Generalised Interaction Mining: Probabilistic, Statistical and Vectorised Methods in High Dimensional or Uncertain Databases

Knowledge Discovery in Databases (KDD) is the non-trivial process of identifying valid, novel, useful and ultimately understandable patterns in data. The core step of the KDD process is the application of Data Mining (DM) algorithms to efficiently find interesting patterns in large databases. This thesis concerns itself with three inter-related themes: Generalised interaction and rule mining; the incorporation of statistics into novel data mining approaches; and probabilistic frequent pattern mining in uncertain databases. An interaction describes an effect that variables have -- or appear to have -- on each other. Interaction mining is the process of mining structures on variables describing their interaction patterns -- usually represented as sets, graphs or rules. Interactions may be complex, represent both positive and negative relationships, and the presence of interactions can influence another interaction or variable in interesting ways. Finding interactions is useful in domains ranging from social network analysis, marketing, the sciences, e-commerce, to statistics and finance. Many data mining tasks may be considered as mining interactions, such as clustering; frequent itemset mining; association rule mining; classification rules; graph mining; flock mining; etc. Interaction mining problems can have very different semantics, pattern definitions, interestingness measures and data types. Solving a wide range of interaction mining problems at the abstract level, and doing so efficiently -- ideally more efficiently than with specialised approaches, is a challenging problem. This thesis introduces and solves the Generalised Interaction Mining (GIM) and Generalised Rule Mining (GRM) problems. GIM and GRM use an efficient and intuitive computational model based purely on vector valued functions. The semantics of the interactions, their interestingness measures and the type of data considered are flexible components of vectorised frameworks. By separating the semantics of a problem from the algorithm used to mine it, the frameworks allow both to vary independently of each other. This makes it easier to develop new methods by focusing purely on a problem's semantics and removing the burden of designing an efficient algorithm. By encoding interactions as vectors in the space (or a sub-space) of samples, they provide an intuitive geometric interpretation that inspires novel methods. By operating in time linear in the number of interesting interactions that need to be examined, the GIM and GRM algorithms are optimal. The use of GRM or GIM provides efficient solutions to a range of problems in this thesis, including graph mining, counting based methods, itemset mining, clique mining, a clustering problem, complex pattern mining, negative pattern mining, solving an optimisation problem, spatial data mining, probabilistic itemset mining, probabilistic association rule mining, feature selection and generation, classification and multiplication rule mining. Data mining is a hypothesis generating endeavour, examining large databases for patterns suggesting novel and useful knowledge to the user. Since the database is a sample, the patterns found should describe hypotheses about the underlying process generating the data. In searching for these patterns, a DM algorithm makes additional hypothesis when it prunes the search space. Natural questions to ask then, are: "Does the algorithm find patterns that are statistically significant?" and "Did the algorithm make significant decisions during its search?". Such questions address the quality of patterns found though data mining and the confidence that a user can have in utilising them. Finally, statistics has a range of useful tools and measures that are applicable in data mining. In this context, this thesis incorporates statistical techniques -- in particular, non-parametric significance tests and correlation -- directly into novel data mining approaches. This idea is applied to statistically significant and relatively class correlated rule based classification of imbalanced data sets; significant frequent itemset mining; mining complex correlation structures between variables for feature selection; mining correlated multiplication rules for interaction mining and feature generation; and conjunctive correlation rules for classification. The application of GIM or GRM to these problems lead to efficient and intuitive solutions. Frequent itemset mining (FIM) is a fundamental problem in data mining. While it is usually assumed that the