Efficient simulated tempering with approximated weights: Applications to first-order phase transitions

Simulated tempering (ST) has attracted a great deal of attention in the last years, due to its capability to allow systems with complex dynamics to escape from regions separated by large entropic barriers. However its performance is strongly dependent on basic ingredients, such as the choice of the set of temperatures and their associated weights. Since the weight evaluations are not trivial tasks, an alternative approximated approach was proposed by Park and Pande (Phys. Rev. E {\bf 76}, 016703 (2007)) to circumvent this difficulty. Here we present a detailed study about this procedure by comparing its performance with exact (free-energy) weights and other methods, its dependence on the total replica number $R$ and on the temperature set. The ideas above are analyzed in four distinct lattice models presenting strong first-order phase transitions, hence constituting ideal examples in which the performance of algorithm is fundamental. In all cases, our results reveal that approximated weights work properly in the regime of larger $R$'s. On the other hand, for sufficiently small $R$ its performance is reduced and the systems do not cross properly the free-energy barriers. Finally, for estimating reliable temperature sets, we consider a simple protocol proposed at Comp. Phys. Comm. {\bf 128}, 2046 (2014).Comment: Published online in Comp. Phys. Comm. (2015

Utilização de energia solar e cercas eletrificadas no manejo das pastagens no Acre.

Este documento apresenta informações que visam orientar técnicos e produtores rurais do Acre para o uso eficiente da energia solar e das cercas eletrificadas no manejo de suas propriedades.bitstream/item/116523/1/7296.pd

Determining efficient temperature sets for the simulated tempering method

In statistical physics, the efficiency of tempering approaches strongly depends on ingredients such as the number of replicas $R$, reliable determination of weight factors and the set of used temperatures, ${\mathcal T}_R = \{T_1, T_2, \ldots, T_R\}$. For the simulated tempering (SP) in particular -- useful due to its generality and conceptual simplicity -- the latter aspect (closely related to the actual $R$) may be a key issue in problems displaying metastability and trapping in certain regions of the phase space. To determine ${\mathcal T}_R$'s leading to accurate thermodynamics estimates and still trying to minimize the simulation computational time, here it is considered a fixed exchange frequency scheme for the ST. From the temperature of interest $T_1$, successive $T$'s are chosen so that the exchange frequency between any adjacent pair $T_r$ and $T_{r+1}$ has a same value $f$. By varying the $f$'s and analyzing the ${\mathcal T}_R$'s through relatively inexpensive tests (e.g., time decay toward the steady regime), an optimal situation in which the simulations visit much faster and more uniformly the relevant portions of the phase space is determined. As illustrations, the proposal is applied to three lattice models, BEG, Bell-Lavis, and Potts, in the hard case of extreme first-order phase transitions, always giving very good results, even for $R=3$. Also, comparisons with other protocols (constant entropy and arithmetic progression) to choose the set ${\mathcal T}_R$ are undertaken. The fixed exchange frequency method is found to be consistently superior, specially for small $R$'s. Finally, distinct instances where the prescription could be helpful (in second-order transitions and for the parallel tempering approach) are briefly discussed.Comment: 10 pages, 14 figure

Consorciação de gramíneas e leguminosas forrageiras no Acre.

As consorciações entre sete gramíneas e seis leguminosas forrageiras foram avaliadas no campo experimental do Projeto de Melhoramento de Pastagens da Amazônia Legal - PROPASTO, localizado no município de Senador Guiomard - Acre, em área de floresta tropical úmida. A importância do trabalho está relacionada ao fato das leguminosas constituirem o meio natural e, possivelmente, o mais importante método de incorporar nitrogênio do sistema solo/planta, além de contribuir para aumentar a qualidade da forragem. Foram efetuadas avaliações qualitativas e quantitativas das consorciações no período de fevereiro/77 a fevereiro/80 a intervalos de 45 a 56 dias no período chuvoso e seco, respectivamente. A consorciação de Quicuio da Amazônia (Brachiaria humidícula) com Puerária (Pueraria phaseoloides) apresentou a melhor persistência de produção e composição botânica no período seco e chuvoso. A utilização da Puerária em consorciação com gramíneas aumentou o valor nutritivo da pastagem, permitindo aumentar a performance animal e, consequentemente, a rentabilidade do empreendimento.bitstream/item/161391/1/1018.pd

Analysis of Abstracts Presented at the Prosthodontic Research Section of IADR General Sessions 2004–2005: Demographics, Publication Rates, and Factors Contributing to Publication

