Genetic Evidence Supporting the Association of Protease and Protease Inhibitor Genes with Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review

As part of the European research consortium IBDase, we addressed the role of proteases and protease inhibitors (P/PIs) in inflammatory bowel disease (IBD), characterized by chronic mucosal inflammation of the gastrointestinal tract, which affects 2.2 million people in Europe and 1.4 million people in North America. We systematically reviewed all published genetic studies on populations of European ancestry (67 studies on Crohn's disease [CD] and 37 studies on ulcerative colitis [UC]) to identify critical genomic regions associated with IBD. We developed a computer algorithm to map the 807 P/PI genes with exact genomic locations listed in the MEROPS database of peptidases onto these critical regions and to rank P/PI genes according to the accumulated evidence for their association with CD and UC. 82 P/PI genes (75 coding for proteases and 7 coding for protease inhibitors) were retained for CD based on the accumulated evidence. The cylindromatosis/turban tumor syndrome gene (CYLD) on chromosome 16 ranked highest, followed by acylaminoacyl-peptidase (APEH), dystroglycan (DAG1), macrophage-stimulating protein (MST1) and ubiquitin-specific peptidase 4 (USP4), all located on chromosome 3. For UC, 18 P/PI genes were retained (14 proteases and 4protease inhibitors), with a considerably lower amount of accumulated evidence. The ranking of P/PI genes as established in this systematic review is currently used to guide validation studies of candidate P/PI genes, and their functional characterization in interdisciplinary mechanistic studies in vitro and in vivo as part of IBDase. The approach used here overcomes some of the problems encountered when subjectively selecting genes for further evaluation and could be applied to any complex disease and gene family

Genomic investigations of unexplained acute hepatitis in children

Since its first identification in Scotland, over 1,000 cases of unexplained paediatric hepatitis in children have been reported worldwide, including 278 cases in the UK1. Here we report an investigation of 38 cases, 66 age-matched immunocompetent controls and 21 immunocompromised comparator participants, using a combination of genomic, transcriptomic, proteomic and immunohistochemical methods. We detected high levels of adeno-associated virus 2 (AAV2) DNA in the liver, blood, plasma or stool from 27 of 28 cases. We found low levels of adenovirus (HAdV) and human herpesvirus 6B (HHV-6B) in 23 of 31 and 16 of 23, respectively, of the cases tested. By contrast, AAV2 was infrequently detected and at low titre in the blood or the liver from control children with HAdV, even when profoundly immunosuppressed. AAV2, HAdV and HHV-6 phylogeny excluded the emergence of novel strains in cases. Histological analyses of explanted livers showed enrichment for T cells and B lineage cells. Proteomic comparison of liver tissue from cases and healthy controls identified increased expression of HLA class 2, immunoglobulin variable regions and complement proteins. HAdV and AAV2 proteins were not detected in the livers. Instead, we identified AAV2 DNA complexes reflecting both HAdV-mediated and HHV-6B-mediated replication. We hypothesize that high levels of abnormal AAV2 replication products aided by HAdV and, in severe cases, HHV-6B may have triggered immune-mediated hepatic disease in genetically and immunologically predisposed children

Entwicklung und Validierung einer Analysenmethode zur Bestimmung von 90 Sr im Rahmen der Datierung von Elfenbein mittels der Radionuklide 14 C, 90 Sr und 228/232 Th

