Inhibition of mutant RAS-RAF interaction by mimicking structural and dynamic properties of phosphorylated RAS

Undruggability of RAS proteins has necessitated alternative strategies for the development of effective inhibitors. In this respect, phosphorylation has recently come into prominence as this reversible post-translational modification attenuates sensitivity of RAS towards RAF. As such, in this study, we set out to unveil the impact of phosphorylation on dynamics of HRASWT and aim to invoke similar behavior in HRASG12D mutant by means of small therapeutic molecules. To this end, we performed molecular dynamics (MD) simulations using phosphorylated HRAS and showed that phosphorylation of Y32 distorted Switch I, hence the RAS/RAF interface. Consequently, we targeted Switch I in HRASG12D by means of approved therapeutic molecules and showed that the ligands enabled detachment of Switch I from the nucleotide-binding pocket. Moreover, we demonstrated that displacement of Switch I from the nucleotide-binding pocket was energetically more favorable in the presence of the ligand. Importantly, we verified computational findings in vitro where HRASG12D/RAF interaction was prevented by the ligand in HEK293T cells that expressed HRASG12D mutant protein. Therefore, these findings suggest that targeting Switch I, hence making Y32 accessible might open up new avenues in future drug discovery strategies that target mutant RAS proteins

Investigation of anti-GBM autoantibodies leading EARLY diagnosis and treatment of glioblastoma multiform brain tumor

Glioblastom (GB) son derece invazif karaktere sahip malign bir beyin tümörüdür. Glioblastom hastaları ortalama 12-15 ay arası yaşamlarını sürdürebilmektedir. Dolayısıyla hastalığa erken tanı konulabilmesi büyük önem arz etmektedir. Çeşitli hastalıklarda erken tanıda biyobelirteç olarak otoantikor çalışmaları olumlu sonuçlar vermektedir. Fakat hasta serumlarında otoantikor araştırmaları, kanserde bilinen proteinlere karşı sürdürülmektedir. Bu doğrultuda, kanser hasta serumlarında yapılan bir çalışmada da p53 otoantikorlarına rastlanılmıştır. Ancak, yeni otoantijenlerin saptanabileceği otoantikor taramaları rapor edilmemiştir. Bu çalışmada, gliom hastalarının tümör dokusunda ve tümör barındırmayan epilepsi (kontrol) olgularında otoantikor-otoantijen etkileşimi araştırılmıştır. Serum ile etkileşimine bağlı olarak otoantijenin GB'lere özgü bir profil sergilediği tespit edilmiştir. Bu kapsamda, proteomiks çalışmaları ile GB'lerde ekspresyon düzeyi yüksek olan proteinler belirlenip, immünhistokimya ve western blot yöntemleri ile protein düzeyi doğrulanmıştır. En yüksek skorlu proteinlere yönelik immünpresipitasyon ve immünfloresan çalışmaları ile yüksek gradlı gliomlarda, solüt taşıyıcı proteinlerden SLC3a2'ye karşı otoantikor etkileşiminin varlığı saptanmıştır. Bu çalışma, yüksek gradlı gliomlarda diyagnostik ve prognostik öneme sahip SLC3a2 otoantikorlarının varlığını, ve SLC3a2 etkileşiminin yüksek gradlı gliom ile düşük gradlı gliom hasta serumlarından ayırt edilebilecek şekilde gerçekleştiğini göstermiştir. Ayrıca GB'lerde SLC3a2'nin büyük oranda fosforile olduğunu ve serum etkileşiminin özgün bir şekilde diğer yüksek gradlı gliomlardan farklılık gösterdiğini ortaya koymuştur. Klinik olarak incelendiğinde, GB hastalarında SLC3a2 otoantikor reaktivitesi ile sağ kalım süreleri arasında pozitif korelasyon saptanmıştır (p=0.043; R=0.517).Glioblastoma (GB) is a malignant brain tumor with an extremely invasive character. The median survival is only 12-15 months for glioblastoma patients. Therefore, early diagnosis of the disease is of great importance. The autoantibody studies give promising results as a biomarker in early diagnosis of various diseases. However, autoantibody studies using patient sera are carried out against proteins already known in cancer. On this basis, p53 autoantibodies were found in a study conducted in cancer patient sera. To date, investigation of autoantibodies to detect new autoantigens have not been reported yet. In this study, the autoantibody-autoantigen interaction was investigated both in tumor tissue of glioma patients and in epilepsy (control) cases. It has been detected that the autoantigen exhibits a GB specific profile due to its interaction with the serum. In this context, proteins with high expression levels in GBs were determined by proteomics studies. Additionally, the protein level was confirmed by immunohistochemistry and western blot methods. Immunoprecipitation and immunofluorescence studies against highly expressed proteins revealed the presence of autoantibody interaction against SLC3a2, one of the solute carrier proteins, in high grade gliomas. The SLC3a2 interaction in high grade glioma patient sera was distinguishable from low grade glioma patient sera. Therefore, this study indicated that SLC3a2 autoantibodies have diagnostic and prognostic significance in high grade gliomas. It is demonstrated that the SLC3a2 is highly phosphorylated in GBs. Furthermore, the serum interaction uniquely differs between GBs and other high grade gliomas. In clinical aspect, a positive correlation was found between SLC3a2 autoantibody reactivity and survival of GB patients (p = 0.043; R = 0.517)

