Algas Verdes y Euglénidos de Humedales de Altura del Noroeste Argentino

El objetivo fue estudiar cualitativamente las algas verdes y euglénidos de la puna argentina. Estos ambientes se caracterizan por ser sistemas extremos, dinámicos y frágiles. Se realizó un muestreo estival en 2005 que abarcó veintiséis ambientes leníticos en las provincias de Jujuy, Salta y Catamarca. Las muestras algales cualitativas se obtuvieron por el concentrado de 25 litros de agua a través de una red de plancton de 20 µm de poro, se fijaron in situ (formaldehido 4%) y fueron estudiadas bajo microscopio binocular, con dispositivo para dibujo. Se reconocieron 28 taxones pertenecientes a clorofitas (24) y euglenofitas (4). El número más alto de especies fue 8 en Los Enamorados (Jujuy) y sin registro en 26% de los cuerpos de agua muestreados. De acuerdo a los resultados obtenidos, hubo un predominio de especies raras, la mayoría cosmopolitas y de medios salinos (diecisiete de los veintiocho taxones registrados afines a estas concentraciones). Chlamydomonas rubrifilum, Oedogonium sp. 1 y Stigeoclonium sp. 2 fueron sólo de aguas hipersalinas no así Chlamydomonas tremulans, Oedogonium sp. 3, Spirogyra sp. 1, Spirogyra sp. 2, Ulothrix pseudoflacca var. salina, Euglena ehrenbergii y Euglena proxima que también estuvieron a salinidades menores. En el caso de Raciborskiella salina fue detectada en aguas tanto salinas como salinas-hipersalinas, con conductividades de hasta 22500 µS/cm. Los taxones determinados son nuevas citas para estos humedales debido a que no se contaba con antecedentes previos para estos grupos. Ulothrix pseudoflacca var. salina es mencionado por primera vez para el noroeste argentino.Fil: Mirande, V.. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica; ArgentinaFil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; ArgentinaVII Congreso Argentino de LimnologíaSan Miguel de TucumánArgentinaUniversidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel LilloFundación Miguel Lill

Biodiversidad fitoplanctónica y variables abióticas del embalse Escaba (Tucumán, Argentina)

Con el propósito de analizar la composición fitoplanctónica y variables fisicoquímicas del embalse Escaba, se realizaron muestreos estacionales desde agosto/10 a mayo/12 en la zona limnética (ZL) y desembocaduras de sus tributarios: ríos Chavarría, Las Moras, El Chorro y Singuil (RS). Para la obtención de las muestras se siguieron protocolos convencionales. El agua fue bicarbonatada-cálcica-sódica, alcalina, con temperaturas de 12,5-28 ºC, detectándose una estratificación térmica en primavera y verano. Se obtuvieron los siguientes valores para las variables físico-químicas medidas: transparencia entre 0,12-4,1m, conductividad eléctrica (CE) 83-218 μS/cm, oxígeno disuelto (OD) 2,7-14,5 mg/l, DBO5 <5-183 mg/l, nitrato <0,5-7 mg/l, ortofosfato <0,015-0,22 mg/l y biomasa 6-2511 μg/l de clorofila a. En la relación N/P se observó una deficiencia de fósforo principalmente para verano-otoño. El fitoplancton estuvo representado por especies de Bacillariophyceae (77), Chlorophyta (41), Cyanobacteria (12), Euglenophyta (5) y Dinophyta (1). La densidad algal (ind/ml) varió de 84 (ZL fondo-ago/10) a 6924 (RS-mar/11). La diversidad específica fluctuó entre 0-3,98. Mediante modelos lineales generalizados con distribución binomial negativa se analizaron las variaciones en las abundancias de los grupos algales en función de las estaciones del año, sitios y variables fisicoquímicas. Sólo se registraron cambios con CE, OD, DBO5, compuestos nitrogenados y ortofosfato. Según los resultados la dominancia de Ceratium hirundinella en todas las temporadas coincidió con bajas concentraciones de NO3- con excepción de noviembre 2011 donde sobresalieron las Chlorophyta. Asimismo, los elevados valores de biomasa fueron indicativos de una condición hipertrófica avalada por el nitrógeno total, el fósforo total y transparencia.Fil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Martinez de Marco, S.. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Taboada, María de Los Ángeles. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Alderete, M.. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Mirande, V.. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Isasmendí, S.. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto de Limnología del Noroeste Argentino; ArgentinaVII Congreso Argentino de LimnologíaSan Miguel de TucumanArgentinaUniversidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel LilloFundación Miguel Lill

