Çocuklarda Febril Nötropeni atakları sırasında port katater varlığının tedavi başarısına etkisi

ÖZETBir iyon çifti ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi metodu olan denatüran yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC), polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış çift zincirli DNA dizilimlerindeki farklı bazlar yüzünden oluşan bağlanmamış bölgelerin meydana getirdiği heterodupleks yapıları temel alarak mutasyon ve polimorfizm taranmasında kullanılır. Yöntem ucuz, etkin, tekrarlanabilir ve kolay olması açısından son zamanlarda polimorfizm ve nokta mutasyonu tespiti için rutin bir laboratuvar uygulaması haline gelmeye başlamıştır.Çalışmada TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi, Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araştırma Enstitüsü'nde mevcut bulunan HPLC sistemi DHPLC analizine uygun hale getirilmiştir. Sistemin etkinliği ve güvenirliği, 248'inci ve 249'uncu amino asitlerini kodlayan kodonlarında bilinen nokta mutasyonları bulunan P53 geninin 300 nükleotidlik bölgesi kullanılarak yapılan deneylerle kanıtlanmıştır. pBluescript II SK(+) plazmidinin BamHI ve SpeI restriksiyon enzim kesim bölgeleri arasına klonlanmış olan, doğal ve 248'inci ve 249'uncu amino asitleri kodlayan kodonlarında nokta mutasyonu bulunan 300 nükleotid uzunluğundaki P53 gen formları özgül primerler kullanılarak çoğaltıldıktan sonra kaynatılarak denatüre edilmiş ve doğal ve mutant formlar karıştırılarak homo ve heterodupleks yapıların eldesi sağlanmıştır. "The DHPLC Melt Program" tarafından belirlenen 58°C'lik kısmi denatüran kolon sıcaklığında ve HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmiş pBR322 plazmidi kullanılarak yapılan kolon kalibrasyonu ile belirlenen dakikada 0.6 ml akış hızında yapılan DHPLC analizleri sonrasında elde edilen kromatogramlarda, sadece homoduplekslerin verdiği tek, yarılmamış ve ideal bir gausian pikinin yanı sıra gözlemlenen daha erken elüe olmuş ve yarılmış pik oluşumlarına dayanarak örneklerde heterodupleks yapıların tespiti yapılmıştır.Mevcut HPLC sistemlerinin yapılan küçük eklemelerle DHPLC analizi ile polimorfizm ve nokta mutasyonlarının taranmasında güvenilir, etkin ve kolay bir şekilde kullanılabileceği bu çalışma ile ispatlanmıştır.ÖZETBir iyon çifti ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi metodu olan denatüran yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC), polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış çift zincirli DNA dizilimlerindeki farklı bazlar yüzünden oluşan bağlanmamış bölgelerin meydana getirdiği heterodupleks yapıları temel alarak mutasyon ve polimorfizm taranmasında kullanılır. Yöntem ucuz, etkin, tekrarlanabilir ve kolay olması açısından son zamanlarda polimorfizm ve nokta mutasyonu tespiti için rutin bir laboratuvar uygulaması haline gelmeye başlamıştır.Çalışmada TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi, Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araştırma Enstitüsü'nde mevcut bulunan HPLC sistemi DHPLC analizine uygun hale getirilmiştir. Sistemin etkinliği ve güvenirliği, 248'inci ve 249'uncu amino asitlerini kodlayan kodonlarında bilinen nokta mutasyonları bulunan P53 geninin 300 nükleotidlik bölgesi kullanılarak yapılan deneylerle kanıtlanmıştır. pBluescript II SK(+) plazmidinin BamHI ve SpeI restriksiyon enzim kesim bölgeleri arasına klonlanmış olan, doğal ve 248'inci ve 249'uncu amino asitleri kodlayan kodonlarında nokta mutasyonu bulunan 300 nükleotid uzunluğundaki P53 gen formları özgül primerler kullanılarak çoğaltıldıktan sonra kaynatılarak denatüre edilmiş ve doğal ve mutant formlar karıştırılarak homo ve heterodupleks yapıların eldesi sağlanmıştır. "The DHPLC Melt Program" tarafından belirlenen 58°C'lik kısmi denatüran kolon sıcaklığında ve HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmiş pBR322 plazmidi kullanılarak yapılan kolon kalibrasyonu ile belirlenen dakikada 0.6 ml akış hızında yapılan DHPLC analizleri sonrasında elde edilen kromatogramlarda, sadece homoduplekslerin verdiği tek, yarılmamış ve ideal bir gausian pikinin yanı sıra gözlemlenen daha erken elüe olmuş ve yarılmış pik oluşumlarına dayanarak örneklerde heterodupleks yapıların tespiti yapılmıştır.Mevcut HPLC sistemlerinin yapılan küçük eklemelerle DHPLC analizi ile polimorfizm ve nokta mutasyonlarının taranmasında güvenilir, etkin ve kolay bir şekilde kullanılabileceği bu çalışma ile ispatlanmıştır. DETECTION OF MUTATIONS CODING AMINO ACIDS 248 AND 249 OF P53 GENE USING DHPLC METHODSUMMARYDenaturing high-pressure liquid chromatography (DHPLC) is an ion-pair reverse-phase high-pressure liquid chromatography method. DHPLC enables the detection of point mutations and polymorphism based on the heteroduplex formations due to non-paired bases on the PCR amplified DNA duplexes. As being a relatively cheap, effective, reproducible, DHPLC is becoming a routine laboratory technique.In this study, the HPLC system at TUBITAK, Marmara Research Center, Research Institute for Genetic Engineering and Biotechnology was modified to be used in DHPLC analysis. The usage of 300-nucleotide long P53 gene region containing known point mutations in codons 248 and 249 proved the efficiency and reproducibility of the system. The native and mutant forms of P53 gene region of 300 nucleotide long, cloned between BamHI and SpeI restriction enzyme sites of pBluescript II SK(+) plasmid, were amplified by using gene specific primers. After denaturation by heating, the native and mutant forms were mixed to form homo and heteroduplexes. Denaturing column temperature was determined as 58°C using "the DHPLC Melt Program". The optimum flow rate of 0.6 ml/min was determined by column calibration using pBR322/HaeIII digest. The presence of heteroduplexes in the sample was detected as early eluted and multiple peaks as compared to a single, ideal gausian peak of homoduplexes in the chromatograms of DHPLC analysis under these conditions.This study proved that by a slight modification of HPLC systems at hand, it is possible to make DHPLC analysis to detect polymorphism and point mutations easily, efficiently and reproducibly

