Caractérisation d'un antibiotique produit par la souche d'actinomycète EF76 antagoniste à Phytophthora fragariae var. rubi causant le pourridié des racines du framboisier

Le champignon Phytophthora fragariae var. rubi est l'agent étiologique du pourridie des racines du framboisier. En 1989, cette maladie était présente dans plus de 50% des framboiseraies de l'Estrie. L'objectif ultime de notre recherche est de mettre sur pied une méthode de contrôle en lutte biologique contre le Phytophthora fragariae var. rubi dans les framboiseraies. Treize souches d'actinomycètes avaient, dans une étude antérieure, été sélectionnées pour leur capacité à dégrader le mycélium du Phytophthora et aussi pour leur capacité à inhiber la croissance du champignon in vitro. Ces mêmes 13 souches d'actinomycètes ont ici été testées pour vérifier leur efficacité à inhiber la croissance de diverses espèces microbiennes. Toutes les espèces de Pythium testées ont été inhibées dans leur croissance par les 13 souches antagonistes. Pour les autres espèces de champignons testés, les résultats étaient très variables. Outre les oomycètes, les souches EF25 et N106 n'inhibaient la croissance d'aucune autre espèce de champignons. Les souches d'actinomycètes EF14, EF72 et EF76 ont inhibé la croissance de tous les champignons testés. Aucune des espèces bactériennes Gram négatif ont été inhibée dans leur croissance par les actinomycètes antagonistes, mais les souches DVD4, N106, EF14, EF72 et EF76 inhibaient la croissance d'au moins une espèce bactérienne Gram positif. [Résumé abrégé par UMI

Ecology of Xanthomonas campestris pv. vitians in relation to development of bacterial leaf spot of lettuce by Vicky Toussaint.

In Quebec, bacterial leaf spot of lettuce was observed for the first time in 1994. Since this first mention, the disease has been observed each year and the severity varied with environmental conditions. Little information was available on this disease because until recently it was only sporadically observed around the world following the first mention in 1918. In this project, we found that two groups of Xanthomonas caused the bacterial leaf spot of lettuce according to the BIOLOG profiles. From the results of strain characterization, a semi-selective medium has been developed to detect and quantify X. campestris pv. vitians. This medium is made of maltose, tryptone, methyl green, phosphate salts, amoxicillin, cephalothin, cycloheximide and trace elements. It allowed us to carry out studies on the ecology of the pathogen and on the disease epidemiology. The effect of weather conditions on bacterial population size and the bacterial leaf spot development has been studied. Weather parameters influencing the bacterial population were the number of hours with temperature higher than 28°C, the number of hours with wind velocity lower than 1 km per hour, the number of hours with relative humidity lower than 45% and the minimum relative humidity. The weather parameters that significantly discriminated between disease increase categories were the mean solar radiation, the number of hours with relative humidity higher than 90%, the mean relative humidity and the maximum temperature. Looking at the relationship between X. campestris pv. vitians population size and host plant development, it was shown that both bacterial population size and disease severity increased with leaf age. Mathematical models were developed to show these relationships. This information will be useful in disease management to decide when to apply bactericides and when to harvest. Finally, an exploratory study was conducted looking at the effects of nutrients on the size of saprophytic bacteria

Caractérisation d'un antibiotique produit par la souche d'actinomycète EF76 antagoniste à Phytophthora fragariae var. rubi causant le pourridié des racines du framboisier

Le champignon Phytophthora fragariae var. rubi est l'agent étiologique du pourridie des racines du framboisier. En 1989, cette maladie était présente dans plus de 50% des framboiseraies de l'Estrie. L'objectif ultime de notre recherche est de mettre sur pied une méthode de contrôle en lutte biologique contre le Phytophthora fragariae var. rubi dans les framboiseraies. Treize souches d'actinomycètes avaient, dans une étude antérieure, été sélectionnées pour leur capacité à dégrader le mycélium du Phytophthora et aussi pour leur capacité à inhiber la croissance du champignon in vitro. Ces mêmes 13 souches d'actinomycètes ont ici été testées pour vérifier leur efficacité à inhiber la croissance de diverses espèces microbiennes. Toutes les espèces de Pythium testées ont été inhibées dans leur croissance par les 13 souches antagonistes. Pour les autres espèces de champignons testés, les résultats étaient très variables. Outre les oomycètes, les souches EF25 et N106 n'inhibaient la croissance d'aucune autre espèce de champignons. Les souches d'actinomycètes EF14, EF72 et EF76 ont inhibé la croissance de tous les champignons testés. Aucune des espèces bactériennes Gram négatif ont été inhibée dans leur croissance par les actinomycètes antagonistes, mais les souches DVD4, N106, EF14, EF72 et EF76 inhibaient la croissance d'au moins une espèce bactérienne Gram positif. [Résumé abrégé par UMI

