El problema de Behrens-Fisher en la investigación biomédica. Análisis crítico de un estudio clínico mediante simulación

En el artículo se hace una revisión del problema de Behrens-Fisher, discutiendo los fundamentos inferenciales asociados a la dificultad de su resolución y exponiendo las soluciones prácticas más comunes, juntamente con una nueva solución basada en conceptos de geometría diferencial. A continuación, se realiza un estudio crítico de una investigación biomédica en donde las verdaderas probabilidades de error son distintas de las supuestas debido a que se ignoran probables diferencias entre las varianzas. En dicha investigación se rechazó la hipótesis nula de igualdad de medias (p < 0.01 ), si bien, la verdadera probabilidad de error de tipo I para valores próximos a los muestrales parece ser otra. Con este fin, se realiza un estudio de Monte Cario para obtener estas estimaciones según se utilice el test t de Student de comparación de medias o diferentes soluciones más apropiadas para el problema de Behrens-Fisher. En este estudio de simulación se usa una técnica de reducción de la varianza específica para variables de respuesta dicotómica tales como contrastes de hipótesis (aceptar, no aceptar la hipótesis nula). Se presenta brevemente esta técnica y se ilustra como se diseña la simulación de acuerdo con la mismaPeer Reviewe

Discovery and classification of complex multimorbidity patterns: unravelling chronicity networks and their social profiles

Multimorbidity can be defined as the presence of two or more chronic diseases in an individual. This condition is associated with reduced quality of life, increased disability, greater functional impairment, increased health care utilisation, greater fragmentation of care and complexity of treatment, and increased mortality. Thus, understanding its epidemiology and inherent complexity is essential to improve the quality of life of patients and to reduce the costs associated with multi-pathology. In this paper, using data from the European Health Survey, we explore the application of Mixed Graphical Models and its combination with social network analysis techniques for the discovery and classification of complex multimorbidity patterns. The results obtained show the usefulness and versatility of this approach for the study of multimorbidity based on the use of graphs, which offer the researcher a holistic view of the relational structure of data with variables of different types and high dimensionality

Generación de cuestionarios Moodle con R + exams + Sweave

El paquete exams de R tiene como objetivo la generación automática de cuestionarios. Cada cuestionario se caracteriza por tener variantes –tantas como elija el equipo docente- que comparten un enunciado común pero disponen de diferentes datos. El código fuente se redacta en formato Sweave, es decir, una combinación de instrucciones LaTeX y código R mientras que el formato de salida incluye, entre otros, PDF, HTML y XML. El taller se centra en este último formato que permite de forma relativamente sencilla generar actividades para la plataforma de aprendizaje Moodle. En la sesión se practican los tres pasos necesarios para generar un quiz: 1) elaboración del código fuente, 2) obtención del fichero XML, 3) importación a Moodle y configuración del cuestionario. A partir de ejemplos de complejidad creciente se muestra la potencialidad de esta herramienta para implementar actividades on-line en un rango de asignaturas de estadística que abarca desde primer ciclo hasta máster

Avaluació continuada a Disseny Experimental i Anàlisi de Dades mitjançant qüestionaris generats amb R i importats a Moodle

Projecte 2015PID‐UB/032En aquest projecte hem incidit en la potencialitat del paquet exams de R per tal de dissenyar la gran majoria de les activitats on-line obligatòries i implementar-les mitjançant la plataforma Moodle de l’assignatura de Disseny Experimental i Anàlisi de Dades (DEAD, per abreujar) que és una assignatura troncal de quart curs a tots els graus de la Facultat de Biologia. Per una part, amb l’ús d’exams, es pot crear un informe reproduïble amb R i Latex que produeix moltes variants de qüestionaris, cadascuna amb diferents dades associades. Per altre, el grau de complexitat és elevat degut a les tècniques estadístiques avançades com diferents dissenys d’experiments, models de regressió, etc. Per tant, aquestes activitats tenen dues components essencials: individualització i acreditació automàtica. Això comporta que l’aprenentatge continuat de l’alumne sigui fluid i personalitzat sense produir un col·lapse al professor. Segons els resultats dels indicadors avaluats, els objectius proposats de creació de material s’ha assolit satisfactòriament però l’ús per part dels estudiants d’aquestes activitats durant el curs ha sigut dispers

