The Westermo test results data set

There is a growing body of knowledge in the computer science, software engineering, software testing and software test automation disciplines. However, there is a challenge for researchers to evaluate their research findings, innovations and tools due to lack of realistic data. This paper presents the Westermo test results data set, more than one million verdicts from testing of embedded systems, from more than five hundred consecutive days of nightly testing. The data also contains information on code changes in both the software under test and the test framework used for testing. This data set can support the research community in particular with respect to the regression test selection problem, flaky tests, test results visualization, etc

Snorkeling of lysine side chains in transmembrane helices: how easy can it get?

AbstractTransmembrane segments of proteins are often flanked by lysine residues. The side chains of these residues may snorkel, i.e. they may bury themselves with their aliphatic part in the hydrophobic region of the lipid bilayer, while positioning the charged amino group in the more polar interface. Here we estimate the free energy cost of snorkeling from thermodynamical calculations based on studies with synthetic transmembrane peptides [Strandberg et al. (2002) Biochemistry 41, 7190–7198]. The value is estimated to be between 0.07 and 0.7 kcal mol−1 for a lysine side chain. This very low value indicates that snorkeling may be a common process, which should be taken into consideration both in experimental and in theoretical studies on protein–lipid interactions

Analys och gestaltning av miljön kring vattentornet i Uppsalas stadsskog

The water tower in Uppsala city forest was built in the late 1950's in what is now a nature reserve. The unique place was supposed to be visited by people, which is currently not the situation. This bachelor thesis aimed to perform an analysis and make a design proposal for the environment surrounding the water tower. The analysis was performed using the methodology previously described by architect Arne Branzell. The methodology focuses on how a space is perceived by a person moving through it. The analyses showed that the place was undefined and unadapted for human interaction. The design proposal suggests that the paths and spaces should be defined and that they should create possibilities for people to interact. The concept of the design is extended ecotones, meaning that the forest edge is extended towards the centre and thereby made a part of the place. The methodology by Branzell was well suited for the analyses, but can be perceived as impractical when used in a digital working environment. However, the potential for developing technical software that suits this type of analyses is high.Vattentornet i Uppsalas stadsskog byggdes under sent 1950-tal i vad som idag är ett naturreservat. Denna unika plats var menad att brukas och besökas av människor, vilket idag inte är fallet. Denna kandidatuppsats syftade till att göra en analys av och ett gestaltningsförslag för området runt vattentornet. Analysen gjordes med arkitekt Arne Branzells metodik, vilken fokuserar på hur rummet uppfattas av en person som rör sig genom rummet. Analyserna visade att platsen är odefinierad och inte anpassad för mänsklig interaktion. Gestaltningsförslaget föreslår att rörelsestråken och rummen ska definieras, för att underlätta mänsklig interaktion. Konceptet för gestaltningen är förlängda ekotoner, vilket innebär att skogsbrynet förlängs in mot platsens mitt, och därmed görs till en del av platsen snarare än ett omgivande element. Branzells metodik var väl lämpad för analysen av platsen, dock ej helt i fas med digitala arbetsmetoder. Potentialen för utveckling av mjukvara som passar metodiken är dock stor

Antibiotic Potential and Biophysical Characterization of Amphipathic β-Stranded [XZ]n Peptides With Alternating Cationic and Hydrophobic Residues

Cationic membrane-active peptides are considered to be promising candidates for antibiotic treatment. Many natural and artificial sequences show an antimicrobial activity when they are able to take on an amphipathic fold upon membrane binding, which in turn perturbs the integrity of the lipid bilayer. Most known structures are α-helices and β-hairpins, but also cyclic knots and other irregular conformations are known. Linear β-stranded antimicrobial peptides are not so common in nature, but numerous model sequences have been designed. Interestingly, many of them tend to be highly membranolytic, but also have a significant tendency to self-assemble into β-sheets by hydrogen-bonding. In this minireview we examine the literature on such amphipathic peptides consisting of simple repetitive sequences of alternating cationic and hydrophobic residues, and discuss their advantages and disadvantages. Their interactions with lipids have been characterized with a number of biophysical techniques—especially circular dichroism, fluorescence, and infrared—in order to determine their secondary structure, membrane binding, aggregation tendency, and ability to permeabilize vesicles. Their activities against bacteria, biofilms, erythrocytes, and human cells have also been studied using biological assays. In line with the main scope of this Special Issue, we attempt to correlate the biophysical results with the biological data, and in particular we discuss which properties (length, charge, aggregation tendency, etc.) of these simple model peptides are most relevant for their biological function. The overview presented here offers ideas for future experiments, and also suggests a few design rules for promising β-stranded peptides to develop efficient antimicrobial agents

