Clonagem e expressão do gene APXIV de Actinobacillus pleuropneumoniae em E. coli

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Neoadjuvant multikinase inhibitor in patients with locally advanced unresectable thyroid carcinoma

Background: Papillary thyroid carcinoma (PTC) is the most common and less aggressive thyroid cancer, but some patients may display locally advanced disease. Therapeutic options are limited in these cases, particularly for those patients with unresectable tumors. Neoadjuvant therapy is not part of the recommended work up. Methods: Report a case of an unresectable grossly locally invasive PTC successfully managed with neoadjuvant therapy and provide a systematic review (SR) using the terms “Neoadjuvant therapy” AND “Thyroid carcinoma.” Results: A 32-year-old man with a 7.8 cm (in the largest dimension) PTC was referred to total thyroidectomy, but tumor resection was not feasible due to extensive local invasion (trachea, esophagus, and adjacent structures). Sorafenib, a multikinase inhibitor (MKI), was initiated; a 70% tumor reduction was observed after 6 months, allowing new surgical intervention and complete resection. Radioactive iodine (RAI) was administered as adjuvant therapy, and whole body scan (WBS) shows uptake on thyroid bed. One-year post-surgery the patient is asymptomatic with a status of disease defined as an incomplete biochemical response. The SR retrieved 123 studies on neoadjuvant therapy use in thyroid carcinoma; of them, 6 were extracted: 4 case reports and 2 observational studies. MKIs were used as neoadjuvant therapy in three clinical cases with 70–84% of tumor reduction allowing surgery. Conclusion: Our findings, along with other reports, suggest that MKIs is an effective neoadjuvant therapy and should be considered as a therapeutic strategy for unresectable grossly locally invasive thyroid carcinomas

Fator σ [Sigma] de Mycoplasma hyopneumoniae : mutagênese, clonagem e expressão

Mycoplasma hyopneumoniae (MH) é uma das menores bactérias encontradas na natureza, apresentando genoma altamente reduzido e ausência de parede celular. Este organismo é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, a qual apresenta distribuição mundial causando importantes perdas econômicas. Recentemente, várias espécies de Mycoplasma tiveram seus genomas completamente seqüenciados, incluindo três cepas de MH. Apesar da grande quantidade de dados gerados, pouco se sabe sobre as seqüências nucleotídicas que controlam o início da transcrição nestes microrganismos. Assim como em outras espécies deste gênero, M. hyopneumoniae não possui vários mecanismos que regulam a expressão gênica, incluindo o sistema de dois componentes e diversos fatores σ. Portanto, aparentemente, os sinais que promovem e regulam a transcrição, nestes organismos, devem diferir significativamente de outras bactérias. Além disso, o baixo conteúdo de GC e a falta de promotores experimentalmente caracterizados, também são fatores que dificultam o reconhecimento de seqüências controladoras. Para possibilitar a identificação das seqüências promotoras de MH in vitro, através da utilização da RNA polimerase holoenzima reconstituída, este trabalho tem como objetivo purificar o fator σ através da expressão heteróloga do gene rpoD de M. hyopneumoniae cepa 7448. Como esta CDS possui três códons de parada UGA – os quais codificam triptofano nos micoplasmas –, foi utilizado uma técnica baseada em PCR para introduzir as mutações (TGA→TGG) necessárias. A metodologia de mutagênese sítio-dirigida, empregada neste trabalho, apresentou eficiência relativamente boa na substituição dos nucleotídeos alvo. O gene íntegro e mutado foi subclonado no vetor pET23a-d(+) e expresso em Escherichia coli. De acordo com o fato de que os fatores σ exibem menor mobilidade em SDS-PAGE, a proteína expressa apresentou uma massa molecular aparente de 64 kDa, diferente dos 58 kDa deduzidos a partir da seqüência nucleotídica. Ainda, nas condições utilizadas, maior quantidade da proteína foi produzida de forma insolúvel. Para obtenção de um fator σ recombinante funcional, diferentes protocolos de expressão, solubilização e purificação serão testados.Mycoplasma hyopneumoniae (MH) is one of the smallest bacteria found in nature, presenting a small genome and no cell wall. It is present in the majority of swine herds throughout the world, and is considered an important pathogen in the swine industry. Recently, many species of this genus had their genome completely sequenced, including three strains of MH. Nevertheless, very little is understood of the nucleotide sequences that control transcription initiation in these microorganisms. Like its relatives, M. hyopneumoniae lacks several major regulators of gene expression, including two component regulatory systems and multiple σ factors, thus it appears that the signals for promotion and regulation of transcription may differ significantly from other bacteria. In addition, the low GC content and the dearth of experimentally characterized promoters in this genus severely limit the recognition of the controlling sequences. To enable in vitro identification of the MH promoter sequences, the aim of this study is to purify the σ factor through the heterologous expression of the rpoD gene from the M. hyopneumoniae strain 7448, that will allow reconstituting RNA polymerase holoenzyme. As this CDS has three UGA stop codons – which encode tryptophan in mycoplasma –, a PCR-based method to introduce the necessary mutations (TGA→TGG) was used. The site-direct mutagenesis methodology, employed in this work, showed a relative good efficiency to substitute the targets nucleotides. The full length mutated gene was subcloned into pET23a-d(+) vector and expressed in fusion with a C-terminal polihistidine tag. In agreement with the fact that σ factors show slower mobility on SDS-PAGE, the expressed protein exhibited an apparent molecular mass of 64 kDa in despite of the 58 kDa that was deduced from the nucleotide sequence. However, most of the protein was insoluble under the conditions used. Therefore, to obtain a functional recombinante σ factor, different protocols related to the expression, solubilization, and purification will be tested

