Analyse d'une méthode originale de repliement de protéines associant le sodium dodécyle sulfate et le 2-méthyle-2,4-pentanediol

Currently, the investigation of protein refolding processes involves several time-consuming steps that require large amout of protein. In that context, it has been reported that 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) is able to modulate the denaturing properties of sodium dodecyl sulfate (SDS) and to induce the refolding of proteins. Nonethless and even though this cosolvent effect was previously observed on the refolding of several proteins (including the lysozyme, the carbonic anhydrase, and PagP), little is known about the mechanism by which the MPD can turn the unfolding properties of SDS. The general objective of this thesis was therefore to go deeper in the understanding of the related mechanisms. In that context, a 4-steps strategy was developed: (i) the protcol was extended to the trimeric membrane protein Omp2a in order to demonstrate the transferability of the method to a multimeric protein and determine the optimal detergent/cosolvant ratio. (ii) The combination of experimental (biophysic spectroscopies) and theoretical (molecular dynamics) outputs gives us the opportunity to describe the SDS-induced unfolding states of model peptides. (iii) Then, the key role of MPD to induce the SDS micelle dissociation was unveiled by dynamic light scattering and molecular dynamics simulations. (iv) Finally, the refolding of model peptides was investigated in the presence of the detergent and the cosolvent.La compréhension du phénomène de repliement constitue un défi majeur en biochimie structurale et en biophysique des protéines: la connaissance des mécanismes par lesquels les protéines adoptent une structure 3D particulière peut aider à comprendre et/ou prédire les fonctions des protéines. Il n'existe actuellement aucune méthode générale permettant de replier et caractériser une protéine. En effet, bien que de nombreux protocoles soient référencées dans la littérature, l'étude d'une nouvelle protéine fait, presque toujours, intervenir de nombreuses étapes préliminaires afin d'identifier les conditions permettant son repliement. Dans ce contexte, une méthode originale a récemment été mise en évidence, associant un détergent, le sodium dodécyle sulfate (SDS; connu pour ses propriétés dénaturantes), à un cosolvant, le 2-méthyle-2,4-pentanediol (MPD). Bien que cette combinaison ait préalablement été appliquée avec succès afin d'induire la renaturation de différentes protéines (lysozyme, anhydrase carbonique et PagP), les mécanismes associés sont encore peu connus. L'objectif général de cette thèse est donc d'améliorer les connaissances générales afin de pouvoir optimiser la méthode. Pour cela, une stratégie en quatre temps a été suivie: (i) L'utilisation de l'Omp2a comme modèle de protéine membranaire multimérique a permis d'identifier le rapport de concentrations entre le détergent et le cosolvant menant à un repliement optimal de la protéine. (ii) En combinant des études expérimentales (mesures biophysiques) et théoriques (dynamique moléculaire), il a été possible de caractériser le processus de dénaturation de peptides modèles dans le SDS. (iii) La dissociation de micelles de SDS par le MPD a ensuite été mise en évidence par des mesures en diffusion lumineuse dynamique et des simulations en dynamiques moléculaires. (iv) Finalement, le repliement des peptides solubles en présence du couple SDS/MPD a permis de mettre en évidence le rôle clé du MPD pour protéger les peptides de l'effet dénaturant du SDS et permettre ainsi leur repliement.(DOCSC02) -- FUNDP, 201

