Statistical and network-based methods for the analysis of chromatin accessibility maps in single cells

In questo lavoro, metodi provenienti dalla Fisica, dalla Statistica e dalla Teoria dei Grafi sono stati impiegati per caratterizzare ed analizzare profili di apertura e accessibilità della cromatina ottenuti con la tecnica ATAC-seq in singole cellule, nella fattispecie linfociti B provenienti da tre pazienti affetti da Leucemia Linfocitica Cronica. Una pipeline bioinformatica è stata sviluppata per processare i dati di sequencing ed ottenere le posizioni accessibili del genoma per ciascuna cellula. La quantità di regioni aperte e la loro distribuzione spaziale lungo il DNA sono state caratterizzate. Infine, l’apertura simultanea nelle stesse singole cellule di regioni regolatrici è stata impiegata come metrica per valutare relazioni funzionali, e in questo modo grafi tra enhancer e promoter sono stati costruiti e le loro proprietà sono state analizzate. La distribuzione spaziale lungo il genoma di regioni aperte consecutive ricapitola proprietà strutturali come gli array di nucleosomi e le strutture a loop della cromatina. Inoltre, i profili di accessibilità delle regioni regolatrici sono significativamente conservati nelle singole cellule. I network tra enhancer e promoter forniscono un modo per caratterizzare la rilevanza di ciascuna regione regolatrice in termini di centralità. Le statistiche sulla connettività tra enhancer e promoter confermano il modello di relazione uno-a-uno come il più frequente, in cui un promoter è regolato dall'enhancer ad esso più vicino. Infine, anche il funzionamento dei superenhancer è stato indagato. In conclusione, ATAC-seq si rivela un'efficace tecnica per indagare l'apertura della cromatina in singole cellule, i cui profili di accessibilità ricapitolano caratteristiche strutturali e funzionali della cromatina. Al fine di indagare i meccanismi della malattia, il panorama di accessibilità dei lifociti tumorali può essere confrontato con quello di cellule sane e cellule trattate con farmaci epigenetici

Narrativas em Rede e Articulações Discursivas nas Interfaces Contemporâneas

O artigo versa sobre as formas narrativas nas mídias digitais, articuladas às transformações de ordem discursiva e aos regimes socioimagéticos na contemporaneidade e engendradas por gêneros emergentes. A partir da rede como modelo conceitual de conectividade, vértice do jogo de pluralidades semânticas, e de suas particularidades imersivas e interativas, são problematizados os processos de agenciamento e as facetas da interface na rede, buscando compreender os modelos binários e dicotômicos que sustentam os percursos teóricos do conceito de narrativa.  The article deals with narrative forms in digital media, linked to discursive transformations and to the contemporary socioimagetics schemes engendered by emerging genres. From the network as a conceptual model of connectivity, vertex of the plurality of game semantics, and immersive and interactive particularities are problematized the agency processes and the facets of the network interface, in order to comprehend the binary and dichotomic models that support the narrative concept

Blogs Íntimos: gêneros emergentes no meio digital

Unlike traditional journals, based on the continuity of the paper, blog´s narrative is continuously subverted by the hypertext, questioning their journal status. The article intends to explore the intersection between the hypertextual support and the narrative and discursive forms proposed by intimate blogs. It aims at taking these blogs as an emergent genre of discourse, based on the Theory of Enunciation and on the French Discourse Analysis, an approach that promotes understanding of intergeneric relationships among these and other autobiographical genres, considering its specific features, like the constant presence of the other and the construction of meaning effects related to the ethos. These considerations are made from a path that goes from the syntax to the pragmatic, investigating new modes of circulation of the utterances, not only as a component of multidirectional communication devices, but as a tool that articulates the narrative, marked by a specific mode of enunciation.Key words: blogs, diaries, discourse, genre.Diferente dos diários tradicionais, amparados pela continuidade do papel, os blogs íntimos têm sua narratividade contínua subvertida pelo hipertexto digital, problematizando o estatuto de diário. O artigo explora a intersecção entre o suporte hipertextual e as formas narrativas e discursivas dispostas pelos blogs íntimos e visa considerar esses blogs como um gênero do discurso emergente, com base na Teoria da Enunciação e na Análise do Discurso de linha francesa, abordagem que favorece a compreensão das relações intergenéricas entre esses e outros gêneros autobiográficos, considerando suas especificidades, como a constante presença do outro e a construção de efeitos de sentido relacionados ao ethos. Essas formulações são realizadas por meio de um percurso de sentido que vai da sintaxe à pragmática, investigando novos modos de circulação dos enunciados, não apenas como componentes dos dispositivos de comunicação multidirecionais, mas como ferramentas de articulação narrativa de si, marcados por um modo de enunciação específico.Palavras-chave: blogs, diário, discurso, gênero