items occurring in a transaction are known for certain, in many applications the data is inherently noisy or probabilistic; such as adding noise in privacy preserving data mining applications, aggregation or grouping of records leading to estimated purchase probabilities, and databases capturing naturally uncertain phenomena. The consideration of existential uncertainty of item(sets) makes traditional techniques inapplicable. Prior to the work in this thesis, itemsets were mined if their expected support is high. This returns only an estimate, ignores the probability distribution of support, provides no confidence in the results, and can lead to scenarios where itemsets are labeled frequent even if they are more likely to be infrequent. Clearly, this is undesirable. This thesis proposes and solves the Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) problem, where itemsets are considered interesting if the probability that they are frequent is high. The problem is solved under the possible worlds model and a proposed probabilistic framework for PFIM. Novel and efficient methods are developed for computing an itemset's exact support probability distribution and frequentness probability, using the Poisson binomial recurrence, generating functions, or a Normal approximation. Incremental methods are proposed to answer queries such as finding the top-k probabilistic frequent itemsets. A number of specialised PFIM algorithms are developed, with each being more efficient than the last: ProApriori is the first solution to PFIM and is based on candidate generation and testing. ProFP-Growth is the first probabilistic FP-Growth type algorithm and uses a proposed probabilistic frequent pattern tree (Pro-FPTree) to avoid candidate generation. Finally, the application of GIM leads to GIM-PFIM; the fastest known algorithm for solving the PFIM problem. It achieves orders of magnitude improvements in space and time usage, and leads to an intuitive subspace and probability-vector based interpretation of PFIM.Knowledge Discovery in Datenbanken (KDD) ist der nicht-triviale Prozess, gültiges, neues, potentiell nützliches und letztendlich verständliches Wissen aus großen Datensätzen zu extrahieren. Der wichtigste Schritt im KDD Prozess ist die Anwendung effizienter Data Mining (DM) Algorithmen um interessante Muster ("Patterns") in Datensätzen zu finden. Diese Dissertation beschäftigt sich mit drei verwandten Themen: Generalised Interaction und Rule Mining, die Einbindung von statistischen Methoden in neue DM Algorithmen und Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) in unsicheren Daten. Eine Interaktion ("Interaction") beschreibt den Einfluss, den Variablen aufeinander haben. Interaktionsmining ist der Prozess, Strukturen zwischen Variablen zu finden, die Interaktionsmuster beschreiben. Diese werden gewöhnlicherweise als Mengen, Graphen oder Regeln repräsentiert. Interaktionen können komplex sein und sowohl positive als auch negative Beziehungen repräsentieren. Außerdem kann das Vorhandensein von Interaktionen andere Interaktionen oder Variablen beeinflussen. Interaktionen stellen in Bereichen wie Soziale Netzwerk Analyse, Marketing, Wissenschaft, E-commerce, Statistik und Finanz wertvolle Information dar. Viele DM Methoden können als Interaktionsmining betrachtet werden: Zum Beispiel Clustering, Frequent Itemset Mining, Assoziationsregeln, Klassifikationsregeln, Graph Mining, Flock Mining, usw. Interaktionsmining-Probleme können sehr unterschiedliche Semantik, Musterdefinitionen, Interessantheitsmaße und Datentypen erfordern. Interaktionsmining-Probleme auf breiter und abstrakter Basis effizient -- und im Idealfall effizienter als mit spezialisierten Methoden -- zu lösen, ist ein herausforderndes Problem. Diese Dissertation führt das Generalised Interaction Mining (GIM) und das Generalised Rule Mining (GRM) Problem ein und beschreibt Lösungen für diese. GIM und GRM benutzen ein effizientes und intuitives Berechnungsmodell, das einzig und allein auf vektorbasierten Funktionen beruht. Die Semantik der Interaktionen, ihre Interessantheitsmaße und die Datenarten, sind Komponenten in vektorisierten Frameworks. Die Frameworks ermöglichen die Trennung der Problemsemantik vom Algorithmus, so dass beide unabhängig voneinander geändert werden können. Die Entwicklung neuer Methoden wird dadurch erleichtert, da man sich völlig auf die Problemsemantik fokussieren kann und sich nicht mit der Entwicklung problemspezifischer Algorithmen befassen muss. Die Kodierung der Interaktionen als Vektoren im gesamten Raum (oder Teilraum) der Stichproben stellt eine intuitive geometrische Interpretation dar, die neuartige Methoden