Çocuklarda Febril Nötropeni atakları sırasında port katater varlığının tedavi başarısına etkisi

Bir iyon çifti ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi metodu olan denatüran yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC), polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış çift zincirli DNA dizilimlerindeki farklı bazlar yüzünden oluşan bağlanmamış bölgelerin meydana getirdiği heterodupleks yapıları temel alarak mutasyon ve polimorfizm taranmasında kullanılır. Yöntem ucuz, etkin, tekrarlanabilir ve kolay olması açısından son zamanlarda polimorfizm ve nokta mutasyonu tespiti için rutin bir laboratuvar uygulaması haline gelmeye başlamıştır. Çalışmada TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi, Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araştırma Enstitüsü'nde mevcut bulunan HPLC sistemi DHPLC analizine uygun hale getirilmiştir. Sistemin etkinliği ve güvenirliği, 248'inci ve 249'uncu amino asitlerini kodlayan kodonlarında bilinen nokta mutasyonları bulunan P53 geninin 300 nükleotidlik bölgesi kullanılarak yapılan deneylerle kanıtlanmıştır. pBluescript II SK(+) plazmidinin BamHI ve SpeI restriksiyon enzim kesim bölgeleri arasına klonlanmış olan, doğal ve 248'inci ve 249'uncu amino asitleri kodlayan kodonlarında nokta mutasyonu bulunan 300 nükleotid uzunluğundaki P53 gen formları özgül primerler kullanılarak çoğaltıldıktan sonra kaynatılarak denatüre edilmiş ve doğal ve mutant formlar karıştırılarak homo ve heterodupleks yapıların eldesi sağlanmıştır. "The DHPLC Melt Program" tarafından belirlenen 58°C'lik kısmi denatüran kolon sıcaklığında ve HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmiş pBR322 plazmidi kullanılarak yapılan kolon kalibrasyonu ile belirlenen dakikada 0.6 ml akış hızında yapılan DHPLC analizleri sonrasında elde edilen kromatogramlarda, sadece homoduplekslerin verdiği tek, yarılmamış ve ideal bir gausian pikinin yanı sıra gözlemlenen daha erken elüe olmuş ve yarılmış pik oluşumlarına dayanarak örneklerde heterodupleks yapıların tespiti yapılmıştır. Mevcut HPLC sistemlerinin yapılan küçük eklemelerle DHPLC analizi ile polimorfizm ve nokta mutasyonlarının taranmasında güvenilir, etkin ve kolay bir şekilde kullanılabileceği bu çalışma ile ispatlanmıştır. Bir iyon çifti ters faz yüksek basınçlı sıvı kromatografisi metodu olan denatüran yüksek basınçlı sıvı kromatografisi (DHPLC), polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış çift zincirli DNA dizilimlerindeki farklı bazlar yüzünden oluşan bağlanmamış bölgelerin meydana getirdiği heterodupleks yapıları temel alarak mutasyon ve polimorfizm taranmasında kullanılır. Yöntem ucuz, etkin, tekrarlanabilir ve kolay olması açısından son zamanlarda polimorfizm ve nokta mutasyonu tespiti için rutin bir laboratuvar uygulaması haline gelmeye başlamıştır. Çalışmada TÜBİTAK Marmara Araştırma Merkezi, Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Araştırma Enstitüsü'nde mevcut bulunan HPLC sistemi DHPLC analizine uygun hale getirilmiştir. Sistemin etkinliği ve güvenirliği, 