«La relation de limitation et d’exception dans le français d’aujourd’hui : excepté, sauf et hormis comme pivots d’une relation algébrique »

L’analyse des emplois prépositionnels et des emplois conjonctifs d’ “excepté”, de “sauf” et d’ “hormis” permet d’envisager les trois prépositions/conjonctions comme le pivot d’un binôme, comme la plaque tournante d’une structure bipolaire. Placées au milieu du binôme, ces prépositions sont forcées par leur sémantisme originaire dûment métaphorisé de jouer le rôle de marqueurs d’inconséquence systématique entre l’élément se trouvant à leur gauche et celui qui se trouve à leur droite. L’opposition qui surgit entre les deux éléments n’est donc pas une incompatibilité naturelle, intrinsèque, mais extrinsèque, induite. Dans la plupart des cas (emplois limitatifs), cette opposition prend la forme d’un rapport entre une « classe » et le « membre (soustrait) de la classe », ou bien entre un « tout » et une « partie » ; dans d’autres (emplois exceptifs), cette opposition se manifeste au contraire comme une attaque de front portée par un « tout » à un autre « tout ». De plus, l’inconséquence induite mise en place par la préposition/conjonction paraît, en principe, tout à fait insurmontable. Dans l’assertion « les écureuils vivent partout, sauf en Australie » (que l’on peut expliciter par « Les écureuils vivent partout, sauf [qu’ils ne vivent pas] en Australie »), la préposition semble en effet capable d’impliquer le prédicat principal avec signe inverti, et de bâtir sur une telle implication une sorte de sous énoncé qui, à la rigueur, est totalement inconséquent avec celui qui le précède (si « les écureuils ne vivent pas en Australie », le fait qu’ils « vivent partout » est faux). Néanmoins, l’analyse montre qu’alors que certaines de ces oppositions peuvent enfin être dépassées, d’autres ne le peuvent pas. C’est, respectivement, le cas des relations limitatives et des relations exceptives. La relation limitative, impliquant le rapport « tout » - « partie », permet de résoudre le conflit dans les termes d’une somme algébrique entre deux sous énoncés pourvus de différent poids informatif et de signe contraire. Les valeurs numériques des termes de la somme étant déséquilibrées, le résultat est toujours autre que zéro. La relation exceptive, au contraire, qui n’implique pas le rapport « tout » - « partie », n’est pas capable de résoudre le conflit entre deux sous énoncés pourvus du même poids informatif et en même temps de signe contraire : les valeurs numériques des termes de la somme étant symétriques et égales, le résultat sera toujours équivalent à zéro

Strengths and limitations of period estimation methods for circadian data

A key step in the analysis of circadian data is to make an accurate estimate of the underlying period. There are many different techniques and algorithms for determining period, all with different assumptions and with differing levels of complexity. Choosing which algorithm, which implementation and which measures of accuracy to use can offer many pitfalls, especially for the non-expert. We have developed the BioDare system, an online service allowing data-sharing (including public dissemination), data-processing and analysis. Circadian experiments are the main focus of BioDare hence performing period analysis is a major feature of the system. Six methods have been incorporated into BioDare: Enright and Lomb-Scargle periodograms, FFT-NLLS, mFourfit, MESA and Spectrum Resampling. Here we review those six techniques, explain the principles behind each algorithm and evaluate their performance. In order to quantify the methods' accuracy, we examine the algorithms against artificial mathematical test signals and model-generated mRNA data. Our re-implementation of each method in Java allows meaningful comparisons of the computational complexity and computing time associated with each algorithm. Finally, we provide guidelines on which algorithms are most appropriate for which data types, and recommendations on experimental design to extract optimal data for analysis

From selective tidal transport to counter-current swimming during watershed colonisation: an impossible step for young-of-the-year catadromous fish?

During watershed colonisation by catadromous species, two main phases have been identified: tidal estuary crossing and non-tidal river colonisation. Fishes use selective tidal-stream transport (STST) during the first phase of this colonisation, and counter-current swimming during the second phase. Therefore, catadromous species have to achieve a behavioural shift, from STST to constant counter-current swimming. This has not yet been observed, and the location and period of this shift is still unknown. Our experimental protocol aimed to mimic the spatial progression of crossing the tidal limit within a 3-week experiment. Two catadromous fishes, thinlip mullets and European eels, were initially subjected to current reversal every 6.2 h during the first week. A gradual tidal distortion was performed during the second week, and fishes were submitted to a unidirectional water current during the third week. Our results reveal that all catadromous species use STST as far as possible within the tidal limit. At this point, in this experimental study, no young-of-the-year (YOY) fishes shifted from STST to constant counter-current swimming. This confirms that the behavioural shift occurs later, and that the second part of the upstream migration, counter-current progression, is performed by larger, older fishes and not YOY fishes

Variations latitudinales de l'age et la taille à la maturité dans les populations de grande alose