Fator σ [Sigma] de Mycoplasma hyopneumoniae : mutagênese, clonagem e expressão

Mycoplasma hyopneumoniae (MH) é uma das menores bactérias encontradas na natureza, apresentando genoma altamente reduzido e ausência de parede celular. Este organismo é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, a qual apresenta distribuição mundial causando importantes perdas econômicas. Recentemente, várias espécies de Mycoplasma tiveram seus genomas completamente seqüenciados, incluindo três cepas de MH. Apesar da grande quantidade de dados gerados, pouco se sabe sobre as seqüências nucleotídicas que controlam o início da transcrição nestes microrganismos. Assim como em outras espécies deste gênero, M. hyopneumoniae não possui vários mecanismos que regulam a expressão gênica, incluindo o sistema de dois componentes e diversos fatores σ. Portanto, aparentemente, os sinais que promovem e regulam a transcrição, nestes organismos, devem diferir significativamente de outras bactérias. Além disso, o baixo conteúdo de GC e a falta de promotores experimentalmente caracterizados, também são fatores que dificultam o reconhecimento de seqüências controladoras. Para possibilitar a identificação das seqüências promotoras de MH in vitro, através da utilização da RNA polimerase holoenzima reconstituída, este trabalho tem como objetivo purificar o fator σ através da expressão heteróloga do gene rpoD de M. hyopneumoniae cepa 7448. Como esta CDS possui três códons de parada UGA – os quais codificam triptofano nos micoplasmas –, foi utilizado uma técnica baseada em PCR para introduzir as mutações (TGA→TGG) necessárias. A metodologia de mutagênese sítio-dirigida, empregada neste trabalho, apresentou eficiência relativamente boa na substituição dos nucleotídeos alvo. O gene íntegro e mutado foi subclonado no vetor pET23a-d(+) e expresso em Escherichia coli. De acordo com o fato de que os fatores σ exibem menor mobilidade em SDS-PAGE, a proteína expressa apresentou uma massa molecular aparente de 64 kDa, diferente dos 58 kDa deduzidos a partir da seqüência nucleotídica. Ainda, nas condições utilizadas, maior quantidade da proteína foi produzida de forma insolúvel. Para obtenção de um fator σ recombinante funcional, diferentes protocolos de expressão, solubilização e purificação serão testados.Mycoplasma hyopneumoniae (MH) is one of the smallest bacteria found in nature, presenting a small genome and no cell wall. It is present in the majority of swine herds throughout the world, and is considered an important pathogen in the swine industry. Recently, many species of this genus had their genome completely sequenced, including three strains of MH. Nevertheless, very little is understood of the nucleotide sequences that control transcription initiation in these microorganisms. Like its relatives, M. hyopneumoniae lacks several major regulators of gene expression, including two component regulatory systems and multiple σ factors, thus it appears that the signals for promotion and regulation of transcription may differ significantly from other bacteria. In addition, the low GC content and the dearth of experimentally characterized promoters in this genus severely limit the recognition of the controlling sequences. To enable in vitro identification of the MH promoter sequences, the aim of this study is to purify the σ factor through the heterologous expression of the rpoD gene from the M. hyopneumoniae strain 7448, that will allow reconstituting RNA polymerase holoenzyme. As this CDS has three UGA stop codons – which encode tryptophan in mycoplasma –, a PCR-based method to introduce the necessary mutations (TGA→TGG) was used. The site-direct mutagenesis methodology, employed in this work, showed a relative good efficiency to substitute the targets nucleotides. The full length mutated gene was subcloned into pET23a-d(+) vector and expressed in fusion with a C-terminal polihistidine tag. In agreement with the fact that σ factors show slower mobility on SDS-PAGE, the expressed protein exhibited an apparent molecular mass of 64 kDa in despite of the 58 kDa that was deduced from the nucleotide sequence. However, most of the protein was insoluble under the conditions used. Therefore, to obtain a functional recombinante σ factor, different protocols related to the expression, solubilization, and purification will be tested