inspiriert. Die GRM- und GIM- Algorithmen haben lineare Laufzeit in der Anzahl der Interaktionen die geprüft werden müssen und sind somit optimal. Die Anwendung von GRM oder GIM in dieser Dissertation ermöglicht effiziente Lösungen für eine Reihe von Problemen, wie zum Beispiel Graph Mining, Aufzählungsmethoden, Itemset Mining, Clique Mining, ein Clusteringproblem, das Finden von komplexen und negativen Mustern, die Lösung von Optimierungsproblemen, Spatial Data Mining, probabilistisches Itemset Mining, probabilistisches Mining von Assoziationsregel, Selektion und Erzeugung von Features, Mining von Klassifikations- und Multiplikationsregel, u.v.m. Data Mining ist ein Verfahren, das Hypothesen produziert, indem es in großen Datensätzen Muster findet und damit für den Anwender neues und nützliches Wissen vorschlägt. Da die untersuchte Datenbank ein Resultat des datenerzeugenden Prozesses ist, sollten die gefundenen Muster Erkenntnisse über diesen Prozess liefern. Bei der Suche nach diesen Mustern macht ein DM Algorithmus zusätzliche Hypothesen, wenn Teile des Suchraums ausgeschlossen werden. Die folgenden Fragen sind dabei wichtig: "Findet der Algorithmus statistisch signifikante Muster?" und "Hat der Algorithmus während des Suchprozesses signifikante Entscheidungen getroffen?". Diese Fragen beeinflussen die Qualität der Muster und die Sicherheit die der Anwender in ihrer Benutzung haben kann. Da die Statistik auch eine Reihe von nützlichen Methoden bereitstellt, die für DM anwendbar sind, kombiniert diese Dissertation einige statistische Methoden mit neuen DM Algorithmen, insbesondere nicht-parametrische Signifikanztests und Korrelation. Diese Idee wird für die folgenden Probleme angewandt: Signifikante und "relatively class correlated" regelbasierte Klassifikation in unsymmetrischen Datensätzen, signifikantes Frequent Itemset Mining, Mining von komplizierten Korrelationsstrukturen zwischen Variablen zum Zweck der Featureselektion, Mining von korrelierten Multiplikationsregeln zum Zwecke des Interaktionsminings und Featureerzeugung und konjunktive Korrelationsregeln für die Klassifikation. Die Anwendung von GIM und GRM auf diese Probleme führt zu effizienten und intuitiven Lösungen. Frequent Itemset Mining (FIM) ist ein fundamentales Problem im Data Mining. Obwohl allgemein die Annahme gilt, dass in einer Transaktion enthaltene Items bekannt sind, sind die Daten in vielen Anwendungen unsicher oder probabilistisch. Beispiele sind das Hinzufügen von Rauschen zu Datenschutzzwecken, die Gruppierung von Datensätzen die zu geschätzten Kaufwahrscheinlichkeiten führen und Datensätze deren Herkunft von Natur aus unsicher sind. Die Berücksichtigung von unsicheren Datensätzen verhindert die Anwendung von traditionellen Methoden. Vor der Arbeit in dieser Dissertation wurden Itemsets gesucht, deren erwartetes Vorkommen hoch ist. Diese Methode produziert jedoch nur Schätzwerte, vernachlässigt die Wahrscheinlichkeitsverteilung der Vorkommen, bietet keine Sicherheit für die Genauigkeit der Ergebnisse und kann zu Szenarien führen in denen das Vorkommen als häufig eingestuft wird, obwohl die Wahrscheinlichkeit höher ist, dass sie nur selten vorkommen. Solche Ergebnisse sind natürlich unerwünscht. Diese Dissertation führt das Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) ein. Diese Lösung betrachtet Itemsets als interessant, wenn die Wahrscheinlichkeit groß ist, dass sie häufig vorkommen. Die Problemlösung besteht aus der Anwendung des Possible Worlds Models und dem vorgeschlagenen probabilistisches Framework für PFIM. Es werden neue und effiziente Methoden entwickelt um die Wahrscheinlichkeitsverteilung des Vorkommens und die Häufigkeitsverteilung eines Itemsets zu berechnen. Dazu werden die Poisson Binomial Recurrence, Generating Functions, oder eine normalverteilte Annäherung verwendet. Inkrementelle Methoden werden vorgeschlagen um Fragen wie "Finde die top-k Probabilistic Frequent Itemsets" zu beantworten. Mehrere PFIM Algorithmen werden entwickelt, wobei die Effizienz von Algorithmus zu Algorithmus steigt: ProApriori ist die erste Lösung für PFIM und basiert auf erzeugen und testen von Kandidaten. ProFP-Growth ist der erste probabilistische FP-Growth Algorithmus. Er schlägt einen Probabilistic Frequent Pattern Tree (Pro-FPTree) vor, der Kandidatenerzeugung überflüssig macht. Die Anwendung von GIM führt schließlich zu GIM-PFIM, dem schnellsten bekannten Algorithmus zur Lösung des PFIM Problems. Dieser Algorithmus resultiert in einem um Größenordnungen besseren Zeit- und Speicherbedarf, und führt zu einer intuitiven Interpretation von PFIM, basierend auf Unterräumen und Wahrscheinlichkeitsvektoren