Second Catalogue of the Phycological Collection, Cryptogamic Herbarium of the Miguel Lillo Foundation (Tucumán, Argentina)

En esta oportunidad se da a conocer a la comunidad científica el segundo catálogo del material histórico depositado en la Colección Ficológica del Herbario Criptogámico de la Fundación Miguel Lillo. El listado comprende los ejemplares provenientes de la Kryptogamae exsiccatae editada por el Museo de Historia Natural de Viena. Para esta contribución el material algal se revisó metódicamente, los ejemplares y sus etiquetas fueron fotografiados y los datos originales se ingresaron en la base DATA LIL. Además se recopiló información sobre la Kryptogamae exsiccatae, sus colectores y los herbarios que preservan ejemplares similares. El catálogo incluye 489 especies pertenecientes a 198 géneros, correspondientes a: Cyanophyta (131), Chlorophyta (111), Charophyta (87), Rhodophyta (82), Ochrophyta (77) y Dinophyta (1). Los colectores más importantes por sus contribuciones son: S. Stockmayer (58), F. Filárszky (39), E. C. Teodorescu (36) y K. Rechinger (36). Con menos de 30 ejemplares podemos citar a K. von Keissler, A. Hansgirg, F. Krasser y D. Hylmö, entre otros. Las especies catalogadas pertenecen principalmente a la flora algal europea relevada a fines del siglo XIX y principios del XX y representan una colección de referencia mundial resultado del esfuerzo conjunto de notables coleccionistas europeos.Fil: Bustos, María Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Martínez De Marco, S. N.. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Taboada, María de Los Ángeles. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; Argentina. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Mirande, V.. Fundación Miguel Lillo. Dirección de Botánica. Instituto de Ficología; ArgentinaFil: Tracanna, Beatriz Concepcion. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico - Tucumán. Unidad Ejecutora Lillo; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo; ArgentinaXXXVI Jornadas Argentinas de BotánicaMendozaArgentinaSociedad Argentina de Botanic

Dissecting Disease-Suppressive Rhizosphere Microbiomes by Functional Amplicon Sequencing and 10x Metagenomics

Disease-suppressive soils protect plants against soilborne fungal pathogens that would otherwise cause root infections. Soil suppressiveness is, in most cases, mediated by the antagonistic activity of the microbial community associated with the plant roots. Considering the enormous taxonomic and functional diversity of the root-associated microbiome, identification of the microbial genera and mechanisms underlying this phenotype is challenging. One approach to unravel the underlying mechanisms is to identify metabolic pathways enriched in the disease-suppressive microbial community, in particular, pathways that harbor natural products with antifungal properties. An important class of these natural products includes peptides produced by nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). Here, we applied functional amplicon sequencing of NRPS-associated adenylation domains (A domains) to a collection of eight soils that are suppressive or nonsuppressive (i.e., conducive) to Fusarium culmorum, a fungal root pathogen of wheat. To identify functional elements in the root-associated bacterial community, we developed an open-source pipeline, referred to as dom2BGC, for amplicon annotation and putative gene cluster reconstruction through analyzing A domain co-occurrence across samples. We applied this pipeline to rhizosphere communities from four disease-suppressive and four conducive soils and found significant similarities in NRPS repertoires between suppressive soils. Specifically, several siderophore biosynthetic gene clusters were consistently associated with suppressive soils, hinting at competition for iron as a potential mechanism of suppression. Finally, to validate dom2BGC and to allow more unbiased functional metagenomics, we performed 10× metagenomic sequencing of one suppressive soil, leading to the identification of multiple gene clusters potentially associated with the disease-suppressive phenotyp