Reverse Engineering Web Congurators

In many markets, being competitive echoes with the ability to propose customized products at the same cost and delivery rates as standard ones. As a result, companies provide their customers with online Web configurators to facilitate the product customization task. Web configurators offer a highly interactive configuration environment for customers to specify products that match their individual requirements and preferences. They provide capabilities to guide the customer through the multi-step and non linear configuration process, check consistency, and automatically complete partial configuration. To get a better grasp of what is the current practice in engineering Web configurators, we conducted a systematic empirical study of 111 configurators. We quantified their numerous properties, categorized patterns used in their engineering, and highlighted good and bad practices. We provided empirical evidence that Web configurators are complex information systems. Despite of this fact, this study revealed the absence of specific, adapted, and rigorous methods in their engineering. The lack of dedicated methods for efficiently engineering Web configurators leads to reliability, runtime efficiency, and maintainability issues. To migrate legacy Web configurators to more reliable, efficient, and maintainable solutions, we offer to systematically re-engineer these applications. This encompasses two main activities: (1) reverse engineering Web configurators to extract their configuration-specific data and encoding it into dedicated formalisms, and then (2) forward engineering new improved configurators. In this study, we are concerned with the reverse-engineering process. We developed a consistent set of methods, languages and tools to semi-automatically extract configuration-specific data from the Web pages of a configurator. Such data is stored in variability models (e.g., feature models). These models can later be used for verification purposes (e.g., checking the completeness and correctness of the configuration constraints) as well as input for forward-engineering techniques. To reverse engineer variability models from Web configurators, we developed techniques that target static structure and dynamic behaviour of Web configurators to locate and extract configuration-specific data. Experimental results on existing real Web configurators confirm the applicability of our contribution.(DOCSC06) -- FUNDP, 201

Conception de biomatériaux hybrides poreux adaptés à l'encapsulation de cellules animales pour la thérapie cellulaire

Among the diseases induced by protein or hormone deficiencies, type 1 diabetes mellitus is becoming increasingly widespread and makes life very difficult for people who are affected. It is characterized by the destruction of the insulin secreting β-cells by the immune system. The most commonly used treatment is the insulinotherapy which implies a drastic diet and much attention from the patient who is all the time put at risk of hyper- or hypoglycemia. A first alternative is the transplantation of pancreas or islets of Langerhans but the low number of donor and the necessity to follow an immunosuppressive medication to prevent the graft rejection are serious drawbacks. A promising solution for the treatment of this type of disease is the encapsulation of xenogeneic cells within a biocompatible, robust and semi-permeable material which will protect them against immune system or mechanical stress This thesis highlights the possibility of using mineralized TiO2 microcapsules synthesized under mild conditions as “artificial organ”. This original material has been developed by overcoming constraints induced by the use of alkoxy precursors in the inorganic materials preparation by sol-gel process such as the toxicity of some additives and of the by-products of reaction or the matrix contraction over time. This artificial organ is obtained by using alginate capsules entrapping animal cells as a template for the deposition of a TiO2 layer. Various techniques underscored the biocompatibility, the high mechanical strength and the ideal porosity of the microcapsules while showing the prolongation of the viability and of the activity of the encapsulated HepG2 model cells. In vivo experiments realized on rats highlighted the biocompatibility of the microcapsules towards a living host organism and the efficient encapsulated cells immune-isolation. Finally, the encapsulation of insulin secreting rat insulinoma-derived INS-1E cells showed that these cells retained their in vitro responsive property to glucose for insulin secretion and that this hormone diffused well outside of the microcapsules. This work allowed designing and developing a robust, biocompatible and porous biomaterial as an artificial organ suitable for the cell therapy.(DOCSC03) -- FUNDP, 201

Des actualités filmées au service de l'histoire. La propagande audiovisuelle d'un gouvernement belge en état de siège (1940-1945)

