Integer Programming Model for Automated Valet Parking

Kuna parkimine on autode hulga suurenemisega ja linnastumise tihenemisega üha keerulisem probleem, muutub selle kõrgtehnoloogiline lahendamine\n\rotstarbekaks. Üks pakutud lahendus on automaatparkla, kus autodega ei sõideta\n\roma parkimiskohta, vaid autod toimetatakse parkimiskohta ja tagasi\n\rspetsiaalsete robotite poolt. Selline kõrgtehnoloogiline lahendus annab meile\n\rpalju erinevaid optimiseerimisülesandeid ja võimalusi, millest ühte\n\rkonkreetset käsitleme käesolevas töös kasutades täisarvulise planeerimise\n\rmeetodeid, mida saab lahendada juba eksisteerivate analüütiliste lahendajatega.\n\rKäesolevas töös käsitletakse ühte kindlat võimalikku automaatparkla\n\rimplementatsiooni ja tuletatakse täisarvulise planeerimise mudel selle\n\rlahendamiseks. Varasemad teoreetilised tulemused on näidanud, et isegi\n\rlihtsustatud variandid sellest probleemist saavad olla APX-keerukusega. Kasutades Gurobi lahendajat leiti optimaalne lahendus näidisjuhtude jaoks. Mudelit võrreldi teise täisarvulise planeerimise mudeliga algoritmide ja teooria teadusgrupist, mis andis kindlust ja võrdlusmaterjali mudeli toimimiseks.As parking becomes a more and more complex problem with the number of cars and\n\rcity density, more complex solutions can be used to rectify it. One of possible\n\rsolutions for parking is automated valet parking, where cars are not driven to\n\rparking place by humans but are carried by specially designed robots. Such\n\rsolution presents us many possible optimization problems, one of which is\n\raddressed in this work using Integer Programming models, that can by solved\n\rusing off-the-shelf solvers. We look at a specific possible implementation of\n\rautomated valet parking and succesfully design an Integer Programming model to\n\rsolve it. Existing theoretical results have shown that even simplified cases of\n\rthe problem can be APX-hard. Using Gurobi,\n\roptimal solution was found for sample cases. The model is compared to another\n\rinteger programming model from Algorithms and Theory research group, which\n\rprovides comparison and verification for the model performance

Bootloader for ESTCube-1 Command and Data Handling System and Camera module

Käesoleva töö raames loodi satelliidi ESTCube-1 kahele alamsüsteemile alglaadur,mis võimaldaks nende tarkvara töö käigus uuendada. Alglaadurit on pidevalt tarkvara uuendamiseks kasutatud, sest pärast satelliidi komplekteerimist polnud võimalik teisel viisil nende moodulite tarkvara uuendada. Viimane uuendus tehti enne satelliidi orbiidile viimist Kourous. Orbiidil olles on alglaadur alglaadinud käsu- ja andmehaldussüsteemi tarkvara. Lähitulevikus lülitatakse sisse ka kaameramoodul. Siiamaani pole orbiidil nende alamsüsteemide tarkvara uuendatud, kuid Maa peal on seda korduvalt tehtud. Kokkuvõtvalt said töö eesmärgid täidetud ning töö lõpp-produkt on Eesti esimesel satelliidil ESTCube-1 reaalselt kasutusel.Estonian first satellite ESTCube-1 consists of several modules. The main on-board computer Command and Data Handling System (CDHS) and Camera module (CAM) have similar micro controller units: CDHS uses STM32F1 and CAM STM32F2 series micro controllers manufactured by STMicroelectronics. The goal of this thesis is to design and implement a bootloader, which enables software upgrading for CDHS and CAM, while ESTCube-1 is orbiting Earth. So far bootloader has been used many times to upgrade firmware or to boot into the main firmware. Bootloader has also successfully booted CDHS while ESTCube-1 is on low Earth orbit. While the satellite has been orbiting Earth, there has been no firmware upgrades yet. In conclusion the goals of this thesis were achieved and the end-product is actually used on the first Estonian satellite ESTCube-1

