Genetic algorithm based two-mode clustering of metabolomics data

Metabolomics and other omics tools are generally characterized by large data sets with many variables obtained under different environmental conditions. Clustering methods and more specifically two-mode clustering methods are excellent tools for analyzing this type of data. Two-mode clustering methods allow for analysis of the behavior of subsets of metabolites under different experimental conditions. In addition, the results are easily visualized. In this paper we introduce a two-mode clustering method based on a genetic algorithm that uses a criterion that searches for homogeneous clusters. Furthermore we introduce a cluster stability criterion to validate the clusters and we provide an extended knee plot to select the optimal number of clusters in both experimental and metabolite modes. The genetic algorithm-based two-mode clustering gave biological relevant results when it was applied to two real life metabolomics data sets. It was, for instance, able to identify a catabolic pathway for growth on several of the carbon sources

Ruimte voor akkers en tuinen, bomen en bollen : verkenning naar ontwikkelingen in de akkerbouw en opengrondstuinbouw en effecten hiervan op natuur en landschap

Invloed van landbouwkundig grondgebruik op natuur en alndschap: een inventaristatie door Natuurplanburea

Te hooi en te gras. Verkenning naar ontwikkeling in de grondgebonden veehouderij en gevolgen hiervan voor natuur en landschap

Onderzoek naar de relatie tuusen landbouwkundig grondgebruik en natuur; analyse ten behoeve van het Natuurplanburea

Literatuurstudie naar interacties tussen grasvegetaties en walnotenbeplantingen

Uit literatuurstudie is gebleken dat gecombineerde productie van gras met vruchten en hout van walnoten een perspectiefvolle mogelijkheid is. Pas na een jaar of tien wordt het grasproductieniveau ten gevolge van licht-, vocht- en voedingstoffenconcurrentie gestaag lager. Bij een gesloten kronendak is nog steeds grasproductie mogelijk, zeker met schaduwtolerante grassoorten zoals gewoon struisgras en kropaar, gemengd met witte klaver en een goede bemesting. Dit soort grassen heeft een lager eiwit- en een hoger ruwecelstofgehalte. Juglon kan de groei en kieming van bepaalde gewassen (o.a. maos) remmen. In de praktijk lijkt juglon niet bedreigend voor vee

Beelden van en voor greens én fairways

Door lokale verschillen in voeding- en vochttoestand kan de behoefte aan extra bemesting of beregening sterk verschillen. Met een nieuw ontwikkelde meetmethode kunnen greens en fairways intensief, snel en automatisch worden bemeten zonder een monster naar het laboratorium te hoeven sturen. Dit geeft mogelijkheden om per plek naar behoefte te bemesten en te beregene

Surface water sanitation and biomass production in a large constructed wetland in the Netherlands

In Western-Europe, agricultural practices have contributed to environmental problems such as eutrophication of surface and ground water, flooding, drought and desiccation of surrounding natural habitats. Solutions that reduce the impact of these problems are urgently needed. Common reed (Phragmites australis) is capable of sanitizing surface water and may function as green energy source because of its high productivity. Here, the results of an experiment in a constructed wetland in the Netherlands are presented where two different sanitation treatments were compared. Depending on the residence time and volume per unit area, reed is capable to reduce the total amount of nitrogen in the water with average efficiencies from 32 to 47% and the total amount of phosphorous with 27–45%. Although biomass production still varies largely between different parts of the constructed wetland, a rapid increase in biomass was observed since planting. Constructed wetlands with reed provide opportunities to improve water quality and reed produces enough biomass to serve as green energy source. Moreover, these wetlands also function as a flood water reservoir and are possibly advantageous for biodiversity. The optimal moment of reed harvesting depends on the goal of the owner. This moment should be chosen wisely, as it may have consequences for reed filter regeneration, biomass production, biodiversity, methane emission and water sanitation efficiency