Purpose: The purposes of this study were to describe the demographics of abstracts presented at the prosthodontics section of IADR General Sessions from 2004 to 2005, evaluate the publication rate of abstracts, and analyze the relationship between variables in abstracts and publication. Materials and Methods: Prosthodontics research section abstracts from the IADR General Session in 2004 and 2005 were evaluated for: number of authors, presentation type, origin, affiliation, topic, study design, statistics, study outcome, and funding. The publication rate was calculated following a PubMed search. The journal of publication, year of publication, and the length of time before publication were analyzed. Descriptive statistics were used for the data analysis; the relationships between presentation type, study design, study outcome, statistics, funding, and publication were analyzed using logistic regression (α= 0.05). Results: From 346 abstracts, 37.0% were published. For oral presentations, 40.7% were published; 35.8% of poster presentations were published. The mean duration before publication was 26.4 months. North America had the most abstracts, and Europe had the most publications. Fixed prosthodontic research had the highest number and proportion for publication. A significant association with publication was noted for neutral study outcomes (p= 0.018), studies with funding (p= 0.035), and abstracts from Europe (p= 0.001). Conclusions: The majority of abstracts from the prosthodontics research section of IADR General Sessions from 2004 and 2005 remain unpublished. A significant association for publication was noted with neutral outcomes, funding, and abstracts from Europe

Comportamento produtivo e reprodutivo de bubalinos mestiços Murrah-Mediterrâneo em pastagem cultivada de terra firme, no Estado do Acre.

Foi estudado o desempenho produtivo e reprodutivo de bubalinos mestiços Murrah-Mediterrâneo nas condições de terra firme de Rio Branco, Acre, no período de 1985 a 1993. Os estudos foram realizados na Estação Experimental do Centro de Pesquisa Agroflorestal do Acre (CPAF-Acre), da EMBRAPA. A base alimentar dos animais experimentais constituiu-se de pastagens de quicuio-da-amazônia (Brachiaria humidicola) , Andropogon gayanus e Brachiaria brizantha cv. Marandu. Os resultados mostraram que os bubalinos apresentaram um ganho de peso diário de 610g até os 24 meses de idade, com um peso vivo de 441kg. A média anual de produção de leite foi de 5,4kg/animal/dia, bem superior à média do rebanho bovino leiteiro do Acre (2,5kglvaca/dia). Estes dados evidenciam que a criação de búfalos para a produção de carne e leite, nas condições de terra firme, é uma alternativa viável para a diversificação da atividade pecuária e uma opção para o melhor aproveitamento das estruturas das fazendas produtoras de bovinos do Acre.bitstream/item/161589/1/970.pd

Padrões de desempenho e produtividade animal para recria-engorda de bovinos de corte no Acre.

Introdução; Fatores de manejo da pastagem; Padrões de desempenho; Padrões de produtividade; Obtenção dos coeficientes técnicosbitstream/CPAF-AC-2010/13951/1/doc98.pd

O teste californiano de mamites e a contagem de células somáticas como indicadores de mastites subclínicas em caprinos de raça Serrana

As particularidades fisiológicas dos caprinos – tipo de secreção apócrina do leite e importância de factores não infecciosos nas contagens de células somáticas – impedem a extrapolação direta dos resultados obtidos em ovinos e em bovinos para o controlo de mastites subclínicas nesta espécie. Neste trabalho procurou-se avaliar, comparativamente, a utilidade da contagem bacteriana por cultura PCA (Plate Count Agar), do Teste Californiano de Mastites (TCM) e da contagem de células somáticas pelo método fluoro-optoelectrónico (Fossomatic®) no diagnóstico de mastites em caprinos. Adicionalmente estimou-se a ocorrência de mastites subclínicas em função do número de lactações e a influência do número de partos na contagem de células somáticas. Finalmente avaliou-se a variação da contagem destas células ao longo do período de estudo. Semanalmente, durante seis semanas consecutivas, foram recolhidas amostras de leite de 12 cabras de raça Serrana, de manhã, antes de se proceder à ordenha. No total foram recolhidas 144 amostras de metades mamárias. O número de metades mamárias infetadas foi de 37 (25,7%). Verificou-se existir uma relação entre os resultados da cultura bacteriana e do TCM. No TCM, as metades mamárias com resultado igual ou superior a 2 foram diagnosticadas como infetadas, com uma sensibilidade de 43,2% e uma especificidade de 77,6%. A média geométrica foi maior nas glândulas mamárias com resultado positivo na cultura bacteriana (1.261.000 células/ml vs. 920.000 células/ml), embora a diferença não tenha sido estatisticamente significativa. As fêmeas multíparas apresentaram uma ocorrência de infeção intramamária (32%) superior às primíparas (13%). Animais com maior número de lactações revelaram contagens de células somáticas significativamente superiores às de animais jovens. Durante o período de estudo, não se observou uma variação marcada nas contagens de células somáticas.info:eu-repo/semantics/publishedVersio