Generalised Interaction Mining: Probabilistic, Statistical and Vectorised Methods in High Dimensional or Uncertain Databases

Knowledge Discovery in Databases (KDD) is the non-trivial process of identifying valid, novel, useful and ultimately understandable patterns in data. The core step of the KDD process is the application of Data Mining (DM) algorithms to efficiently find interesting patterns in large databases. This thesis concerns itself with three inter-related themes: Generalised interaction and rule mining; the incorporation of statistics into novel data mining approaches; and probabilistic frequent pattern mining in uncertain databases. An interaction describes an effect that variables have -- or appear to have -- on each other. Interaction mining is the process of mining structures on variables describing their interaction patterns -- usually represented as sets, graphs or rules. Interactions may be complex, represent both positive and negative relationships, and the presence of interactions can influence another interaction or variable in interesting ways. Finding interactions is useful in domains ranging from social network analysis, marketing, the sciences, e-commerce, to statistics and finance. Many data mining tasks may be considered as mining interactions, such as clustering; frequent itemset mining; association rule mining; classification rules; graph mining; flock mining; etc. Interaction mining problems can have very different semantics, pattern definitions, interestingness measures and data types. Solving a wide range of interaction mining problems at the abstract level, and doing so efficiently -- ideally more efficiently than with specialised approaches, is a challenging problem. This thesis introduces and solves the Generalised Interaction Mining (GIM) and Generalised Rule Mining (GRM) problems. GIM and GRM use an efficient and intuitive computational model based purely on vector valued functions. The semantics of the interactions, their interestingness measures and the type of data considered are flexible components of vectorised frameworks. By separating the semantics of a problem from the algorithm used to mine it, the frameworks allow both to vary independently of each other. This makes it easier to develop new methods by focusing purely on a problem's semantics and removing the burden of designing an efficient algorithm. By encoding interactions as vectors in the space (or a sub-space) of samples, they provide an intuitive geometric interpretation that inspires novel methods. By operating in time linear in the number of interesting interactions that need to be examined, the GIM and GRM algorithms are optimal. The use of GRM or GIM provides efficient solutions to a range of problems in this thesis, including graph mining, counting based methods, itemset mining, clique mining, a clustering problem, complex pattern mining, negative pattern mining, solving an optimisation problem, spatial data mining, probabilistic itemset mining, probabilistic association rule mining, feature selection and generation, classification and multiplication rule mining. Data mining is a hypothesis generating endeavour, examining large databases for patterns suggesting novel and useful knowledge to the user. Since the database is a sample, the patterns found should describe hypotheses about the underlying process generating the data. In searching for these patterns, a DM algorithm makes additional hypothesis when it prunes the search space. Natural questions to ask then, are: "Does the algorithm find patterns that are statistically significant?" and "Did the algorithm make significant decisions during its search?". Such questions address the quality of patterns found though data mining and the confidence that a user can have in utilising them. Finally, statistics has a range of useful tools and measures that are applicable in data mining. In this context, this thesis incorporates statistical techniques -- in particular, non-parametric significance tests and correlation -- directly into novel data mining approaches. This idea is applied to statistically significant and relatively class correlated rule based classification of imbalanced data sets; significant frequent itemset mining; mining complex correlation structures between variables for feature selection; mining correlated multiplication rules for interaction mining and feature generation; and conjunctive correlation rules for classification. The application of GIM or GRM to these problems lead to efficient and intuitive solutions. Frequent itemset mining (FIM) is a fundamental problem in data mining. While it is usually assumed that the