Eti Alüminyum Fabrikası

Ankara : İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi İktisadi, İdari ve Sosyal Bilimler Fakültesi, Tarih Bölümü, 2013.This work is a student project of the The Department of History, Faculty of Economics, Administrative and Social Sciences, İhsan Doğramacı Bilkent University.by Melike Ünal.Ünal, Melike. HIST 200-1ÜNAL HIST 200-1/1 2012-1

Kalp Yetersizliği Hastalarında Depresyonun Sol Ventrikül Mekanikleri Üzerine Etkisi

AmaçKalp yetersizliği (KY) dünya genelinde morbidite ve mortalitenin önde gelen nedenlerinden biridir. Bir çok çalışmada KY ve depresyonun sıklıkla birlikte olduğu ve depresyonun KY semptomları ile bağlantılı olduğu gösterilmiştir. Bu çalışmamızda 2 boyutlu speckle tracking ekokardiyografi kullanılarak depresif semptomların derecesiyle sol ventrikül global longitüdinal strain (GS) değerlerini karşılaştırmayı amaçladık.Gereç ve YöntemÇalışmamız  Aralık 2012 ile  Şubat 2016 tarihleri arasında kardiyoloji kliniğine başvuran KY (EF<%35) tanısı olan 135 hastanın dahil edildiği kesitsel bir çalışmadır. Depresif semptomlar Beck Depression Inventory-II ile değerlendirildi. Mental olarak normal olmayanlar ve diğer nörolojik problemi olan hastalar ve onam formunu imzalayamayan hastalar çalışma dışı bırakıldı. Depresyon hastaları şu şekilde sınıflandırıldı: skor 0-13 arasında olanlar minimal (grup 1),  skor 14-19 arasında olanlar hafif (grup 2), skor 20-28 arasında olanlar orta (grup 3) ve skoru 29-63 arasında olanlar ciddi (grup 4). İkiboyutlu speckle tracking ekokardiyografide GS değerlendirilmesi için sol ventrikül apikal uzun,4 ve 2 boşluk görüntüleri bazal,mid-papiller ve apikal seviylerden frame rate  40 and 80 frames/s arasındayken görüntüler alındı.Bulgular Çalışma popülasyonda ortalama yaş  64±10 yıl (%54.8 kadın) idi. Gruplar arasında yaş ve cinsiyet açısından fark yoktu. Grup 4’teki hastaların ortanca New York Heart Association değerleri grup 1, 2 ve 3’teki hastalara göre istatiksel olarak anlamlı şekilde daha yüksek idi. Gruplar arasında yapılan analizde GS değerleri açısından, gruplar arasında istatiksel olarak anlamlı fark bulundu (p<0.001). Yapılan post-hoc analizde bu farkın grup 4’ten kaynaklandığı izlendi, grup 4’te diğer gruplara kıyasla GS değerleri anlamlı olarak daha düşüktü (sırasıyla, 19.1±2.3, 17.5±3.1, 17.1±2.3 ve 15.2±3.9, p<0.001).SonuçDepresyon KY olan hastalarda klinik öneme sahiptir. KY olan hastalarda bozulmuş GS depresyon ciddiyeti ile ilişkili olabilir