has had for the rest of the world with the detection of new lineages and variants, the most recent being the characterization of various Omicron subvariants. CONCLUSION Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve. This is important not only to help combat SARS-CoV-2 on the continent but also because it can be used as a platform to help address the many emerging and reemerging infectious disease threats in Africa. In particular, capacity building for local sequencing within countries or within the continent should be prioritized because this is generally associated with shorter turnaround times, providing the most benefit to local public health authorities tasked with pandemic response and mitigation and allowing for the fastest reaction to localized outbreaks. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century

Dépistage du portage nasal du Staphylococcus aureus lors de l’admission des patients à l’Hôpital Militaire d’Instruction Mohammed V

RESUME L’objectif de notre travail était de réaliser un dépistage du portage nasal du S.aureus chez les malades admis à l’HMIMV, dans les services de chirurgie viscérale, pédiatrie et la réanimation chirurgicale. Ainsi qu’étudier la sensibilité de souches isolées aux antibiotiques et envisager des actions préventives. Il s’agit d’une étude prospective réalisée entre Septembre 2010 et Juin 2011 dans le service de bactériologie de l’HMIMV.  La prévalence du portage nasal du S. aureus est de 31%. Elle est indépendante du sexe et d’âge. L’hospitalisation et l’antibiothérapie antérieures sont des facteurs de risque du portage de S .aureus. Les résultats de l’antibiogramme obtenus sur nos souches de S. aureus sont :   la méticilline (33% résistant), la  fosfomycine (23%), l’erythromycine (20%), la lincomycine (20%), la gentamicine (16%), l’ofloxacine (8%), le cotrimoxazole (8%) et  l’acide fusidique (3%).Cette étude  montre un taux de résistance à la méticilline assez important chez les patients dépistés à l’admission, ce qui peut augmenter l’incidence des infections nosocomiales d’où la  nécessité de mettre en place un programme de prévention . Parmi les moyens de prévention : la maitrise de la prescription des antibiotiques, le dépistage des patients porteurs à l’admission, la décolonisation des patients porteurs, les précautions contact et l’isolement en chambre individuelle.