Biblioteca d'aplicacions Shiny en assignatures introductòries d'Estadística

Projecte 2016PID-UB/020L’assignatura d'Estadística és una assignatura de primer cicle a molts plans d'estudis de la UB. En el cas de la Facultat de Biologia, els plans d’estudis dels graus de Bioquímica, Biotecnologia, Ciències Ambientals, Ciències Biomèdiques i Biologia inclouen una assignatura d’Estadística troncal a primer curs amb plans docents equivalents. Des de 2014 es va iniciar una migració per usar R enlloc del programari Java desenvolupat pel grup Statmedia per les dificultats creixents en l’ús dels applets de Java. R és un llenguatge i entorn de programació per l'anàlisi estadístic i gràfic, de software lliure i multi-plataforma que s’ha estes el seu us tant a nivell acadèmic com en la majoria d’àmbits de recerca, per més informació https://www.r-project.org/. Aquest llenguatge es basa en paquets que tenen funcionalitats diferents i que són creats per la comunitat. El paquet Shiny crea un entorn web per a facilitar la visualització dels programes fets en R, per més informació http://shiny.rstudio.com/. Estadística és una assignatura de primer cicle on es presenten els conceptes bàsics de probabilitat i estadística. El nostre projecte planteja crear una biblioteca d'aplicacions Shiny per tal d’ajudar a visualitzar els conceptes bàsics de probabilitat i estadística, facilitant per tant la seva comprensió. Es farà servir tant a les classes magistrals com per fomentar l'aprenentatge autònom atès que els alumnes tindran tot el material on-line a lliure disposició

Impact of chlorogenic acids from coffee on urine metabolome in healthy human subjects

Several studies suggest that coffee has some benefits for health; however, little is known about the specific role of the main polyphenol compounds of coffee, chlorogenic acids (CGAs), without caffeine interaction. A 1H-Nuclear Magnetic Resonance (1H-NMR)-based metabolomics approach was used to assess the effect of CGAs from coffee on the human urine metabolome. Ten male volunteers participated in a dietary crossover randomized intervention study with a rich CGAs coffee extract beverage (CEB: 223 mg/100 ml of CGAs). The study consisted of a daily intake of CEB or a control beverage with equal caffeine dose during 28 days. Fasting urines collected at the first and last days of each period of the study were analyzed using an CGAs untargeted 1H-NMR approach. Additionally, 4-hour postpandrial urines after the first intake of each beverage were also analyzed. Uni- and multi-variate statistic approaches were used to strengthen the results. Multilevel partial least squares discriminant analysis (ML-PLS-DA) was used to paired comparisons across the crossover design. A further univariate analysis model for crossover studies was performed to assess the significant changes. Acute consumption of CEB resulted in high excretion of 2-furoylglycine, likewise endogenous compounds such as succinic, citric, 3-methyl-2-oxovaleric and isobutyric acids. Sustained consumption of CEB showed an increase of microbiota-derived compounds such as hippuric, 3-(3-Hydroxyphenyl)-3-hydroxypropionic and 3-hydroxyhippuric acids in urine. Moreover, trigonelline was found in urine after both acute and sustained intakes, as well as in the composition of the beverage exhibiting a direct excretion of this biomarker without any biotransformation, suggesting a non-interindividual variation

Metabolic signature of a functional high-catechin tea after acute and sustained consumption in healthy volunteers through 1H NMR-based metabolomics analysis of urine.

Functional tea beverages have emerged as a novel approach to achieving health benefits associated with tea. The use of metabolomics may improve the evaluation of their consumption and their effects. The current study aimed to explore the urinary signature of the exposure to a functional high-catechin tea (HCT) using untargeted NMR-based metabolomics. Ten volunteers participated in a crossover intervention study. Individuals consumed an HCT or a control beverage over a period of 28 days. Multilevel partial least squares discriminant analysis (ML-PLS-DA) was used for paired comparisons. A further crossover model was performed to assess the significant changes. The consumption of the HCT resulted in the excretion of theanine, epicatechin, pyrogallol sulfate, higher levels of 3-methyl-2-oxovalerate and succinate, as well as unknown compounds. In conclusion, the present work established novel urinary signatures of a functional drink. Such signatures may be potential biomarkers and/or reflect certain benefits of functional tea beverages