Avant l’introduction de la télévision, le cinéma est le seul média qui permet de donner une perception visuelle et animée d’un événement. A priori, pour le public, l’attrait du journal d’actualités filmées réside plus dans son aspect ‘audio-visuel’ et sa conception didactique que dans son contenu événementiel. Les dernières nouvelles sont déjà connues du spectateur par la radio ou la presse écrite. Le public désire alors ‘voir’ les images de l’évènement. Si ces images filmées permettent, en effet, de visualiser l’information reçue par d’autres médias, elles en modifient son contenu et sa signification par un montage et un commentaire induits et permettent de façonner l’opinion publique. Lors du second conflit mondial, tous les protagonistes optent pour un contrôle strict de l’information et un encadrement de l’opinion publique. Les journaux filmés, au vu de leurs potentialités supposées, vont constituer une arme redoutable de cette propagande. Le gouvernement belge en exil à Londres s’inscrit dans cette mouvance. Dès 1941, il met en place une politique d’information et de propagande via le média cinéma et lui octroie d’importants moyens financiers, techniques et humains. Les journaux filmés auront pour objectif de mettre en évidence l’effort de guerre du pays et de légitimer l’existence, l’autorité et l’action du gouvernement belge en exil auprès de l’opinion publique nationale et internationale. À la libération, cette politique propagandiste se poursuit mais elle est désormais cadenassée par l’autorité militaire alliée qui impose un monopole des actualités filmées sur les écrans belges. Les images filmées diffusent alors une propagande de vainqueurs où la victoire et l’unité alliée est proclamée haut et fort et où l’armée belge, en pleine reconstruction, devient un leitmotiv chargé de rétablir la cohésion nationale. Mais, pour le monde cinématographique belge, monopole et contrôle gouvernemental sont inacceptables. Les acteurs de la presse filmée belge veulent récupérer leurs prérogatives. Ils prônent un retour à la liberté d’expression et à la libre concurrence commerciale. On assiste dès lors jusque décembre 1945 à un chassé-croisé entre sociétés commerciales, associations corporatives et l’institution politico-militaire. Cette recherche doctorale s’est ancrée sur un corpus filmique déterminé : d’une part, les 77 actualités filmées produites à Londres dès 1942 par le gouvernement belge en exil en collaboration avec la British Paramount News ; d’autre part, les 78 éditions belges du journal interallié d’actualités filmées Le Monde Libre disposant d’un monopole des écrans belges du 15 septembre 1944 au 28 décembre 1945. Avant d’entrer dans une analyse fine du corpus filmé, il a fallu procéder à une reconstitution de ce corpus dispersé dans trois cinémathèques. Cette identification préalable a permis d’établir pour chaque actualité filmée les métadonnées nécessaires à la valorisation documentaire de la source mais également à son indexation, démarche inhérente à sa conservation. Au-delà de la problématique historique, cette thèse a mis en lumière les apports de la source audiovisuelle pour la discipline historique. Elle a permis de mettre au point des protocoles méthodologiques qui allient sources audiovisuelles et sources non-filmiques et qui permettent d’appréhender au mieux l’historicité de la source audiovisuelle, de comprendre le fait cinématographique dans son ensemble et de le replacer dans son contexte historique. Enfin, elle a mis évidence la problématique d’accès et de droits du patrimoine audiovisuel et ses conséquences sur l’historiographie belge où le champ de recherche ‘Histoire et cinéma’ reste lacunaire. Cette analyse de la production, de la distribution et de la réception des actualités filmées belges entre 1940 et 1945 permet de comprendre les réactions et les attitudes successives de l’opinion/des opinions en période de guerre. Au travers des images diffusées sur les écrans de Londres et de Bruxelles à la libération, la représentation mentale du conflit et les mécanismes d’encadrement de l’opinion publique par l’image se sont dévoilés.(DOCFILO02) -- FUNDP, 201

Théorie critique du principe d'équivalence fonctionnelle en droit du commerce électronique