Radioloogiliste uuringute kasutuse geograafiline variatsioon Eestis

Käesoleva bakalaureusetöö eesmärgiks on kirjeldada ja põhjendada radioloogiliste uuringute kasutuse geograafilist variatsiooni Eestis, võttes sealjuures arvesse patsiendi eristuskategooriaid sugu, vanust ja diagnoosi. Variatsiooni kirjeldamisel lähtutakse varasemast Norras läbiviidud uuringust ning koostatakse variatsiooni kirjeldavad tabelid. Variatsiooni põhjendamiseks vaadeldakse rahvastiku jaotust lähtuvalt demograafilistest näitajatest. Samuti modelleeritakse variatsiooni kirjeldamiseks ja põhjendamiseks tõenäosust, et röntgenuuringu asemel tehakse täpsem kompuutertomograafia uuring

Synthesis and biological evaluation of hapten-clicked analogues of the antigenic peptide Melan‐A/MART‐126(27L)‐35

A click chemistry‐based approach was implemented to prepare peptidomimetics designed in silico and made from aromatic azides and a propargylated GIGI‐mimicking platform derived from the altered Melan‐A/MART‐1 26(27L)‐35 antigenic peptide ELAGIGILTV. The Cu(I)‐catalyzed Huisgen cycloaddition was carried out on solid support to generate rapidly a first series of peptidomimetics, which were evaluated for their capacity to dock at the interface between the major histocompatibility complex class‐I (MHC‐I) human leucocyte antigen (HLA)‐A2 and T‐cell receptors (TCRs). Despite being a weak HLA‐A2 ligand, one of those 11 first synthetic compounds bearing a p ‐nitrobenzyl‐triazole side‐chain was recognized by the receptor proteins of Melan‐A/MART‐1‐specific T‐cells. After modifications of the N ‐ and C ‐termini of this agonist, which was intended to enhance HLA‐A2 binding, one of the resulting 7 additional compounds triggered significant T‐cell responses. Thus, these results highlight the capacity of naturally circulating human TCRs that are specific for the native Melan‐A/MART‐1 26‐35 peptide to cross‐react with peptidomimetics bearing organic motifs structurally different from the native central amino acids

FRA-1 protein overexpression is a feature of hyperplastic and neoplastic breast disorders

BACKGROUND: Fos-related antigen 1 (FRA-1) is an immediate early gene encoding a member of AP-1 family of transcription factors involved in cell proliferation, differentiation, apoptosis, and other biological processes. fra-1 gene overexpression has an important role in the process of cellular transformation, and our previous studies suggest FRA-1 protein detection as a useful tool for the diagnosis of thyroid neoplasias. Here we investigate the expression of the FRA-1 protein in benign and malignant breast tissues by immunohistochemistry, Western blot, RT-PCR and qPCR analysis, to evaluate its possible help in the diagnosis and prognosis of breast neoplastic diseases. METHODS: We investigate the expression of the FRA-1 protein in 70 breast carcinomas and 30 benign breast diseases by immunohistochemistry, Western blot, RT-PCR and qPCR analysis. RESULTS: FRA-1 protein was present in all of the carcinoma samples with an intense staining in the nucleus. Positive staining was also found in most of fibroadenomas, but in this case the staining was present both in the nucleus and cytoplasm, and the number of positive cells was lower than in carcinomas. Similar results were obtained from the analysis of breast hyperplasias, with no differences in FRA-1 expression level between typical and atypical breast lesions; however the FRA-1 protein localization is mainly nuclear in the atypical hyperplasias. In situ breast carcinomas showed a pattern of FRA-1 protein expression very similar to that observed in atypical hyperplasias. Conversely, no FRA-1 protein was detectable in 6 normal breast tissue samples used as controls. RT-PCR and qPCR analysis confirmed these results. Similar results were obtained analysing FRA-1 expression in fine needle aspiration biopsy (FNAB) samples. CONCLUSION: The data shown here suggest that FRA-1 expression, including its intracellular localization, may be considered a useful marker for hyperplastic and neoplastic proliferative breast disorders