Dissecting disease-suppressive rhizosphere microbiomes by functional amplicon sequencing and 10× metagenomics

Microbial Biotechnolog

Pathogen-induced activation of disease-suppressive functions in the endophytic root microbiome

Microorganisms living inside plants can promote plant growth and health, but their genomic and functional diversity remain largely elusive. Here, metagenomics and network inference show that fungal infection of plant roots enriched for Chitinophagaceae and Flavobacteriaceae in the root endosphere and for chitinase genes and various unknown biosynthetic gene clusters encoding the production of nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) and polyketide synthases (PKSs). After strain-level genome reconstruction, a consortium of Chitinophaga and Flavobacterium was designed that consistently suppressed fungal root disease. Site-directed mutagenesis then revealed that a previously unidentified NRPS-PKS gene cluster from Flavobacterium was essential for disease suppression by the endophytic consortium. Our results highlight that endophytic root microbiomes harbor a wealth of as yet unknown functional traits that, in concert, can protect the plant inside out.Microbial Biotechnolog

MIBiG 2.0: a repository for biosynthetic gene clusters of known function

Fueled by the explosion of (meta)genomic data, genome mining of specialized metabolites has become a major technology for drug discovery and studying microbiome ecology. In these efforts, computational tools like antiSMASH have played a central role through the analysis of Biosynthetic Gene Clusters (BGCs). Thousands of candidate BGCs from microbial genomes have been identified and stored in public databases. Interpreting the function and novelty of these predicted BGCs requires comparison with a well-documented set of BGCs of known function. The MIBiG (Minimum Information about a Biosynthetic Gene Cluster) Data Standard and Repository was established in 2015 to enable curation and storage of known BGCs. Here, we present MIBiG 2.0, which encompasses major updates to the schema, the data, and the online repository itself. Over the past five years, 851 new BGCs have been added. Additionally, we performed extensive manual data curation of all entries to improve the annotation quality of our repository. We also redesigned the data schema to ensure the compliance of future annotations. Finally, we improved the user experience by adding new features such as query searches and a statistics page, and enabled direct link-outs to chemical structure databases. The repository is accessible online at https://mibig.secondarymetabolites.org/

Biodiversidad del Parque Nacional Pre-Delta (Entre Ríos, Argentina): II. Estudio cuantitativo del fitoplancton Biodiversity of Pre-Delta National Park (Entre Ríos, Argentina): II. Phytoplankton quantitative study

La falta de antecedentes ficológicos vinculados al Parque Nacional Pre-Delta nos condujo a realizar este estudio. El objetivo fue conocer la abundancia del fitoplancton en ambientes leníticos y lóticos de dicha área protegida, la cual está situada en la ciudad de Diamante (Entre Ríos). Se estudiaron siete zonas (tres lagunas, un arroyo y dos riachos) y las variables abundancia absoluta algal, biomasa y diversidad, empleándose para la ordenación de los sitios el análisis de componentes principales (ACP). Los resultados obtenidos evidenciaron a las diatomeas como el grupo dominante a través de las pennadas. Si se consideran a nivel de individuos aportados por las especies, Aulacoseira granulata fue dominante en líneas generales en los sistemas lóticos estudiados, no así en los sistemas lénticos. El empleo de variables específicamente vinculadas al fitoplancton como densidad absoluta, biomasa y diversidad posibilitó la separación de los sitios a través del ACP.This paper was realized because of lack of phycologic dates from Pre-Delta National Park. The aim of this paper was to know abundance phytoplankton in lentic and lotic environments from this area, which is located in Diamante City (Entre Ríos). Seven sampling sites (three lakes, one stream and two rivers) and absolute algal abundance, biomass and diversity of phytoplankton were studied, employing the Principal Component Analyse (PCA) in the ordination of the sites. Our results have showed to diatoms as dominant across pennate group. The PCA separated the lotic and lentic water bodies in base of considered variables. If we consider to individual level given by species, Aulacoseira granulata was generally dominant in lotic systems but not in lentic systems. The absolute algal abundance, biomass and diversity variables permitted to separate the lentic and lotic sampling sites by means of the PCA utilization