Since the mid-90s, the principle of functional equivalence has been used as a guideline for the regulation of the information society. Its aim is to give legal value to the use of electronic means during the contractual process. According to this principle, electronic documents or data should be considered as equivalent to paper documents if they fulfil the same functions. For instance, considering the legal requirement of a signature, the idea is to take some distance from paperbased environment and handwritten graphics in order to identify the fundamental functions the signature is supposed to fulfill. In this respect, scholars usually consider that a signature is used as a means to authenticate a person, i.e. to identify her and to give consent. Therefore, any electronic means that ensures the authentication function should be equivalent to a handwritten signature. This reasoning also involves principles such as technology neutrality and non-discrimination. The principle of functional equivalence was adopted in 1996 by the United Nations Commission on International Trade Law (UNCITRAL) in its model law on electronic commerce. Since then, it has been recognized by many lawmakers around the world. Nevertheless, a certain lack of methodology has resulted in diverging initiatives and implementations. In this context, the aim of this study is to build a theory of functional equivalence based on a comparative and interdisciplinary approach. First it identifies the roots, evolution, forces and weaknesses of the principle. Then it develops its conceptual structure and methodology. For a better understanding of the principle, the first part of the study proposes a cartography of the genesis and propagation of the principle, both at the international and national level. It goes back to the Scandinavian origins of the principle and underlines the influence exerted by methods of Value Analysis. The second part of the study proposes a critical and theoretical model based on the principles of equivalence and technology neutrality. A functional methodology taking into account the teachings of philosophy of science and value analysis reasoning is developed with the hope it will serve as a guide for the lawmaker. Particular attention is devoted to the core notion of function, the selection process of the relevant functions of a given formal requirement and the best way to express their meaning and scope. Finally, the proposed method is tested on three formal requirements: writing, information and signature.Dans le processus de régulation de la société de l’information, le principe d’équivalence fonctionnelle a été utilisé dès les années 90 pour la reconnaissance juridique des procédés électroniques utilisés dans les relations contractuelles. Selon ce principe, les documents et données électroniques peuvent bénéficier de la même reconnaissance juridique que les documents papier, à condition de remplir les mêmes fonctions. Par exemple, considérant l’exigence légale d’une signature, il s’agit de s’abstraire de l’environnement papier traditionnel et de l’apposition manuscrite d’un graphisme personnel, pour identifier les fonctions que la signature est censée remplir. Dans cette optique, la doctrine admet généralement que la signature doit au moins permettre d’identifier le signataire et d’attester son consentement au contenu de l’acte signé. Dès lors, tout dispositif électronique permettant de remplir ces fonctions d’identification et d’adhésion devrait être équivalent à une signature manuscrite. Cette analyse va de pair avec les principes de neutralité technologique et de non discrimination. Le principe d’équivalence fonctionnelle a été consacré en 1996 par la Commission des Nations Unies pour le Droit Commercial International (CNUDCI), dans sa loi type sur le commerce électronique. Il a connu un immense succès auprès de nombreux législateurs à travers le monde. Toutefois, à défaut de contours précis et d’une méthodologie claire, il a fait l’objet de mises en œuvre sensiblement différentes d’une législation à l’autre. Dans ce contexte, l’étude vise à élaborer une théorie des équivalents fonctionnels, en identifiant ses origines, son évolution, ses forces et ses faiblesses, puis en dégageant sa structure conceptuelle et méthodologique, dans une approche combinant droit comparé et interdisciplinarité. Afin de mieux cerner le principe d’équivalence fonctionnelle, la première partie de l’étude retrace sa genèse et sa propagation sur la scène internationale et au niveau national, pour en dresser une cartographie détaillée. Elle remonte ainsi jusqu’aux origines scandinaves du principe et révèle par la même occasion une certaine influence des méthodes d’analyse de la valeur (Value analysis). La seconde partie consiste en l’élaboration d’un modèle théorique, en développant les fondements conceptuels et méthodologiques du principe et en examinant les critiques dont il peut faire l’objet. L’étude révèle ainsi les faiblesses du principe, identifie leur cause et envisage leur remède, tout en systématisant le principe de neutralité technologique et le postulat d’équivalence entre le monde analogique et le monde numérique. À l’aide de la philosophie des sciences et des méthodes d’analyse de la valeur, elle propose une méthodologie fonctionnaliste du principe d’équivalence à l’attention du législateur, en revenant à la notion de fonction, en modélisant le processus de sélection des fonctions pertinentes et en examinant la manière de préciser le contenu et la portée de ces fonctions. Cette méthodologie est ensuite testée sur trois exigences de forme : l’écrit, l’exigence d’une information et la signature.(DOCJURI00) -- FUNDP, 201

Caractérisation structurale et étude de l'inhibityion de la 1-déoxy-D-xylulose-5-phosphate réductoisomérase (DXR) de E. coli et de la DXR-like (DRL) de B. abortus, par des analogues de la fosmidomycine