Conception, étude structurale et propriétés fonctionnelles de nouveaux peptidomimes antigéniques pour une immunothérapie antitumorale

Des peptides antigéniques sont présentés à la surface des cellules cancéreuses ou infectées par un virus pour être reconnus par des cellules du système immunitaire. Cette reconnaissance déclenche alors une réponse immunitaire spécifique contre les cellules présentatrices ciblées. L'objectif de ce projet est de stimuler cette réponse immunitaire afin qu'elle soit un moyen thérapeutique pour détruire spécifiquement les cellules cancéreuses ou infectées. Toutefois, les peptides antigéniques ne peuvent pas être administrés tels quels, du fait de leur pauvre stabilité en milieu biologique. Il est donc nécessaire de les modifier afin qu’ils soient plus résistants. Le défi de ce projet est de synthétiser des peptidomimes bio-résistants, capables de reproduire la même réponse immunitaire que celle du peptide antigénique naturel.Abstrac

Les protistes: acteurs-clés du réseau trophique pélagique au Lac Tanganyika

While pathogenic microbes are actually far from being the rule, in contrast microbes are generally associated to illness. Actually, microbes play crucial parts in sustaining life on Earth and preserving biodiversity. In aquatic environments, protists (microbial eukaryotes) are fundamental components of the pelagic food web, both as primary producers and as the main link between picoplanktonic carbon and the higher trophic levels, through grazing activities. The substantial role of protozoan has been particularly stressed for the oligotrophic systems, where picoplankton, inedible for metazooplankton, typically dominates planktonic biomass and productivity. Located in the East African Rift Valley, Lake Tanganyika is one of the world's largest and deepest lakes, which is also known for the unusually high yield of its pelagic fisheries. Its high water transparency and low nutrient levels favour both picophytoplankton proliferation, at the expense of larger phytoplankton, and development of an important microbial trophic network. As carbon transfer through microbial food web increases the number of trophic links and leads to large energy losses, it is expected that Lake Tanganyika microbial communities are particularly efficient in carbon use and cycling to reduce these losses and therefore sustain high fish productivity. Our first objective was thus (i) to estimate carbon biomass transiting through protozoa by focussing on protozooplancton impact on both autotrophic and heterotrophic picoplancton in Lake Tanganyika, and (ii) to determine the major carbon pathway within the microbial trophic network. Protist communities in aquatic systems can also be phylogenetically and functionally diverse. During the last decade, molecular surveys have regularly unveiled undescribed lineages, suggesting that microbial eukaryote diversity remains undersampled. Actually, small-eukaryote communities in tropical lacustrine systems had not been investigated so far. Yet, from an ecological perspective, molecular approaches for describing protistan diversity often represent the first step in characterizing the different functional roles performed within assemblages. Our second objective consisted in unveiling small-eukaryote diversity retrieved from the tropical Lake Tanganyika by using DGGE and clone libraries of 18S rDNA. Further clone libraries were also constructed to uncover small-eukaryote diversity within Lake Kivu, another freshwater system located in the Rift Valley. Differences and similarities were detected among microbial eukaryote communities recovered from these two oligotrophic tropical lakes that feature contrasting physical-chemical conditions and trophic structures. Detection of common undescribed lineages in both lakes suggested that tropical conditions could favour some taxonomic groups. Using the FISH technique, we especially focussed on novel kinetoplastids which were retrieved in both lakes and appeared to be abundant in Lake Tanganyika. The present study provides the first description of small-eukaryote diversity within a tropical freshwater ecosystem and brings substantial evidence of the crucial role of protozooplankton