Gestaltning genom medborgarstyrd förvaltning

Syftet med det här examensarbetet var att testa en metod för praktisk medborgarsamverkan för gestaltning genom förvaltning av kommunala grönområden. Målet har varit att utveckla en enkel och praktisk metod för hur sådan medborgarsamverkan kan gå till. Analysen av och erfarenheterna från kursen ”Gestaltning genom förvaltning” vid SLU, Uppsala, har fungerat som en förstudie till detta examensarbete. I kursen lärde sig studenterna hur man kan arbeta med befintliga platser och grönområden i behov av upprustning, och hur dessa platser kan utvecklas med hjälp av väl genomtänkta underhållsinsatser. Syftet var att se förvaltning av grönområden som någonting mer än bara skötsel och underhåll, genom att inkludera landskapsarkitektoniska aspekter både i planering och underhåll, alltså att gestalta genom att förvalta. Målet var att använda det växtmaterial och de förhållanden som platsen redan erbjöd, snarare än att lägga till nya växtmaterial och ge platsen nya förutsättningar. Under den avslutande övningen i kursen testades kursens tidigare lärdomar i praktiken i ett litet grönområde i Uppsala. Drygt ett år efter kursen har Uppsala kommun fått ett nytt grönområde med nya kvalitéer, bara genom enkla mekaniska förvaltningsåtgärder. Gestaltning genom förvaltning är inte ett fast begrepp, men i detta examensarbete symboliserar det en gestaltning av platser genom användning av befintliga, lokala resurser och förvaltarens kunskap. Huvudfokuset för gestaltning genom förvaltning är att återanvända befintligt material på platsen snarare än att addera nya material. Detta kan göras på många sätt, till exempel genom selektiv utgallring och skapande av trädportaler. Fallstudien som ingår i detta examensarbete använder sig av medborgarsamverkan, vilket definieras som ett helt eller delvis överförande av makt från kommunen till medborgarna under en specifik process. En gåtur genomfördes, där medborgare fick ha åsikter om platsens utveckling. Det praktiska arbetet på platsen i fallstudien utfördes med hjälp av medborgarna, vilket förstärkte deras intryck av inflytande och reell makt, och även relationerna till platsen. Slutsatsen är att medborgarsamverkan kring samhällsbyggande är viktigt men kanske inte alls behöver vara separerad från det praktiska utförandet. Själva utförandet snarare än planerandet bör ställas i fokus vid enklare utveckling av grönområden. Det praktiska arbetet resulterar i att grunden för framtida skötsel, underhåll och utveckling gjuts in av användarna. En relation till platsen som bygger på tidigare, nutida och framtida användande av den skapar en bättre gestaltning genom att den känslomässiga kopplingen till platsen respekteras och förstärks

3D Hydrophobic Moment Vectors as a Tool to Characterize the Surface Polarity of Amphiphilic Peptides

AbstractThe interaction of membranes with peptides and proteins is largely determined by their amphiphilic character. Hydrophobic moments of helical segments are commonly derived from their two-dimensional helical wheel projections, and the same is true for β-sheets. However, to the best of our knowledge, there exists no method to describe structures in three dimensions or molecules with irregular shape. Here, we define the hydrophobic moment of a molecule as a vector in three dimensions by evaluating the surface distribution of all hydrophilic and lipophilic regions over any given shape. The electrostatic potential on the molecular surface is calculated based on the atomic point charges. The resulting hydrophobic moment vector is specific for the instantaneous conformation, and it takes into account all structural characteristics of the molecule, e.g., partial unfolding, bending, and side-chain torsion angles. Extended all-atom molecular dynamics simulations are then used to calculate the equilibrium hydrophobic moments for two antimicrobial peptides, gramicidin S and PGLa, under different conditions. We show that their effective hydrophobic moment vectors reflect the distribution of polar and nonpolar patches on the molecular surface and the calculated electrostatic surface potential. A comparison of simulations in solution and in lipid membranes shows how the peptides undergo internal conformational rearrangement upon binding to the bilayer surface. A good correlation with solid-state NMR data indicates that the hydrophobic moment vector can be used to predict the membrane binding geometry of peptides. This method is available as a web application on http://www.ibg.kit.edu/HM/

Synergistic Insertion of Antimicrobial Magainin-Family Peptides in Membranes Depends on the Lipid Spontaneous Curvature

AbstractPGLa and magainin 2 (MAG2) are amphiphilic antimicrobial peptides from frog skin with known synergistic activity. The orientation of the two helices in membranes was studied using solid-state 15N-NMR, for each peptide alone and for a 1:1 mixture of the peptides, in a range of different lipid systems. Two types of orientational behavior emerged. 1), In lipids with negative spontaneous curvature, both peptides remain flat on the membrane surface, when assessed both alone and in a 1:1 mixture. 2), In lipids with positive spontaneous curvature, PGLa alone assumes a tilted orientation but inserts into the bilayer in a transmembrane alignment in the presence of MAG2, whereas MAG2 stays on the surface or gets only slightly tilted, when observed both alone and in the presence of PGLa. The behavior of PGLa alone is identical to that of another antimicrobial peptide, MSI-103, in the same lipid systems, indicating that the curvature-dependent helix orientation is a general feature of membrane-bound peptides and also influences their synergistic intermolecular interactions