The 2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate (MEP) pathway for isoprenoid biosynthesis has come under increased scrutiny as a target for novel antimalarial, antibacterial and antituberculosis agents. 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase (DXR) is a key enzyme of the pathway that catalyzes the rearrangement and nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADPH)-dependent reduction of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate (DXP) to MEP. The unique properties of DXR make it a remarkable and rational target for drug design. First, it is a vital enzyme for synthesis of isoprenoids in algae, plants, several eubacteria including the pathogenic bacteria like Bacillus anthracis, Helicobacter pylori, Yersinia pestis, Mycobacterium tuberculosis and the malarial parasite, Plasmodium falciparum. Second, there are no functional equivalents to DXR in humans, making it an attractive target for therapeutic intervention. Third, DXR appears to be a valid target and the results from fosmidomycin, the only available DXR inhibitor under clinical trials, suggests synergistic effects with the lincosamide antibiotics, lincomycin and clindamycin. Despite drug design efforts in this area, no successful drug specifically designed to inhibit DXR has emerged yet. Recently, it has been shown that Fosmidomycin inhibited growth of B. abortus cells expressing the Escherichia coli GlpT transporter (required for fosmidomycin uptake), confirming that a DXR-like (DRL) activity exists in these bacteria. The B. abortus DRL protein was found to belong to a family of uncharacterized proteins similar to homoserine dehydrogenase. Our work was focus on the production, purification and characterization of the E. coli DXR enzyme and the B. abortus DRL enzyme. This allowed us to study three series of analogs of fosmidomycin, a specific competitive inhibitor of DXR, available through collaboration with the University of Gent (Prof S.VanCalenberg). Two approaches were used to characterize interaction between inhibitor and enzyme, a theoretical approach by docking and an experimental approach by crystallography.(DOCSC02) -- FUNDP, 201

Synthèse et évaluation biologique de glycoclusters contre la virulence bactérienne

Because of the appearance of more and more bacteria resistant to antibiotics, it is an urgent need to find new antibacterials. Several approaches have developed in the last few years such as antivirulence. This strategy is based on the weakening of the bacteria rather than killing it. Therefore, we interested in this principle and we developed new antibacterials to combat the bacterial virulence. We based our approach on multivalent scaffolds, as the multivalency is well know to improve the inhibition and/or activation of biological processes. We synthesized new multimeric compounds such as glycofullerenes, glycopillararenes and glycorotaxanes. We showed that these molecules are good inhibitors of glycosyltransferases and lectins, multivalent effects were observed in several cases.(DOCSC02) -- FUNDP, 201

Sustaining the quality of Web services

Within the framework of Service Oriented Architecture, we introduce a new framework in order to better sustain the quality of Web services. The framework groups similar Web services together. Our contributions include mechanisms on both the micro-management and macro-management of a group of Web services in order to better sustain the quality of Web services. Finally we demonstrate the effectiveness of the mechanisms through experiments using some real-world values.(DOCSC06) -- FUNDP, 201

Église et aristocratie en Cambrésis (fin IXe-milieu XIIe siècle). Le pouvoir entre France et Empire au Moyen Âge central