248'inci ve 249'uncu amino asitlerini kodlayan kodonlarında bilinen nokta mutasyonları bulunan P53 geninin 300 nükleotidlik bölgesi kullanılarak yapılan deneylerle kanıtlanmıştır. pBluescript II SK(+) plazmidinin BamHI ve SpeI restriksiyon enzim kesim bölgeleri arasına klonlanmış olan, doğal ve 248'inci ve 249'uncu amino asitleri kodlayan kodonlarında nokta mutasyonu bulunan 300 nükleotid uzunluğundaki P53 gen formları özgül primerler kullanılarak çoğaltıldıktan sonra kaynatılarak denatüre edilmiş ve doğal ve mutant formlar karıştırılarak homo ve heterodupleks yapıların eldesi sağlanmıştır. "The DHPLC Melt Program" tarafından belirlenen 58°C'lik kısmi denatüran kolon sıcaklığında ve HaeIII restriksiyon enzimi ile kesilmiş pBR322 plazmidi kullanılarak yapılan kolon kalibrasyonu ile belirlenen dakikada 0.6 ml akış hızında yapılan DHPLC analizleri sonrasında elde edilen kromatogramlarda, sadece homoduplekslerin verdiği tek, yarılmamış ve ideal bir gausian pikinin yanı sıra gözlemlenen daha erken elüe olmuş ve yarılmış pik oluşumlarına dayanarak örneklerde heterodupleks yapıların tespiti yapılmıştır. Mevcut HPLC sistemlerinin yapılan küçük eklemelerle DHPLC analizi ile polimorfizm ve nokta mutasyonlarının taranmasında güvenilir, etkin ve kolay bir şekilde kullanılabileceği bu çalışma ile ispatlanmıştır. DETECTION OF MUTATIONS CODING AMINO ACIDS 248 AND 249 OF P53 GENE USING DHPLC METHOD SUMMARY Denaturing high-pressure liquid chromatography (DHPLC) is an ion-pair reverse-phase high-pressure liquid chromatography method. DHPLC enables the detection of point mutations and polymorphism based on the heteroduplex formations due to non-paired bases on the PCR amplified DNA duplexes. As being a relatively cheap, effective, reproducible, DHPLC is becoming a routine laboratory technique. In this study, the HPLC system at TUBITAK, Marmara Research Center, Research Institute for Genetic Engineering and Biotechnology was modified to be used in DHPLC analysis. The usage of 300-nucleotide long P53 gene region containing known point mutations in codons 248 and 249 proved the efficiency and reproducibility of the system. The native and mutant forms of P53 gene region of 300 nucleotide long, cloned between BamHI and SpeI restriction enzyme sites of pBluescript II SK(+) plasmid, were amplified by using gene specific primers. After denaturation by heating, the native and mutant forms were mixed to form homo and heteroduplexes. Denaturing column temperature was determined as 58°C using "the DHPLC Melt Program". The optimum flow rate of 0.6 ml/min was determined by column calibration using pBR322/HaeIII digest. The presence of heteroduplexes in the sample was detected as early eluted and multiple peaks as compared to a single, ideal gausian peak of homoduplexes in the chromatograms of DHPLC analysis under these conditions. This study proved that by a slight modification of HPLC systems at hand, it is possible to make DHPLC analysis to detect polymorphism and point mutations easily, efficiently and reproducibly

