Validation of selected molecular methods for the mutations determination in codons 12 and 13 of K-RAS gene in five Polish oncological research centers

Chorzy na raka jelita grubego z przerzutami mogą osiągnąć korzyść z leczenia panitumumabem jedynie, jeśli w guzie nie stwierdzono mutacji w genie K-RAS. W związku z tym konieczne jest zbadanie statusu tego genu w celu wyłonienia chorych, którzy mogą być poddani takiemu leczeniu. Celem pracy było opracowanie standardowej procedury oznaczania statusu genu K-RAS w materiale izolowanym z bloczków parafinowych. Kolejnym celem była walidacja wybranych technik molekularnych oznaczania mutacji w pięciu ośrodkach w Polsce, w których odbywa się leczenie chorych na raka jelita grubego. Ocenie poddano cztery różne techniki oznaczania mutacji: SSCP, DHPLC, RFLP/PCR i bezpośrednie sekwencjonowanie. Stwierdzono, że wszystkie jednostki uczestniczące w procesie walidacji są odpowiednio przygotowane do podjęcia działalności diagnostycznej w zakresie oznaczania statusu genu K-RAS. Przyjęto następujące zalecenia dla laboratoriów diagnostycznych: 1. Materiał do izolacji DNA powinien zawierać przynajmniej 70% utkania nowotworowego; 2. Ujednolicenie procedury izolacji DNA ze skrawków parafinowych wymaga stosowania gotowego zestawu do izolacji DNA; 3. W przypadku braku jednoznacznego wyniku konieczne jest stosowanie dwóch metod oznaczania mutacji, przy czym jedną z nich powinno być sekwencjonowanie bezpośrednie.Metastatic colorectal cancer patients will benefit from treatment with panitumumab only when they don't have mutation in K-RAS gene. Therefore, estimation of mutational status of K-RAS is necessary for the selection of patients, who should be treated with panitumumab. The aim of this study was to evolve a standard method of estimation of K-RAS mutational status in the material isolated from paraffin blocs. The second aim was the validation of selected molecular methods of K-RAS mutation evaluation in five Polish oncological centers where mCRC patients are treated. Four methods were evaluated: SSCP, DHPLC, RFLP/PCR and direct sequencing. We found that all groups in five selected oncological centers, who took part in the validation process, were well prepared for molecular diagnosis of K-RAS mutational status. The following recommendations for diagnostic laboratories were approved: 1. At least 70% of cancer cells should be present in a tissue for DNA isolation; 2. The method of DNA isolation should be standardized, the most appropriate is usage of DNA isolation kits; 3. In case of equivocal results two independent molecular methods should be employed, one of them should be direct sequencing