Évaluation de l’activité antibactérienne contre Xanthomonas campestris pv. vitians et Pseudomonas cichorii de différents extraits végétaux à base d’espèces horticoles et d’essences forestières

Différents extraits hydro-éthanoliques à base de résidus d’espèces horticoles et d’essences forestières ont été testés in vitro pour leur activité antibactérienne envers Xanthomonas campestris pv. vitians et Pseudomonas cichorii, respectivement responsables de la tache bactérienne et de la maladie des taches et des nervures noires de la laitue. Des 17 extraits d’espèces horticoles, 13 extraits affichent une concentration minimale létale (CML) ≥ 50 mg ml-1 envers X. campestris pv. vitians et P. cichorii. En contrepartie, trois des 20 extraits à base d’espèces forestières affichent une CML ≥ 50 mg ml-1 envers les deux bactéries. De faibles CMLs (≤ 6,25 mg ml-1) envers les deux bactéries ont été obtenues avec l’extrait #3 à base de fruits de canneberge et les extraits de fruits d’aulne rugueux, d’écorce de chêne rouge, d’écorce d’érable rouge et de rameaux de sapin baumier. Les résultats obtenus montrent que l’activité antibactérienne varie selon l’espèce et la structure utilisées dans la préparation de l’extrait; les extraits d’essences forestières présentant une plus forte activité antibactérienne. L’activité antibactérienne peut également varier selon le lot considéré d’un même extrait. Les extraits présentant une forte activité antibactérienne (CML ≤ 6,25 mg ml-1) seront testés au cours de travaux futurs afin d’évaluer leur efficacité à limiter le développement des populations de X. campestris pv. vitians et P. cichorii sur les plants de laitue et à réprimer le développement de la tache bactérienne et de la maladie des taches et des nervures noires.Different aqueous-ethanolic extracts prepared from wastes of horticultural and forest species were tested in vitro for their antibacterial activity against Xanthomonas campestris pv. vitians and Pseudomonas cichorii causing bacterial leaf spot and varnish spot of lettuce, respectively. Among the 17 horticultural extracts, 13 show minimum bactericidal concentrations (MBCs) ≥ 50 mg ml-1 against X. campestris pv. vitians and P. cichorii. On the other hand, three of the 20 forest extracts show MBCs ≥ 50 mg ml-1 against both bacteria. Low MBCs (≤ 6.25 mg ml-1) against both bacteria were obtained with extract #3 from cranberry fruit, fruit extract from grey alder, bark extract from red oak, bark extract from red maple, and twig extract from balsam fir. Results obtained show that antibacterial activity varies according to species and structure used to prepare the extract; extracts from forest species exhibit stronger antibacterial activity. Antibacterial activity can also vary from batch to batch of a same extract. The extracts with strong antibacterial activity (MBC ≤ 6.25 mg ml-1) will be further investigated for their efficacy to repress the development of X. campestris pv. vitians and P. cichorii populations on lettuce plants and to control bacterial leaf spot and varnish spot

Rapid identification of Erwinia amylovora and Pseudomonas syringae species and characterization of E. amylovora streptomycin resistance using quantitative PCR assays

Erwinia amylovora and Pseudomonas syringae are bacterial phytopathogens responsible for considerable yield losses in commercial pome fruit production. The pathogens, if left untreated, can compromise tree health and economically impact entire commercial fruit productions. Historically, the choice of effective control methods has been limited. The use of antibiotics was proposed as an effective control method. The identification of these pathogens and screening for the presence of antibiotic resistance is paramount in the adoption and implementation of the disease control methods. Molecular tests have been developed and accepted for identification and characterization of these disease-causing organisms. We improved existing molecular tests by developing methods that are equal or superior in the robustness for the identification of either E. amylovora or P. syringae while being faster to execute. In addition, the real-time PCR based detection method for E. amylovora provided complementary information on streptomycin susceptibility or resistance of individual isolates. Finally, we describe a methodology and results that compare the aggressiveness of the different bacterial isolates on four apple cultivars. We show that bacterial isolates have different behaviors when put in contact with various apple varieties and, hierarchical clustering on the severity of the symptoms indicates a population structure, suggesting a genetic basis for host cultivar specificity.The accepted manuscript in pdf format is listed with the files at the bottom of this page. The presentation of the authors' names and (or) special characters in the title of the manuscript may differ slightly between what is listed on this page and what is listed in the pdf file of the accepted manuscript; that in the pdf file of the accepted manuscript is what was submitted by the author