A RARE CAUSE OF PAIN IN THE MUSCULOSKELETAL SYSTEM: BONE MARROW EDEMA SYNDROME

Bone marrow edema syndrome is characterized by increased interstitial fluid in the bone marrow and is a rare disease in children and adolescents. Therefore, to make this diagnosis, it should be considered in the differential diagnosis of musculoskeletal system pain. With this perspective, the aim was to present a 17-year-old patient who was diagnosed on magnetic resonance imaging with bone marrow edema and to highlight characteristics of this rare condition in the pediatric and adolescent population

Beta talasemi major hastalarında beta-2 mikroglobulin ve sistatin C düzeyleri

Amaç: Talaseminin dünyadaki en yaygın genetik hastalık olduğu düşünülmek- tedir. Gerek hastalık, gerekse tekrarlayan transfüzyonlar nedeniyle birçok sis- temde komplikasyon ortaya çıkmaktadır. Bu çalışma; üzerinde daha az du- rulan böbrek glomerüler hasarının beta talasemi majorlü hastalarda mev- cut olup olmadığının saptanması ve glomerüler hasarı saptarken üre, krea - tinin, kreatinin klirensinin erken böbrek hasarı göstergeçlerinden olan sista - tin c, B2 mikroglobulin ile kıyaslanması amacıyla yapıldı. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma beta talasemi major tanısıyla çocuk hematoloji polikliniğimizce düzenli takip edilen hastalarda prospektif olarak yapılmıştır. Bulgular: Üre ile kreatinin klirensi ve sistain C arasında istatistiksel olarak anlamlı bir iliş- ki bulunmamaktadır(p>0.05). Kreatinin ile kreatinin klirensi arasında negatif yönde, %53.7 düzeyinde ve istatistiksel olarak ileri düzeyde anlamlı bir iliş- ki bulunmaktadır (p:0.002; p0.05). Sistain C ile ?-2 mikroglobulin arasında pozitif yönde, %86.1 düzeyinde ve istatistiksel olarak ileri düzeyde anlamlı bir ilişki bulunmakta - dır (p:0.001; p40 ml/dk/1.73 m² olduğun- da kreatinin ile ?-2 mikroglobulin ve sistatin c arası ilişkinin azaldığı belirtil - miştir. Bizim çalışmamız da bu literatür sonuçlarıyla benzerlik göstermekte- dir. Ancak renal parametrelerin birbiriyle korelasyonu hakkında kesin sonuç- lara varmak için daha geniş populasyonda yapılacak daha fazla sayıda çalış- malara ihtiyaç vardır.Aim: Thalassemia is accepted to be the most common genetic disease in the world. This study was performed to establish whether there was a glomeru- lar renal damage, which was usually a less mentioned subject in patients with Beta Thalassemia Major, and to compare urea, creatinine and creatinine clearance with early indicators of kidney damage as Cystatin-C and β-2 mi - croglobulin as on determining the glomerular damage. Material and Method: This study was prospectively performed in patients, who were regularly fol- lowed in the children hematology outpatient clinic with a diagnosis of Beta Thalassemia Major. Results: There was no statistically signifcant diference between urea and levels of creatinine clearance and Cystatin-C. There was a statistically negative relationship between creatinine and creatinine clear- ance at an advanced level as 53.7% (p: 0.002, p<0.01). There was not any signifcant relationship between Cystatin-C and levels of creatinine and B-2 microglobulin. There was a signifcant high positive relationship between Cystatin-C and B-2 microglobulin at level of 86.1% (p: 0.001; p<0.01). Dis- cussion: The results of our study were also similar to the literature. However, new studies are required to carry out in wider populations in order to reach defnite conclusions about correlation of renal parameters with each other

