Development of a new needle trap-based method for the determination of some volatile organic compounds in the indoor environment

Volatile Organic Compounds (VOCs) are a large group of chemicals mostly found in indoor environments such as homes and workplaces. Long term exposure to certain VOCs can cause symptoms in some individuals and therefore, monitoring and controlling air quality can help better manage chronic respiratory diseases. In this study, we aimed to develop an easy-to-use, economical, in house needle trapbased methodology to detect certain VOCs to be used for public and occupational health. For this purpose, a multi-bed (packed with PDMS/Carbopack-X/Carboxen-1000) needle trap device (NTD) was utilized for sampling, enrichment, and injection of the VOCs into the gas chromatography. The performance of the developed method was investigated for the analysis of the group known as BTEX (benzene, toluene, ethylbenzene and xylene). Operational and instrumental parameters such as sampling flow rate and relative humidity, desorption time and temperature were optimized, and the analytical figures of merit of the proposed method have indicated that very low levels of BTEX in air samples can be easily determined by this new method. Overall results have shown that multi-bed NTD offers a high sensitive procedure for sampling and analysis of BTEX in concentration range of 0.002-0.298 mg/m(3) in indoor air. (C) 2021 Elsevier Ltd. All rights reserved.TUBITAK (Scientific and Technological Research Council of Turkey) [116S196]; Ege University Scientific Research Council [15-TIP-74]; Diagnosis, Monitoring, and Prevention of ExposureRelated Noncommunicable Diseases (DiMoPEx) EUCOST Action [CA15129]Ege University Translational Pulmonology Research Group [EgeTPAG] Study. This study is one of the spin-off projects of CA15129-Diagnosis, Monitoring, and Prevention of ExposureRelated Noncommunicable Diseases (DiMoPEx) EUCOST Action. Project is funded by TUBITAK (Scientific and Technological Research Council of Turkey) with project number 116S196 (Determination Of Molecular Asthma Endotypes By Exhaled Volatile Organic Compounds and Peripheral Blood Microrna Biomarkers [Voc/MirnaEndotip] Study) and by Ege University Scientific Research Council with project number 15-TIP-74

* Concordance in molecular genetic analysis of tumour tissue, plasma, and exhaled breath condensate samples from lung cancer patients

Aim. Lung adenocarcinoma is characterized by poor prognosis and short survival rates. Therefore, tools to identify the tumoural molecular structure and guide effective diagnosis and therapy decisions are essential. Surgical biopsies are highly invasive and not conducive for patient follow-up. To better understand disease prognosis, novel non-invasive analytic methods are needed. The aim of the present study is to identify the genetic mutations in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue, plasma, and exhaled breath condensate (EBC) samples by next-generation sequencing and evaluate their utility in the diagnosis and follow-up of patients with lung adenocarcinoma. Method. FFPE, plasma, and EBC samples were collected from 12 lung adenocarcinoma patients before treatment. DNA was extracted from the specimens using an Invitrogen PureLink Genomic DNA Kit according to the manufacturer's instructions. Amplicon-based sequencing was performed using Ion AmpliSeq Colon and Lung Cancer Research Panel v2. Results. Genetic alterations were detected in all FFPE, plasma, and EBC specimens. The mutations in PIK3CA, MET, PTEN, SMAD4, and FGFR2 genes were highly correlated in six patients. Somatic and novel mutations detected in tissue and EBC samples were highly correlated in one additional patient. The EGFR p.L858R and KRAS p.G12C driver mutations were found in both the FFPE tissue specimens and the corresponding EBC samples of the lung adenocarcinoma patients. Conclusion. The driver mutations were detected in EBC samples from lung adenocarcinoma patients. The analysis of EBC samples represents a promising non-invasive method to detect mutations in lung cancer and guide diagnosis and follow-up

Covid-19 Pandemi Raporu (20 Mart-20 Kasım 2020)

31 Aralık 2019 tarihinde Çin’de ortaya çıkan ve kısa sürede tüm dünyayı etkileyen SARS-Coronavirus-2 etkenine bağlı COVID-19’un Dünya Sağlık Örgütü tarafından pandemi ilan edildiği dönem ile eş zamanlı olarak, ülkemizde 11 Mart 2020’de ilk vaka bildirilmiştir. Hacettepe Üniversitesi Türkiye’nin salgınla mücadelesinde tüm birimlerindeki akademik ve idari personeli ile titiz bir süreç yürütmüş, öncü rolü ile Türkiye’de yürütülen mücadeleye birçok açıdan ciddi katkıda bulunmuştur.Türkiye Cumhuriyeti Sağlık Bakanlığı COVID-19 Bilimsel Danışma Kurulu’nda Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi’nden dört öğretim üyesi yer almıştır. Türkiye’de yürütülen aşı çalışmalarında İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı öncülük etmiştir. İlk COVID-19 hastamızı kabul ettiğimiz 21 Mart 2020 tarihinden itibaren de poliklinikler, yataklı servisler ve yoğun bakım ünitemizde yoğun bir şekilde mücadeleye devam etmekteyiz.Bu süreçte ülkemizde olduğu gibi bizde de çok sayıda sağlık çalışanımız COVID-19’a yakalandı, ülkemizde ciddi sayıda sağlık çalışanı kayıpları yaşadık. Yaşadığımız bu dönem bir yandan hekimler başta olmak üzere sağlık çalışanları için tarifi zor, hazin bir dönemdir, ancak diğer yandan da birbirimizi koruma, hastalıkla mücadele için dayanışma ve hoşgörünün her zamandan daha önemli olduğunu anladığımız bir dönemdir.Yüzyılda bir görülen bu salgının halen ülkemizde yoğun olarak yaşandığı ve tam olarak ne zaman sonlanacağının öngörülemediği bir dönemde tarihe not düşmek, geleceğe katkıda bulunmak adına hizmet ve eğitim fonksiyonlarını bir bütün halinde yürüten Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları, İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Göğüs Hastalıkları ve Kardiyoloji Anabilim Dalları olarak sekiz aylık dönemi bir rapor olarak sunmayı düşündük. Amacımız mücadele devam ederken, sınırlarımız dahilindeki bilgi birikimimiz ve tecrübelerimizi güncel bilgilerle birlikte derleyerek paylaşmak ve katkı sunmaktır.Üniversitemiz, Fakültemiz ve Hastane Yönetimleri ile bize destek olan araştırma görevlilerine, hemşirelerine ve tüm sağlık personeline, bu raporun hazırlanması ve düzenlenmesinde büyük emeği olan Prof. Dr. Ömrüm Uzun ve Prof. Dr. Mine Durusu Tanrıöver başta olmak üzere tüm öğretim elemanlarına ve de pandemi döneminin başından beri sosyal destek ve bu raporun basılması için kaynak sağlayan Hacettepe İç Hastalıkları Eğitim ve Sosyal Dayanışma Derneği’ne (kısa adıyla Hacettepe İç Hastalıkları Derneği) teşekkürü borç bilir, raporumuzun yararlı olmasını dileriz.Prof. Dr. Arzu Topeli İskitİç Hastalıkları (Yoğun Bakım Bilim Dalı) Anabilim Dalı BaşkanıHacettepe Üniversitesi Hastaneleri Pandemi Kurulu Yoğun Bakım SorumlusuProf. Dr. Serhat Ünalİnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı BaşkanıHacettepe Üniversitesi Erişkin ve Onkoloji Hastaneleri İnfeksiyon Kontrol Komitesi Başkanı ve Pandemi Kurulu İnfeksiyon Kontrol Sorumlus