items occurring in a transaction are known for certain, in many applications the data is inherently noisy or probabilistic; such as adding noise in privacy preserving data mining applications, aggregation or grouping of records leading to estimated purchase probabilities, and databases capturing naturally uncertain phenomena. The consideration of existential uncertainty of item(sets) makes traditional techniques inapplicable. Prior to the work in this thesis, itemsets were mined if their expected support is high. This returns only an estimate, ignores the probability distribution of support, provides no confidence in the results, and can lead to scenarios where itemsets are labeled frequent even if they are more likely to be infrequent. Clearly, this is undesirable. This thesis proposes and solves the Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) problem, where itemsets are considered interesting if the probability that they are frequent is high. The problem is solved under the possible worlds model and a proposed probabilistic framework for PFIM. Novel and efficient methods are developed for computing an itemset's exact support probability distribution and frequentness probability, using the Poisson binomial recurrence, generating functions, or a Normal approximation. Incremental methods are proposed to answer queries such as finding the top-k probabilistic frequent itemsets. A number of specialised PFIM algorithms are developed, with each being more efficient than the last: ProApriori is the first solution to PFIM and is based on candidate generation and testing. ProFP-Growth is the first probabilistic FP-Growth type algorithm and uses a proposed probabilistic frequent pattern tree (Pro-FPTree) to avoid candidate generation. Finally, the application of GIM leads to GIM-PFIM; the fastest known algorithm for solving the PFIM problem. It achieves orders of magnitude improvements in space and time usage, and leads to an intuitive subspace and probability-vector based interpretation of PFIM.Knowledge Discovery in Datenbanken (KDD) ist der nicht-triviale Prozess, gültiges, neues, potentiell nützliches und letztendlich verständliches Wissen aus großen Datensätzen zu extrahieren. Der wichtigste Schritt im KDD Prozess ist die Anwendung effizienter Data Mining (DM) Algorithmen um interessante Muster ("Patterns") in Datensätzen zu finden. Diese Dissertation beschäftigt sich mit drei verwandten Themen: Generalised Interaction und Rule Mining, die Einbindung von statistischen Methoden in neue DM Algorithmen und Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) in unsicheren Daten. Eine Interaktion ("Interaction") beschreibt den Einfluss, den Variablen aufeinander haben. Interaktionsmining ist der Prozess, Strukturen zwischen Variablen zu finden, die Interaktionsmuster beschreiben. Diese werden gewöhnlicherweise als Mengen, Graphen oder Regeln repräsentiert. Interaktionen können komplex sein und sowohl positive als auch negative Beziehungen repräsentieren. Außerdem kann das Vorhandensein von Interaktionen andere Interaktionen oder Variablen beeinflussen. Interaktionen stellen in Bereichen wie Soziale Netzwerk Analyse, Marketing, Wissenschaft, E-commerce, Statistik und Finanz wertvolle Information dar. Viele DM Methoden können als Interaktionsmining betrachtet werden: Zum Beispiel Clustering, Frequent Itemset Mining, Assoziationsregeln, Klassifikationsregeln, Graph Mining, Flock Mining, usw. Interaktionsmining-Probleme können sehr unterschiedliche Semantik, Musterdefinitionen, Interessantheitsmaße und Datentypen erfordern. Interaktionsmining-Probleme auf breiter und abstrakter Basis effizient -- und im Idealfall effizienter als mit spezialisierten Methoden -- zu lösen, ist ein herausforderndes Problem. Diese Dissertation führt das Generalised Interaction Mining (GIM) und das Generalised Rule Mining (GRM) Problem ein und beschreibt Lösungen für diese. GIM und GRM benutzen ein effizientes und intuitives Berechnungsmodell, das einzig und allein auf vektorbasierten Funktionen beruht. Die Semantik der Interaktionen, ihre Interessantheitsmaße und die Datenarten, sind Komponenten in vektorisierten Frameworks. Die Frameworks ermöglichen die Trennung der Problemsemantik vom Algorithmus, so dass beide unabhängig voneinander geändert werden können. Die Entwicklung neuer Methoden wird dadurch erleichtert, da man sich völlig auf die Problemsemantik fokussieren kann und sich nicht mit der Entwicklung problemspezifischer Algorithmen befassen muss. Die Kodierung der Interaktionen als Vektoren im gesamten Raum (oder Teilraum) der Stichproben stellt eine intuitive geometrische Interpretation dar, die neuartige