International audienceAge and total length (LT) at maturity of allis shad Alosa alosa exhibited a significant negative latitudinal gradient over the species' distribution range. Particular thermal conditions experienced over the distribution area could be the key factor involved to explain this negative trend

Modeling marine shad distribution using data from French bycatch fishery surveys

In the last few decades, there has been a marked decline in the number of shad (Alosa alosa and A. fallax) landed in France, which prompted the French committee of the International Union for Conservation of Nature to list shad as a ‘Vulnerable’ species in 2010. The freshwater phases of shad life cycles have been extensively studied, but the marine phases remain poorly understood. The present study aimed to provide new insights into shad ecology by describing the marine distributions of twaite and allis shad using a presence/absence model based on bycatch data from commercial fishery surveys. Depth and salinity were identified as the main factors influencing shad distribution. Both species were primarily located in shallow areas, at depths of between 0 and 100 m. As expected for anadromous species, low-salinity areas were preferred. Substrate and latitude played minor roles in the observed distribution of shad. Our results suggest that latitudinal migration between winter and summer habitats does not occur in twaite and allis shad populations. Furthermore, substrate does not appear to be a key factor contributing to shad distribution. A better understanding of the distribution of shad species throughout their life cycles, particularly in the open sea where they are vulnerable to bycatch, would help in the selection of key protected areas for the sustainability of shad populations

Summer habitat use and movements of late juvenile European flounder (Platichthys flesus) in tidal freshwaters: Results from an acoustic telemetry study

International audienceEuropean flounder (Platichthys flesus) is generally considered to be a marine euryhaline species. Most existing studies have focused on the brackish part of its life cycle. This is the first time that acoustic telemetry has been used to study the movements, home range, and habitat use of late-stage juvenile flounders (2 +, 3 +) in a freshwater tidal segment of an estuary. A total of twenty individuals were marked during the summer of 2008. Fish movements were monitored using sixteen fixed receivers, as well as through manual tracking. To allow the combined use of both types of tracking data, a Brownian Bridge movement model was employed. This type of model takes into account the time-ordered nature of position data and calculates the proportion of time spent in certain areas based on movement paths. Summer movements of European flounder in freshwater habitats were restricted to longitudinal ranges of 50 m to 870 m, suggesting a sedentary life phase. Diet analysis and habitat preferences for both shaded and shallow areas of water suggest that the fish were searching for both food and shelter from predators. Small individual home ranges, coupled with the level of overlap between them, suggest that many fish shared small home ranges with conspecifics. In addition, there was a tendency for 3 + flounders to have higher rates of movement and larger home ranges. The results of this study further emphasise the importance of preserving freshwater habitats as foraging areas for European flounder, especially intertidal habitats up to the tidal limit

Faisabilité de l'estimation d'abondance des silures en cours d'eau

International audienceDans un écosystème, l'introduction et l'établissement d'une espèce prédatrice, de taille plus grande que les autochtones, conduit celle-ci à devenir le nouveau prédateur sommital. C'est le cas du silure sur la Loire ou les poissons migrateurs, ayant atteint une taille refuge contre les prédateurs d'origine, constituent désormais des proies pour cette espèce nouvellement arrivée. Cette nouvelle pression s'ajoute aux autres, difficultés de circulation (continuité écologique), réduction ou perte d'habitats, ...Le COGEPOMI du bassin Loire-Bretagne s'est posé la question de l'impact, sur les espèces amphihalines, de cette pression de prédation qui se produit en aval des barrages, mais aussi sur les parties ouvertes des rivières. Il lui est apparu nécessaire d'améliorer la connaissance de l'écologie du silure, notamment d'estimer son abondance, en zone libre de tout obstacle, en riviére.Dans ce contexte, le défi consistait à évaluer la faisabilité d'une méthode d'estimation de l'abondance des silures en combinant deux méthodes, en période de basses eaux. L'eau librea été balayée par un drone qui a pris des photos à très haute résolution, combinées à des observations subaquatiques pour les secteurs inaccessibles à l'engin comme les dessous de ripisylve, les tas de bois et les fosses.Les images ont été analysées visuellement pour l'identification, le comptage et les mesures des individus de silure. Par ailleurs, les photos contenant des poissons ont été soumises à un algorithme de reconnaissance de forme de type apprentissage profond. Les facteurs d'erreur de détection et de visibilité sur les images sont identifiés

Suivi et estimation du flux d’échappement des anguilles argentées de la Loire fluviale de 2017 à 2019 et retour d’expériences sur le repeuplement.

L’objectif principal de ce travail est de comparer les méthodes de suivis de la dévalaison des anguilles argentées, l’indice d’abondance basé sur les analyses des captures de 4 pêcheries professionnelles au guideau et l’estimation des flux d’anguilles argentées par capture marquage recapture. Le second objectif est d’estimer, par le biais d’une pêcherie disposant d’une autorisation expérimentale, les effectifs et les caractéristiques des anguilles argentées migrant en dehors de la période réglementaire. Enfin, il s’agit d’estimer la proportion d’anguilles argentées provenant des opérations de repeuplement