Inscrite dans un courant historiographique que d’aucuns qualifient de « nouvelle histoire politique », la présente thèse de doctorat, focalisée sur le groupe nobiliaire cambrésien et ses rapports avec l’institution ecclésiale, vise à déterminer comment, au cours des Xe-XIIe siècles, les grands sont parvenus à exercer leur pouvoir et à maintenir leur domination sociale dans une principauté épiscopale située aux confins de la Flandre, de la France et de l’Empire. L’ambition est également de comprendre comment, dans le même temps, l’aristocratie cambrésienne s’est positionnée par rapport au message chrétien véhiculé par les clercs et les moines. L’enquête se structure en cinq chapitres regroupés en deux parties. Le volet initial aborde la période 888-1080, au cours de laquelle l’autorité impériale s’ancre solidement en Lotharingie. En bonne méthode, le chapitre d’ouverture (I.) s’interroge sur la valeur des Gesta episcoporum Cameracensium, principale source d’information sur l’histoire du Cambrésis des Xe-XIe siècles. La déconstruction et la mise en perspective de cette chronique permettent d’éclairer sous un jour nouveau l’intense travail de réécriture du passé cambrésien entrepris par l’évêque Gérard Ier (1012-1051). Sont ensuite examinées les modalités selon lesquelles la Reichskirchenpolitik des Ottoniens se met en place à Cambrai au détriment du pouvoir comtal laïque (II.). À partir du second tiers du Xe siècle, le renforcement de la seigneurie épiscopale au détriment de celle des titulaires de l’honor comtal conduit en effet à la marginalisation, puis, dès 1007, à la disparition totale des comtes laïques de la scène politique cambrésienne. En provoquant par contrecoup l’ascension des châtelains-avoués, cette évolution pèse lourdement sur les rapports de pouvoir entre une Église cambrésienne traditionnellement plus proche des souverains germaniques et une aristocratie locale partagée entre les influences impériale et flamande (III.). L’accent est également mis sur les pratiques religieuses des grands, en limitant l’analyse aux interdits de parenté, au système du don-échange et aux enjeux funéraires. La rupture avec le système politique bâti par les Ottoniens survient entre 1080 et 1130 ; cette mutation est étudiée dans la deuxième partie de la thèse. Le quatrième chapitre revient sur les prémisses de la crise politique qui affecte le Cambrésis au tournant des XIe-XIIe siècles (IV.). L’autonomisation et l’institutionnalisation de l’Église promues par la réforme grégorienne, les aspirations politiques d’une bourgeoisie cambrésienne enrichie, et, enfin, la présence d’un pouvoir comtal flamand aux ambitions de plus en plus dévorantes entraînent en effet des bouleversements sans précédent dans le petit comté de Cambrai. Longtemps latentes, les tensions s’embrasent autour de 1100 à l’occasion de la scission du diocèse double d’Arras-Cambrai. C’est à ce « schisme de Cambrai » (1092-1113), qui oppose de manière quelque peu schématique les soutiens du clan grégorien à ceux du parti impérial, et à ses conséquences à moyen terme en matière de pouvoir et de comportement religieux que se consacre l’ultime chapitre (V.). La crise politique transforme profondément le visage du Cambrésis. Cette véritable guerre civile contribue en effet à asseoir l’autorité des princes flamands sur le comté, en même temps qu’elle permet aux élites urbaines de s’impliquer plus étroitement dans la gestion des affaires de la cité. Considérablement affecté par le « schisme de Cambrai », le groupe nobiliaire, qui a profité de la vacance du pouvoir épiscopal pour ériger des "castra" dans le plat-pays, tend, quant à lui, à troquer la ville pour la campagne. La religion aristocratique paraît, par contre, assez peu affectée par la diffusion des idées grégoriennes. Un volume d’annexes complète la thèse. Outre la traditionnelle bibliographie, celui-ci comprend une quinzaine de tableaux généalogiques, quelques cartes et, surtout, un catalogue d’actes relatif aux châtelains de Cambrai. Cet inventaire fournit les régestes des 185 chartes mentionnant ces aristocrates de haut rang entre le milieu du XIe siècle et 1189, date de décès d’Hugues III d’Oisy.(DOCFILO02) -- FUNDP, 201

Stabilité des astéroïdes multiples

Multiple systems, composed of several asteroids rotating around their common center of mass, are common in the solar system but misunderstood. These systems can be very different from each other due to their location, the shape of the bodies or their rotations. In this thesis, we carry out several studies on the subject by considering two types of multiple systems: satellites of asteroids and double asteroids. In the first part, we detect gravitational resonances between an ellipsoid in constant rotation and a point mass. Next, we determine the main resonances surrounding the triple system (87) Sylvia and other triple systems known. The evolution of these systems by tidal effects and BYORP is then analyzed. In the second part, we seek to understand the lack of binary asteroids among Plutinos. Finally, we express the interaction potential in the symmetric trace free tensor formalism and we test it on the double system (66391) 1999 KW4.Les systèmes multiples, composés de plusieurs astéroïdes en rotation autour de leur centre de masse commun, sont nombreux dans le système solaire mais encore méconnus. Ils peuvent être très différents les uns des autres, dû à leur situation, à la forme des corps ou encore à leurs rotations. Dans cette thèse, nous réalisons plusieurs études sur le sujet en considérant deux catégories de systèmes multiples : les satellites d'astéroïdes et les astéroïdes doubles. Dans la première partie, nous détectons les résonances gravitationnelles entre un ellipsoïde en rotation constante et une masse ponctuelle. Nous déterminons ensuite les résonances principales entourant le système triple (87) Sylvia et les autres systèmes triples connus. L'évolution de ces systèmes par les effets de marée et de BYORP est analysée par la suite. Dans la seconde partie, nous cherchons à comprendre la raison du petit nombre d'astéroïdes binaires parmi les Plutinos. Enfin, nous montrons l'adéquation du formalisme des tenseurs symétriques sans trace pour l'expression du potentiel d'interaction et nous testons nos résultats sur le système double (66391) 1999 KW4.(DOCSC00) -- FUNDP, 201