Methoden inspiriert. Die GRM- und GIM- Algorithmen haben lineare Laufzeit in der Anzahl der Interaktionen die geprüft werden müssen und sind somit optimal. Die Anwendung von GRM oder GIM in dieser Dissertation ermöglicht effiziente Lösungen für eine Reihe von Problemen, wie zum Beispiel Graph Mining, Aufzählungsmethoden, Itemset Mining, Clique Mining, ein Clusteringproblem, das Finden von komplexen und negativen Mustern, die Lösung von Optimierungsproblemen, Spatial Data Mining, probabilistisches Itemset Mining, probabilistisches Mining von Assoziationsregel, Selektion und Erzeugung von Features, Mining von Klassifikations- und Multiplikationsregel, u.v.m. Data Mining ist ein Verfahren, das Hypothesen produziert, indem es in großen Datensätzen Muster findet und damit für den Anwender neues und nützliches Wissen vorschlägt. Da die untersuchte Datenbank ein Resultat des datenerzeugenden Prozesses ist, sollten die gefundenen Muster Erkenntnisse über diesen Prozess liefern. Bei der Suche nach diesen Mustern macht ein DM Algorithmus zusätzliche Hypothesen, wenn Teile des Suchraums ausgeschlossen werden. Die folgenden Fragen sind dabei wichtig: "Findet der Algorithmus statistisch signifikante Muster?" und "Hat der Algorithmus während des Suchprozesses signifikante Entscheidungen getroffen?". Diese Fragen beeinflussen die Qualität der Muster und die Sicherheit die der Anwender in ihrer Benutzung haben kann. Da die Statistik auch eine Reihe von nützlichen Methoden bereitstellt, die für DM anwendbar sind, kombiniert diese Dissertation einige statistische Methoden mit neuen DM Algorithmen, insbesondere nicht-parametrische Signifikanztests und Korrelation. Diese Idee wird für die folgenden Probleme angewandt: Signifikante und "relatively class correlated" regelbasierte Klassifikation in unsymmetrischen Datensätzen, signifikantes Frequent Itemset Mining, Mining von komplizierten Korrelationsstrukturen zwischen Variablen zum Zweck der Featureselektion, Mining von korrelierten Multiplikationsregeln zum Zwecke des Interaktionsminings und Featureerzeugung und konjunktive Korrelationsregeln für die Klassifikation. Die Anwendung von GIM und GRM auf diese Probleme führt zu effizienten und intuitiven Lösungen. Frequent Itemset Mining (FIM) ist ein fundamentales Problem im Data Mining. Obwohl allgemein die Annahme gilt, dass in einer Transaktion enthaltene Items bekannt sind, sind die Daten in vielen Anwendungen unsicher oder probabilistisch. Beispiele sind das Hinzufügen von Rauschen zu Datenschutzzwecken, die Gruppierung von Datensätzen die zu geschätzten Kaufwahrscheinlichkeiten führen und Datensätze deren Herkunft von Natur aus unsicher sind. Die Berücksichtigung von unsicheren Datensätzen verhindert die Anwendung von traditionellen Methoden. Vor der Arbeit in dieser Dissertation wurden Itemsets gesucht, deren erwartetes Vorkommen hoch ist. Diese Methode produziert jedoch nur Schätzwerte, vernachlässigt die Wahrscheinlichkeitsverteilung der Vorkommen, bietet keine Sicherheit für die Genauigkeit der Ergebnisse und kann zu Szenarien führen in denen das Vorkommen als häufig eingestuft wird, obwohl die Wahrscheinlichkeit höher ist, dass sie nur selten vorkommen. Solche Ergebnisse sind natürlich unerwünscht. Diese Dissertation führt das Probabilistic Frequent Itemset Mining (PFIM) ein. Diese Lösung betrachtet Itemsets als interessant, wenn die Wahrscheinlichkeit groß ist, dass sie häufig vorkommen. Die Problemlösung besteht aus der Anwendung des Possible Worlds Models und dem vorgeschlagenen probabilistisches Framework für PFIM. Es werden neue und effiziente Methoden entwickelt um die Wahrscheinlichkeitsverteilung des Vorkommens und die Häufigkeitsverteilung eines Itemsets zu berechnen. Dazu werden die Poisson Binomial Recurrence, Generating Functions, oder eine normalverteilte Annäherung verwendet. Inkrementelle Methoden werden vorgeschlagen um Fragen wie "Finde die top-k Probabilistic Frequent Itemsets" zu beantworten. Mehrere PFIM Algorithmen werden entwickelt, wobei die Effizienz von Algorithmus zu Algorithmus steigt: ProApriori ist die erste Lösung für PFIM und basiert auf erzeugen und testen von Kandidaten. ProFP-Growth ist der erste probabilistische FP-Growth Algorithmus. Er schlägt einen Probabilistic Frequent Pattern Tree (Pro-FPTree) vor, der Kandidatenerzeugung überflüssig macht. Die Anwendung von GIM führt schließlich zu GIM-PFIM, dem schnellsten bekannten Algorithmus zur Lösung des PFIM Problems. Dieser Algorithmus resultiert in einem um Größenordnungen besseren Zeit- und Speicherbedarf, und führt zu einer intuitiven Interpretation von PFIM, basierend auf Unterräumen und Wahrscheinlichkeitsvektoren

