Identification of the RNA editing enzyme in plant organelles

Chez les plantes, l’édition des ARN dans les organites conduit principalement à des conversions de cytidines en uraciles. Des protéines de la famille PPR (pentatricopeptide repeat) sont impliquées dans ce processus. Mon travail a permis de montrer que le domaine DYW présent chez certaines protéines PPR présente des homologies avec le site catalytique de cytidines désaminases et que sa distribution phylogénétique corrèle avec celle de l’édition dans la lignée verte. Par ailleurs, chez A. thaliana, l’analyse de mutants affectés dans l’expression du gène AtDYW1, codant une protéine uniquement constituée du domaine DYW et d’un peptide signal pour les organites, a révélé l’existence de plantules au développement très affecté et pour lesquelles plusieurs défauts d’édition dans des ARNm chloroplastiques ont pu être caractérisés. Pris ensemble, ces éléments suggèrent que le domaine DYW ou la protéine AtDYW1 pourraient être l’enzyme centrale catalysant les réactions d’édition.RNA editing in plants organelle transcripts is a proccess leading to specific post-transcriptional pyrimidine interconversions (mainly C-to-U). Recently a few pentratricopeptide repeat (PPR) proteins were described to be essential in this process. During my PhD, I found that the DYW domain of PPR proteins show similarities with the active site of cytidine deaminases, and that the phylogenetic distribution of this domain is strictly correlated with RNA editing in green plants. In addition, in A. thaliana, the AtDYW1 gene encodes a protein made of a targeting signal to the organelles and a DYW domain. Mutant lines in which this gene has been targeted for knock-down exhibit strongly altered development. In the affected seedlings, AtDYW1 gene expression is specifically decreased, and several editing defects in plastids transcripts were characterized.Taken together, these data support the hypothesis that the DYW domain and the AtDYW1 protein may be the central enzyme in the RNA editing

Identification of the RNA editing enzyme in plant organelles

Chez les plantes, l édition des ARN dans les organites conduit principalement à des conversions de cytidines en uraciles. Des protéines de la famille PPR (pentatricopeptide repeat) sont impliquées dans ce processus. Mon travail a permis de montrer que le domaine DYW présent chez certaines protéines PPR présente des homologies avec le site catalytique de cytidines désaminases et que sa distribution phylogénétique corrèle avec celle de l édition dans la lignée verte. Par ailleurs, chez A. thaliana, l analyse de mutants affectés dans l expression du gène AtDYW1, codant une protéine uniquement constituée du domaine DYW et d un peptide signal pour les organites, a révélé l existence de plantules au développement très affecté et pour lesquelles plusieurs défauts d édition dans des ARNm chloroplastiques ont pu être caractérisés. Pris ensemble, ces éléments suggèrent que le domaine DYW ou la protéine AtDYW1 pourraient être l enzyme centrale catalysant les réactions d édition.RNA editing in plants organelle transcripts is a proccess leading to specific post-transcriptional pyrimidine interconversions (mainly C-to-U). Recently a few pentratricopeptide repeat (PPR) proteins were described to be essential in this process. During my PhD, I found that the DYW domain of PPR proteins show similarities with the active site of cytidine deaminases, and that the phylogenetic distribution of this domain is strictly correlated with RNA editing in green plants. In addition, in A. thaliana, the AtDYW1 gene encodes a protein made of a targeting signal to the organelles and a DYW domain. Mutant lines in which this gene has been targeted for knock-down exhibit strongly altered development. In the affected seedlings, AtDYW1 gene expression is specifically decreased, and several editing defects in plastids transcripts were characterized.Taken together, these data support the hypothesis that the DYW domain and the AtDYW1 protein may be the central enzyme in the RNA editing.EVRY-Bib. électronique (912289901) / SudocSudocFranceF

Les petits ARN nucléolaires nous surprennent encore !

Les petits ARN nucléolaires (snoARN), impliqués dans la modification post-transcriptionnelle d’ARN non codants, figurent, avec les ARN de transfert et les ARN ribosomiques, parmi les premiers ARN non codants identifiés. Pourtant, plusieurs nouvelles facettes de leur éventail d’activités biologiques possibles ont été mises en évidence ces dernières années, engendrant un regain d’intérêt important pour l’étude de cette famille d’ARN. Leur maturation en ARN fonctionnels plus petits, leur implication, ainsi que celle de leurs petits ARN dérivés, dans la régulation de l’épissage alternatif, ou encore leurs liens possibles avec plusieurs pathologies, y compris le cancer, sont évoqués dans cette revue

Two Interacting Proteins Are Necessary for the Editing of the NdhD-1 Site in Arabidopsis

After transcription, mRNA editing in angiosperm chloroplasts and mitochondria results in the conversion of cytidine to uridine by deamination. Analysis of Arabidopsis thaliana mutants affected in RNA editing have shown that many pentatricopeptide repeat proteins (PPRs) are required for specific cytidine deamination events. PPR proteins have been shown to be sequence-specific RNA binding proteins allowing the recognition of the C to be edited. The C-terminal DYW domain present in many editing factors has been proposed to catalyze C deamination, as it shows sequence similarities with cytidine deaminases in other organisms. However, many editing factors, such as the first to be discovered, CHLORORESPIRATORY REDUCTION4 (CRR4), lack this domain, so its importance has been unclear. Using a reverse genetic approach, we identified DYW1, an RNA editing factor acting specifically on the plastid ndhD-1 editing site recognized by CRR4. Unlike other known editing factors, DYW1 contains no identifiable PPR motifs but does contain a clear DYW domain. We were able to show interaction between CRR4 and DYW1 by bimolecular fluorescence complementation and to reconstitute a functional chimeric CRR4-DYW1 protein complementing the crr4 dyw1double mutant. We propose that CRR4 and DYW1 act together to edit the ndhD-1 site