NeuroSNP: Tool to Filter SNPs in Whole Genomic DNA.

WORLDCOMP'1

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms - SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes.SBIAgro 2009

A Low-cost Infrastructure for Massive Storage of Phenotype Data for Dairy Cattle Genetic Improvement Program.

ICOMP'1

Modelagem difusa para suporte à decisão na descoberta de SNPs em sequências de cDNA.

Diferenças pontuais entre pares de bases de diferentes sequências alinhadas são o tipo mais comum de variabilidade genética. Tais diferenças, conhecidas como polimorfismos de base única (single nucleotide polymorphisms – SNPs), são importantes no estudo davariabilidade das espécies, pois podem provocar alterações funcionais ou fenotípicas, as quais podem implicar em consequências evolutivas ou bioquímicas nos indivíduos das espécies. A descoberta de SNPs por algoritmos computacionais é uma prática bastante difundida e o presente texto apresenta um modelo que se baseia em lógica difusa (fuzzy logic) para, a partir de resultados prévios, auxiliar na tomada de decisão, nos casos em que as informações preliminares sejam divergentes, assim como, na confirmação de informações coincidentes

Estrutura populacional da raça Girolando.

RESUMO - O objetivo neste estudo foi avaliar a estrutura genética da população de bovinos da raça Girolando no Brasil. Analisou-se o arquivo de pedigree de 26.969 animais, composto de 3.031 machos e 23.938 fêmeas. O nível de conteúdo de informação do pedigree na geração atual foi 61%, mostrando ser de qualidade moderada. O coeficiente de endogamia médio e o coeficiente de relação médio da população Girolando foram 0,11 e 0,13%, respectivamente. O tamanho efetivo da população, considerando a geração completa traçada, foi 188, acima do nível crítico. Do total de 9.457 ancestrais que contribuíram para a população de referência, 457 explicaram 50% da variabilidade genética da população. O número efetivo de fundadores foi 551 e o de ancestrais 393. O intervalo médio de geração foi de 5,26 anos, sendo ligeiramente maior nas trilhas gaméticas mãe-filho e pai-filha. A partir dos coeficientes estimados, pode-se concluir que a endogamia nos rebanhos da raça Girolando foi de pequena magnitude e que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado. No entanto, é importante continuar com o monitoramento desses coeficientes a fim de prevenir perda de variabilidade genética. ABSTRACT - The aim of this study was to evaluate the population structure of Girolando cattle in Brazil. The pedigree file contained 26,969 individuals, from which 3,031 were males and 23,938 were females. The average level of completeness of the pedigree in the current generation was of reasonable quality (61%). Inbreeding and average relatedness coefficients were low: 0.11 and 0.13%, respectively. Estimates of effective population size considering the full generations traced was 188, which is above the critical level range. The number of ancestors that contributed to the reference population was 9,457 animals, from which 457 explained 50% of the genetic variability of the population. The effective number of founders and the effective number of ancestors in this population were, respectively, 551 and 393. The average generation interval was 5.26 years, slightly higher in genetic pathways dam-son and sire-daughter. The inbreeding in the Girolando breed was of small magnitude, indicating that the current practices of mating were adequate during the study period. However, it is important to continue monitoring these coefficients in order to prevent loss of genetic variability

Planting time for maximization of yield of vinegar plant calyx (Hibiscus sabdariffa L.)

Objetivou-se avaliar a produtividade de cálices de Hibiscus sabdariffa L., planta medicinal, em quatro épocas de plantio em Lavras M.G. Os tratamentos foram quatro épocas de plantio (18 de outubro; 15 de novembro; 18 de dezembro de 2001 e 15 de janeiro de 2002) e realizada uma colheita quando praticamente não existiam cálices em desenvolvimento, quase no final do ciclo da planta. Foram considerados os números de cálices por planta, as fitomassas frescas e secas dos cálices e a qualidade. Concluiu-se que a época de plantio influenciou o rendimento por planta e as fitomassas frescas e secas dos cálices, diferindo entre si pelo teste de Tukey a 5%. No plantio de outubro, houve maior rendimento (2.522 kg/ha), com produção de 5,24 vezes a mais em relação ao plantio do mês de janeiro (481 kg/ha). Os plantios nos meses de novembro e dezembro tiveram produções de 1.695 e 1.093 kg.ha-1 de cálices secos, respectivamente, e em relação ao mês de janeiro, a produção foi 3,52 e 2,27 vezes a mais.Deve-se realizar a colheita assim que os cálices estiverem maduros, a fim de preservar a qualidade

Programa de melhoramento genético da raça girolando. Avaliação genética de vacas - julho/2013.

bitstream/item/90490/1/DOC-166-Vacas-Girolando-2013-completo.pd

Inferência difusa aplicada à identificação de informação genômica em sequências de cDNA.

bitstream/item/89812/1/BOP-29.pd

Chemical freeze-out temperature in hydrodynamical description of Au+Au collisions at sqrt(s_NN) = 200 GeV

We study the effect of separate chemical and kinetic freeze-outs to the ideal hydrodynamical flow in Au+Au collisions at RHIC (sqrt(s_NN) = 200 GeV energy). Unlike in earlier studies we explore how these effects can be counteracted by changes in the initial state of the hydrodynamical evolution. We conclude that the reproduction of pion, proton and antiproton yields necessitates a chemical freeze-out temperature of T = 150 MeV instead of T = 160 - 170 MeV motivated by thermal models. Unlike previously reported, this lower temperature makes it possible to reproduce the p_T-spectra of hadrons if one assumes very small initial time, tau_0 = 0.2 fm/c. However, the p_T-differential elliptic flow, v_2(p_T) remains badly reproduced. This points to the need to include dissipative effects (viscosity) or some other refinement to the model.Comment: 8 pages, 7 figures; Accepted for publication in European Physical Journal A; Added discussion about the effect of weak decays to chemical freeze-out temperature and a figure showing isentropic curves in T-mu plan

Coulomb Effect: A Possible Probe for the Evolution of Hadronic Matter

Electromagnetic field produced in high-energy heavy-ion collisions contains much useful information, because the field can be directly related to the motion of the matter in the whole stage of the reaction. One can divide the total electromagnetic field into three parts, i.e., the contributions from the incident nuclei, non-participating nucleons and charged fluid, the latter consisting of strongly interacting hadrons or quarks. Parametrizing the space-time evolution of the charged fluid based on hydrodynamic model, we study the development of the electromagnetic field which accompanies the high-energy heavy-ion collisions. We found that the incident nuclei bring a rather strong electromagnetic field to the interaction region of hadrons or quarks over a few fm after the collision. On the other hand, the observed charged hadrons' spectra are mostly affected (Coulomb effect) by the field of the charged fluid. We compare the result of our model with experimental data and found that the model reproduces them well. The pion yield ratio pi^-/pi+ at a RHIC energy, Au+Au 100+100 GeV/nucleon, is also predicted.Comment: 23 pages, RevTex, 19 eps figures, revised versio