Model-based probabilistic frequent itemset mining

Data uncertainty is inherent in emerging applications such as location-based services, sensor monitoring systems, and data integration. To handle a large amount of imprecise information, uncertain databases have been recently developed. In this paper, we study how to efficiently discover frequent itemsets from large uncertain databases, interpreted under the Possible World Semantics. This is technically challenging, since an uncertain database induces an exponential number of possible worlds. To tackle this problem, we propose a novel methods to capture the itemset mining process as a probability distribution function taking two models into account: the Poisson distribution and the normal distribution. These model-based approaches extract frequent itemsets with a high degree of accuracy and support large databases. We apply our techniques to improve the performance of the algorithms for (1) finding itemsets whose frequentness probabilities are larger than some threshold and (2) mining itemsets with the {Mathematical expression} highest frequentness probabilities. Our approaches support both tuple and attribute uncertainty models, which are commonly used to represent uncertain databases. Extensive evaluation on real and synthetic datasets shows that our methods are highly accurate and four orders of magnitudes faster than previous approaches. In further theoretical and experimental studies, we give an intuition which model-based approach fits best to different types of data sets. © 2012 The Author(s).published_or_final_versio

Establishment of expression-state boundaries by Rif1 and Taz1 in fission yeast

The Shelterin component Rif1 has emerged as a global regulator of the replication-timing program in all eukaryotes examined to date, possibly by modulating the 3D-organization of the genome. In fission yeast a second Shelterin component, Taz1, might share similar functions. Here, we identified unexpected properties for Rif1 and Taz1 by conducting high-throughput genetic screens designed to identify cis- and trans-acting factors capable of creating heterochromatin–euchromatin boundaries in fission yeast. The preponderance of cis-acting elements identified in the screens originated from genomic loci bound by Taz1 and associated with origins of replication whose firing is repressed by Taz1 and Rif1. Boundary formation and gene silencing by these elements required Taz1 and Rif1 and coincided with altered replication timing in the region. Thus, small chromosomal elements sensitive to Taz1 and Rif1 (STAR) could simultaneously regulate gene expression and DNA replication over a large domain, at the edge of which they established a heterochromatin–euchromatin boundary. Taz1, Rif1, and Rif1-associated protein phosphatases Sds21 and Dis2 were each sufficient to establish a boundary when tethered to DNA. Moreover, efficient boundary formation required the amino-terminal domain of the Mcm4 replicative helicase onto which the antagonistic activities of the replication-promoting Dbf4-dependent kinase and Rif1-recruited phosphatases are believed to converge to control replication origin firing. Altogether these observations provide an insight into a coordinated control of DNA replication and organization of the genome into expression domains

Determinants of host susceptibility to murine respiratory syncytial virus (RSV) disease identify a role for the innate immunity scavenger receptor MARCO gene in human infants

AbstractBackgroundRespiratory syncytial virus (RSV) is the global leading cause of lower respiratory tract infection in infants. Nearly 30% of all infected infants develop severe disease including bronchiolitis, but susceptibility mechanisms remain unclear.MethodsWe infected a panel of 30 inbred strains of mice with RSV and measured changes in lung disease parameters 1 and 5days post-infection and they were used in genome-wide association (GWA) studies to identify quantitative trait loci (QTL) and susceptibility gene candidates.FindingsGWA identified QTLs for RSV disease phenotypes, and the innate immunity scavenger receptor Marco was a candidate susceptibility gene; targeted deletion of Marco worsened murine RSV disease. We characterized a human MARCO promoter SNP that caused loss of gene expression, increased in vitro cellular response to RSV infection, and associated with increased risk of disease severity in two independent populations of children infected with RSV.InterpretationTranslational integration of a genetic animal model and in vitro human studies identified a role for MARCO in human RSV disease severity. Because no RSV vaccines are approved for clinical use, genetic studies have implications for diagnosing individuals who are at risk for severe RSV disease, and disease prevention strategies (e.g. RSV antibodies)