La Verdad : diario católico de información: Año I Número 85 - 1912 Junio 17

Mycoplasma hyopneumoniae é uma das menores bactérias encontradas na natureza, apresentando genoma altamente reduzido e ausência de parede celular. Este organismo é o agente causador da pneumonia enzoótica suína, a qual apresenta distribuição mundial, causando importantes perdas econômicas. Na última década, várias espécies de Mycoplasma tiveram seus genomas completamente seqüenciados, incluindo quatro cepas de M. hyopneumoniae. Apesar da grande quantidade de dados gerados, pouco se sabe sobre as seqüências nucleotídicas que controlam a expressão gênica nestes microrganismos. A grande variabilidade encontrada nas regiões promotoras, o baixo conteúdo de GC presente no genoma e a carência de promotores experimentalmente caracterizados, são fatores que dificultam o reconhecimento in silico das seqüências reguladoras no gênero Mycoplasma. Assim sendo, este trabalho tem como objetivo identificar seqüências nucleotídicas envolvidas com o início da transcrição em M. hyopneumoniae, gerando dados que possibilitem a construção de uma matriz capaz de fazer a predição de promotores nesta espécie. Inicialmente, os sítios de início de transcrição (TSSs) de 23 genes de M. hyopneumoniae foram definidos. Os resultados mostraram que os TSSs identificados localizavam-se entre 2 e 144 pb de distância do início dos genes, sendo compostos em sua grande maioria por um resíduo de adenosina. Um padrão semelhante ao elemento −10 de promotores σ70 foi encontrado a montante dos TSSs. No entanto, não foi possível identificar conservação de uma provável região −35, porém, um sinal periódico AT-rico foi observado. Aproximadamente metade dos genes analisados continha o motivo 5'-TRTG-3', que é idêntico ao elemento −16, comumente encontrado em bactérias gram-positivas. A partir da determinação dos promotores, foi construída uma matriz de pontuação posição-específica que foi utilizada para localizar promotores putativos a montante de todas as seqüências codificantes (CDSs) de M. hyopneumoniae. Duzentos e um sinais foram encontrados associados a 169 CDSs. A maioria destas seqüências estava localizada até 100 nucleotídeos de distância dos códons de iniciação. Este estudo mostra que o número de seqüências promotoras preditas no genoma de M. hyopneumoniae é mais freqüente que o esperado ao acaso, indicando que a maioria das seqüências detectadas são provavelmente sítios de ligação funcionais.Mycoplasma hyopneumoniae is one of the smallest bacteria found in nature, presenting a small genome and absence of cell wall. It is present in the majority of swine herds throughout the world, and is considered an important pathogen in the swine industry. In the last decade, many species of this genus had their genome completely sequenced, including four strains of M. hyopneumoniae. Nevertheless, very little is understood of the nucleotide sequences that control transcription initiation in these microorganisms. Like its relatives, M. hyopneumoniae lacks several major regulators of gene expression, including two component regulatory systems and multiple σ factors, thus it appears that the signals for promotion and regulation of transcription may differ significantly from other bacteria. In addition, the low GC content and the dearth of experimentally characterized promoters in this genus severely limit the recognition of the controlling sequences. Therefore, this study aims to identify nucleotide sequences involved in transcription initiation in M. hyopneumoniae, and thus generate data to enable the construction of a matrix capable of predicting promoters in this species. Initially, the transcription start sites (TSSs) of 23 genes of M. hyopneumoniae were experimentally defined. The results showed that the identified TSSs were located between 2 and 144 bp away from the gene starts, being composed mostly of an adenosine residue. A pattern that resembles the σ70 promoter −10 element was found upstream of the TSSs. However, no −35 element was distinguished. Instead, an AT-rich periodic signal was identified. About half of the experimentally defined promoters contained the motif 5'-TRTG-3', which was identical to the −16 element usually found in gram-positive bacteria. The defined promoters were utilized to build position-specific scoring matrices in order to scan putative promoters upstream of all coding sequences (CDSs) in the M. hyopneumoniae genome. Two hundred and one signals were found associated with 169 CDSs. Most of these sequences were located within 100 nucleotides of the start codons. This study has shown that the number of promoter-like sequences in the M. hyopneumoniae genome is more frequent than expected by chance, indicating that most of the sequences detected are probably biologically functional

Clonagem e expressão do fator Σ70 de Mycoplasma hyopneumoniae em Escherichia coli

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Análise da região controladora do gene vlhA de Mycoplasma synoviae

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Clonagem e expressão do gene APXIV de Actinobacillus pleuropneumoniae em E. coli

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