Como produzir suínos sem milho?

bitstream/item/46548/1/-www.porkworld.com.br-artigos-post-como-produzir-suinos-s.pdfProjeto: 11.11.11.111

Entre a utopia e o ceticismo: as potencialidades dos diários virtuais no mercado de comunicação nacional

Web diaries are key elements for us to understand how optimistic and pessimistic prophecies are articulated in consequence of the emergence of new media and models in the national communication market. Under the perspective of comfort, they present themselves as an alternative to the unilaterality imposed by the traditional media. It is introduced an expressive narrative similar to the literary journalism anchored in the bilateral and interconnected environment of the internet and so they become the main target of the enthusiasts, the ones that idealize the so called communitarian journalism. Entre a utopia e o ceticismo: as potencialidades dos diários virtuais no mercado de comunicação nacionalOs diários virtuais são elementos-chave para compreender como se articulam as profecias otimistas e pessimistas em conseqüência da emergência de novas mídias e formatos no mercado de comunicação nacional. Sob a ótica da remediação, apresentam-se como uma alternativa à unilateralidade imposta pelos meios tradicionais ao introduzirem uma narrativa expressiva similar ao jornalismo literário aportada no ambiente bilateral e interconectado da Internet e tornam-se os alvos principais dos entusiastas que idealizam a concretização do chamado jornalismo cidadão

Interação nutrição e sistema imune em frango de corte e aditivos promotores de crescimento.

Com o uso dos antibióticos os nutricionistas têm buscado alternativas para solucionar problemas d ordem sanitária e/ou melhorar o desempenho animal, propondo a utilização de produtos alternativos como probióticos, prebióticos, enzimas, óleos essenciais, glutamina, entre outros

Rendimento de carcaça de frangos de corte alimentados com dietas peletizadas contendo glicerina bruta.

maior parte das dietas para frangos de corte são peletizadas e a glicerina bruta além de ser um alimento energético é um melhorador de peletes, contudo não há informações sobre a interação entre a peletização e o uso de glicerina bruta em características de carcaça de frangos de corte. Assim objetivou-se avaliar o rendimento de carcaça de frangos de corte alimentados com rações fareladas ou peletizadas com a inclusão de níveis crescentes de glicerina bruta. O delineamento experimental utilizado foi em blocos (peso) casualizados com 8 tratamentos e 8 repetições de 25 aves por unidade experimental, de acordo com um arranjo fatorial 2x4 (2 processamentos X 4 níveis de glicerina bruta: 0, 4, 8 e 12%). Aos 43 dias de idade 3 aves de cada box foram abatidas para avaliação de rendimento de carcaça e de cortes. O processamento influenciou o peso de carcaça e de cortes, contudo não houve o mesmo efeito para o rendimento, exceto para asas. Quanto ao uso de glicerina bruta, os pesos das carcaças e dos cortes apresentaram comportamento quadrático enquanto a gordura mostrou comportamento linear decrescente. Entretanto, para rendimento só houve efeito quadrático para carcaça, com ponto de máxima em 3,79%, aumento linear para asa e redução linear para gordura. O processamento de ração não afeta as características de carcaça avaliadas. A glicerina bruta melhora o rendimento de carcaça e reduz a deposição de gordura. Most diets for broilers are pelleted and crude glycerin is a pellet enhancer, in addition to be an energy source. However, there is no information about the interaction between pelleting and the use of crude glycerin on carcass characteristics of broilers. Therefore, the objective of this study was to evaluate carcass yield of broilers fed with meal or pelleted diets with increasing levels of crude glycerin. The experimental design was in randomized complete blocks (weight) with 8 treatments and 8 replicates of 25 birds each, according to a 2x4 factorial arrangement (2 physical forms X 4 levels of crude glycerin: 0, 4, 8 and 12%). Three birds from each pen were slaughtered at 43 days of age to evaluate carcass yield and cuts. Physical form of diet influenced the weight of carcass and cuts, but there was not any effect on yield, except for wings. Regarding the use of crude glycerin, carcass and cuts weights showed quadratic behavior while fat showed a decreasing linear effect. Yield showed quadratic effect only for carcass, with a maximum point at 3.79%, linear increase in wing and linear reduction for fat. Feed processing does not affect carcass yield while crude glycerin improves carcass yield and reduces fat deposition