The effects of Iron deficiency anemia on thyroid hormones

Amaç: Bu çalışm ada, çocuklarda sık görülen hastalıklardan biri olan demir eksikliği anemisi (DEA) ve tiroid hormonları arasındaki ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Bu çalışma, Ocak 2011 - Temmuz 2011 tarihleri arasında S.B Okmeydanı Eğitim ve Araştırma Hastanesi Sağlam Çocuk Polikliniği ve Çocuk Hematoloji Polikliniği’ne başvuran DEA saptanan 49 hasta çocuk ve kontrol grubunu oluşturan sağlıklı 27 çocuk olmak üzere toplam 76 çocuk üzerinde gerçekleştirildi. Polikliniğe başvuran hastalardan hemogram, demir, Total demir bağlama kapasitesi (TDBK), ferritin düzeyi için kan alındı. Sonrasında (DEA) saptanan ve kontrol grubunu oluşturan sağlam çocuklardan kan alınarak Tiroid stimulan hormon (TSH),triiyodotironin (T3), tiroksin (T4), serbest T3 (FT3), Serbest T4 (FT4) hormon düzeyleri çalışıldı. Bulgular : Çalışmaya alınan iki grup arasında hastalara ait demografik özelliklerden, prematüre doğum öyküsü, anne sütü alım süresi, ek gıda başlanma zamanı, inek sütü başl ama yaşı, günlük süt tüketimi, haftalık et tüketimi incelenmiştir. Gruplar arasında, prematüre doğum öyküsü varlığı, anne sütü alım süreleri, ek gıda başlangıç süreleri, inek sütü başlama zamanları ve günlük süt tüketimi arasında istatistiksel olarak anlamlı fark saptanmamıştır (p>0,05). Kontrol grubundaki çocukların haftalık et tüketiminin, anemi grubuna göre daha fazla olduğu gözlenmiş ve iki grup arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p=0,009). Hematolojik parametrelerin ortalama değerleri ve standart sapmal arı iki grup için de ayrı ayrı hesaplanmıştır. Her iki grupta da tiroid fonksiyonlarını değerlendirmek ve fark olup olmadığını saptamak amacıyla TSH, TT3, TT4, FT3, FT4 değerleri karşılaş- tırılmış, iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark olmadığı saptanmıştır (p>0,05). S onuç : Sonuç olarak; demir eksikliği anemisi olan çocuklarda birçok biyokimyasal ve morfolojik değişiklikler olmaktadır. Bizim çalışmamızda pediatrik yaş grubunda DEA grubu ve kontrol grubundaki sağlıklı çocuklarda, tiroid hormon düze yleri arasında anlamlı fark saptanmamıştır.Objective : The aim of this study is to evaluate the relatio nship between iron deficiency anemia (IDA), a common di sease of childhood, and thyroid hormones. Method : This study was carried on 49 children with iron deficiency anemia (IDA) and control group of 27 healthy children who were admitted to Well Baby Clinic and outp atients’ clinic of Pediatric Hematology and Oncology Department of M.O.H. Okmeydanı Research and Education Hospital between January 2011 and July 2011. Blood samples for total blood count, blood iron, total iron binding capacity (TIBC) and ferritin levels were obtained from patients. Afterwards, blood were driven from patients with IDA and blood levels of thyroid stimulating hormone (TSH), triiod o- thyronine (T3), thyroxine (T4), free T3 (FT3), free T4 (FT4) were measured. Results : Within demographic characteristics, history of premature birth, duration of breast feeding, the onset age of supplementary nutrition, onset age of cow milk feeding, daily milk consumption and weekly meat consumption of two groups were assessed. No statistical significance was found between two groups in terms of positive history of premature birth, duration of breast feeding, the onset age of supplementary nutrition, onset age of cow milk, dail y milk consumption (p>0,05). Weekly meat consumption of chi ldren in control group was found to be higher compared to anemic group and this constitute a statistical significance (p=0,009). Mean values and standard deviations for hematological parameters were calculated for both groups individ ually. In both groups, levels of TSH, TT3, TT4, FT3, FT4 were compared in order to assess thyroid functions and find if there were any difference. No statistical significance was found (p>0,05). Conclusion : In conclusion; several biochemical and morph ological alterations occur in children with IDA. In our study no statistical significance was found between patients in ped iatric IDA group and healthy children in control group for thyroid hormone levels