Histoire d’une innovation agricole récente à l’échelle régionale : sélection et circulation des sorghos repiqués dans le bassin tchadien

International audienceLe sorgho repiqué a fait l’objet d’une large diffusion dans le bassin du lac Tchad au XXe siècle. Cette culture présente une forte diversité variétale. Les nomenclatures paysannes suggèrent des groupes géographiquement distincts, subdivisés en variétés locales selon des critères qui peuvent varier en fonction des sociétés. À partir d’une taxonomie simplifiée en langue véhiculaire (fulfulde) et de la structure des diversités agro-morphologique et génétique du sorgho repiqué, nous montrons que la variation repose moins sur la définition de catégories taxonomiques intermédiaires (groupes variétaux) que sur celle, plus fine, de taxons terminaux en langues locales (types nommés). Cela est expliqué à l’échelle locale par les pratiques de sélection et de gestion variétale des agriculteurs. La proximité génétique des sorghos repiqués avec certaines populations de sorgho pluvial apporte de nouveaux éléments soutenant les hypothèses sur l’histoire évolutive des sorghos repiqués. L’association du sorgho repiqué à plusieurs clusters génétiques et plusieurs haplotypes chloroplastiques, la circulation régionale relativement récente ainsi que le statut de vivrier marchand du sorgho repiqué ne permettent pas de tracer des frontières géographiques ou culturelles dans la répartition actuelle du sorgho repiqué

Exploring the variability of a photoperiod-insensitive sorghum genetic panel for stem composition and related traits in temperate environments

International audienceOver the last decade, the merits of sorghum as a dedicated feedstock have been highlighted. The relevance of sorghum biomass as an energy or biomaterial source relies on the possibility that its composition meets the requirement of the different production processes. In order to better assess the phenotypic variation existing in sorghum for stem composition, 103 accessions representing a broad genetic panel of insensitive and moderate photoperiod-sensitive landraces were evaluated during two consecutive years at Montpellier, South of France. Our data confirmed the existence of a great range of variation for several key parameters of stem composition, in particular for crude protein, lignin content and in vitro organic matter degradation and at a less extent for fibre digestibility. Sugar content in stems estimated by Brix was positively correlated with cycle duration and dry stem yield. Lignin content and fibre digestibility, two key traits linked to the potential utilization of sorghum biomass for fodder and 2nd-generation energy source, were strongly (positive and negative, respectively) correlated with plant height but not linked with dry stem yield. These results indicated that both biomass yield and quality can be improved simultaneously. Variability of stem composition was highly structured according to the genetic origins of the accessions. Durra and kafir groups emerged as good sources of high fibre digestibility. The same two groups and the photoperiod-insensitive caudatum from Africa comprised the best accessions for high sugar content in stems. Several Chinese caudatum and bicolor-caudatum accessions included in this panel stand out for high lignin content. This information will be mobilized to broaden the genetic diversity relevant for on-going breeding programs of sweet and biomass sorghum for temperate areas

Performance of multi-trait genomic selection for Eucalyptus robusta breeding program

International audienceIn forest tree genetic improvement, multi-trait genomic selection (GS) may have advantages in improving the accuracy of the genotype estimation and shortening selection cycles. For the breeding of Eucalyptus robusta, one of the most exotic planted species in Madagascar, volume at 49months (V49), total lignin (TL), and holo-cellulose (Holo) were considered. For GS, 2919 single nucleotide polymorphisms (SNP) were used with the genomic best linear unbiased predictor (GBLUP) method, which was as efficient as the reproducing kernel Hilbert space (RKHS) and elastic net methods (EN), but more adapted to multi-trait modeling. The efficiency of individual I model, including the genomic data, was much higher than the provenance effect P model. For example, with V49, mean goodness-of-fit was: r(I_Full)=0.79, r(P_Full)=0.37 for I and P, respectively. The prediction accuracies using the cross-validation procedure were lower for V49: r(I)=0.29 r(P)=0.28. The genetic gains resulting from the indexes associating (V49, TL) and (V49, Holo) were higher using I than for the P model; for V49, the relative genetic gain was 37 and 20%, respectively, with 5% of selection intensity. The single-trait approach was as efficient as the multi-trait approach given the weak correlations between V49 and TL or Holo. The I model also brings greater diversity: for V49 the number of provenances represented in a selected population was two and three with the P model, and 6 and 16 with the I model

Frontière des hommes, frontière des plantes cultivées : diffusions et recompositions de l'agro-biodiversité

L’analyse de la répartition spatiale des plantes cultivées est souvent a-chronique : elle repose sur des inventaires datés et analysés en fonction de facteurs contemporains de l’époque d’observation. Des comparaisons entre deux dates donnent une idée de l’évolution de cette répartition, mais les corpus de données permettant une analyse diachronique de ce genre sont rares. L’histoire pourtant permet de comprendre la distribution des plantes cultivées dans l’espace : leur ancienneté locale, les rythmes de leurs diffusions spatiale et temporelle, les raisons de leur adoption, refus ou abandon par les sociétés agraires sont autant de facteurs explicatifs de leur présence dans les terroirs : il faut savoir les appréhender pour évaluer leur répartition mais aussi pour anticiper leur avenir. Les quatre textes présentés dans ce deuxième volume du dossier « Frontières des hommes, frontières des plantes cultivées » analysent des processus explicatifs du maintien de la forte diversité spécifique et infra-spécifique observée à l’échelle du bassin tchadien