Egg Formation in Lepidoptera

Reproductive biology in the Twentieth Century produced comprehensive descriptions of the mechanisms of egg formation in most of the major orders of insects. While many general principles of ovarian development and physiology emerged, every order turned out to have a set of its own special motifs. Discovery of the lepidopteran motifs is summarized in this essay. The emphasis is on developmental mechanisms, beginning with the early growth and differentiation of female germ cells and ending, after many turns in morphogenesis, physiology and biosynthesis, with eggs that are filled with yolk and encased in chorions. Examples of uniquely lepidopteran traits include the cellular composition of ovarian follicles, the number of tubular ovarioles in which they mature, the functions of cell-to-cell junctional complexes in their maturation, their use of glycosaminoglycans to maintain intercellular patency during vitellogenesis, the role of proton and calcium pumps in their ion physiology, a separate postvitellogenic period of water and inorganic ion uptake, and the fine structure and protein composition of their chorions. Discovery of this combination of idiosyncracies was based on advances in the general concepts and techniques of cell and molecular biology and on insights borrowed from studies on other insects. The lepidopteran ovary in turn has contributed much to the understanding of egg formation in insects generally

H3K9me-Independent Gene Silencing in Fission Yeast Heterochromatin by Clr5 and Histone Deacetylases

Nucleosomes in heterochromatic regions bear histone modifications that distinguish them from euchromatic nucleosomes. Among those, histone H3 lysine 9 methylation (H3K9me) and hypoacetylation have been evolutionarily conserved and are found in both multicellular eukaryotes and single-cell model organisms such as fission yeast. In spite of numerous studies, the relative contributions of the various heterochromatic histone marks to the properties of heterochromatin remain largely undefined. Here, we report that silencing of the fission yeast mating-type cassettes, which are located in a well-characterized heterochromatic region, is hardly affected in cells lacking the H3K9 methyltransferase Clr4. We document the existence of a pathway parallel to H3K9me ensuring gene repression in the absence of Clr4 and identify a silencing factor central to this pathway, Clr5. We find that Clr5 controls gene expression at multiple chromosomal locations in addition to affecting the mating-type region. The histone deacetylase Clr6 acts in the same pathway as Clr5, at least for its effects in the mating-type region, and on a subset of other targets, notably a region recently found to be prone to neo-centromere formation. The genomic targets of Clr5 also include Ste11, a master regulator of sexual differentiation. Hence Clr5, like the multi-functional Atf1 transcription factor which also modulates chromatin structure in the mating-type region, controls sexual differentiation and genome integrity at several levels. Globally, our results point to histone deacetylases as prominent repressors of gene expression in fission yeast heterochromatin. These deacetylases can act in concert with, or independently of, the widely studied H3K9me mark to influence gene silencing at heterochromatic loci

Mining complex spatio-temporal sequence patterns

Mining sequential movement patterns describing group behaviour in potentially streaming spatio-temporal data sets is a challenging problem. Movements are typically noisy and often overlap each other. This makes a set of simple patterns difficult to interpret and sequences difficult to mine. Furthermore, group behaviour is complex. Objects in a group may behave similarly for a period of time (an interesting pattern sequence), then split up – either spatially, temporally or both; making a series of uninteresting movements before rejoining again. This behaviour must be captured in a single pattern for that group, rather than a number of unconnected pattern sequences. Secondly, it often occurs that individual objects only move along segments of a path, perhaps between intersections in a road or highway. However, the entire path is interesting when all such behaviours are taken together. Therefore, a pattern describing such behaviour should be found, rather than just a number of short sequences. This paper solves these challenges, among others, by mining sequences of Spatio-Temporal Association Rules. Theoretical results are exploited in order to develop an efficient algorithm, which is demonstrated to have linear run time in the number of interesting sequences discovered. A lattice for drill down and roll up exploratory analysis of the sequence patterns is proposed. Finally, verifiable and interesting patterns possessing the above characteristics are found in a real world animal tracking data set.