in carbon transfer in one of the most fascinating lacustrine systems, Lake Tanganyika.Les microbes. Pour la plupart d'entre nous, leur nom est synonyme de maladies. Pourtant, les microbes pathogènes sont plutôt l'exception que la règle. Les microbes ont colonisé l'ensemble des environnements que compte notre planète et les diverses fonctions qu'ils y remplissent sont d'une importance capitale pour le maintien de la diversité sur Terre. C'est le cas des protistes. Dans les milieux aquatiques, ces microorganismes eucaryotes, principalement assimilés à des producteurs de matière organique ainsi qu’à des consommateurs de picoplancton, sont des acteurs essentiels dans le transfert de matière et d’énergie au sein du réseau trophique. Le rôle des protistes brouteurs a été spécialement mis en évidence dans les milieux oligotrophes, où les constituants du picoplancton, trop petits pour être consommés par le métazooplancton, sont particulièrement abondants. Situé dans la Vallée du Rift d’Afrique de l’Est, le Lac Tanganyika se classe parmi les lacs les plus grands et les plus profonds du monde. Il est également reconnu pour sa remarquable productivité piscicole. Ses eaux claires et pauvres en nutriments sont autant de conditions propices à la prolifération du picophytoplancton, au détriment d’organismes phytoplanctoniques de plus grande taille, et au développement d’un important réseau trophique microbien. Or, cette voie parallèle de transfert de carbone augmente le nombre d’intermédiaires et, par conséquent, les pertes engendrées par respiration. Pour maintenir un niveau de productivité piscicole élevé, les communautés présentes au sein du Lac Tanganyika doivent donc être particulièrement efficientes en terme d’utilisation et de transfert de carbone. Le premier objectif de ce travail a donc été d’évaluer l’impact du protozooplancton sur le picoplancton autotrophe et hétérotrophe du lac, afin d’estimer la quantité de carbone transitant par les protistes brouteurs, et de déterminer les voies préférentielles de transfert de carbone au sein du réseau trophique microbien de ce milieu tropical. Par ailleurs, en fonction du milieu étudié, les communautés de protistes aquatiques peuvent présenter une diversité phylogénétique et fonctionnelle tout à fait remarquable. Depuis une dizaine d’années, grâce aux analyses génétiques, de nouveaux lignages sont régulièrement décrits, suggérant que la diversité de ces microorganismes reste actuellement toujours sous-estimée. Or, jusqu’à aujourd’hui, aucune étude de ce genre n’avait encore été entreprise dans les milieux d’eau douce tropicaux. L’étude de la diversité phylogénétique présente au sein de ces communautés constitue pourtant une première étape vers la caractérisation de la diversité fonctionnelle qu’elles renferment. Le second objectif de notre recherche fut donc de réaliser une première étude phylogénétique des assemblages de petits eucaryotes présents au sein d’un système d’eau douce tropical. Pour cela, deux outils moléculaires complémentaires, la DGGE et les bibliothèques de clones, basées sur les séquences codant pour l’ARNr 18S, ont été employés. D’autres bibliothèques de clones ont également été construites pour les petits eucaryotes du Lac Kivu, un autre lac de la Vallée du Rift, afin de mettre en évidence les différences et les similitudes pouvant exister au sein de communautés évoluant dans deux systèmes tropicaux oligotrophes présentant des caractéristiques physico-chimiques et une structure trophique contrastées. Ainsi, la détection dans les deux lacs de séquences jusqu’alors inconnues suggère que le développement de certains organismes pourrait être favorisé par les conditions tropicales. Par l’emploi de la technique du FISH, nous nous sommes particulièrement intéressés à un nouveau groupe de kinétoplastidés, présents dans les deux lacs, et relativement abondants au Lac Tanganyika. Au terme de notre recherche, nous avons donc pu mettre en évidence le rôle crucial du protozooplancton dans le transfert de carbone vers les niveaux trophiques supérieurs et approcher la diversité des petits eucaryotes présents au sein d’un des plus fascinants milieux d’eau douce, le Lac Tanganyika.(DOCSC03) -- FUNDP, 201