Das Ziel, die herkömmliche Datierungsmethode basierend auf der Bestimmung des Radionuklids 14 C in Rohelfenbein mittels des Radionuklids 90 Sr bezüglich der Sicherheit und Aussagekraft des Datierungsergebnisses deutlich zu verbessern, konnte erreicht werden. Eine bereits für hohe Calciummassen in Form von Rohmilchasche validierte chromatographische Analysenmethode mittels des Kationenaustauschers Dowexr50WX8 zur Bestimmung von 90 Sr wurde durch mehrere Optimierungsschritte an die Matrix Rohelfenbeinasche angepasst. Der Elutionsbereich des Strontiums wurde neu bestimmt und die Abhängigkeit desselben von der Calciummasse untersucht. Es konnte keine Abhängigkeit von der Calciummasse festgestellt werden, so daß der ermittelte Elutionsbereich für Strontium für jede zu analysierende Probe Gültigkeit besitzt und nicht individuell angepaßt werden muß. Um die Datierung noch sicherer in ihrer Aussage zu machen, wurde versucht, das Element Thorium in die Analyse miteinzubeziehen. Dazu wurde eine Kombinationsmethode zur Abtrennung des Thoriums und Strontiums aus der Rohelfenbeinasche in einem einzigen chromatographischen Schritt entwickelt. Es wurde der Elutionsbereich des Thoriums bezüglich des Kationenaustauschers Dowexr50WX8 bestimmt und die Kombinationsmethode anhand eines zertifizierten Standardreferenzmaterials validiert. Die entwickelte Kombinationsmethode lieferte die richtigen Ergebnisse und konnte auf Rohelfenbeinproben angewandt werden. Mittels unabhängig datierter Proben konnte eine Bombenkurve für 90 Sr in Rohelfenbein erstellt werden. Diese Bombenkurve trägt in Zukunft durch ihren funktionellen Zusammenhang dazu bei, daß zu datierende Proben nicht nur mittels 14 C, sondern auch mittels 90 Sr Altersbereichen zugeordnet werden können. Aufgrund der Voraussetzung einer repräsentativen Probenahme für eine Datierung wurde anhand eines ganzen Stoßzahns untersucht, ob die Position der Probenahme an einem Stoßzahn bezüglich 90 Sr bedeutend ist. Eine longitudinale Abhängigkeit der spezifischen Aktivität des 90 Sr konnte nicht festgestellt werden, dementsprechend ist die Position der Probenahme an einem ganzen Stoßzahn für das Nuklid 90 Sr unbedeutend. Lediglich die Bestimmung der spezifischen Aktivität des 90 Sr kann in den meisten Fällen zur Klärung des Vorhandenseins einer Antiquität herangezogen werden. Da das Stichdatum für Antiquitäten der 01.06.1947 ist, und bearbeitete Gegenstände vor diesem Datum als Antiquität bezeichnet werden dürfen, ist kein 90 Sr über Nachweisgrenze in diesen Proben detektierbar. Um den Nachweis des Vorhandenseins einer Antiquität zu bestärken, empfiehlt sich die zusätzliche Bestimmung des Nuklids 14 C. Die ausgearbeitete Analysenmethode zur Bestimmung der spezifischen Aktivität des 90 Sr in Rohelfenbein kann auf die Matrices Rhinoceroshorn und Schildpatt nicht angewandt werden. Die Zusammensetzung dieser Materialien ist der Knochensubstanz nicht ähnlich und besitzt nur einen geringen anorganischen Anteil. Für die Bestimmung des 90 Sr in Rhinoceroshorn oder Schildpatt wäre infolgedessen eine erhebliche Probenmasse vonnöten, um durch die Veraschung des Probenmaterials eine ausreichend große Aschemasse zu erhalten, die eine sichere Datierung gewährleistet. Dies ist im Hinblick auf kommerzielle Zwecke nicht vertretbar und selbst allein zur Bestätigung der Illegalität einer Probe ohne kommerziellen Hintergrund ist meist die Probenmasse zu gering. Das Potential der Matrix Rohelfenbein, mit weiteren Radionukliden das Alter der Probe zu bestimmen, wurde überprüft. Dazu wurden das Falloutnuklid 63 Ni und das natürliche Radionuklid 210 Pb ausgewählt. Eine Datierung mittels 63 Ni führte nicht zu den gewünschten Ergebnissen, wobei sich 210 Pb durchaus zur Altersbestimmung in Kombination mit 210 Po durch Bildung des Verhältnisses der spezifischen Aktivitäten des 210 Po zu 210 Pb eignen würde, sich aber dennoch durch gezielte Untersuchungen und Analysen noch beweisen sollte

Congenital coronary anomalies detected by coronary computed tomography compared to invasive coronary angiography

BACKGROUND As coronary computed tomography angiography (CCTA) has emerged as a non-invasive alternative for evaluation of coronary anatomy with a lower referral threshold than invasive coronary angiography (ICA), the prevalence of coronary anomalies in CCTA may more closely reflect the true prevalence in the general population. Morphological features of coronary anomalies can be evaluated more precisely by CCTA than by ICA, which might lead to a higher identification of congenital coronary anomalies in CCTA compared to ICA.To evaluate the incidence, clinical and morphological features of the anatomy of patients with coronary anomalies detected either by coronary computed tomography angiography (CCTA) with prospective ECG-triggering or invasive coronary angiography (ICA). METHODS Consecutive patients underwent 64-slice CCTA (n = 1'759) with prospective ECG-triggering or ICA (n = 9'782) and coronary anatomy was evaluated for identification of coronary anomalies to predefined criteria (origin, course and termination) according to international recommendations. RESULTS The prevalence of coronary anomalies was 7.9% (n = 138) in CCTA and 2.1% in ICA (n = 203; p < 0.01). The most commonly coronary anomaly detected by CCTA was myocardial bridging 42.8% (n = 59) vs. 21.2% (n = 43); p < 0.01, while with ICA an absent left main trunk was the most observed anomaly 36.0% (n = 73; p < 0.01). In 9.4% (n = 13) of identified coronary anomalies in CCTA 9.4% were potentially serious coronary anaomalies, defined as a course of the coronary artery between aorta and pulmonary artery were identified. CONCLUSION The prevalence of coronary anomalies is substantially higher with CCTA than ICA even after exclusion of patients with myocardial bridging which is more frequently found with CCTA. This suggests that the true prevalence of coronary anomalies in the general population may have been underestimated based on ICA